# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.571 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.050 0.046 0.084 0.057 0.236 0.006 0.122 0.015 0.002 0.001 0.006 0.006 0.013 0.006 0.051 0.025 0.048 0.108 0.048 0.063 0.005 2 K 0.021 0.024 0.187 0.193 0.111 0.005 0.035 0.012 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.005 0.055 0.027 0.043 0.061 0.087 0.115 0.004 3 I 0.014 0.022 0.040 0.034 0.393 0.003 0.026 0.007 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.008 0.043 0.074 0.062 0.059 0.079 0.113 0.004 4 T 0.016 0.011 0.087 0.099 0.052 0.001 0.017 0.009 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.008 0.128 0.021 0.026 0.028 0.187 0.296 0.002 5 K 0.003 0.004 0.024 0.040 0.137 0.002 0.033 0.013 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.005 0.032 0.051 0.530 0.025 0.022 0.062 0.001 6 D 0.006 0.010 0.033 0.015 0.035 0.009 0.590 0.073 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.006 0.060 0.013 0.031 0.047 0.025 0.033 0.001 7 M 0.023 0.022 0.072 0.047 0.089 0.010 0.055 0.233 0.003 0.001 0.008 0.007 0.015 0.017 0.048 0.028 0.078 0.108 0.069 0.067 0.001 8 I 0.023 0.022 0.029 0.025 0.166 0.006 0.018 0.449 0.003 0.001 0.003 0.004 0.010 0.012 0.034 0.037 0.052 0.020 0.039 0.049 0.001 9 I 0.013 0.019 0.041 0.051 0.024 0.006 0.024 0.436 0.010 0.001 0.004 0.003 0.011 0.008 0.080 0.007 0.220 0.008 0.019 0.017 0.001 10 A 0.009 0.009 0.004 0.008 0.017 0.006 0.037 0.823 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.059 0.003 0.004 0.005 0.001 11 D 0.005 0.004 0.002 0.003 0.003 0.014 0.023 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 0.013 0.007 0.003 0.001 12 V 0.002 0.002 0.002 0.003 0.008 0.006 0.031 0.749 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.158 0.007 0.009 0.003 0.001 13 L 0.002 0.003 0.007 0.004 0.005 0.014 0.077 0.714 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.114 0.009 0.011 0.010 0.001 14 Q 0.001 0.001 0.003 0.005 0.005 0.020 0.185 0.398 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.300 0.022 0.021 0.018 0.001 15 M 0.001 0.001 0.004 0.003 0.014 0.020 0.249 0.190 0.026 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.354 0.061 0.022 0.038 0.001 16 D 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.016 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.055 0.063 0.584 0.227 0.001 17 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.835 0.024 0.019 0.057 0.001 18 G 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.022 0.520 0.238 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.084 0.055 0.021 0.044 0.001 19 T 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.006 0.117 0.220 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.397 0.070 0.085 0.066 0.001 20 A 0.001 0.001 0.022 0.014 0.008 0.001 0.015 0.317 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.015 0.519 0.011 0.023 0.031 0.001 21 P 0.005 0.004 0.005 0.005 0.010 0.007 0.019 0.765 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.004 0.107 0.021 0.024 0.009 0.001 22 I 0.010 0.007 0.003 0.004 0.007 0.013 0.014 0.879 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.002 0.025 0.009 0.010 0.004 0.001 23 F 0.003 0.005 0.003 0.003 0.009 0.012 0.017 0.836 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.010 0.004 0.062 0.007 0.010 0.002 0.001 24 I 0.005 0.005 0.008 0.012 0.009 0.012 0.073 0.653 0.027 0.006 0.002 0.001 0.004 0.010 0.017 0.010 0.129 0.004 0.010 0.003 0.001 25 N 0.004 0.005 0.021 0.030 0.019 0.017 0.226 0.045 0.365 0.073 0.004 0.002 0.006 0.020 0.023 0.010 0.094 0.016 0.008 0.011 0.001 26 N 0.002 0.003 0.004 0.006 0.017 0.006 0.572 0.009 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.013 0.071 0.050 0.054 0.162 0.001 27 G 0.001 0.002 0.010 0.011 0.013 0.002 0.032 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.042 0.061 0.553 0.111 0.137 0.001 28 M 0.003 0.006 0.025 0.009 0.079 0.005 0.036 0.010 0.003 0.001 0.003 0.002 0.005 0.012 0.035 0.163 0.141 0.051 0.183 0.225 0.002 29 H 0.004 0.007 0.083 0.039 0.035 0.007 0.048 0.019 0.006 0.001 0.005 0.006 0.014 0.031 0.196 0.044 0.107 0.042 0.138 0.163 0.006 30 C 0.011 0.010 0.032 0.032 0.210 0.007 0.066 0.017 0.008 0.001 0.012 0.010 0.017 0.061 0.053 0.129 0.080 0.056 0.109 0.073 0.005 31 L 0.007 0.009 0.079 0.067 0.035 0.009 0.063 0.017 0.004 0.001 0.007 0.009 0.015 0.047 0.233 0.030 0.121 0.033 0.077 0.134 0.004 32 G 0.009 0.012 0.030 0.023 0.182 0.005 0.080 0.012 0.002 0.001 0.008 0.008 0.012 0.024 0.039 0.172 0.085 0.085 0.093 0.115 0.003 33 C 0.005 0.004 0.047 0.042 0.031 0.003 0.015 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.012 0.133 0.061 0.106 0.029 0.172 0.317 0.002 34 P 0.003 0.004 0.021 0.025 0.085 0.007 0.043 0.034 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.036 0.067 0.331 0.035 0.099 0.196 0.001 35 S 0.003 0.004 0.025 0.026 0.029 0.016 0.198 0.064 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.012 0.063 0.042 0.221 0.094 0.103 0.086 0.001 36 S 0.005 0.004 0.042 0.024 0.057 0.011 0.226 0.049 0.006 0.002 0.005 0.003 0.006 0.010 0.051 0.024 0.134 0.044 0.113 0.183 0.001 37 M 0.002 0.002 0.029 0.039 0.029 0.006 0.164 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.022 0.029 0.261 0.067 0.094 0.209 0.001 38 G 0.001 0.002 0.012 0.007 0.066 0.007 0.266 0.073 0.004 0.001 0.003 0.002 0.005 0.004 0.018 0.040 0.176 0.152 0.071 0.091 0.001 39 E 0.002 0.003 0.089 0.050 0.013 0.008 0.057 0.179 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.056 0.011 0.161 0.061 0.107 0.192 0.001 40 S 0.001 0.002 0.005 0.005 0.108 0.003 0.025 0.305 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.065 0.053 0.059 0.116 0.240 0.001 41 I 0.001 0.001 0.007 0.007 0.002 0.001 0.005 0.193 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.745 0.003 0.005 0.007 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.029 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.002 0.002 0.002 0.001 43 D 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 45 C 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.024 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.004 0.005 0.001 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.056 0.734 0.082 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.003 0.004 0.003 0.001 47 V 0.001 0.001 0.004 0.006 0.007 0.016 0.390 0.083 0.268 0.060 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.119 0.012 0.009 0.012 0.001 48 H 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.548 0.021 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.092 0.093 0.071 0.118 0.001 49 G 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.004 0.063 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.032 0.612 0.097 0.132 0.001 50 I 0.001 0.001 0.018 0.007 0.008 0.002 0.010 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.022 0.110 0.100 0.243 0.446 0.001 51 D 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.001 0.003 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.041 0.019 0.018 0.227 0.641 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.924 0.002 0.004 0.009 0.001 53 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.002 0.001 54 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 55 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 57 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.902 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.001 0.001 0.001 0.001 60 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.004 0.002 0.001 0.001 62 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.932 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.003 0.002 0.001 0.001 63 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.882 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.008 0.010 0.003 0.001 64 E 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.009 0.082 0.667 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.010 0.009 0.008 0.001 65 K 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.017 0.289 0.330 0.064 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.159 0.041 0.034 0.033 0.001 66 K 0.001 0.001 0.007 0.008 0.007 0.009 0.227 0.157 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.316 0.069 0.067 0.105 0.001 67 E 0.001 0.002 0.011 0.010 0.030 0.014 0.234 0.091 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.162 0.189 0.095 0.121 0.001 68 V 0.001 0.002 0.035 0.023 0.027 0.004 0.055 0.053 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.030 0.167 0.087 0.248 0.234 0.001