# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.571 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.002 0.001 0.060 0.159 0.145 0.133 0.001 0.001 0.021 0.477 2 K 0.010 0.014 0.002 0.104 0.112 0.177 0.083 0.001 0.001 0.046 0.451 3 I 0.026 0.016 0.002 0.045 0.087 0.078 0.117 0.003 0.001 0.046 0.578 4 T 0.446 0.108 0.002 0.039 0.026 0.027 0.044 0.008 0.001 0.066 0.233 5 K 0.066 0.195 0.001 0.034 0.013 0.029 0.077 0.005 0.001 0.029 0.551 6 D 0.014 0.179 0.002 0.035 0.011 0.028 0.092 0.002 0.001 0.067 0.569 7 M 0.012 0.366 0.005 0.062 0.062 0.078 0.067 0.003 0.001 0.090 0.255 8 I 0.015 0.888 0.001 0.005 0.006 0.010 0.007 0.004 0.001 0.022 0.042 9 I 0.025 0.931 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.006 0.001 0.009 0.018 10 A 0.034 0.665 0.010 0.004 0.014 0.032 0.016 0.006 0.003 0.124 0.092 11 D 0.121 0.558 0.014 0.011 0.015 0.046 0.019 0.014 0.007 0.104 0.091 12 V 0.174 0.263 0.022 0.010 0.026 0.035 0.048 0.037 0.014 0.159 0.211 13 L 0.213 0.080 0.024 0.011 0.037 0.036 0.068 0.011 0.006 0.085 0.429 14 Q 0.015 0.017 0.007 0.008 0.023 0.043 0.104 0.001 0.002 0.062 0.719 15 M 0.023 0.010 0.008 0.006 0.007 0.009 0.096 0.002 0.002 0.067 0.770 16 D 0.509 0.021 0.007 0.009 0.010 0.007 0.089 0.010 0.003 0.077 0.258 17 R 0.068 0.012 0.001 0.003 0.002 0.003 0.092 0.001 0.001 0.030 0.787 18 G 0.004 0.022 0.001 0.020 0.004 0.016 0.105 0.001 0.001 0.017 0.812 19 T 0.006 0.269 0.001 0.015 0.006 0.017 0.058 0.001 0.001 0.023 0.605 20 A 0.010 0.469 0.001 0.050 0.056 0.049 0.049 0.002 0.001 0.074 0.240 21 P 0.015 0.395 0.001 0.045 0.037 0.126 0.024 0.001 0.001 0.205 0.148 22 I 0.026 0.091 0.008 0.216 0.055 0.100 0.043 0.003 0.002 0.317 0.138 23 F 0.051 0.024 0.042 0.223 0.084 0.149 0.036 0.009 0.009 0.259 0.114 24 I 0.553 0.021 0.003 0.067 0.030 0.051 0.040 0.006 0.002 0.039 0.189 25 N 0.053 0.013 0.004 0.023 0.020 0.039 0.084 0.002 0.001 0.044 0.716 26 N 0.015 0.017 0.003 0.039 0.019 0.046 0.133 0.002 0.001 0.026 0.699 27 G 0.084 0.028 0.004 0.079 0.054 0.065 0.134 0.005 0.001 0.048 0.498 28 M 0.023 0.007 0.003 0.082 0.086 0.062 0.133 0.003 0.001 0.053 0.545 29 H 0.067 0.018 0.002 0.218 0.062 0.090 0.090 0.006 0.001 0.074 0.373 30 C 0.112 0.011 0.001 0.102 0.023 0.044 0.118 0.004 0.001 0.092 0.494 31 L 0.005 0.004 0.001 0.118 0.026 0.051 0.195 0.001 0.001 0.050 0.548 32 G 0.012 0.011 0.001 0.071 0.030 0.064 0.155 0.001 0.001 0.070 0.585 33 C 0.095 0.039 0.004 0.083 0.042 0.046 0.144 0.010 0.002 0.125 0.409 34 P 0.126 0.087 0.006 0.026 0.014 0.020 0.129 0.017 0.003 0.092 0.480 35 S 0.152 0.098 0.004 0.025 0.013 0.028 0.096 0.009 0.002 0.066 0.506 36 S 0.065 0.111 0.003 0.029 0.007 0.016 0.098 0.005 0.001 0.122 0.543 37 M 0.020 0.267 0.001 0.026 0.007 0.017 0.108 0.005 0.001 0.085 0.463 38 G 0.020 0.533 0.001 0.009 0.006 0.007 0.050 0.003 0.001 0.104 0.266 39 E 0.008 0.609 0.002 0.010 0.011 0.015 0.037 0.004 0.001 0.162 0.142 40 S 0.011 0.877 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.005 0.001 0.061 0.034 41 I 0.010 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.007 42 E 0.020 0.777 0.006 0.001 0.001 0.003 0.006 0.006 0.002 0.150 0.029 43 D 0.063 0.875 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.003 0.015 0.028 44 A 0.086 0.580 0.042 0.002 0.002 0.003 0.026 0.037 0.022 0.100 0.100 45 C 0.123 0.062 0.306 0.005 0.004 0.009 0.030 0.075 0.154 0.107 0.124 46 A 0.555 0.033 0.008 0.005 0.005 0.005 0.040 0.006 0.006 0.026 0.311 47 V 0.037 0.012 0.003 0.006 0.002 0.002 0.049 0.005 0.001 0.018 0.864 48 H 0.032 0.026 0.002 0.016 0.005 0.008 0.173 0.003 0.001 0.030 0.704 49 G 0.012 0.019 0.002 0.024 0.004 0.005 0.136 0.001 0.001 0.034 0.761 50 I 0.003 0.028 0.001 0.017 0.007 0.007 0.138 0.001 0.001 0.014 0.783 51 D 0.147 0.776 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.019 0.043 52 A 0.016 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.014 53 D 0.004 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.069 0.030 54 K 0.005 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.007 55 L 0.002 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.049 0.008 56 V 0.004 0.680 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.281 0.004 57 K 0.011 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.074 0.015 58 E 0.018 0.882 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.002 0.048 0.028 59 L 0.011 0.875 0.034 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.006 0.030 0.023 60 N 0.053 0.677 0.007 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.004 0.077 0.164 61 E 0.059 0.724 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 0.007 0.002 0.017 0.170 62 Y 0.080 0.422 0.035 0.001 0.001 0.001 0.055 0.024 0.031 0.097 0.252 63 F 0.190 0.091 0.091 0.003 0.001 0.002 0.053 0.021 0.038 0.068 0.441 64 E 0.234 0.028 0.006 0.005 0.001 0.002 0.051 0.004 0.004 0.028 0.636 65 K 0.099 0.007 0.003 0.005 0.001 0.002 0.060 0.002 0.001 0.018 0.801 66 K 0.022 0.005 0.001 0.011 0.004 0.008 0.111 0.001 0.001 0.013 0.823 67 E 0.015 0.003 0.001 0.012 0.002 0.006 0.076 0.001 0.001 0.009 0.876 68 V 0.010 0.002 0.001 0.031 0.017 0.019 0.135 0.001 0.001 0.014 0.770