# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.571 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.004 0.036 0.088 0.111 0.131 0.028 0.589 2 K 0.007 0.011 0.055 0.136 0.173 0.101 0.034 0.483 3 I 0.008 0.022 0.041 0.050 0.050 0.089 0.059 0.681 4 T 0.246 0.360 0.007 0.005 0.005 0.023 0.270 0.085 5 K 0.043 0.600 0.013 0.004 0.006 0.036 0.084 0.213 6 D 0.014 0.603 0.029 0.008 0.014 0.033 0.052 0.248 7 M 0.010 0.796 0.021 0.012 0.017 0.019 0.016 0.108 8 I 0.006 0.911 0.014 0.006 0.008 0.007 0.010 0.037 9 I 0.025 0.833 0.010 0.008 0.012 0.010 0.042 0.060 10 A 0.028 0.761 0.027 0.007 0.009 0.019 0.081 0.068 11 D 0.080 0.692 0.029 0.012 0.018 0.032 0.061 0.076 12 V 0.161 0.239 0.094 0.019 0.033 0.055 0.165 0.233 13 L 0.237 0.125 0.048 0.026 0.043 0.074 0.101 0.345 14 Q 0.045 0.020 0.029 0.018 0.030 0.126 0.059 0.674 15 M 0.021 0.007 0.020 0.005 0.006 0.122 0.032 0.787 16 D 0.473 0.045 0.009 0.004 0.004 0.048 0.133 0.284 17 R 0.071 0.025 0.004 0.002 0.003 0.105 0.020 0.770 18 G 0.006 0.039 0.015 0.005 0.009 0.104 0.028 0.794 19 T 0.022 0.600 0.009 0.007 0.015 0.048 0.035 0.264 20 A 0.042 0.646 0.020 0.017 0.025 0.043 0.053 0.153 21 P 0.034 0.249 0.035 0.025 0.045 0.032 0.479 0.101 22 I 0.029 0.105 0.095 0.040 0.050 0.049 0.513 0.119 23 F 0.041 0.037 0.371 0.037 0.054 0.033 0.325 0.101 24 I 0.448 0.022 0.065 0.057 0.051 0.053 0.069 0.236 25 N 0.111 0.006 0.019 0.015 0.028 0.074 0.030 0.717 26 N 0.019 0.008 0.023 0.019 0.024 0.175 0.019 0.713 27 G 0.049 0.018 0.031 0.020 0.047 0.152 0.041 0.644 28 M 0.056 0.009 0.050 0.048 0.042 0.124 0.049 0.623 29 H 0.078 0.011 0.091 0.055 0.093 0.097 0.052 0.522 30 C 0.099 0.009 0.043 0.024 0.043 0.123 0.065 0.595 31 L 0.018 0.007 0.089 0.031 0.052 0.166 0.043 0.594 32 G 0.022 0.027 0.057 0.029 0.058 0.114 0.067 0.626 33 C 0.096 0.086 0.051 0.032 0.030 0.133 0.140 0.433 34 P 0.116 0.122 0.077 0.025 0.032 0.109 0.104 0.415 35 S 0.165 0.116 0.031 0.016 0.030 0.098 0.083 0.463 36 S 0.087 0.062 0.058 0.019 0.027 0.110 0.287 0.350 37 M 0.034 0.234 0.025 0.010 0.018 0.101 0.085 0.493 38 G 0.083 0.447 0.016 0.008 0.011 0.067 0.066 0.301 39 E 0.016 0.504 0.033 0.019 0.018 0.065 0.094 0.252 40 S 0.008 0.937 0.002 0.001 0.002 0.006 0.014 0.030 41 I 0.019 0.945 0.002 0.001 0.001 0.004 0.014 0.015 42 E 0.025 0.884 0.006 0.002 0.002 0.011 0.030 0.039 43 D 0.028 0.877 0.004 0.002 0.004 0.009 0.033 0.042 44 A 0.074 0.560 0.048 0.008 0.014 0.027 0.168 0.103 45 C 0.102 0.116 0.153 0.019 0.019 0.077 0.294 0.220 46 A 0.411 0.051 0.026 0.010 0.016 0.060 0.045 0.380 47 V 0.139 0.013 0.024 0.008 0.016 0.091 0.059 0.649 48 H 0.016 0.007 0.015 0.006 0.007 0.189 0.014 0.746 49 G 0.018 0.018 0.024 0.009 0.021 0.142 0.024 0.745 50 I 0.007 0.026 0.017 0.010 0.009 0.156 0.026 0.750 51 D 0.101 0.645 0.005 0.001 0.001 0.020 0.165 0.061 52 A 0.015 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 53 D 0.022 0.908 0.002 0.001 0.001 0.008 0.026 0.034 54 K 0.006 0.894 0.001 0.001 0.001 0.004 0.080 0.014 55 L 0.006 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.007 56 V 0.036 0.582 0.017 0.001 0.001 0.004 0.347 0.012 57 K 0.030 0.889 0.002 0.001 0.001 0.007 0.025 0.045 58 E 0.011 0.834 0.006 0.001 0.001 0.010 0.041 0.096 59 L 0.014 0.837 0.016 0.001 0.001 0.010 0.091 0.031 60 N 0.047 0.844 0.003 0.001 0.001 0.012 0.040 0.053 61 E 0.045 0.754 0.006 0.001 0.001 0.014 0.029 0.151 62 Y 0.084 0.555 0.042 0.003 0.004 0.035 0.088 0.189 63 F 0.230 0.203 0.048 0.004 0.006 0.065 0.124 0.320 64 E 0.171 0.057 0.016 0.003 0.005 0.067 0.037 0.645 65 K 0.074 0.015 0.007 0.002 0.003 0.072 0.025 0.801 66 K 0.037 0.014 0.020 0.009 0.010 0.135 0.024 0.751 67 E 0.019 0.006 0.026 0.007 0.020 0.108 0.033 0.780 68 V 0.033 0.005 0.037 0.015 0.015 0.118 0.052 0.725