# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.571 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.504 0.100 0.055 0.078 0.066 0.047 0.068 0.042 0.022 0.011 0.006 2 K 0.272 0.239 0.091 0.192 0.097 0.042 0.037 0.016 0.008 0.004 0.002 3 I 0.022 0.013 0.013 0.020 0.031 0.043 0.111 0.122 0.208 0.208 0.208 4 T 0.101 0.276 0.146 0.249 0.125 0.046 0.026 0.015 0.008 0.005 0.002 5 K 0.054 0.112 0.128 0.218 0.156 0.112 0.099 0.063 0.033 0.018 0.008 6 D 0.193 0.124 0.086 0.176 0.127 0.104 0.088 0.053 0.025 0.016 0.008 7 M 0.052 0.030 0.033 0.067 0.072 0.122 0.192 0.150 0.135 0.096 0.051 8 I 0.039 0.097 0.077 0.176 0.173 0.121 0.137 0.087 0.049 0.030 0.014 9 I 0.004 0.006 0.012 0.018 0.032 0.047 0.126 0.139 0.232 0.222 0.160 10 A 0.095 0.073 0.131 0.208 0.170 0.120 0.105 0.050 0.028 0.014 0.006 11 D 0.051 0.075 0.157 0.246 0.159 0.109 0.114 0.051 0.022 0.011 0.005 12 V 0.002 0.003 0.007 0.011 0.020 0.035 0.077 0.112 0.218 0.254 0.261 13 L 0.003 0.003 0.006 0.014 0.031 0.066 0.163 0.141 0.219 0.225 0.128 14 Q 0.022 0.077 0.406 0.260 0.123 0.054 0.030 0.013 0.008 0.005 0.002 15 M 0.023 0.036 0.069 0.097 0.124 0.178 0.228 0.123 0.064 0.039 0.019 16 D 0.077 0.124 0.047 0.093 0.075 0.100 0.171 0.120 0.093 0.068 0.032 17 R 0.385 0.177 0.076 0.135 0.082 0.052 0.047 0.024 0.011 0.006 0.004 18 G 0.472 0.175 0.085 0.118 0.065 0.034 0.026 0.014 0.006 0.004 0.002 19 T 0.091 0.125 0.045 0.100 0.094 0.086 0.136 0.106 0.102 0.071 0.042 20 A 0.017 0.021 0.012 0.042 0.070 0.128 0.203 0.163 0.155 0.119 0.070 21 P 0.117 0.166 0.257 0.260 0.107 0.047 0.023 0.012 0.006 0.003 0.002 22 I 0.015 0.012 0.023 0.052 0.085 0.146 0.234 0.170 0.126 0.081 0.056 23 F 0.003 0.005 0.008 0.016 0.023 0.022 0.052 0.104 0.203 0.250 0.316 24 I 0.008 0.011 0.024 0.055 0.100 0.135 0.243 0.154 0.133 0.094 0.044 25 N 0.046 0.133 0.345 0.257 0.109 0.050 0.028 0.014 0.009 0.006 0.003 26 N 0.047 0.038 0.039 0.084 0.099 0.139 0.225 0.151 0.092 0.056 0.031 27 G 0.313 0.172 0.049 0.127 0.074 0.055 0.074 0.054 0.041 0.026 0.015 28 M 0.037 0.023 0.021 0.042 0.050 0.074 0.125 0.134 0.179 0.154 0.163 29 H 0.119 0.131 0.098 0.178 0.149 0.097 0.091 0.058 0.040 0.024 0.014 30 C 0.022 0.028 0.028 0.047 0.054 0.065 0.122 0.129 0.189 0.160 0.157 31 L 0.039 0.035 0.025 0.077 0.099 0.090 0.133 0.163 0.139 0.106 0.094 32 G 0.178 0.127 0.058 0.139 0.094 0.087 0.109 0.071 0.070 0.045 0.023 33 C 0.030 0.021 0.019 0.061 0.082 0.072 0.132 0.175 0.160 0.123 0.124 34 P 0.126 0.101 0.050 0.116 0.100 0.084 0.115 0.103 0.092 0.071 0.042 35 S 0.106 0.071 0.051 0.141 0.123 0.101 0.147 0.096 0.084 0.048 0.032 36 S 0.076 0.064 0.042 0.086 0.088 0.082 0.121 0.122 0.128 0.106 0.085 37 M 0.077 0.104 0.051 0.156 0.144 0.098 0.131 0.094 0.074 0.045 0.026 38 G 0.147 0.080 0.053 0.110 0.100 0.103 0.136 0.090 0.083 0.061 0.037 39 E 0.057 0.036 0.041 0.102 0.123 0.132 0.176 0.130 0.096 0.064 0.044 40 S 0.051 0.151 0.076 0.164 0.140 0.087 0.121 0.085 0.060 0.043 0.021 41 I 0.002 0.004 0.006 0.015 0.032 0.055 0.124 0.134 0.236 0.209 0.182 42 E 0.193 0.089 0.135 0.196 0.139 0.090 0.086 0.036 0.021 0.011 0.004 43 D 0.019 0.044 0.167 0.252 0.164 0.129 0.130 0.051 0.024 0.013 0.006 44 A 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 0.028 0.062 0.077 0.233 0.284 0.293 45 C 0.001 0.002 0.005 0.012 0.028 0.052 0.133 0.140 0.223 0.246 0.159 46 A 0.006 0.035 0.345 0.223 0.156 0.100 0.065 0.033 0.021 0.012 0.005 47 V 0.010 0.023 0.080 0.094 0.125 0.151 0.207 0.133 0.079 0.060 0.037 48 H 0.009 0.010 0.009 0.020 0.030 0.075 0.167 0.173 0.221 0.171 0.118 49 G 0.354 0.175 0.078 0.152 0.095 0.046 0.052 0.024 0.013 0.006 0.004 50 I 0.070 0.022 0.042 0.056 0.087 0.100 0.163 0.123 0.120 0.110 0.109 51 D 0.042 0.457 0.087 0.137 0.099 0.063 0.058 0.027 0.016 0.011 0.004 52 A 0.021 0.035 0.017 0.065 0.104 0.193 0.269 0.137 0.093 0.046 0.019 53 D 0.841 0.051 0.053 0.034 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 54 K 0.058 0.088 0.143 0.348 0.188 0.090 0.062 0.015 0.004 0.002 0.001 55 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.007 0.022 0.053 0.182 0.303 0.425 56 V 0.001 0.002 0.010 0.033 0.124 0.245 0.359 0.128 0.059 0.032 0.007 57 K 0.003 0.008 0.934 0.046 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.005 0.015 0.130 0.193 0.209 0.224 0.180 0.036 0.006 0.002 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.039 0.203 0.340 0.402 60 N 0.008 0.011 0.089 0.111 0.249 0.221 0.225 0.061 0.017 0.007 0.002 61 E 0.003 0.009 0.950 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 Y 0.009 0.008 0.041 0.042 0.088 0.210 0.432 0.120 0.033 0.013 0.004 63 F 0.006 0.004 0.007 0.007 0.010 0.024 0.122 0.160 0.264 0.266 0.131 64 E 0.019 0.088 0.588 0.192 0.075 0.021 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 65 K 0.030 0.062 0.622 0.151 0.077 0.028 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 66 K 0.257 0.144 0.130 0.101 0.082 0.077 0.116 0.061 0.020 0.009 0.004 67 E 0.327 0.240 0.120 0.127 0.068 0.039 0.041 0.023 0.009 0.004 0.002 68 V 0.260 0.094 0.148 0.121 0.106 0.071 0.091 0.056 0.027 0.016 0.009