# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.571 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.007 0.002 0.071 0.056 0.080 0.014 0.001 0.001 0.001 0.746 2 K 0.010 0.003 0.001 0.042 0.068 0.124 0.018 0.001 0.001 0.001 0.733 3 I 0.033 0.004 0.004 0.132 0.095 0.249 0.043 0.001 0.001 0.003 0.438 4 T 0.023 0.008 0.001 0.068 0.180 0.233 0.148 0.001 0.001 0.006 0.332 5 K 0.012 0.004 0.003 0.026 0.014 0.036 0.045 0.001 0.001 0.003 0.857 6 D 0.011 0.005 0.001 0.019 0.013 0.019 0.550 0.001 0.001 0.007 0.375 7 M 0.447 0.005 0.005 0.019 0.011 0.014 0.238 0.001 0.001 0.033 0.226 8 I 0.048 0.118 0.004 0.053 0.033 0.049 0.249 0.001 0.001 0.007 0.439 9 I 0.026 0.135 0.020 0.074 0.106 0.205 0.100 0.001 0.001 0.006 0.327 10 A 0.022 0.261 0.002 0.048 0.077 0.170 0.066 0.001 0.001 0.003 0.350 11 D 0.024 0.536 0.002 0.015 0.053 0.057 0.067 0.002 0.001 0.002 0.241 12 V 0.055 0.665 0.001 0.010 0.036 0.045 0.022 0.003 0.001 0.001 0.162 13 L 0.043 0.812 0.002 0.011 0.017 0.035 0.011 0.006 0.001 0.001 0.062 14 Q 0.144 0.644 0.006 0.009 0.019 0.029 0.037 0.026 0.001 0.002 0.085 15 M 0.238 0.454 0.040 0.017 0.018 0.036 0.015 0.033 0.001 0.004 0.145 16 D 0.224 0.225 0.017 0.010 0.031 0.028 0.065 0.084 0.001 0.005 0.313 17 R 0.013 0.060 0.033 0.005 0.003 0.007 0.017 0.003 0.001 0.001 0.858 18 G 0.006 0.014 0.001 0.003 0.003 0.003 0.713 0.003 0.001 0.002 0.253 19 T 0.483 0.013 0.010 0.003 0.001 0.002 0.252 0.003 0.001 0.030 0.203 20 A 0.160 0.318 0.015 0.030 0.008 0.012 0.125 0.002 0.001 0.003 0.327 21 P 0.002 0.029 0.003 0.010 0.005 0.004 0.027 0.001 0.001 0.001 0.920 22 I 0.037 0.258 0.005 0.081 0.038 0.040 0.190 0.001 0.001 0.004 0.345 23 F 0.087 0.721 0.001 0.018 0.036 0.031 0.013 0.001 0.001 0.001 0.091 24 I 0.013 0.885 0.001 0.009 0.017 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 0.043 25 N 0.040 0.765 0.003 0.012 0.012 0.023 0.022 0.015 0.001 0.001 0.105 26 N 0.175 0.557 0.006 0.017 0.009 0.014 0.017 0.065 0.001 0.004 0.136 27 G 0.480 0.109 0.018 0.016 0.010 0.012 0.042 0.104 0.001 0.009 0.201 28 M 0.115 0.028 0.613 0.022 0.008 0.009 0.040 0.005 0.001 0.005 0.155 29 H 0.022 0.017 0.016 0.102 0.042 0.039 0.116 0.004 0.001 0.005 0.638 30 C 0.063 0.016 0.018 0.091 0.039 0.070 0.108 0.003 0.001 0.015 0.576 31 L 0.041 0.037 0.005 0.201 0.056 0.066 0.147 0.001 0.001 0.003 0.442 32 G 0.041 0.009 0.005 0.079 0.021 0.039 0.185 0.003 0.001 0.012 0.607 33 C 0.132 0.026 0.013 0.155 0.041 0.059 0.130 0.001 0.001 0.008 0.436 34 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.991 35 S 0.021 0.009 0.001 0.039 0.030 0.077 0.088 0.001 0.001 0.006 0.729 36 S 0.131 0.079 0.002 0.038 0.030 0.041 0.133 0.001 0.001 0.007 0.538 37 M 0.210 0.106 0.003 0.028 0.019 0.040 0.139 0.004 0.001 0.004 0.446 38 G 0.233 0.189 0.006 0.035 0.016 0.044 0.083 0.005 0.001 0.008 0.380 39 E 0.220 0.150 0.016 0.020 0.019 0.021 0.150 0.003 0.001 0.005 0.396 40 S 0.042 0.156 0.006 0.007 0.007 0.011 0.149 0.004 0.001 0.005 0.613 41 I 0.039 0.304 0.008 0.012 0.011 0.023 0.079 0.003 0.001 0.003 0.519 42 E 0.009 0.432 0.001 0.005 0.005 0.010 0.145 0.002 0.001 0.001 0.390 43 D 0.074 0.468 0.003 0.005 0.006 0.010 0.224 0.006 0.001 0.003 0.202 44 A 0.076 0.876 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.032 45 C 0.014 0.946 0.005 0.002 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.018 46 A 0.046 0.819 0.012 0.007 0.008 0.011 0.007 0.008 0.001 0.001 0.082 47 V 0.060 0.810 0.008 0.010 0.010 0.017 0.007 0.012 0.001 0.001 0.066 48 H 0.165 0.542 0.008 0.018 0.010 0.013 0.013 0.081 0.001 0.002 0.148 49 G 0.308 0.205 0.040 0.029 0.007 0.018 0.016 0.067 0.001 0.003 0.306 50 I 0.120 0.091 0.363 0.064 0.012 0.018 0.052 0.010 0.001 0.003 0.266 51 D 0.032 0.028 0.006 0.012 0.008 0.011 0.191 0.005 0.001 0.003 0.704 52 A 0.007 0.029 0.015 0.008 0.001 0.005 0.032 0.001 0.001 0.001 0.900 53 D 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.616 0.001 0.001 0.001 0.334 54 K 0.031 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.784 0.001 0.001 0.002 0.149 55 L 0.030 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.011 56 V 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 57 K 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 58 E 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 59 L 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 N 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.007 61 E 0.026 0.903 0.020 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 0.001 0.001 0.022 62 Y 0.111 0.839 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.022 63 F 0.027 0.905 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.040 64 E 0.041 0.677 0.037 0.002 0.001 0.002 0.036 0.032 0.001 0.001 0.172 65 K 0.143 0.661 0.008 0.003 0.001 0.002 0.014 0.032 0.001 0.002 0.135 66 K 0.211 0.515 0.007 0.003 0.002 0.003 0.014 0.056 0.001 0.002 0.187 67 E 0.224 0.275 0.098 0.010 0.006 0.008 0.046 0.031 0.001 0.004 0.298 68 V 0.104 0.203 0.083 0.027 0.016 0.020 0.034 0.010 0.001 0.003 0.499