# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.571 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.093 0.023 0.029 0.033 0.039 0.047 0.009 0.726 2 K 0.051 0.010 0.038 0.049 0.077 0.065 0.008 0.701 3 I 0.055 0.010 0.109 0.081 0.113 0.080 0.006 0.546 4 T 0.023 0.016 0.080 0.112 0.153 0.179 0.004 0.432 5 K 0.008 0.007 0.013 0.008 0.019 0.037 0.002 0.907 6 D 0.019 0.016 0.025 0.010 0.021 0.399 0.009 0.501 7 M 0.351 0.027 0.040 0.013 0.015 0.244 0.032 0.278 8 I 0.085 0.259 0.024 0.011 0.016 0.225 0.008 0.372 9 I 0.034 0.348 0.047 0.022 0.106 0.105 0.005 0.333 10 A 0.014 0.435 0.017 0.011 0.036 0.083 0.005 0.399 11 D 0.058 0.480 0.008 0.011 0.020 0.169 0.013 0.240 12 V 0.034 0.886 0.004 0.004 0.008 0.013 0.003 0.048 13 L 0.016 0.948 0.004 0.003 0.005 0.004 0.002 0.017 14 Q 0.075 0.822 0.008 0.007 0.012 0.007 0.020 0.050 15 M 0.211 0.564 0.024 0.011 0.012 0.012 0.059 0.108 16 D 0.169 0.452 0.027 0.023 0.026 0.029 0.042 0.231 17 R 0.012 0.033 0.016 0.003 0.004 0.010 0.005 0.918 18 G 0.024 0.032 0.022 0.005 0.006 0.499 0.011 0.400 19 T 0.587 0.023 0.016 0.003 0.004 0.074 0.056 0.237 20 A 0.270 0.180 0.043 0.016 0.025 0.109 0.008 0.349 21 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.987 22 I 0.018 0.128 0.015 0.020 0.062 0.101 0.003 0.653 23 F 0.071 0.789 0.007 0.008 0.020 0.013 0.002 0.090 24 I 0.028 0.808 0.021 0.025 0.032 0.015 0.003 0.067 25 N 0.027 0.861 0.023 0.008 0.020 0.008 0.010 0.043 26 N 0.306 0.416 0.021 0.009 0.012 0.031 0.123 0.081 27 G 0.543 0.074 0.029 0.007 0.007 0.024 0.228 0.089 28 M 0.095 0.060 0.500 0.020 0.011 0.085 0.020 0.209 29 H 0.032 0.018 0.186 0.052 0.051 0.251 0.010 0.400 30 C 0.052 0.019 0.121 0.031 0.067 0.099 0.005 0.606 31 L 0.041 0.027 0.179 0.074 0.157 0.101 0.006 0.416 32 G 0.054 0.016 0.110 0.037 0.060 0.092 0.012 0.619 33 C 0.108 0.023 0.116 0.054 0.066 0.093 0.009 0.531 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 35 S 0.021 0.007 0.060 0.021 0.054 0.190 0.006 0.642 36 S 0.356 0.021 0.070 0.016 0.022 0.142 0.014 0.358 37 M 0.221 0.045 0.037 0.013 0.020 0.092 0.013 0.560 38 G 0.169 0.039 0.078 0.018 0.049 0.069 0.014 0.564 39 E 0.133 0.040 0.059 0.025 0.025 0.303 0.010 0.406 40 S 0.023 0.038 0.010 0.004 0.007 0.211 0.004 0.703 41 I 0.053 0.226 0.027 0.009 0.053 0.073 0.004 0.555 42 E 0.009 0.169 0.011 0.004 0.009 0.209 0.002 0.587 43 D 0.043 0.429 0.007 0.005 0.008 0.265 0.009 0.235 44 A 0.023 0.949 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 45 C 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 46 A 0.018 0.920 0.019 0.003 0.005 0.006 0.007 0.021 47 V 0.045 0.887 0.016 0.004 0.006 0.003 0.017 0.023 48 H 0.092 0.758 0.028 0.007 0.009 0.008 0.034 0.064 49 G 0.198 0.180 0.170 0.014 0.014 0.019 0.103 0.301 50 I 0.095 0.053 0.597 0.015 0.009 0.043 0.016 0.172 51 D 0.028 0.042 0.056 0.008 0.012 0.368 0.005 0.480 52 A 0.022 0.030 0.029 0.002 0.014 0.047 0.003 0.853 53 D 0.002 0.010 0.004 0.001 0.001 0.286 0.001 0.696 54 K 0.053 0.020 0.004 0.001 0.001 0.779 0.007 0.135 55 L 0.022 0.906 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.058 56 V 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 57 K 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 58 E 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 59 L 0.018 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 60 N 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 61 E 0.020 0.933 0.003 0.001 0.001 0.002 0.014 0.029 62 Y 0.065 0.809 0.006 0.001 0.001 0.026 0.036 0.057 63 F 0.093 0.826 0.010 0.001 0.001 0.016 0.015 0.037 64 E 0.085 0.782 0.015 0.002 0.001 0.016 0.017 0.080 65 K 0.128 0.664 0.016 0.002 0.003 0.007 0.042 0.139 66 K 0.212 0.483 0.025 0.006 0.005 0.013 0.071 0.183 67 E 0.149 0.186 0.069 0.021 0.010 0.071 0.053 0.443 68 V 0.081 0.137 0.183 0.031 0.026 0.086 0.017 0.439