# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.571 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.055 0.316 0.191 0.067 0.161 0.025 0.110 0.031 0.031 0.013 0.001 2 K 0.019 0.526 0.348 0.014 0.023 0.050 0.004 0.001 0.013 0.001 0.002 3 I 0.028 0.436 0.395 0.017 0.017 0.088 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 4 T 0.046 0.260 0.456 0.018 0.055 0.072 0.008 0.001 0.078 0.004 0.001 5 K 0.811 0.015 0.086 0.041 0.018 0.010 0.006 0.001 0.004 0.004 0.004 6 D 0.468 0.026 0.045 0.346 0.022 0.020 0.056 0.008 0.006 0.002 0.001 7 M 0.424 0.148 0.148 0.101 0.061 0.022 0.046 0.019 0.023 0.006 0.001 8 I 0.421 0.254 0.220 0.041 0.013 0.038 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 9 I 0.768 0.124 0.053 0.024 0.011 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 10 A 0.883 0.032 0.031 0.022 0.021 0.003 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 11 D 0.844 0.028 0.023 0.068 0.018 0.006 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 12 V 0.813 0.070 0.034 0.047 0.019 0.005 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 13 L 0.770 0.106 0.053 0.046 0.007 0.008 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 14 Q 0.604 0.100 0.100 0.095 0.030 0.037 0.014 0.001 0.019 0.001 0.001 15 M 0.471 0.100 0.140 0.228 0.016 0.023 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 16 D 0.080 0.122 0.356 0.040 0.036 0.066 0.031 0.001 0.257 0.011 0.001 17 R 0.899 0.001 0.069 0.021 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 18 G 0.772 0.001 0.016 0.051 0.007 0.011 0.031 0.092 0.001 0.018 0.001 19 T 0.820 0.018 0.015 0.137 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 20 A 0.971 0.008 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 21 P 0.995 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 I 0.987 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 F 0.973 0.007 0.002 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 24 I 0.955 0.014 0.005 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 N 0.885 0.011 0.017 0.059 0.010 0.004 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 26 N 0.191 0.008 0.046 0.697 0.004 0.003 0.043 0.002 0.004 0.001 0.001 27 G 0.030 0.002 0.011 0.028 0.009 0.003 0.314 0.534 0.001 0.067 0.001 28 M 0.164 0.166 0.332 0.211 0.036 0.039 0.029 0.007 0.011 0.005 0.001 29 H 0.163 0.179 0.271 0.177 0.051 0.057 0.051 0.009 0.025 0.015 0.001 30 C 0.139 0.207 0.263 0.143 0.079 0.085 0.025 0.005 0.043 0.010 0.002 31 L 0.216 0.269 0.249 0.168 0.040 0.016 0.014 0.001 0.021 0.002 0.004 32 G 0.051 0.040 0.105 0.063 0.147 0.026 0.059 0.284 0.008 0.215 0.001 33 C 0.042 0.204 0.461 0.010 0.085 0.018 0.008 0.002 0.156 0.014 0.001 34 P 0.461 0.008 0.455 0.022 0.003 0.017 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 35 S 0.542 0.079 0.138 0.131 0.049 0.020 0.015 0.010 0.010 0.005 0.001 36 S 0.396 0.089 0.163 0.119 0.127 0.029 0.022 0.011 0.025 0.017 0.002 37 M 0.400 0.086 0.190 0.254 0.023 0.011 0.020 0.002 0.011 0.002 0.001 38 G 0.225 0.029 0.097 0.042 0.093 0.021 0.088 0.243 0.007 0.155 0.001 39 E 0.503 0.117 0.242 0.076 0.031 0.016 0.003 0.001 0.008 0.002 0.001 40 S 0.276 0.122 0.365 0.054 0.043 0.085 0.005 0.001 0.048 0.002 0.001 41 I 0.940 0.006 0.036 0.009 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.974 0.002 0.005 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 D 0.875 0.009 0.008 0.096 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.877 0.041 0.015 0.038 0.010 0.003 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 45 C 0.879 0.063 0.024 0.016 0.008 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 46 A 0.859 0.061 0.033 0.028 0.006 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 47 V 0.853 0.038 0.023 0.052 0.012 0.005 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 48 H 0.174 0.017 0.040 0.699 0.007 0.005 0.048 0.001 0.007 0.001 0.001 49 G 0.022 0.003 0.019 0.016 0.016 0.007 0.410 0.444 0.002 0.062 0.001 50 I 0.148 0.269 0.382 0.126 0.019 0.037 0.006 0.001 0.008 0.002 0.001 51 D 0.024 0.045 0.532 0.027 0.022 0.250 0.014 0.001 0.074 0.011 0.001 52 A 0.964 0.001 0.021 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 53 D 0.986 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 K 0.978 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.990 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.951 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 N 0.980 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 Y 0.947 0.002 0.002 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 F 0.915 0.010 0.010 0.055 0.002 0.002 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 64 E 0.897 0.013 0.018 0.049 0.004 0.004 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 65 K 0.729 0.026 0.041 0.173 0.006 0.007 0.012 0.001 0.005 0.001 0.001 66 K 0.567 0.076 0.131 0.150 0.020 0.012 0.022 0.002 0.019 0.001 0.001 67 E 0.327 0.125 0.296 0.129 0.023 0.048 0.028 0.002 0.020 0.001 0.001 68 V 0.239 0.339 0.251 0.073 0.024 0.036 0.012 0.001 0.022 0.001 0.001