# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.571 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.087 0.343 0.099 0.016 0.339 0.016 0.012 0.020 0.014 0.027 0.026 2 K 0.232 0.109 0.023 0.003 0.550 0.004 0.007 0.018 0.008 0.016 0.030 3 I 0.233 0.167 0.039 0.009 0.311 0.014 0.021 0.027 0.022 0.088 0.071 4 T 0.036 0.474 0.271 0.017 0.155 0.006 0.004 0.015 0.006 0.005 0.011 5 K 0.015 0.032 0.010 0.004 0.021 0.011 0.036 0.462 0.383 0.016 0.009 6 D 0.030 0.034 0.018 0.009 0.039 0.010 0.027 0.446 0.166 0.185 0.037 7 M 0.082 0.184 0.026 0.002 0.173 0.006 0.012 0.385 0.067 0.043 0.019 8 I 0.050 0.112 0.007 0.001 0.091 0.004 0.011 0.578 0.040 0.077 0.028 9 I 0.053 0.012 0.002 0.002 0.031 0.003 0.010 0.710 0.119 0.026 0.032 10 A 0.003 0.006 0.003 0.005 0.005 0.018 0.036 0.827 0.089 0.005 0.002 11 D 0.021 0.014 0.003 0.001 0.019 0.002 0.012 0.805 0.055 0.063 0.005 12 V 0.011 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.009 0.656 0.267 0.025 0.004 13 L 0.005 0.004 0.001 0.001 0.007 0.005 0.048 0.676 0.238 0.012 0.003 14 Q 0.027 0.012 0.005 0.001 0.028 0.003 0.091 0.644 0.125 0.057 0.008 15 M 0.031 0.197 0.122 0.012 0.082 0.020 0.102 0.163 0.043 0.206 0.023 16 D 0.146 0.237 0.195 0.017 0.256 0.006 0.006 0.045 0.023 0.036 0.035 17 R 0.007 0.023 0.010 0.006 0.012 0.014 0.043 0.511 0.345 0.022 0.006 18 G 0.012 0.023 0.021 0.020 0.020 0.018 0.073 0.372 0.154 0.259 0.029 19 T 0.096 0.081 0.019 0.003 0.114 0.005 0.020 0.283 0.116 0.191 0.073 20 A 0.028 0.164 0.059 0.015 0.080 0.014 0.017 0.528 0.059 0.016 0.020 21 P 0.066 0.042 0.007 0.002 0.102 0.005 0.009 0.691 0.062 0.008 0.005 22 I 0.066 0.067 0.003 0.001 0.103 0.001 0.003 0.685 0.043 0.023 0.005 23 F 0.030 0.031 0.001 0.001 0.040 0.001 0.005 0.832 0.027 0.027 0.006 24 I 0.013 0.009 0.005 0.005 0.013 0.007 0.043 0.776 0.109 0.012 0.009 25 N 0.022 0.012 0.018 0.029 0.018 0.040 0.133 0.559 0.095 0.061 0.013 26 N 0.008 0.513 0.193 0.056 0.032 0.034 0.065 0.053 0.016 0.024 0.006 27 G 0.038 0.018 0.023 0.047 0.023 0.013 0.009 0.028 0.043 0.449 0.308 28 M 0.088 0.290 0.076 0.013 0.185 0.015 0.038 0.105 0.089 0.059 0.043 29 H 0.094 0.227 0.106 0.045 0.168 0.028 0.072 0.079 0.047 0.071 0.062 30 C 0.212 0.125 0.069 0.024 0.237 0.021 0.030 0.080 0.052 0.080 0.071 31 L 0.040 0.142 0.079 0.070 0.082 0.089 0.118 0.184 0.087 0.072 0.036 32 G 0.053 0.077 0.104 0.162 0.065 0.060 0.048 0.069 0.041 0.255 0.065 33 C 0.098 0.285 0.144 0.013 0.286 0.007 0.009 0.050 0.037 0.048 0.023 34 P 0.065 0.130 0.046 0.008 0.157 0.014 0.035 0.260 0.228 0.033 0.023 35 S 0.069 0.083 0.054 0.013 0.090 0.022 0.098 0.264 0.167 0.098 0.042 36 S 0.050 0.213 0.113 0.026 0.095 0.030 0.043 0.232 0.073 0.088 0.037 37 M 0.031 0.175 0.078 0.053 0.057 0.057 0.119 0.206 0.104 0.085 0.033 38 G 0.034 0.043 0.055 0.083 0.037 0.025 0.017 0.168 0.097 0.326 0.114 39 E 0.029 0.324 0.131 0.019 0.106 0.017 0.025 0.231 0.044 0.059 0.015 40 S 0.045 0.323 0.067 0.006 0.106 0.004 0.011 0.299 0.055 0.056 0.029 41 I 0.010 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.647 0.310 0.008 0.010 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.913 0.074 0.001 0.001 43 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.955 0.016 0.017 0.001 44 A 0.005 0.021 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.878 0.062 0.022 0.002 45 C 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.891 0.091 0.006 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.797 0.165 0.004 0.001 47 V 0.004 0.010 0.014 0.003 0.006 0.009 0.246 0.565 0.087 0.052 0.003 48 H 0.006 0.745 0.120 0.013 0.025 0.021 0.034 0.013 0.006 0.013 0.005 49 G 0.024 0.006 0.009 0.026 0.010 0.004 0.002 0.010 0.013 0.495 0.400 50 I 0.017 0.470 0.195 0.031 0.083 0.027 0.038 0.052 0.019 0.057 0.010 51 D 0.012 0.600 0.280 0.006 0.069 0.001 0.002 0.014 0.005 0.004 0.006 52 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.497 0.496 0.002 0.001 53 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.041 0.001 0.001 54 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.014 0.002 0.001 55 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.006 0.003 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 57 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.969 0.019 0.005 0.001 59 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.850 0.135 0.008 0.001 60 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.841 0.149 0.002 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.887 0.098 0.005 0.001 62 Y 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.055 0.724 0.157 0.050 0.001 63 F 0.015 0.014 0.005 0.001 0.016 0.001 0.014 0.632 0.258 0.036 0.007 64 E 0.012 0.009 0.003 0.001 0.012 0.003 0.081 0.643 0.164 0.066 0.007 65 K 0.049 0.080 0.032 0.004 0.080 0.006 0.073 0.408 0.121 0.131 0.016 66 K 0.041 0.140 0.068 0.016 0.101 0.024 0.054 0.278 0.143 0.099 0.036 67 E 0.184 0.068 0.025 0.005 0.211 0.007 0.030 0.178 0.086 0.145 0.061 68 V 0.135 0.165 0.043 0.008 0.260 0.012 0.040 0.140 0.070 0.081 0.046