# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.571 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.682 0.173 0.077 0.045 0.019 0.004 0.001 2 K 0.641 0.264 0.071 0.019 0.004 0.001 0.001 3 I 0.258 0.148 0.206 0.243 0.115 0.028 0.002 4 T 0.525 0.269 0.125 0.053 0.022 0.005 0.001 5 K 0.505 0.270 0.122 0.071 0.025 0.007 0.001 6 D 0.544 0.290 0.098 0.042 0.019 0.006 0.001 7 M 0.210 0.183 0.193 0.226 0.138 0.045 0.005 8 I 0.136 0.188 0.246 0.202 0.152 0.064 0.011 9 I 0.050 0.068 0.101 0.174 0.252 0.287 0.068 10 A 0.135 0.233 0.256 0.199 0.124 0.047 0.006 11 D 0.079 0.185 0.242 0.265 0.149 0.069 0.010 12 V 0.024 0.034 0.061 0.136 0.278 0.378 0.088 13 L 0.035 0.054 0.100 0.233 0.298 0.240 0.040 14 Q 0.180 0.336 0.261 0.138 0.059 0.023 0.002 15 M 0.105 0.178 0.243 0.277 0.142 0.051 0.004 16 D 0.153 0.190 0.210 0.212 0.161 0.070 0.005 17 R 0.328 0.296 0.185 0.118 0.055 0.016 0.001 18 G 0.307 0.323 0.193 0.107 0.053 0.015 0.002 19 T 0.081 0.152 0.188 0.253 0.202 0.106 0.018 20 A 0.025 0.061 0.120 0.229 0.325 0.215 0.024 21 P 0.066 0.224 0.259 0.242 0.139 0.063 0.006 22 I 0.015 0.038 0.095 0.202 0.331 0.272 0.047 23 F 0.011 0.019 0.031 0.076 0.210 0.465 0.188 24 I 0.026 0.078 0.176 0.300 0.239 0.145 0.035 25 N 0.106 0.237 0.264 0.230 0.101 0.051 0.011 26 N 0.085 0.137 0.205 0.261 0.188 0.109 0.014 27 G 0.123 0.172 0.173 0.212 0.165 0.126 0.029 28 M 0.052 0.053 0.076 0.135 0.231 0.329 0.124 29 H 0.117 0.148 0.147 0.190 0.166 0.144 0.088 30 C 0.066 0.060 0.059 0.081 0.152 0.299 0.282 31 L 0.079 0.071 0.070 0.113 0.143 0.248 0.277 32 G 0.164 0.139 0.119 0.155 0.132 0.142 0.149 33 C 0.073 0.060 0.062 0.104 0.148 0.276 0.276 34 P 0.085 0.092 0.093 0.135 0.182 0.232 0.181 35 S 0.123 0.124 0.118 0.165 0.172 0.180 0.119 36 S 0.118 0.138 0.138 0.157 0.185 0.172 0.094 37 M 0.090 0.118 0.132 0.164 0.179 0.201 0.117 38 G 0.080 0.106 0.124 0.173 0.213 0.204 0.101 39 E 0.063 0.100 0.135 0.187 0.244 0.199 0.073 40 S 0.033 0.068 0.124 0.178 0.247 0.226 0.124 41 I 0.008 0.015 0.021 0.050 0.149 0.439 0.318 42 E 0.033 0.111 0.231 0.310 0.198 0.100 0.017 43 D 0.032 0.121 0.288 0.327 0.144 0.074 0.014 44 A 0.008 0.011 0.022 0.075 0.219 0.511 0.154 45 C 0.019 0.029 0.057 0.144 0.263 0.369 0.119 46 A 0.054 0.188 0.300 0.259 0.112 0.073 0.015 47 V 0.084 0.141 0.189 0.231 0.211 0.121 0.022 48 H 0.049 0.068 0.098 0.186 0.293 0.269 0.037 49 G 0.226 0.379 0.226 0.096 0.053 0.018 0.002 50 I 0.081 0.137 0.228 0.319 0.182 0.048 0.005 51 D 0.158 0.286 0.254 0.161 0.107 0.032 0.002 52 A 0.054 0.102 0.182 0.307 0.231 0.118 0.005 53 D 0.428 0.430 0.105 0.026 0.010 0.002 0.001 54 K 0.138 0.415 0.280 0.147 0.018 0.002 0.001 55 L 0.007 0.018 0.041 0.106 0.472 0.338 0.019 56 V 0.005 0.048 0.161 0.486 0.235 0.064 0.001 57 K 0.305 0.542 0.116 0.026 0.009 0.002 0.001 58 E 0.033 0.162 0.384 0.369 0.048 0.004 0.001 59 L 0.006 0.013 0.028 0.071 0.432 0.434 0.015 60 N 0.032 0.158 0.393 0.323 0.082 0.011 0.001 61 E 0.405 0.490 0.083 0.018 0.003 0.001 0.001 62 Y 0.050 0.128 0.303 0.372 0.127 0.019 0.001 63 F 0.084 0.093 0.238 0.327 0.224 0.033 0.001 64 E 0.678 0.289 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 65 K 0.803 0.178 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 66 K 0.770 0.189 0.031 0.009 0.002 0.001 0.001 67 E 0.763 0.187 0.038 0.010 0.002 0.001 0.001 68 V 0.707 0.183 0.075 0.027 0.006 0.001 0.001