# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.571 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.180 0.079 0.084 0.111 0.158 0.133 0.095 0.065 0.043 0.023 0.014 0.009 0.003 0.001 2 K 0.213 0.138 0.134 0.145 0.135 0.091 0.070 0.038 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 3 I 0.124 0.049 0.066 0.100 0.140 0.133 0.120 0.112 0.071 0.037 0.025 0.016 0.006 0.002 4 T 0.210 0.124 0.119 0.145 0.141 0.099 0.078 0.040 0.024 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 5 K 0.136 0.088 0.096 0.141 0.136 0.132 0.103 0.069 0.047 0.028 0.014 0.005 0.002 0.001 6 D 0.178 0.162 0.155 0.151 0.142 0.095 0.056 0.029 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 7 M 0.158 0.083 0.097 0.111 0.140 0.146 0.104 0.076 0.043 0.022 0.011 0.006 0.003 0.001 8 I 0.043 0.049 0.069 0.121 0.164 0.182 0.147 0.121 0.055 0.029 0.013 0.006 0.002 0.001 9 I 0.033 0.024 0.029 0.065 0.111 0.147 0.167 0.192 0.119 0.068 0.029 0.010 0.003 0.002 10 A 0.120 0.148 0.158 0.184 0.143 0.105 0.061 0.036 0.023 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 11 D 0.164 0.128 0.157 0.171 0.151 0.103 0.061 0.034 0.018 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 12 V 0.024 0.015 0.033 0.063 0.112 0.186 0.211 0.184 0.098 0.042 0.020 0.008 0.003 0.001 13 L 0.062 0.055 0.069 0.108 0.175 0.164 0.164 0.113 0.058 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 14 Q 0.427 0.217 0.148 0.090 0.056 0.026 0.021 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 15 M 0.109 0.110 0.180 0.228 0.186 0.099 0.050 0.021 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 16 D 0.182 0.143 0.142 0.160 0.152 0.107 0.067 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 17 R 0.381 0.208 0.144 0.095 0.080 0.046 0.025 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 G 0.420 0.244 0.126 0.094 0.053 0.029 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 T 0.141 0.078 0.095 0.141 0.183 0.142 0.104 0.059 0.034 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 20 A 0.068 0.057 0.080 0.131 0.167 0.172 0.153 0.087 0.042 0.023 0.012 0.005 0.002 0.001 21 P 0.281 0.175 0.142 0.121 0.101 0.064 0.043 0.033 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 22 I 0.091 0.044 0.066 0.110 0.150 0.151 0.113 0.103 0.070 0.041 0.031 0.020 0.007 0.002 23 F 0.053 0.039 0.061 0.090 0.133 0.165 0.143 0.135 0.085 0.052 0.025 0.011 0.005 0.002 24 I 0.115 0.096 0.113 0.153 0.155 0.132 0.089 0.066 0.039 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 25 N 0.361 0.228 0.135 0.095 0.060 0.041 0.039 0.016 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 26 N 0.112 0.088 0.131 0.163 0.172 0.131 0.085 0.052 0.031 0.017 0.008 0.006 0.003 0.001 27 G 0.192 0.165 0.145 0.149 0.121 0.085 0.065 0.034 0.024 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 28 M 0.104 0.053 0.074 0.102 0.151 0.154 0.123 0.105 0.066 0.034 0.017 0.011 0.005 0.002 29 H 0.136 0.102 0.117 0.142 0.133 0.115 0.095 0.066 0.044 0.025 0.016 0.006 0.003 0.002 30 C 0.075 0.034 0.047 0.073 0.105 0.123 0.121 0.134 0.102 0.072 0.055 0.037 0.014 0.007 31 L 0.078 0.062 0.071 0.084 0.103 0.125 0.118 0.101 0.086 0.066 0.054 0.030 0.014 0.007 32 G 0.152 0.097 0.107 0.108 0.106 0.100 0.103 0.078 0.058 0.038 0.026 0.015 0.008 0.004 33 C 0.067 0.045 0.054 0.080 0.124 0.124 0.117 0.119 0.098 0.071 0.049 0.031 0.014 0.007 34 P 0.113 0.090 0.102 0.112 0.127 0.121 0.105 0.082 0.057 0.040 0.027 0.014 0.007 0.004 35 S 0.125 0.079 0.093 0.112 0.130 0.118 0.096 0.088 0.064 0.043 0.027 0.014 0.008 0.004 36 S 0.099 0.067 0.074 0.091 0.135 0.130 0.116 0.103 0.080 0.052 0.029 0.014 0.007 0.003 37 M 0.118 0.092 0.101 0.137 0.134 0.130 0.098 0.074 0.051 0.035 0.017 0.008 0.003 0.002 38 G 0.102 0.072 0.093 0.133 0.183 0.140 0.092 0.069 0.052 0.032 0.017 0.008 0.003 0.002 39 E 0.211 0.121 0.110 0.121 0.124 0.114 0.077 0.054 0.033 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 40 S 0.105 0.108 0.134 0.164 0.147 0.129 0.094 0.058 0.032 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 41 I 0.034 0.022 0.029 0.063 0.117 0.160 0.174 0.177 0.124 0.062 0.025 0.010 0.003 0.001 42 E 0.129 0.155 0.173 0.194 0.132 0.106 0.054 0.028 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 43 D 0.212 0.197 0.195 0.138 0.091 0.070 0.047 0.025 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 44 A 0.033 0.022 0.038 0.076 0.147 0.186 0.189 0.159 0.087 0.034 0.017 0.009 0.004 0.001 45 C 0.060 0.046 0.065 0.095 0.153 0.162 0.151 0.128 0.078 0.036 0.015 0.007 0.003 0.001 46 A 0.288 0.150 0.140 0.122 0.097 0.069 0.062 0.034 0.018 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 47 V 0.095 0.073 0.104 0.158 0.188 0.142 0.091 0.069 0.041 0.019 0.010 0.006 0.003 0.001 48 H 0.087 0.066 0.073 0.114 0.157 0.169 0.148 0.094 0.046 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 49 G 0.222 0.227 0.170 0.136 0.109 0.058 0.042 0.017 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 50 I 0.333 0.100 0.091 0.109 0.138 0.099 0.057 0.039 0.022 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 51 D 0.187 0.134 0.143 0.186 0.142 0.084 0.082 0.022 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 52 A 0.030 0.029 0.067 0.153 0.210 0.202 0.131 0.092 0.055 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 53 D 0.490 0.298 0.123 0.055 0.018 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 K 0.270 0.440 0.187 0.054 0.024 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.008 0.007 0.020 0.067 0.167 0.253 0.207 0.190 0.069 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 56 V 0.012 0.037 0.089 0.177 0.334 0.168 0.113 0.047 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 57 K 0.833 0.130 0.028 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.115 0.327 0.290 0.153 0.069 0.026 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.006 0.004 0.013 0.045 0.156 0.240 0.245 0.212 0.064 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 60 N 0.047 0.171 0.248 0.247 0.189 0.069 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.851 0.121 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 Y 0.038 0.076 0.163 0.268 0.221 0.135 0.068 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 F 0.035 0.026 0.076 0.148 0.253 0.221 0.145 0.065 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 64 E 0.625 0.241 0.072 0.034 0.017 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.667 0.170 0.092 0.044 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.522 0.175 0.117 0.089 0.056 0.022 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.538 0.251 0.112 0.047 0.031 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.394 0.159 0.127 0.120 0.099 0.057 0.026 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001