# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.2886 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.019 0.126 0.108 0.128 0.007 0.045 0.015 0.001 0.001 0.005 0.004 0.008 0.004 0.069 0.024 0.058 0.038 0.110 0.212 0.004 2 K 0.015 0.016 0.069 0.071 0.204 0.005 0.036 0.015 0.001 0.001 0.005 0.005 0.009 0.007 0.053 0.043 0.054 0.070 0.184 0.130 0.007 3 I 0.016 0.015 0.070 0.083 0.183 0.001 0.015 0.007 0.001 0.001 0.005 0.004 0.009 0.005 0.121 0.048 0.086 0.039 0.122 0.167 0.003 4 T 0.005 0.005 0.047 0.050 0.065 0.002 0.016 0.015 0.003 0.001 0.003 0.003 0.003 0.003 0.037 0.026 0.026 0.020 0.207 0.461 0.002 5 K 0.001 0.001 0.014 0.010 0.041 0.002 0.015 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.012 0.757 0.028 0.019 0.057 0.001 6 D 0.003 0.004 0.008 0.008 0.042 0.017 0.585 0.141 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.016 0.023 0.047 0.046 0.028 0.020 0.001 7 M 0.017 0.016 0.113 0.085 0.019 0.005 0.057 0.236 0.002 0.001 0.003 0.004 0.009 0.008 0.049 0.021 0.084 0.044 0.133 0.093 0.002 8 I 0.017 0.014 0.016 0.023 0.167 0.004 0.018 0.381 0.003 0.001 0.004 0.005 0.012 0.012 0.012 0.048 0.110 0.029 0.084 0.040 0.003 9 I 0.007 0.010 0.026 0.020 0.014 0.004 0.022 0.581 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.078 0.011 0.183 0.008 0.011 0.008 0.001 10 A 0.001 0.004 0.003 0.006 0.004 0.004 0.021 0.900 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.002 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.001 0.004 0.003 0.007 0.005 0.010 0.019 0.892 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.004 0.027 0.003 0.001 0.003 0.001 12 V 0.002 0.007 0.003 0.008 0.012 0.008 0.049 0.757 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.007 0.089 0.008 0.002 0.006 0.001 13 L 0.016 0.009 0.020 0.027 0.021 0.015 0.102 0.526 0.028 0.004 0.002 0.002 0.003 0.009 0.017 0.007 0.150 0.016 0.010 0.016 0.001 14 Q 0.006 0.007 0.016 0.025 0.032 0.041 0.254 0.290 0.022 0.006 0.001 0.001 0.002 0.007 0.026 0.014 0.124 0.046 0.029 0.051 0.001 15 M 0.007 0.006 0.015 0.027 0.059 0.005 0.167 0.059 0.026 0.004 0.001 0.001 0.004 0.006 0.026 0.014 0.328 0.100 0.066 0.077 0.001 16 D 0.002 0.001 0.013 0.012 0.019 0.001 0.016 0.024 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.038 0.047 0.440 0.355 0.001 17 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.001 0.007 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.898 0.027 0.008 0.027 0.001 18 G 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 0.027 0.736 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.075 0.023 0.013 0.033 0.001 19 T 0.003 0.007 0.016 0.023 0.040 0.004 0.261 0.082 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.020 0.106 0.148 0.160 0.107 0.001 20 A 0.010 0.019 0.058 0.030 0.090 0.002 0.022 0.251 0.002 0.001 0.006 0.003 0.005 0.003 0.032 0.024 0.288 0.038 0.067 0.048 0.003 21 P 0.017 0.052 0.038 0.027 0.051 0.008 0.035 0.585 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.045 0.012 0.082 0.011 0.011 0.013 0.001 22 I 0.019 0.043 0.014 0.033 0.062 0.005 0.023 0.695 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.021 0.011 0.040 0.006 0.008 0.006 0.002 23 F 0.048 0.049 0.024 0.034 0.036 0.004 0.029 0.637 0.004 0.001 0.003 0.004 0.010 0.008 0.039 0.009 0.038 0.008 0.007 0.005 0.002 24 I 0.092 0.056 0.091 0.073 0.027 0.013 0.056 0.372 0.021 0.003 0.007 0.006 0.012 0.030 0.023 0.009 0.082 0.008 0.011 0.006 0.004 25 N 0.065 0.050 0.014 0.098 0.025 0.010 0.165 0.030 0.157 0.108 0.002 0.013 0.033 0.062 0.015 0.007 0.110 0.012 0.010 0.010 0.002 26 N 0.004 0.011 0.009 0.010 0.042 0.006 0.618 0.028 0.006 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.028 0.015 0.073 0.029 0.023 0.084 0.002 27 G 0.006 0.005 0.036 0.013 0.038 0.003 0.082 0.020 0.006 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.017 0.013 0.062 0.586 0.053 0.045 0.003 28 M 0.007 0.006 0.057 0.019 0.112 0.005 0.021 0.021 0.007 0.001 0.006 0.004 0.005 0.010 0.034 0.130 0.105 0.041 0.190 0.215 0.004 29 H 0.006 0.011 0.117 0.039 0.078 0.013 0.059 0.033 0.005 0.002 0.002 0.003 0.009 0.018 0.143 0.020 0.213 0.052 0.066 0.106 0.003 30 C 0.006 0.011 0.031 0.061 0.084 0.015 0.094 0.026 0.007 0.005 0.011 0.012 0.011 0.034 0.060 0.121 0.140 0.054 0.103 0.108 0.007 31 L 0.005 0.008 0.062 0.051 0.048 0.010 0.083 0.022 0.002 0.001 0.005 0.004 0.009 0.016 0.147 0.033 0.195 0.036 0.090 0.171 0.002 32 G 0.004 0.006 0.021 0.022 0.099 0.005 0.152 0.015 0.002 0.001 0.004 0.003 0.006 0.014 0.053 0.124 0.139 0.134 0.066 0.131 0.002 33 C 0.003 0.003 0.073 0.033 0.034 0.002 0.012 0.013 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.005 0.052 0.026 0.080 0.029 0.243 0.381 0.001 34 P 0.001 0.001 0.012 0.005 0.045 0.004 0.025 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.029 0.577 0.058 0.040 0.118 0.001 35 S 0.001 0.003 0.018 0.029 0.017 0.047 0.289 0.143 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.048 0.022 0.167 0.045 0.057 0.102 0.001 36 S 0.002 0.002 0.018 0.015 0.026 0.014 0.240 0.083 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.023 0.200 0.076 0.126 0.139 0.001 37 M 0.001 0.002 0.014 0.015 0.021 0.009 0.201 0.053 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.019 0.388 0.088 0.073 0.093 0.001 38 G 0.002 0.003 0.009 0.011 0.039 0.007 0.318 0.091 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.031 0.140 0.122 0.117 0.079 0.001 39 E 0.002 0.002 0.056 0.035 0.008 0.004 0.041 0.102 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.009 0.232 0.048 0.095 0.310 0.001 40 S 0.001 0.002 0.002 0.004 0.125 0.003 0.030 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.074 0.039 0.038 0.150 0.432 0.001 41 I 0.001 0.001 0.029 0.002 0.001 0.001 0.004 0.101 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.816 0.016 0.008 0.005 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.031 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 43 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.001 0.002 0.001 0.003 0.007 0.002 0.014 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.054 0.006 0.002 0.003 0.001 45 C 0.003 0.002 0.003 0.002 0.003 0.002 0.038 0.875 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.052 0.003 0.003 0.002 0.001 46 A 0.004 0.003 0.010 0.006 0.004 0.024 0.078 0.766 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.002 0.052 0.004 0.003 0.003 0.001 47 V 0.005 0.003 0.004 0.011 0.003 0.007 0.098 0.024 0.371 0.318 0.001 0.002 0.004 0.019 0.004 0.004 0.082 0.016 0.018 0.007 0.001 48 H 0.001 0.001 0.003 0.006 0.007 0.013 0.583 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.017 0.083 0.014 0.064 0.164 0.001 49 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.002 0.076 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.022 0.817 0.033 0.015 0.001 50 I 0.001 0.001 0.019 0.009 0.008 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.038 0.091 0.027 0.036 0.169 0.588 0.001 51 D 0.001 0.001 0.004 0.003 0.031 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.019 0.008 0.011 0.278 0.622 0.001 52 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.910 0.021 0.006 0.004 0.001 53 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.096 0.829 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 54 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.021 0.007 0.001 0.002 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.924 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 57 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.972 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.925 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.002 0.001 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.044 0.874 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.039 0.010 0.010 0.009 0.001 60 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.831 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.003 0.005 0.002 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.024 0.922 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 0.001 0.002 0.001 62 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.812 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.126 0.004 0.004 0.005 0.001 63 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.022 0.861 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.059 0.012 0.013 0.009 0.001 64 E 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.021 0.091 0.644 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.157 0.011 0.010 0.014 0.001 65 K 0.001 0.001 0.003 0.006 0.006 0.023 0.285 0.352 0.035 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 0.168 0.024 0.021 0.041 0.001 66 K 0.001 0.001 0.005 0.006 0.011 0.011 0.192 0.200 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.191 0.126 0.113 0.097 0.001 67 E 0.001 0.001 0.013 0.010 0.022 0.011 0.127 0.127 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.030 0.165 0.120 0.177 0.163 0.001 68 V 0.001 0.002 0.025 0.020 0.044 0.013 0.116 0.108 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.036 0.030 0.167 0.099 0.151 0.172 0.001