# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.2886 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.011 0.751 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.045 0.043 0.003 0.113 0.020 2 K 0.003 0.041 0.711 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.087 0.032 0.006 0.016 0.096 3 I 0.001 0.066 0.724 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.088 0.053 0.003 0.029 0.026 4 T 0.001 0.004 0.890 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.028 0.037 0.003 0.003 0.021 5 K 0.001 0.003 0.083 0.006 0.191 0.236 0.001 0.001 0.021 0.110 0.338 0.008 0.003 6 D 0.001 0.009 0.096 0.004 0.170 0.142 0.001 0.001 0.022 0.050 0.484 0.003 0.018 7 M 0.005 0.020 0.506 0.004 0.061 0.075 0.001 0.006 0.061 0.119 0.016 0.088 0.037 8 I 0.010 0.024 0.517 0.010 0.011 0.088 0.004 0.005 0.098 0.072 0.008 0.018 0.136 9 I 0.026 0.010 0.066 0.018 0.037 0.707 0.012 0.005 0.027 0.024 0.016 0.014 0.037 10 A 0.017 0.002 0.015 0.055 0.084 0.759 0.004 0.005 0.008 0.007 0.023 0.007 0.014 11 D 0.027 0.001 0.017 0.005 0.066 0.784 0.007 0.010 0.013 0.007 0.018 0.025 0.021 12 V 0.032 0.001 0.019 0.007 0.072 0.743 0.010 0.014 0.024 0.004 0.020 0.010 0.043 13 L 0.031 0.002 0.025 0.016 0.069 0.709 0.005 0.001 0.007 0.015 0.093 0.016 0.010 14 Q 0.009 0.008 0.041 0.003 0.061 0.496 0.001 0.001 0.005 0.036 0.318 0.008 0.012 15 M 0.007 0.032 0.150 0.002 0.038 0.323 0.001 0.001 0.007 0.246 0.135 0.010 0.048 16 D 0.001 0.003 0.823 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 0.002 0.118 0.011 0.010 0.012 17 R 0.001 0.002 0.056 0.002 0.191 0.237 0.001 0.001 0.001 0.037 0.471 0.001 0.003 18 G 0.001 0.002 0.037 0.001 0.085 0.189 0.001 0.001 0.001 0.099 0.581 0.004 0.001 19 T 0.001 0.005 0.379 0.001 0.061 0.373 0.001 0.001 0.002 0.109 0.044 0.001 0.024 20 A 0.003 0.006 0.202 0.002 0.018 0.678 0.001 0.001 0.005 0.052 0.010 0.018 0.005 21 P 0.004 0.002 0.024 0.001 0.020 0.913 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.003 0.012 22 I 0.008 0.001 0.008 0.001 0.021 0.924 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.007 0.007 23 F 0.009 0.001 0.004 0.001 0.016 0.947 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.006 24 I 0.010 0.002 0.015 0.002 0.033 0.875 0.001 0.001 0.001 0.003 0.045 0.008 0.006 25 N 0.016 0.002 0.035 0.011 0.119 0.574 0.001 0.001 0.002 0.018 0.183 0.008 0.032 26 N 0.003 0.002 0.035 0.003 0.058 0.180 0.001 0.001 0.002 0.058 0.644 0.005 0.010 27 G 0.001 0.003 0.096 0.002 0.018 0.034 0.001 0.001 0.004 0.137 0.692 0.006 0.007 28 M 0.004 0.015 0.563 0.004 0.022 0.027 0.001 0.001 0.016 0.193 0.107 0.025 0.023 29 H 0.004 0.030 0.393 0.006 0.024 0.049 0.002 0.007 0.045 0.260 0.108 0.043 0.030 30 C 0.013 0.038 0.262 0.008 0.059 0.073 0.012 0.023 0.096 0.161 0.112 0.018 0.123 31 L 0.007 0.030 0.275 0.031 0.063 0.040 0.008 0.015 0.046 0.170 0.255 0.035 0.024 32 G 0.006 0.034 0.364 0.007 0.021 0.016 0.005 0.007 0.029 0.284 0.170 0.023 0.033 33 C 0.002 0.019 0.650 0.003 0.008 0.012 0.001 0.002 0.021 0.221 0.025 0.016 0.022 34 P 0.002 0.030 0.476 0.004 0.049 0.070 0.001 0.002 0.017 0.186 0.126 0.009 0.027 35 S 0.002 0.040 0.315 0.006 0.117 0.132 0.002 0.003 0.016 0.155 0.188 0.010 0.012 36 S 0.003 0.019 0.359 0.008 0.156 0.143 0.001 0.002 0.010 0.159 0.105 0.013 0.022 37 M 0.003 0.013 0.175 0.004 0.185 0.227 0.001 0.001 0.006 0.105 0.262 0.005 0.014 38 G 0.003 0.016 0.158 0.004 0.208 0.301 0.001 0.001 0.005 0.091 0.195 0.006 0.012 39 E 0.004 0.023 0.252 0.002 0.087 0.363 0.001 0.001 0.008 0.143 0.066 0.027 0.023 40 S 0.002 0.020 0.403 0.002 0.044 0.369 0.001 0.001 0.004 0.078 0.037 0.006 0.033 41 I 0.001 0.001 0.018 0.001 0.020 0.944 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 43 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 45 C 0.001 0.001 0.005 0.001 0.031 0.914 0.001 0.001 0.001 0.004 0.041 0.001 0.001 46 A 0.001 0.002 0.017 0.001 0.055 0.775 0.001 0.001 0.001 0.009 0.136 0.001 0.002 47 V 0.003 0.001 0.037 0.003 0.118 0.598 0.001 0.001 0.004 0.048 0.175 0.002 0.008 48 H 0.001 0.002 0.070 0.002 0.036 0.188 0.001 0.001 0.008 0.130 0.556 0.004 0.003 49 G 0.001 0.014 0.213 0.001 0.016 0.084 0.001 0.001 0.013 0.121 0.529 0.002 0.006 50 I 0.001 0.045 0.655 0.001 0.002 0.076 0.001 0.001 0.023 0.172 0.011 0.011 0.003 51 D 0.001 0.006 0.865 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.003 0.069 0.003 0.001 0.005 52 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 53 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 54 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 61 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 62 Y 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.946 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 0.001 0.001 63 F 0.001 0.001 0.011 0.001 0.014 0.932 0.001 0.001 0.001 0.005 0.036 0.001 0.001 64 E 0.001 0.001 0.019 0.001 0.028 0.877 0.001 0.001 0.001 0.008 0.065 0.001 0.001 65 K 0.001 0.002 0.032 0.001 0.025 0.797 0.001 0.001 0.001 0.023 0.118 0.001 0.002 66 K 0.001 0.004 0.122 0.001 0.028 0.515 0.001 0.001 0.003 0.062 0.258 0.003 0.003 67 E 0.001 0.013 0.449 0.002 0.033 0.196 0.001 0.001 0.011 0.120 0.147 0.008 0.018 68 V 0.001 0.012 0.730 0.002 0.011 0.045 0.001 0.001 0.017 0.119 0.036 0.014 0.014