# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.2886 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.011 0.002 0.057 0.055 0.067 0.121 0.001 0.001 0.078 0.592 2 K 0.019 0.019 0.002 0.039 0.054 0.084 0.120 0.002 0.001 0.045 0.617 3 I 0.022 0.032 0.002 0.036 0.043 0.039 0.115 0.004 0.001 0.024 0.683 4 T 0.540 0.141 0.003 0.016 0.011 0.011 0.041 0.013 0.001 0.078 0.143 5 K 0.090 0.194 0.001 0.018 0.010 0.027 0.093 0.004 0.001 0.038 0.525 6 D 0.016 0.173 0.001 0.018 0.014 0.037 0.093 0.001 0.001 0.024 0.622 7 M 0.008 0.260 0.002 0.085 0.130 0.130 0.066 0.001 0.001 0.034 0.282 8 I 0.015 0.845 0.001 0.008 0.017 0.012 0.014 0.003 0.001 0.025 0.060 9 I 0.045 0.871 0.001 0.003 0.009 0.010 0.008 0.010 0.001 0.013 0.030 10 A 0.037 0.749 0.005 0.009 0.015 0.016 0.021 0.004 0.001 0.043 0.099 11 D 0.133 0.582 0.009 0.012 0.012 0.042 0.026 0.010 0.002 0.065 0.107 12 V 0.214 0.289 0.018 0.014 0.020 0.032 0.077 0.037 0.004 0.103 0.193 13 L 0.120 0.043 0.015 0.039 0.065 0.088 0.101 0.007 0.006 0.136 0.379 14 Q 0.030 0.019 0.003 0.018 0.018 0.050 0.130 0.002 0.001 0.051 0.680 15 M 0.010 0.015 0.003 0.017 0.009 0.018 0.136 0.002 0.001 0.072 0.719 16 D 0.622 0.026 0.004 0.004 0.007 0.006 0.060 0.008 0.001 0.061 0.202 17 R 0.090 0.033 0.001 0.004 0.002 0.005 0.093 0.003 0.001 0.066 0.703 18 G 0.009 0.073 0.001 0.006 0.003 0.006 0.090 0.001 0.001 0.022 0.789 19 T 0.021 0.486 0.001 0.015 0.014 0.018 0.063 0.007 0.001 0.064 0.311 20 A 0.017 0.673 0.001 0.008 0.017 0.012 0.043 0.007 0.001 0.060 0.162 21 P 0.025 0.351 0.003 0.033 0.038 0.052 0.046 0.004 0.001 0.255 0.194 22 I 0.028 0.238 0.009 0.041 0.019 0.061 0.060 0.004 0.004 0.405 0.130 23 F 0.060 0.060 0.171 0.044 0.040 0.038 0.066 0.018 0.085 0.297 0.122 24 I 0.564 0.024 0.004 0.017 0.013 0.023 0.046 0.011 0.003 0.029 0.267 25 N 0.077 0.014 0.002 0.021 0.007 0.011 0.069 0.003 0.001 0.032 0.762 26 N 0.028 0.012 0.003 0.045 0.010 0.018 0.151 0.002 0.001 0.024 0.709 27 G 0.041 0.016 0.001 0.022 0.008 0.023 0.110 0.005 0.001 0.049 0.725 28 M 0.038 0.007 0.004 0.035 0.050 0.021 0.145 0.003 0.002 0.037 0.658 29 H 0.059 0.009 0.002 0.310 0.023 0.061 0.100 0.004 0.001 0.047 0.385 30 C 0.211 0.006 0.001 0.054 0.014 0.029 0.095 0.005 0.001 0.088 0.496 31 L 0.010 0.004 0.001 0.261 0.022 0.041 0.132 0.001 0.001 0.036 0.492 32 G 0.009 0.011 0.001 0.068 0.016 0.053 0.134 0.002 0.001 0.054 0.652 33 C 0.051 0.028 0.002 0.063 0.057 0.035 0.165 0.006 0.001 0.080 0.512 34 P 0.141 0.066 0.008 0.048 0.026 0.029 0.130 0.018 0.005 0.123 0.405 35 S 0.192 0.085 0.002 0.034 0.009 0.029 0.122 0.009 0.001 0.049 0.470 36 S 0.153 0.065 0.003 0.020 0.011 0.021 0.104 0.005 0.001 0.177 0.441 37 M 0.037 0.117 0.001 0.031 0.013 0.024 0.117 0.004 0.001 0.053 0.603 38 G 0.035 0.173 0.001 0.016 0.012 0.024 0.096 0.004 0.001 0.046 0.593 39 E 0.009 0.273 0.002 0.035 0.079 0.059 0.072 0.002 0.001 0.033 0.436 40 S 0.015 0.897 0.001 0.003 0.003 0.003 0.008 0.003 0.001 0.020 0.047 41 I 0.050 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.001 0.013 0.011 42 E 0.028 0.870 0.005 0.001 0.004 0.003 0.008 0.004 0.001 0.029 0.047 43 D 0.045 0.751 0.007 0.005 0.005 0.015 0.017 0.004 0.001 0.052 0.099 44 A 0.095 0.595 0.021 0.008 0.006 0.011 0.044 0.024 0.006 0.095 0.095 45 C 0.061 0.081 0.236 0.023 0.017 0.023 0.064 0.016 0.131 0.179 0.169 46 A 0.324 0.041 0.002 0.015 0.008 0.019 0.067 0.005 0.001 0.020 0.498 47 V 0.044 0.019 0.002 0.015 0.006 0.015 0.094 0.005 0.001 0.020 0.780 48 H 0.032 0.009 0.002 0.059 0.014 0.019 0.152 0.001 0.001 0.013 0.699 49 G 0.013 0.019 0.001 0.014 0.004 0.019 0.100 0.001 0.001 0.012 0.816 50 I 0.005 0.035 0.001 0.024 0.024 0.007 0.090 0.001 0.001 0.003 0.810 51 D 0.086 0.870 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.010 0.021 52 A 0.043 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.003 0.010 53 D 0.010 0.909 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.023 0.045 54 K 0.007 0.918 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.021 0.042 55 L 0.009 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.005 56 V 0.010 0.556 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.410 0.013 57 K 0.003 0.909 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.043 0.035 58 E 0.010 0.938 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.015 0.023 59 L 0.009 0.922 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.001 0.029 0.013 60 N 0.012 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.027 0.036 61 E 0.030 0.860 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.027 0.061 62 Y 0.083 0.658 0.051 0.003 0.002 0.002 0.025 0.032 0.011 0.054 0.078 63 F 0.290 0.179 0.100 0.007 0.003 0.005 0.058 0.028 0.051 0.064 0.213 64 E 0.282 0.045 0.006 0.004 0.003 0.004 0.048 0.007 0.004 0.015 0.582 65 K 0.076 0.012 0.003 0.008 0.002 0.003 0.064 0.002 0.001 0.012 0.817 66 K 0.066 0.008 0.003 0.013 0.004 0.007 0.113 0.002 0.001 0.023 0.761 67 E 0.025 0.006 0.001 0.007 0.004 0.006 0.091 0.002 0.001 0.017 0.840 68 V 0.042 0.009 0.001 0.017 0.010 0.008 0.110 0.002 0.001 0.022 0.779