# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.2886 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.442 0.099 0.028 0.061 0.074 0.066 0.088 0.055 0.043 0.027 0.017 2 K 0.256 0.332 0.056 0.194 0.116 0.024 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 3 I 0.011 0.007 0.007 0.018 0.013 0.030 0.081 0.098 0.216 0.208 0.310 4 T 0.091 0.250 0.054 0.257 0.220 0.057 0.039 0.016 0.009 0.005 0.002 5 K 0.226 0.317 0.094 0.165 0.083 0.044 0.033 0.016 0.012 0.007 0.003 6 D 0.158 0.077 0.047 0.194 0.188 0.143 0.102 0.038 0.028 0.016 0.009 7 M 0.049 0.042 0.031 0.070 0.066 0.097 0.195 0.153 0.135 0.098 0.064 8 I 0.017 0.071 0.060 0.196 0.211 0.136 0.134 0.075 0.052 0.034 0.013 9 I 0.003 0.004 0.012 0.014 0.017 0.029 0.078 0.134 0.229 0.248 0.232 10 A 0.027 0.049 0.078 0.218 0.222 0.142 0.122 0.049 0.043 0.037 0.013 11 D 0.019 0.053 0.079 0.213 0.204 0.133 0.140 0.076 0.047 0.024 0.012 12 V 0.002 0.003 0.006 0.009 0.010 0.018 0.064 0.123 0.219 0.252 0.293 13 L 0.004 0.006 0.018 0.027 0.026 0.053 0.160 0.139 0.229 0.183 0.155 14 Q 0.015 0.051 0.212 0.245 0.180 0.102 0.087 0.047 0.031 0.020 0.009 15 M 0.022 0.032 0.048 0.103 0.130 0.181 0.248 0.114 0.067 0.036 0.019 16 D 0.164 0.146 0.071 0.135 0.103 0.074 0.107 0.064 0.061 0.052 0.022 17 R 0.290 0.167 0.047 0.116 0.103 0.081 0.095 0.049 0.027 0.016 0.009 18 G 0.465 0.189 0.084 0.116 0.058 0.032 0.025 0.014 0.009 0.005 0.003 19 T 0.058 0.093 0.044 0.103 0.091 0.102 0.154 0.105 0.112 0.088 0.050 20 A 0.016 0.022 0.013 0.052 0.075 0.154 0.237 0.184 0.122 0.075 0.050 21 P 0.304 0.158 0.179 0.196 0.069 0.040 0.024 0.013 0.009 0.006 0.002 22 I 0.010 0.017 0.039 0.091 0.100 0.146 0.197 0.149 0.122 0.074 0.054 23 F 0.007 0.009 0.014 0.018 0.018 0.024 0.082 0.106 0.206 0.243 0.274 24 I 0.006 0.016 0.056 0.110 0.130 0.199 0.208 0.112 0.083 0.050 0.031 25 N 0.054 0.102 0.325 0.210 0.137 0.062 0.047 0.025 0.018 0.013 0.006 26 N 0.071 0.051 0.043 0.092 0.114 0.140 0.214 0.113 0.083 0.053 0.026 27 G 0.338 0.179 0.047 0.136 0.094 0.061 0.059 0.033 0.028 0.016 0.009 28 M 0.041 0.028 0.026 0.051 0.056 0.069 0.131 0.136 0.175 0.161 0.126 29 H 0.080 0.107 0.077 0.203 0.179 0.111 0.107 0.060 0.044 0.021 0.012 30 C 0.030 0.031 0.031 0.051 0.046 0.062 0.129 0.116 0.176 0.164 0.164 31 L 0.039 0.040 0.030 0.088 0.094 0.122 0.163 0.132 0.130 0.092 0.067 32 G 0.215 0.129 0.065 0.142 0.105 0.090 0.094 0.060 0.048 0.031 0.021 33 C 0.032 0.025 0.021 0.057 0.064 0.080 0.138 0.145 0.170 0.152 0.115 34 P 0.209 0.135 0.046 0.108 0.101 0.083 0.106 0.069 0.065 0.045 0.034 35 S 0.124 0.065 0.037 0.103 0.105 0.077 0.122 0.099 0.107 0.092 0.067 36 S 0.054 0.042 0.031 0.064 0.067 0.086 0.121 0.113 0.159 0.144 0.119 37 M 0.073 0.105 0.051 0.145 0.141 0.111 0.143 0.078 0.071 0.050 0.033 38 G 0.094 0.060 0.040 0.111 0.123 0.113 0.146 0.101 0.097 0.065 0.049 39 E 0.052 0.036 0.042 0.079 0.107 0.120 0.162 0.125 0.112 0.096 0.069 40 S 0.028 0.080 0.075 0.186 0.158 0.126 0.149 0.075 0.061 0.042 0.020 41 I 0.002 0.003 0.007 0.010 0.015 0.026 0.082 0.149 0.228 0.230 0.248 42 E 0.039 0.057 0.113 0.241 0.220 0.129 0.094 0.039 0.031 0.027 0.010 43 D 0.029 0.051 0.136 0.269 0.224 0.113 0.101 0.041 0.022 0.011 0.004 44 A 0.002 0.003 0.008 0.011 0.012 0.028 0.101 0.134 0.233 0.221 0.248 45 C 0.003 0.004 0.017 0.018 0.017 0.034 0.115 0.121 0.227 0.219 0.224 46 A 0.007 0.021 0.181 0.196 0.189 0.132 0.127 0.069 0.042 0.025 0.011 47 V 0.010 0.027 0.066 0.094 0.096 0.175 0.252 0.114 0.093 0.048 0.025 48 H 0.016 0.016 0.019 0.027 0.036 0.063 0.173 0.183 0.196 0.182 0.089 49 G 0.314 0.161 0.071 0.161 0.112 0.062 0.059 0.028 0.016 0.011 0.005 50 I 0.049 0.031 0.046 0.067 0.069 0.072 0.120 0.131 0.140 0.144 0.132 51 D 0.040 0.460 0.071 0.138 0.111 0.049 0.060 0.026 0.024 0.016 0.006 52 A 0.021 0.037 0.015 0.041 0.067 0.105 0.238 0.206 0.131 0.082 0.057 53 D 0.746 0.054 0.091 0.063 0.016 0.012 0.007 0.004 0.003 0.003 0.001 54 K 0.022 0.041 0.078 0.391 0.262 0.114 0.066 0.018 0.004 0.001 0.001 55 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.041 0.055 0.214 0.328 0.351 56 V 0.001 0.001 0.015 0.031 0.076 0.209 0.414 0.109 0.089 0.029 0.026 57 K 0.006 0.008 0.901 0.058 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.001 0.004 0.062 0.098 0.212 0.270 0.305 0.034 0.010 0.004 0.001 59 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.028 0.121 0.225 0.313 0.303 60 N 0.005 0.007 0.084 0.093 0.173 0.246 0.261 0.081 0.027 0.018 0.004 61 E 0.030 0.019 0.887 0.048 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 62 Y 0.004 0.013 0.032 0.049 0.065 0.184 0.377 0.133 0.082 0.042 0.016 63 F 0.007 0.009 0.013 0.010 0.014 0.030 0.132 0.204 0.231 0.213 0.137 64 E 0.075 0.114 0.511 0.143 0.072 0.043 0.024 0.010 0.004 0.004 0.001 65 K 0.078 0.083 0.497 0.149 0.089 0.051 0.033 0.012 0.004 0.002 0.001 66 K 0.368 0.172 0.098 0.084 0.057 0.059 0.084 0.036 0.022 0.015 0.006 67 E 0.347 0.166 0.083 0.110 0.082 0.084 0.075 0.030 0.014 0.007 0.003 68 V 0.372 0.119 0.249 0.098 0.051 0.042 0.032 0.018 0.010 0.006 0.003