# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.2886 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.014 0.003 0.034 0.052 0.072 0.109 0.003 0.001 0.003 0.649 2 K 0.059 0.008 0.002 0.053 0.042 0.070 0.075 0.004 0.001 0.005 0.683 3 I 0.061 0.011 0.011 0.060 0.053 0.068 0.096 0.002 0.001 0.003 0.636 4 T 0.039 0.009 0.001 0.060 0.104 0.214 0.182 0.001 0.001 0.003 0.387 5 K 0.007 0.003 0.001 0.026 0.013 0.030 0.045 0.001 0.001 0.005 0.870 6 D 0.011 0.008 0.001 0.017 0.008 0.014 0.475 0.001 0.001 0.005 0.461 7 M 0.453 0.015 0.001 0.013 0.009 0.011 0.378 0.001 0.001 0.030 0.090 8 I 0.198 0.160 0.007 0.025 0.013 0.017 0.204 0.005 0.001 0.007 0.365 9 I 0.047 0.217 0.029 0.109 0.093 0.166 0.093 0.001 0.001 0.004 0.240 10 A 0.013 0.233 0.004 0.042 0.083 0.108 0.074 0.002 0.001 0.003 0.440 11 D 0.026 0.412 0.001 0.018 0.092 0.166 0.059 0.004 0.001 0.003 0.218 12 V 0.054 0.715 0.004 0.013 0.022 0.033 0.017 0.006 0.001 0.001 0.134 13 L 0.055 0.677 0.006 0.037 0.060 0.065 0.021 0.006 0.001 0.002 0.070 14 Q 0.082 0.691 0.007 0.022 0.046 0.041 0.009 0.021 0.001 0.001 0.080 15 M 0.202 0.476 0.016 0.032 0.031 0.043 0.012 0.048 0.001 0.002 0.139 16 D 0.112 0.387 0.027 0.035 0.045 0.052 0.082 0.042 0.001 0.003 0.216 17 R 0.017 0.020 0.004 0.008 0.006 0.009 0.010 0.008 0.001 0.009 0.910 18 G 0.031 0.012 0.036 0.012 0.009 0.015 0.473 0.003 0.001 0.013 0.397 19 T 0.519 0.007 0.013 0.011 0.003 0.007 0.285 0.002 0.001 0.016 0.135 20 A 0.257 0.095 0.016 0.105 0.033 0.047 0.108 0.003 0.001 0.009 0.328 21 P 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.972 22 I 0.008 0.023 0.002 0.175 0.100 0.147 0.068 0.001 0.001 0.002 0.474 23 F 0.035 0.191 0.001 0.184 0.117 0.185 0.046 0.002 0.001 0.004 0.235 24 I 0.049 0.237 0.001 0.191 0.158 0.196 0.017 0.003 0.001 0.003 0.146 25 N 0.049 0.366 0.002 0.126 0.093 0.080 0.077 0.008 0.001 0.003 0.196 26 N 0.241 0.174 0.004 0.079 0.030 0.043 0.076 0.021 0.001 0.010 0.323 27 G 0.264 0.048 0.024 0.049 0.021 0.031 0.098 0.030 0.001 0.047 0.388 28 M 0.175 0.011 0.225 0.045 0.010 0.013 0.153 0.005 0.001 0.007 0.356 29 H 0.022 0.006 0.007 0.077 0.033 0.038 0.162 0.003 0.001 0.009 0.644 30 C 0.042 0.009 0.006 0.089 0.033 0.071 0.109 0.002 0.001 0.004 0.635 31 L 0.076 0.026 0.003 0.179 0.043 0.086 0.116 0.002 0.001 0.008 0.460 32 G 0.048 0.013 0.003 0.072 0.019 0.036 0.133 0.004 0.001 0.020 0.652 33 C 0.126 0.013 0.019 0.092 0.031 0.045 0.121 0.003 0.001 0.006 0.544 34 P 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.031 0.001 0.001 0.001 0.957 35 S 0.019 0.006 0.001 0.042 0.021 0.050 0.203 0.001 0.001 0.005 0.653 36 S 0.147 0.040 0.002 0.037 0.016 0.027 0.200 0.001 0.001 0.016 0.513 37 M 0.149 0.076 0.003 0.037 0.015 0.024 0.187 0.003 0.001 0.016 0.490 38 G 0.242 0.112 0.008 0.044 0.010 0.030 0.099 0.004 0.001 0.017 0.432 39 E 0.153 0.166 0.032 0.038 0.023 0.024 0.187 0.002 0.001 0.009 0.366 40 S 0.017 0.081 0.005 0.011 0.007 0.010 0.165 0.003 0.001 0.003 0.698 41 I 0.034 0.279 0.009 0.036 0.007 0.047 0.044 0.002 0.001 0.002 0.537 42 E 0.010 0.451 0.001 0.009 0.004 0.009 0.167 0.001 0.001 0.003 0.345 43 D 0.060 0.550 0.001 0.002 0.001 0.002 0.137 0.003 0.001 0.003 0.241 44 A 0.027 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.028 45 C 0.005 0.974 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 46 A 0.007 0.966 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 47 V 0.049 0.908 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 0.012 48 H 0.222 0.574 0.004 0.004 0.004 0.005 0.004 0.124 0.001 0.001 0.058 49 G 0.328 0.149 0.057 0.020 0.007 0.013 0.016 0.176 0.001 0.004 0.229 50 I 0.059 0.029 0.717 0.032 0.006 0.005 0.041 0.007 0.001 0.001 0.103 51 D 0.023 0.013 0.025 0.052 0.013 0.019 0.298 0.001 0.001 0.003 0.552 52 A 0.003 0.013 0.004 0.037 0.002 0.009 0.112 0.001 0.001 0.002 0.818 53 D 0.004 0.038 0.001 0.008 0.001 0.005 0.497 0.001 0.001 0.006 0.441 54 K 0.097 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.711 0.001 0.001 0.010 0.130 55 L 0.053 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.039 56 V 0.003 0.972 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 57 K 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 58 E 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 59 L 0.024 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.013 60 N 0.006 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 61 E 0.005 0.967 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 62 Y 0.018 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.022 63 F 0.015 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.014 64 E 0.049 0.888 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 0.034 65 K 0.089 0.799 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.042 0.001 0.001 0.055 66 K 0.142 0.615 0.037 0.003 0.001 0.002 0.007 0.043 0.001 0.001 0.148 67 E 0.107 0.366 0.128 0.008 0.004 0.004 0.037 0.028 0.001 0.002 0.316 68 V 0.091 0.176 0.035 0.015 0.009 0.011 0.046 0.016 0.001 0.002 0.598