# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.2886 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.007 0.042 0.058 0.066 0.072 0.007 0.708 2 K 0.051 0.007 0.082 0.094 0.100 0.066 0.007 0.592 3 I 0.030 0.006 0.087 0.058 0.095 0.064 0.004 0.656 4 T 0.019 0.017 0.094 0.106 0.173 0.108 0.004 0.479 5 K 0.015 0.011 0.047 0.027 0.054 0.091 0.004 0.750 6 D 0.045 0.023 0.026 0.012 0.024 0.428 0.009 0.432 7 M 0.393 0.053 0.055 0.022 0.019 0.180 0.023 0.255 8 I 0.071 0.160 0.050 0.030 0.029 0.251 0.009 0.402 9 I 0.027 0.229 0.099 0.043 0.145 0.107 0.006 0.345 10 A 0.013 0.479 0.029 0.029 0.086 0.071 0.003 0.290 11 D 0.031 0.552 0.007 0.011 0.030 0.096 0.008 0.265 12 V 0.044 0.827 0.003 0.003 0.008 0.016 0.005 0.094 13 L 0.009 0.957 0.001 0.002 0.004 0.003 0.003 0.020 14 Q 0.030 0.921 0.003 0.003 0.003 0.002 0.011 0.026 15 M 0.152 0.676 0.017 0.005 0.005 0.005 0.056 0.084 16 D 0.125 0.675 0.025 0.009 0.011 0.011 0.026 0.118 17 R 0.008 0.085 0.012 0.003 0.004 0.012 0.006 0.870 18 G 0.050 0.119 0.017 0.007 0.010 0.197 0.026 0.574 19 T 0.486 0.064 0.012 0.002 0.002 0.150 0.057 0.226 20 A 0.226 0.344 0.072 0.019 0.011 0.043 0.011 0.273 21 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 22 I 0.010 0.099 0.042 0.060 0.151 0.096 0.002 0.540 23 F 0.071 0.543 0.046 0.037 0.080 0.023 0.008 0.191 24 I 0.041 0.716 0.037 0.032 0.062 0.014 0.007 0.091 25 N 0.095 0.666 0.042 0.020 0.024 0.013 0.019 0.120 26 N 0.266 0.286 0.058 0.022 0.017 0.022 0.119 0.210 27 G 0.593 0.042 0.029 0.009 0.007 0.015 0.120 0.185 28 M 0.127 0.029 0.430 0.025 0.036 0.096 0.027 0.229 29 H 0.061 0.027 0.086 0.052 0.070 0.204 0.022 0.479 30 C 0.097 0.025 0.115 0.025 0.052 0.099 0.009 0.577 31 L 0.048 0.038 0.227 0.089 0.090 0.129 0.012 0.367 32 G 0.055 0.017 0.101 0.029 0.048 0.102 0.022 0.626 33 C 0.114 0.014 0.119 0.073 0.114 0.087 0.008 0.471 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 35 S 0.010 0.006 0.020 0.017 0.074 0.088 0.003 0.781 36 S 0.197 0.028 0.035 0.017 0.025 0.169 0.013 0.517 37 M 0.301 0.056 0.030 0.016 0.024 0.150 0.015 0.407 38 G 0.265 0.127 0.071 0.025 0.032 0.071 0.016 0.393 39 E 0.300 0.077 0.066 0.022 0.041 0.192 0.014 0.289 40 S 0.046 0.188 0.030 0.024 0.032 0.113 0.008 0.560 41 I 0.057 0.256 0.033 0.019 0.097 0.073 0.010 0.455 42 E 0.033 0.234 0.013 0.007 0.025 0.250 0.007 0.431 43 D 0.048 0.386 0.003 0.002 0.006 0.132 0.007 0.416 44 A 0.028 0.850 0.002 0.001 0.002 0.011 0.003 0.103 45 C 0.004 0.969 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.019 46 A 0.046 0.866 0.006 0.003 0.005 0.005 0.021 0.047 47 V 0.086 0.785 0.024 0.005 0.006 0.005 0.016 0.072 48 H 0.060 0.760 0.027 0.014 0.009 0.008 0.028 0.096 49 G 0.172 0.213 0.097 0.013 0.011 0.029 0.059 0.406 50 I 0.110 0.095 0.399 0.021 0.015 0.077 0.013 0.270 51 D 0.033 0.098 0.069 0.019 0.023 0.251 0.006 0.501 52 A 0.030 0.062 0.037 0.004 0.023 0.035 0.004 0.805 53 D 0.011 0.061 0.013 0.002 0.006 0.471 0.003 0.432 54 K 0.049 0.037 0.001 0.001 0.001 0.755 0.004 0.152 55 L 0.041 0.862 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.072 56 V 0.005 0.907 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.078 57 K 0.004 0.927 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.060 58 E 0.015 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 59 L 0.020 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 60 N 0.021 0.927 0.004 0.001 0.001 0.003 0.007 0.036 61 E 0.011 0.941 0.009 0.001 0.001 0.003 0.005 0.029 62 Y 0.035 0.891 0.007 0.001 0.001 0.007 0.010 0.048 63 F 0.028 0.901 0.010 0.001 0.002 0.006 0.006 0.046 64 E 0.041 0.815 0.010 0.002 0.003 0.022 0.012 0.095 65 K 0.110 0.709 0.015 0.002 0.002 0.015 0.030 0.117 66 K 0.135 0.649 0.017 0.003 0.003 0.012 0.038 0.142 67 E 0.133 0.378 0.041 0.010 0.010 0.049 0.047 0.334 68 V 0.094 0.211 0.066 0.017 0.020 0.062 0.026 0.504