# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.2886 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.081 0.344 0.326 0.067 0.066 0.029 0.044 0.009 0.031 0.004 0.001 2 K 0.081 0.380 0.392 0.030 0.031 0.042 0.012 0.001 0.028 0.001 0.002 3 I 0.042 0.366 0.456 0.043 0.011 0.054 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 4 T 0.076 0.237 0.467 0.039 0.065 0.058 0.006 0.001 0.046 0.005 0.002 5 K 0.736 0.037 0.127 0.037 0.025 0.017 0.007 0.003 0.003 0.004 0.004 6 D 0.464 0.062 0.084 0.244 0.021 0.030 0.064 0.006 0.022 0.001 0.002 7 M 0.482 0.174 0.147 0.075 0.068 0.017 0.017 0.006 0.011 0.002 0.001 8 I 0.568 0.149 0.185 0.025 0.009 0.053 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 9 I 0.865 0.050 0.045 0.012 0.004 0.017 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 10 A 0.960 0.006 0.011 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.955 0.009 0.010 0.014 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.959 0.016 0.011 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 13 L 0.943 0.013 0.010 0.022 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 14 Q 0.787 0.029 0.021 0.119 0.007 0.020 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 15 M 0.629 0.045 0.050 0.233 0.006 0.015 0.012 0.002 0.009 0.001 0.001 16 D 0.084 0.066 0.238 0.067 0.014 0.076 0.049 0.001 0.404 0.001 0.001 17 R 0.786 0.001 0.129 0.071 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 18 G 0.490 0.006 0.022 0.104 0.018 0.005 0.038 0.288 0.001 0.028 0.001 19 T 0.380 0.051 0.128 0.378 0.015 0.026 0.010 0.001 0.011 0.001 0.001 20 A 0.636 0.072 0.208 0.018 0.024 0.010 0.011 0.001 0.016 0.003 0.001 21 P 0.826 0.011 0.141 0.008 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 I 0.766 0.117 0.043 0.023 0.010 0.026 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 23 F 0.698 0.121 0.084 0.039 0.014 0.034 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 24 I 0.775 0.082 0.058 0.041 0.012 0.020 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 25 N 0.711 0.030 0.033 0.157 0.010 0.019 0.025 0.003 0.010 0.001 0.001 26 N 0.130 0.016 0.042 0.692 0.010 0.007 0.090 0.006 0.006 0.002 0.001 27 G 0.024 0.003 0.014 0.017 0.031 0.003 0.155 0.598 0.001 0.153 0.001 28 M 0.214 0.160 0.406 0.131 0.031 0.027 0.013 0.002 0.012 0.004 0.001 29 H 0.191 0.183 0.302 0.114 0.077 0.049 0.036 0.009 0.021 0.016 0.001 30 C 0.191 0.232 0.282 0.104 0.069 0.056 0.020 0.006 0.034 0.005 0.001 31 L 0.276 0.132 0.296 0.193 0.039 0.029 0.015 0.001 0.012 0.003 0.003 32 G 0.082 0.023 0.081 0.039 0.147 0.021 0.042 0.209 0.011 0.347 0.001 33 C 0.043 0.179 0.494 0.009 0.088 0.027 0.005 0.001 0.147 0.007 0.001 34 P 0.413 0.005 0.465 0.027 0.002 0.022 0.003 0.001 0.002 0.001 0.059 35 S 0.511 0.102 0.115 0.143 0.045 0.015 0.020 0.029 0.008 0.012 0.001 36 S 0.364 0.107 0.164 0.197 0.064 0.049 0.024 0.008 0.017 0.005 0.001 37 M 0.279 0.090 0.179 0.298 0.033 0.023 0.075 0.003 0.013 0.005 0.002 38 G 0.166 0.037 0.088 0.061 0.140 0.036 0.175 0.191 0.011 0.097 0.001 39 E 0.263 0.245 0.319 0.088 0.032 0.036 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 40 S 0.288 0.158 0.343 0.032 0.077 0.074 0.003 0.001 0.020 0.005 0.001 41 I 0.980 0.002 0.009 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.991 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 D 0.977 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.987 0.002 0.002 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 C 0.980 0.003 0.004 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 A 0.957 0.003 0.006 0.026 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 47 V 0.857 0.007 0.013 0.110 0.001 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 48 H 0.289 0.009 0.027 0.621 0.005 0.004 0.042 0.001 0.002 0.001 0.001 49 G 0.057 0.004 0.014 0.046 0.044 0.004 0.375 0.383 0.002 0.072 0.001 50 I 0.160 0.219 0.430 0.148 0.010 0.018 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 51 D 0.053 0.057 0.566 0.038 0.030 0.161 0.008 0.001 0.081 0.003 0.001 52 A 0.969 0.001 0.023 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 D 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 K 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 K 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.978 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.977 0.002 0.003 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 60 N 0.988 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.981 0.001 0.002 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 Y 0.970 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 F 0.954 0.004 0.009 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 64 E 0.930 0.004 0.017 0.037 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.732 0.016 0.030 0.197 0.005 0.006 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 66 K 0.506 0.049 0.128 0.246 0.014 0.015 0.027 0.006 0.008 0.001 0.001 67 E 0.437 0.099 0.214 0.131 0.019 0.030 0.050 0.005 0.013 0.002 0.001 68 V 0.372 0.188 0.202 0.122 0.033 0.035 0.021 0.004 0.019 0.002 0.001