# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.2886 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.099 0.310 0.113 0.015 0.328 0.014 0.017 0.021 0.021 0.030 0.032 2 K 0.200 0.164 0.016 0.003 0.550 0.003 0.009 0.014 0.007 0.010 0.024 3 I 0.216 0.185 0.031 0.014 0.257 0.016 0.015 0.031 0.024 0.055 0.157 4 T 0.109 0.227 0.276 0.040 0.222 0.033 0.017 0.037 0.011 0.010 0.019 5 K 0.011 0.039 0.018 0.011 0.023 0.031 0.056 0.498 0.283 0.023 0.007 6 D 0.041 0.058 0.024 0.012 0.047 0.015 0.042 0.303 0.109 0.307 0.041 7 M 0.077 0.303 0.067 0.003 0.265 0.006 0.012 0.169 0.034 0.036 0.028 8 I 0.102 0.252 0.041 0.003 0.168 0.005 0.014 0.321 0.034 0.022 0.037 9 I 0.032 0.010 0.001 0.001 0.023 0.002 0.003 0.744 0.165 0.009 0.009 10 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.007 0.013 0.882 0.084 0.003 0.001 11 D 0.009 0.006 0.003 0.001 0.015 0.001 0.008 0.863 0.074 0.017 0.003 12 V 0.020 0.005 0.001 0.001 0.016 0.001 0.014 0.788 0.131 0.017 0.006 13 L 0.012 0.023 0.008 0.002 0.028 0.006 0.022 0.624 0.249 0.021 0.005 14 Q 0.022 0.027 0.009 0.002 0.038 0.007 0.090 0.633 0.127 0.035 0.009 15 M 0.025 0.135 0.066 0.012 0.064 0.021 0.170 0.224 0.133 0.133 0.016 16 D 0.135 0.257 0.185 0.009 0.293 0.005 0.008 0.040 0.015 0.022 0.032 17 R 0.007 0.021 0.005 0.004 0.012 0.015 0.068 0.466 0.367 0.029 0.006 18 G 0.010 0.028 0.024 0.014 0.016 0.017 0.089 0.495 0.121 0.171 0.015 19 T 0.057 0.075 0.022 0.005 0.068 0.003 0.009 0.323 0.102 0.279 0.056 20 A 0.034 0.041 0.009 0.002 0.056 0.004 0.006 0.716 0.103 0.017 0.011 21 P 0.030 0.030 0.005 0.001 0.077 0.005 0.012 0.760 0.069 0.007 0.004 22 I 0.060 0.028 0.006 0.002 0.091 0.004 0.015 0.719 0.052 0.011 0.013 23 F 0.051 0.016 0.005 0.004 0.056 0.009 0.040 0.726 0.062 0.017 0.013 24 I 0.016 0.030 0.013 0.006 0.029 0.009 0.032 0.682 0.161 0.016 0.007 25 N 0.023 0.017 0.018 0.016 0.030 0.030 0.156 0.497 0.098 0.083 0.031 26 N 0.020 0.414 0.213 0.037 0.067 0.030 0.099 0.054 0.022 0.035 0.010 27 G 0.071 0.031 0.037 0.043 0.041 0.023 0.017 0.031 0.026 0.398 0.282 28 M 0.092 0.232 0.072 0.024 0.214 0.015 0.023 0.099 0.088 0.093 0.048 29 H 0.095 0.171 0.093 0.041 0.158 0.056 0.055 0.118 0.077 0.078 0.059 30 C 0.167 0.104 0.075 0.041 0.222 0.026 0.046 0.108 0.071 0.078 0.060 31 L 0.064 0.108 0.053 0.049 0.122 0.046 0.083 0.199 0.125 0.110 0.042 32 G 0.056 0.124 0.138 0.106 0.081 0.044 0.038 0.086 0.069 0.209 0.048 33 C 0.095 0.279 0.162 0.018 0.292 0.007 0.007 0.044 0.028 0.038 0.030 34 P 0.052 0.086 0.022 0.007 0.090 0.021 0.049 0.349 0.244 0.058 0.022 35 S 0.034 0.065 0.036 0.011 0.052 0.022 0.090 0.433 0.137 0.097 0.024 36 S 0.069 0.092 0.054 0.018 0.091 0.019 0.032 0.359 0.095 0.125 0.046 37 M 0.020 0.089 0.038 0.024 0.032 0.026 0.031 0.507 0.137 0.079 0.017 38 G 0.015 0.019 0.013 0.013 0.017 0.011 0.011 0.632 0.120 0.125 0.023 39 E 0.007 0.048 0.020 0.003 0.023 0.004 0.012 0.792 0.069 0.018 0.004 40 S 0.007 0.029 0.008 0.001 0.009 0.001 0.005 0.896 0.030 0.011 0.005 41 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.054 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.034 0.001 0.001 43 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.975 0.019 0.001 0.001 45 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.926 0.066 0.002 0.001 46 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.868 0.099 0.006 0.001 47 V 0.008 0.009 0.009 0.002 0.009 0.011 0.157 0.651 0.092 0.035 0.018 48 H 0.008 0.562 0.184 0.013 0.042 0.021 0.081 0.050 0.014 0.018 0.007 49 G 0.039 0.008 0.006 0.007 0.011 0.006 0.007 0.024 0.015 0.585 0.292 50 I 0.020 0.553 0.158 0.014 0.118 0.010 0.015 0.047 0.018 0.033 0.016 51 D 0.073 0.485 0.233 0.005 0.138 0.003 0.002 0.024 0.004 0.008 0.025 52 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.704 0.288 0.002 0.001 53 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.070 0.003 0.001 54 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.025 0.004 0.001 55 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.020 0.004 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.063 0.001 0.001 57 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.039 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.973 0.018 0.002 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.928 0.051 0.012 0.001 60 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.896 0.098 0.003 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.925 0.067 0.002 0.001 62 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 0.888 0.059 0.010 0.001 63 F 0.006 0.006 0.002 0.001 0.008 0.002 0.010 0.719 0.192 0.047 0.006 64 E 0.006 0.010 0.004 0.002 0.009 0.005 0.041 0.725 0.147 0.042 0.008 65 K 0.018 0.111 0.058 0.006 0.053 0.011 0.104 0.426 0.121 0.080 0.013 66 K 0.066 0.138 0.064 0.010 0.114 0.014 0.055 0.238 0.100 0.145 0.056 67 E 0.073 0.101 0.038 0.011 0.111 0.014 0.039 0.274 0.132 0.145 0.063 68 V 0.083 0.182 0.062 0.016 0.157 0.021 0.048 0.230 0.092 0.069 0.040