# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.2886 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.742 0.175 0.052 0.022 0.008 0.001 0.001 2 K 0.640 0.277 0.064 0.015 0.003 0.001 0.001 3 I 0.178 0.122 0.228 0.284 0.153 0.033 0.002 4 T 0.471 0.297 0.147 0.059 0.021 0.005 0.001 5 K 0.502 0.280 0.122 0.065 0.024 0.007 0.001 6 D 0.473 0.310 0.121 0.059 0.027 0.009 0.001 7 M 0.145 0.135 0.191 0.253 0.195 0.073 0.009 8 I 0.143 0.209 0.252 0.188 0.136 0.060 0.012 9 I 0.048 0.068 0.104 0.169 0.244 0.285 0.083 10 A 0.112 0.186 0.236 0.215 0.161 0.077 0.013 11 D 0.094 0.196 0.249 0.239 0.137 0.071 0.014 12 V 0.025 0.033 0.056 0.128 0.259 0.376 0.122 13 L 0.035 0.050 0.087 0.204 0.288 0.273 0.063 14 Q 0.160 0.299 0.258 0.163 0.079 0.037 0.005 15 M 0.103 0.176 0.236 0.261 0.152 0.065 0.007 16 D 0.144 0.177 0.196 0.222 0.169 0.084 0.009 17 R 0.335 0.288 0.181 0.114 0.059 0.020 0.002 18 G 0.280 0.298 0.203 0.128 0.066 0.022 0.003 19 T 0.094 0.158 0.180 0.236 0.204 0.106 0.021 20 A 0.032 0.071 0.133 0.244 0.298 0.196 0.026 21 P 0.078 0.221 0.247 0.232 0.145 0.069 0.008 22 I 0.017 0.042 0.099 0.202 0.317 0.270 0.053 23 F 0.013 0.023 0.035 0.091 0.220 0.427 0.191 24 I 0.028 0.083 0.176 0.292 0.234 0.147 0.040 25 N 0.103 0.218 0.264 0.240 0.104 0.056 0.015 26 N 0.088 0.130 0.193 0.254 0.192 0.122 0.021 27 G 0.133 0.173 0.161 0.202 0.160 0.134 0.038 28 M 0.060 0.056 0.081 0.135 0.223 0.314 0.130 29 H 0.112 0.147 0.142 0.185 0.167 0.151 0.096 30 C 0.075 0.066 0.063 0.085 0.149 0.276 0.286 31 L 0.086 0.071 0.065 0.101 0.128 0.238 0.311 32 G 0.178 0.139 0.111 0.137 0.122 0.142 0.171 33 C 0.075 0.056 0.053 0.089 0.126 0.266 0.335 34 P 0.081 0.082 0.077 0.115 0.168 0.242 0.234 35 S 0.115 0.119 0.104 0.147 0.166 0.195 0.153 36 S 0.123 0.138 0.136 0.150 0.172 0.171 0.111 37 M 0.087 0.115 0.127 0.157 0.174 0.204 0.137 38 G 0.070 0.090 0.109 0.162 0.213 0.219 0.138 39 E 0.064 0.097 0.130 0.180 0.234 0.208 0.088 40 S 0.049 0.104 0.162 0.198 0.220 0.173 0.094 41 I 0.011 0.018 0.027 0.069 0.169 0.412 0.294 42 E 0.043 0.117 0.225 0.281 0.203 0.109 0.022 43 D 0.047 0.141 0.287 0.301 0.130 0.075 0.018 44 A 0.012 0.015 0.028 0.094 0.232 0.456 0.162 45 C 0.022 0.030 0.054 0.135 0.240 0.369 0.150 46 A 0.056 0.168 0.257 0.244 0.140 0.105 0.030 47 V 0.086 0.148 0.177 0.216 0.208 0.131 0.034 48 H 0.054 0.080 0.110 0.187 0.272 0.252 0.045 49 G 0.187 0.345 0.242 0.122 0.071 0.029 0.004 50 I 0.064 0.105 0.204 0.320 0.226 0.072 0.008 51 D 0.137 0.256 0.257 0.179 0.124 0.043 0.004 52 A 0.050 0.095 0.165 0.291 0.251 0.140 0.008 53 D 0.405 0.459 0.102 0.024 0.008 0.001 0.001 54 K 0.132 0.422 0.282 0.145 0.018 0.002 0.001 55 L 0.005 0.015 0.036 0.101 0.496 0.329 0.019 56 V 0.004 0.046 0.154 0.507 0.232 0.056 0.001 57 K 0.304 0.565 0.101 0.021 0.008 0.001 0.001 58 E 0.023 0.139 0.391 0.394 0.049 0.004 0.001 59 L 0.006 0.015 0.034 0.085 0.476 0.372 0.012 60 N 0.041 0.196 0.403 0.280 0.071 0.009 0.001 61 E 0.353 0.500 0.117 0.025 0.004 0.001 0.001 62 Y 0.053 0.115 0.264 0.378 0.164 0.026 0.001 63 F 0.115 0.136 0.299 0.288 0.145 0.016 0.001 64 E 0.699 0.269 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 65 K 0.815 0.171 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 66 K 0.738 0.200 0.046 0.014 0.002 0.001 0.001 67 E 0.746 0.179 0.057 0.016 0.003 0.001 0.001 68 V 0.820 0.145 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001