# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.2886 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.340 0.115 0.104 0.116 0.110 0.089 0.050 0.030 0.020 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 2 K 0.195 0.132 0.135 0.172 0.172 0.079 0.050 0.031 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 3 I 0.124 0.051 0.058 0.106 0.131 0.158 0.121 0.112 0.061 0.048 0.017 0.008 0.004 0.001 4 T 0.261 0.174 0.165 0.147 0.106 0.067 0.038 0.021 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 5 K 0.230 0.115 0.120 0.149 0.143 0.094 0.059 0.038 0.023 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 6 D 0.135 0.152 0.146 0.171 0.177 0.098 0.057 0.028 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 7 M 0.150 0.097 0.107 0.131 0.123 0.133 0.106 0.076 0.039 0.021 0.012 0.003 0.002 0.001 8 I 0.067 0.068 0.095 0.150 0.197 0.167 0.123 0.072 0.033 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 9 I 0.023 0.015 0.027 0.051 0.106 0.170 0.164 0.144 0.137 0.082 0.049 0.019 0.010 0.003 10 A 0.105 0.120 0.143 0.181 0.173 0.112 0.074 0.041 0.025 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 11 D 0.227 0.179 0.159 0.147 0.109 0.069 0.041 0.027 0.019 0.010 0.009 0.003 0.001 0.001 12 V 0.024 0.021 0.033 0.109 0.167 0.186 0.166 0.145 0.094 0.037 0.011 0.004 0.002 0.001 13 L 0.035 0.041 0.067 0.139 0.170 0.182 0.163 0.099 0.058 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 14 Q 0.480 0.248 0.140 0.065 0.032 0.016 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 M 0.202 0.138 0.169 0.164 0.138 0.098 0.051 0.019 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 16 D 0.238 0.148 0.150 0.140 0.145 0.087 0.047 0.021 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 17 R 0.385 0.213 0.155 0.107 0.072 0.035 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 G 0.486 0.191 0.129 0.081 0.053 0.029 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 T 0.156 0.115 0.124 0.136 0.165 0.128 0.081 0.046 0.027 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 20 A 0.065 0.065 0.092 0.135 0.183 0.163 0.135 0.084 0.037 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 21 P 0.230 0.161 0.134 0.126 0.110 0.079 0.059 0.048 0.026 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 22 I 0.070 0.050 0.074 0.122 0.149 0.160 0.127 0.103 0.060 0.040 0.023 0.014 0.005 0.003 23 F 0.053 0.031 0.044 0.080 0.124 0.145 0.145 0.133 0.121 0.064 0.030 0.020 0.008 0.002 24 I 0.119 0.106 0.112 0.178 0.139 0.122 0.088 0.052 0.035 0.022 0.015 0.007 0.003 0.001 25 N 0.346 0.189 0.148 0.098 0.075 0.056 0.036 0.018 0.017 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 26 N 0.117 0.090 0.118 0.146 0.157 0.135 0.088 0.059 0.040 0.025 0.016 0.005 0.003 0.001 27 G 0.165 0.140 0.128 0.135 0.139 0.103 0.077 0.051 0.034 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 28 M 0.069 0.050 0.060 0.097 0.136 0.141 0.127 0.112 0.084 0.067 0.031 0.016 0.008 0.003 29 H 0.125 0.078 0.086 0.108 0.111 0.119 0.116 0.093 0.066 0.038 0.033 0.016 0.007 0.004 30 C 0.074 0.034 0.042 0.059 0.089 0.112 0.101 0.095 0.110 0.095 0.087 0.061 0.026 0.014 31 L 0.093 0.038 0.041 0.060 0.070 0.093 0.111 0.119 0.113 0.085 0.072 0.066 0.029 0.011 32 G 0.123 0.070 0.069 0.086 0.091 0.092 0.102 0.110 0.086 0.061 0.053 0.033 0.015 0.007 33 C 0.088 0.052 0.057 0.076 0.095 0.116 0.116 0.103 0.095 0.077 0.065 0.037 0.015 0.008 34 P 0.118 0.068 0.073 0.095 0.117 0.127 0.117 0.080 0.076 0.053 0.037 0.022 0.010 0.006 35 S 0.121 0.085 0.084 0.115 0.127 0.130 0.122 0.072 0.063 0.038 0.023 0.012 0.005 0.003 36 S 0.099 0.076 0.084 0.114 0.128 0.150 0.123 0.087 0.065 0.034 0.022 0.010 0.005 0.002 37 M 0.071 0.079 0.099 0.144 0.157 0.147 0.124 0.072 0.053 0.026 0.017 0.006 0.003 0.001 38 G 0.068 0.072 0.105 0.124 0.171 0.151 0.124 0.081 0.056 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 39 E 0.183 0.136 0.142 0.147 0.130 0.100 0.065 0.046 0.024 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 40 S 0.081 0.095 0.115 0.184 0.199 0.124 0.091 0.063 0.027 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 41 I 0.014 0.009 0.021 0.043 0.079 0.150 0.223 0.242 0.130 0.060 0.018 0.007 0.003 0.001 42 E 0.085 0.118 0.185 0.190 0.186 0.114 0.066 0.031 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 43 D 0.239 0.213 0.175 0.141 0.116 0.052 0.026 0.017 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 44 A 0.022 0.024 0.040 0.133 0.179 0.192 0.196 0.138 0.048 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 45 C 0.025 0.032 0.060 0.100 0.143 0.184 0.198 0.134 0.076 0.029 0.011 0.004 0.002 0.001 46 A 0.280 0.210 0.155 0.128 0.090 0.059 0.037 0.022 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 47 V 0.119 0.095 0.127 0.143 0.165 0.145 0.099 0.043 0.032 0.017 0.011 0.004 0.001 0.001 48 H 0.068 0.050 0.082 0.137 0.197 0.196 0.129 0.057 0.043 0.023 0.013 0.004 0.001 0.001 49 G 0.223 0.170 0.172 0.140 0.124 0.077 0.046 0.024 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 50 I 0.299 0.103 0.097 0.125 0.134 0.097 0.055 0.044 0.023 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 51 D 0.227 0.206 0.164 0.178 0.106 0.059 0.032 0.013 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 52 A 0.063 0.053 0.081 0.130 0.180 0.213 0.118 0.064 0.068 0.021 0.007 0.001 0.001 0.001 53 D 0.459 0.267 0.133 0.076 0.040 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 K 0.480 0.335 0.137 0.033 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.020 0.023 0.036 0.115 0.240 0.275 0.130 0.089 0.062 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 56 V 0.018 0.059 0.110 0.330 0.243 0.102 0.082 0.030 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 57 K 0.817 0.167 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.108 0.296 0.304 0.147 0.094 0.033 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.005 0.007 0.024 0.074 0.191 0.251 0.258 0.123 0.057 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 60 N 0.227 0.296 0.215 0.138 0.085 0.026 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.754 0.190 0.047 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 Y 0.039 0.052 0.095 0.209 0.323 0.174 0.064 0.030 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 63 F 0.060 0.080 0.156 0.224 0.239 0.111 0.084 0.032 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 E 0.770 0.172 0.036 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.598 0.228 0.098 0.049 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.515 0.177 0.143 0.074 0.055 0.023 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.509 0.178 0.131 0.077 0.065 0.025 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.548 0.138 0.104 0.087 0.064 0.031 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001