# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0607 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.021 0.134 0.066 0.138 0.005 0.068 0.012 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.006 0.063 0.050 0.063 0.058 0.117 0.168 0.003 2 K 0.019 0.017 0.128 0.099 0.138 0.005 0.032 0.015 0.001 0.001 0.008 0.006 0.013 0.010 0.087 0.059 0.081 0.054 0.119 0.101 0.007 3 I 0.018 0.019 0.049 0.052 0.245 0.001 0.031 0.012 0.001 0.001 0.005 0.008 0.015 0.016 0.092 0.075 0.070 0.044 0.102 0.141 0.005 4 T 0.010 0.011 0.100 0.084 0.054 0.001 0.015 0.013 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 0.012 0.127 0.049 0.039 0.018 0.176 0.273 0.001 5 K 0.005 0.004 0.018 0.025 0.093 0.003 0.026 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.008 0.044 0.031 0.617 0.032 0.019 0.051 0.001 6 D 0.006 0.010 0.015 0.021 0.046 0.010 0.534 0.109 0.002 0.001 0.003 0.002 0.006 0.006 0.023 0.024 0.047 0.058 0.037 0.038 0.002 7 M 0.016 0.016 0.076 0.059 0.059 0.006 0.056 0.121 0.002 0.001 0.003 0.003 0.012 0.011 0.058 0.036 0.121 0.125 0.101 0.118 0.002 8 I 0.014 0.024 0.033 0.022 0.230 0.003 0.023 0.206 0.003 0.001 0.003 0.003 0.007 0.006 0.022 0.052 0.080 0.029 0.070 0.167 0.002 9 I 0.014 0.016 0.020 0.027 0.038 0.004 0.049 0.384 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.007 0.085 0.012 0.273 0.019 0.016 0.021 0.002 10 A 0.008 0.014 0.009 0.011 0.013 0.008 0.043 0.804 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.002 0.051 0.007 0.002 0.007 0.001 11 D 0.007 0.014 0.004 0.009 0.020 0.029 0.043 0.808 0.007 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.002 0.003 0.020 0.010 0.006 0.006 0.001 12 V 0.009 0.016 0.006 0.014 0.062 0.005 0.033 0.639 0.022 0.009 0.002 0.002 0.003 0.004 0.015 0.011 0.105 0.021 0.013 0.010 0.001 13 L 0.017 0.028 0.014 0.016 0.045 0.013 0.141 0.533 0.011 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.014 0.007 0.106 0.011 0.008 0.024 0.001 14 Q 0.009 0.019 0.029 0.036 0.047 0.043 0.149 0.412 0.026 0.006 0.002 0.001 0.003 0.003 0.009 0.009 0.071 0.047 0.023 0.055 0.001 15 M 0.005 0.006 0.008 0.010 0.162 0.007 0.148 0.170 0.014 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.017 0.235 0.068 0.046 0.080 0.001 16 D 0.001 0.002 0.038 0.041 0.016 0.002 0.042 0.077 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.004 0.076 0.048 0.327 0.285 0.001 17 R 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.002 0.019 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.863 0.019 0.014 0.040 0.001 18 G 0.001 0.001 0.006 0.006 0.003 0.021 0.664 0.056 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.105 0.053 0.028 0.044 0.001 19 T 0.001 0.001 0.004 0.004 0.048 0.001 0.160 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.123 0.324 0.148 0.107 0.001 20 A 0.002 0.002 0.046 0.017 0.017 0.005 0.018 0.114 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.015 0.381 0.034 0.126 0.159 0.001 21 P 0.004 0.006 0.013 0.006 0.032 0.020 0.022 0.671 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.013 0.138 0.010 0.010 0.032 0.001 22 I 0.004 0.008 0.002 0.002 0.018 0.006 0.036 0.867 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.006 0.009 0.022 0.002 0.002 0.002 0.001 23 F 0.006 0.010 0.008 0.009 0.017 0.001 0.028 0.752 0.004 0.002 0.005 0.006 0.003 0.025 0.066 0.014 0.024 0.007 0.004 0.007 0.001 24 I 0.013 0.014 0.006 0.011 0.022 0.014 0.121 0.614 0.017 0.004 0.002 0.003 0.008 0.015 0.018 0.011 0.086 0.007 0.006 0.008 0.003 25 N 0.007 0.005 0.011 0.022 0.011 0.051 0.198 0.105 0.283 0.075 0.005 0.003 0.003 0.007 0.023 0.004 0.115 0.056 0.010 0.007 0.001 26 N 0.006 0.006 0.012 0.011 0.026 0.015 0.344 0.062 0.021 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.012 0.247 0.050 0.043 0.122 0.001 27 G 0.001 0.002 0.010 0.007 0.027 0.006 0.077 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.011 0.133 0.442 0.132 0.094 0.001 28 M 0.002 0.002 0.026 0.011 0.023 0.011 0.058 0.042 0.008 0.002 0.001 0.002 0.002 0.008 0.035 0.065 0.261 0.041 0.117 0.281 0.002 29 H 0.005 0.007 0.047 0.029 0.050 0.013 0.095 0.061 0.005 0.003 0.003 0.003 0.006 0.014 0.068 0.029 0.208 0.096 0.121 0.133 0.004 30 C 0.005 0.003 0.028 0.034 0.056 0.024 0.099 0.026 0.020 0.010 0.008 0.006 0.010 0.025 0.050 0.059 0.176 0.079 0.186 0.093 0.004 31 L 0.004 0.005 0.039 0.024 0.037 0.002 0.109 0.010 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 0.121 0.053 0.305 0.044 0.067 0.153 0.002 32 G 0.003 0.005 0.020 0.023 0.071 0.006 0.131 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.013 0.066 0.094 0.121 0.179 0.101 0.149 0.002 33 C 0.003 0.003 0.053 0.031 0.033 0.002 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.032 0.023 0.055 0.022 0.206 0.515 0.001 34 P 0.002 0.002 0.021 0.013 0.082 0.002 0.028 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.060 0.055 0.415 0.031 0.076 0.177 0.001 35 S 0.004 0.004 0.028 0.033 0.034 0.014 0.239 0.077 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.009 0.062 0.039 0.183 0.070 0.089 0.099 0.002 36 S 0.004 0.003 0.027 0.021 0.032 0.008 0.161 0.085 0.005 0.001 0.003 0.002 0.004 0.007 0.044 0.050 0.215 0.066 0.114 0.148 0.001 37 M 0.003 0.004 0.017 0.019 0.067 0.005 0.188 0.071 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.030 0.037 0.310 0.102 0.053 0.079 0.001 38 G 0.005 0.007 0.023 0.020 0.043 0.010 0.172 0.227 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.031 0.026 0.150 0.116 0.077 0.077 0.001 39 E 0.007 0.006 0.054 0.027 0.015 0.026 0.051 0.326 0.003 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.031 0.010 0.283 0.044 0.038 0.063 0.001 40 S 0.002 0.004 0.004 0.004 0.132 0.004 0.045 0.497 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.050 0.053 0.052 0.053 0.079 0.001 41 I 0.001 0.001 0.008 0.009 0.006 0.001 0.013 0.437 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.081 0.005 0.381 0.011 0.014 0.024 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.016 0.876 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.001 0.001 0.002 0.001 43 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.051 0.878 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.024 0.896 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.048 0.007 0.002 0.002 0.001 45 C 0.002 0.003 0.003 0.002 0.007 0.004 0.040 0.868 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.035 0.005 0.002 0.015 0.001 46 A 0.002 0.003 0.003 0.005 0.005 0.038 0.124 0.636 0.071 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.060 0.012 0.006 0.009 0.001 47 V 0.002 0.001 0.003 0.007 0.022 0.014 0.235 0.107 0.134 0.065 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.006 0.286 0.042 0.033 0.026 0.001 48 H 0.001 0.001 0.014 0.007 0.014 0.004 0.286 0.048 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.141 0.104 0.103 0.255 0.001 49 G 0.001 0.001 0.004 0.002 0.017 0.006 0.093 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.052 0.214 0.418 0.079 0.065 0.001 50 I 0.001 0.001 0.026 0.010 0.011 0.005 0.037 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.042 0.030 0.147 0.062 0.196 0.375 0.001 51 D 0.001 0.001 0.005 0.002 0.016 0.001 0.006 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.032 0.032 0.024 0.332 0.492 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.966 0.002 0.002 0.002 0.001 53 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.046 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.002 0.001 54 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.062 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 55 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.930 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.006 0.002 0.001 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.900 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.001 0.001 0.002 0.001 57 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.009 0.963 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.033 0.924 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.907 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.012 0.004 0.006 0.001 60 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.891 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.003 0.001 0.001 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.028 0.919 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 62 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.923 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.006 0.002 0.003 0.001 63 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.039 0.830 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.080 0.017 0.008 0.009 0.001 64 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.131 0.711 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.066 0.021 0.006 0.013 0.001 65 K 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.017 0.242 0.438 0.033 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.114 0.049 0.025 0.047 0.001 66 K 0.001 0.001 0.007 0.006 0.014 0.009 0.155 0.232 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.234 0.122 0.101 0.083 0.001 67 E 0.001 0.001 0.008 0.006 0.017 0.013 0.176 0.167 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.258 0.121 0.099 0.101 0.001 68 V 0.001 0.001 0.011 0.008 0.038 0.009 0.194 0.134 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.023 0.170 0.144 0.109 0.134 0.001