# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0607 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.004 0.001 0.057 0.064 0.061 0.123 0.001 0.001 0.033 0.647 2 K 0.005 0.009 0.002 0.090 0.083 0.121 0.157 0.001 0.001 0.028 0.502 3 I 0.018 0.035 0.004 0.024 0.049 0.050 0.134 0.005 0.001 0.030 0.650 4 T 0.495 0.148 0.003 0.022 0.021 0.026 0.036 0.018 0.002 0.054 0.176 5 K 0.113 0.355 0.001 0.028 0.014 0.016 0.052 0.003 0.001 0.029 0.388 6 D 0.006 0.600 0.001 0.023 0.009 0.016 0.041 0.001 0.001 0.028 0.275 7 M 0.009 0.633 0.007 0.025 0.025 0.050 0.034 0.008 0.002 0.083 0.124 8 I 0.006 0.948 0.002 0.003 0.006 0.006 0.003 0.002 0.001 0.007 0.015 9 I 0.008 0.959 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.007 0.013 10 A 0.011 0.872 0.004 0.005 0.013 0.011 0.004 0.003 0.002 0.047 0.028 11 D 0.026 0.786 0.008 0.003 0.006 0.012 0.011 0.004 0.005 0.093 0.045 12 V 0.110 0.406 0.039 0.009 0.033 0.031 0.019 0.023 0.014 0.155 0.161 13 L 0.141 0.124 0.014 0.017 0.033 0.048 0.053 0.011 0.017 0.109 0.431 14 Q 0.026 0.053 0.009 0.020 0.024 0.042 0.074 0.004 0.006 0.051 0.690 15 M 0.011 0.009 0.005 0.007 0.012 0.009 0.126 0.006 0.004 0.097 0.715 16 D 0.497 0.088 0.009 0.007 0.005 0.006 0.075 0.016 0.009 0.113 0.175 17 R 0.191 0.025 0.002 0.007 0.003 0.003 0.104 0.003 0.001 0.038 0.623 18 G 0.019 0.091 0.001 0.013 0.003 0.006 0.094 0.002 0.001 0.029 0.742 19 T 0.034 0.364 0.001 0.011 0.006 0.017 0.051 0.007 0.001 0.040 0.470 20 A 0.027 0.554 0.002 0.025 0.031 0.025 0.051 0.005 0.001 0.089 0.189 21 P 0.014 0.167 0.001 0.052 0.041 0.091 0.055 0.004 0.001 0.398 0.178 22 I 0.011 0.083 0.011 0.080 0.077 0.045 0.057 0.003 0.002 0.508 0.122 23 F 0.077 0.078 0.081 0.136 0.099 0.113 0.047 0.010 0.023 0.183 0.151 24 I 0.483 0.034 0.011 0.036 0.032 0.061 0.045 0.011 0.006 0.047 0.235 25 N 0.113 0.005 0.004 0.048 0.029 0.052 0.070 0.008 0.002 0.036 0.633 26 N 0.041 0.003 0.001 0.040 0.021 0.029 0.275 0.002 0.001 0.019 0.567 27 G 0.035 0.003 0.001 0.049 0.013 0.041 0.174 0.004 0.001 0.032 0.647 28 M 0.011 0.004 0.002 0.051 0.032 0.011 0.222 0.002 0.001 0.016 0.648 29 H 0.122 0.009 0.002 0.100 0.037 0.106 0.107 0.017 0.001 0.037 0.464 30 C 0.144 0.003 0.001 0.096 0.021 0.025 0.075 0.006 0.001 0.044 0.585 31 L 0.007 0.004 0.001 0.294 0.030 0.026 0.130 0.001 0.001 0.015 0.491 32 G 0.009 0.016 0.001 0.128 0.018 0.040 0.124 0.003 0.001 0.031 0.630 33 C 0.141 0.055 0.003 0.071 0.034 0.027 0.127 0.021 0.001 0.128 0.391 34 P 0.205 0.114 0.005 0.043 0.019 0.015 0.094 0.014 0.002 0.060 0.430 35 S 0.279 0.120 0.002 0.032 0.008 0.011 0.060 0.012 0.001 0.052 0.424 36 S 0.141 0.045 0.002 0.024 0.009 0.015 0.075 0.016 0.002 0.134 0.537 37 M 0.050 0.172 0.004 0.034 0.017 0.016 0.108 0.008 0.002 0.067 0.521 38 G 0.030 0.447 0.003 0.021 0.019 0.018 0.060 0.008 0.001 0.042 0.352 39 E 0.031 0.490 0.006 0.009 0.030 0.017 0.045 0.017 0.002 0.073 0.280 40 S 0.027 0.892 0.003 0.001 0.002 0.003 0.008 0.005 0.002 0.014 0.043 41 I 0.025 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.007 0.016 42 E 0.010 0.926 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.002 0.021 0.024 43 D 0.015 0.909 0.004 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.002 0.031 0.025 44 A 0.042 0.561 0.050 0.010 0.010 0.008 0.020 0.011 0.012 0.200 0.077 45 C 0.059 0.162 0.197 0.030 0.024 0.032 0.058 0.016 0.053 0.187 0.182 46 A 0.359 0.072 0.027 0.018 0.010 0.023 0.079 0.026 0.018 0.076 0.293 47 V 0.177 0.013 0.009 0.031 0.016 0.013 0.051 0.023 0.005 0.051 0.612 48 H 0.031 0.007 0.001 0.051 0.010 0.010 0.124 0.002 0.001 0.019 0.746 49 G 0.006 0.008 0.001 0.072 0.006 0.019 0.176 0.003 0.001 0.018 0.691 50 I 0.003 0.041 0.001 0.017 0.008 0.004 0.202 0.004 0.001 0.014 0.706 51 D 0.153 0.737 0.001 0.008 0.002 0.002 0.009 0.022 0.002 0.017 0.047 52 A 0.130 0.802 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.007 0.047 53 D 0.012 0.841 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.039 0.090 54 K 0.023 0.879 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.003 0.050 0.032 55 L 0.008 0.952 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 0.020 56 V 0.068 0.431 0.007 0.002 0.002 0.002 0.013 0.025 0.007 0.327 0.117 57 K 0.021 0.871 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.005 0.036 0.051 58 E 0.014 0.922 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.043 59 L 0.028 0.787 0.009 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.007 0.076 0.072 60 N 0.024 0.893 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.004 0.022 0.041 61 E 0.042 0.808 0.008 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.003 0.046 0.075 62 Y 0.074 0.552 0.029 0.005 0.002 0.002 0.031 0.011 0.014 0.134 0.148 63 F 0.296 0.230 0.038 0.007 0.002 0.005 0.044 0.016 0.026 0.100 0.235 64 E 0.219 0.043 0.012 0.006 0.003 0.004 0.057 0.008 0.007 0.048 0.593 65 K 0.102 0.014 0.004 0.009 0.003 0.004 0.073 0.005 0.003 0.038 0.745 66 K 0.061 0.006 0.001 0.009 0.003 0.005 0.104 0.003 0.001 0.031 0.775 67 E 0.021 0.004 0.001 0.009 0.004 0.005 0.115 0.001 0.001 0.022 0.817 68 V 0.018 0.008 0.001 0.015 0.007 0.009 0.131 0.001 0.001 0.026 0.784