# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0607 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.007 0.035 0.045 0.055 0.128 0.045 0.674 2 K 0.017 0.011 0.026 0.030 0.039 0.126 0.033 0.717 3 I 0.053 0.024 0.020 0.026 0.014 0.101 0.021 0.741 4 T 0.375 0.187 0.018 0.009 0.012 0.053 0.114 0.233 5 K 0.064 0.215 0.046 0.010 0.015 0.083 0.113 0.455 6 D 0.021 0.185 0.045 0.017 0.030 0.085 0.107 0.509 7 M 0.009 0.433 0.107 0.067 0.078 0.042 0.101 0.162 8 I 0.030 0.793 0.026 0.017 0.033 0.011 0.045 0.047 9 I 0.037 0.799 0.011 0.019 0.013 0.011 0.074 0.036 10 A 0.036 0.701 0.023 0.031 0.027 0.015 0.089 0.076 11 D 0.145 0.558 0.027 0.021 0.051 0.017 0.098 0.082 12 V 0.175 0.341 0.048 0.030 0.055 0.048 0.120 0.183 13 L 0.163 0.033 0.032 0.048 0.072 0.112 0.111 0.429 14 Q 0.019 0.019 0.022 0.020 0.054 0.152 0.029 0.684 15 M 0.011 0.013 0.061 0.012 0.016 0.115 0.031 0.740 16 D 0.596 0.081 0.003 0.003 0.002 0.033 0.080 0.202 17 R 0.196 0.042 0.005 0.001 0.001 0.073 0.086 0.597 18 G 0.003 0.053 0.012 0.002 0.003 0.094 0.026 0.808 19 T 0.028 0.463 0.008 0.003 0.007 0.059 0.028 0.405 20 A 0.018 0.721 0.010 0.012 0.012 0.035 0.046 0.145 21 P 0.022 0.525 0.030 0.015 0.024 0.022 0.291 0.072 22 I 0.012 0.177 0.069 0.037 0.066 0.031 0.486 0.122 23 F 0.024 0.072 0.436 0.101 0.047 0.028 0.240 0.052 24 I 0.396 0.071 0.042 0.035 0.042 0.043 0.090 0.281 25 N 0.124 0.022 0.024 0.013 0.018 0.091 0.062 0.646 26 N 0.035 0.025 0.051 0.014 0.026 0.117 0.034 0.698 27 G 0.054 0.016 0.027 0.024 0.036 0.117 0.039 0.687 28 M 0.018 0.005 0.036 0.036 0.031 0.108 0.029 0.736 29 H 0.109 0.017 0.099 0.075 0.096 0.097 0.070 0.437 30 C 0.073 0.003 0.043 0.014 0.029 0.098 0.038 0.702 31 L 0.008 0.003 0.148 0.029 0.053 0.124 0.031 0.604 32 G 0.019 0.006 0.036 0.018 0.031 0.130 0.045 0.714 33 C 0.076 0.031 0.053 0.042 0.024 0.146 0.085 0.543 34 P 0.226 0.090 0.019 0.011 0.013 0.097 0.067 0.477 35 S 0.229 0.109 0.011 0.006 0.007 0.084 0.032 0.521 36 S 0.140 0.101 0.023 0.005 0.014 0.101 0.202 0.414 37 M 0.012 0.281 0.017 0.018 0.019 0.109 0.060 0.485 38 G 0.056 0.565 0.008 0.007 0.021 0.051 0.069 0.222 39 E 0.006 0.647 0.015 0.039 0.013 0.031 0.154 0.095 40 S 0.019 0.893 0.003 0.002 0.006 0.005 0.043 0.028 41 I 0.011 0.959 0.001 0.002 0.001 0.002 0.018 0.006 42 E 0.006 0.924 0.004 0.003 0.003 0.004 0.033 0.023 43 D 0.022 0.862 0.003 0.003 0.005 0.006 0.055 0.044 44 A 0.040 0.654 0.029 0.011 0.014 0.020 0.183 0.049 45 C 0.081 0.133 0.135 0.037 0.026 0.053 0.386 0.149 46 A 0.354 0.052 0.033 0.009 0.009 0.057 0.053 0.433 47 V 0.051 0.018 0.178 0.005 0.007 0.080 0.135 0.527 48 H 0.006 0.007 0.237 0.006 0.007 0.073 0.031 0.632 49 G 0.005 0.017 0.057 0.005 0.008 0.095 0.012 0.802 50 I 0.003 0.027 0.176 0.005 0.004 0.053 0.007 0.726 51 D 0.105 0.798 0.005 0.001 0.001 0.007 0.054 0.030 52 A 0.064 0.894 0.003 0.001 0.001 0.003 0.023 0.013 53 D 0.025 0.737 0.017 0.001 0.001 0.010 0.135 0.075 54 K 0.019 0.735 0.023 0.001 0.002 0.016 0.125 0.079 55 L 0.010 0.856 0.015 0.001 0.001 0.009 0.082 0.027 56 V 0.018 0.584 0.007 0.002 0.001 0.009 0.361 0.018 57 K 0.019 0.873 0.002 0.001 0.001 0.005 0.046 0.054 58 E 0.023 0.800 0.004 0.001 0.001 0.011 0.046 0.115 59 L 0.009 0.923 0.002 0.001 0.001 0.007 0.029 0.030 60 N 0.023 0.923 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.023 61 E 0.022 0.801 0.003 0.001 0.001 0.012 0.054 0.106 62 Y 0.078 0.480 0.021 0.004 0.004 0.025 0.273 0.116 63 F 0.258 0.122 0.057 0.009 0.006 0.055 0.238 0.255 64 E 0.185 0.031 0.031 0.004 0.006 0.056 0.041 0.647 65 K 0.150 0.016 0.020 0.004 0.006 0.064 0.024 0.716 66 K 0.142 0.011 0.017 0.005 0.007 0.077 0.023 0.717 67 E 0.037 0.005 0.015 0.005 0.010 0.097 0.015 0.814 68 V 0.038 0.007 0.018 0.014 0.021 0.107 0.023 0.772