# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0607 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.391 0.082 0.057 0.077 0.067 0.060 0.103 0.070 0.047 0.028 0.017 2 K 0.164 0.275 0.131 0.255 0.107 0.034 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 3 I 0.012 0.006 0.010 0.012 0.023 0.028 0.095 0.145 0.195 0.206 0.269 4 T 0.071 0.266 0.177 0.264 0.128 0.050 0.021 0.010 0.006 0.004 0.002 5 K 0.063 0.125 0.147 0.216 0.156 0.108 0.090 0.048 0.027 0.014 0.006 6 D 0.280 0.129 0.086 0.171 0.114 0.082 0.064 0.037 0.019 0.011 0.006 7 M 0.078 0.042 0.045 0.078 0.075 0.107 0.191 0.138 0.121 0.081 0.044 8 I 0.035 0.101 0.094 0.197 0.183 0.122 0.121 0.073 0.039 0.023 0.011 9 I 0.004 0.006 0.014 0.017 0.032 0.045 0.126 0.155 0.226 0.212 0.162 10 A 0.062 0.054 0.112 0.188 0.169 0.145 0.133 0.065 0.041 0.022 0.010 11 D 0.040 0.068 0.164 0.249 0.164 0.112 0.112 0.048 0.025 0.012 0.006 12 V 0.002 0.002 0.007 0.009 0.017 0.029 0.078 0.125 0.223 0.244 0.263 13 L 0.002 0.003 0.007 0.013 0.026 0.051 0.141 0.145 0.227 0.235 0.153 14 Q 0.019 0.062 0.342 0.248 0.146 0.083 0.051 0.021 0.015 0.009 0.004 15 M 0.022 0.039 0.086 0.114 0.135 0.176 0.203 0.108 0.060 0.038 0.019 16 D 0.066 0.100 0.045 0.091 0.079 0.108 0.180 0.123 0.098 0.073 0.036 17 R 0.348 0.173 0.078 0.138 0.089 0.061 0.057 0.028 0.015 0.009 0.005 18 G 0.389 0.185 0.095 0.134 0.080 0.047 0.035 0.018 0.009 0.005 0.003 19 T 0.111 0.137 0.050 0.110 0.099 0.085 0.128 0.097 0.087 0.060 0.036 20 A 0.019 0.021 0.013 0.042 0.067 0.119 0.195 0.157 0.161 0.127 0.080 21 P 0.109 0.174 0.233 0.263 0.116 0.053 0.026 0.013 0.007 0.004 0.002 22 I 0.013 0.011 0.022 0.047 0.074 0.132 0.226 0.178 0.141 0.093 0.066 23 F 0.003 0.005 0.008 0.015 0.021 0.023 0.059 0.119 0.204 0.240 0.302 24 I 0.009 0.013 0.030 0.065 0.102 0.136 0.231 0.150 0.130 0.089 0.045 25 N 0.059 0.135 0.285 0.249 0.124 0.066 0.037 0.017 0.013 0.008 0.005 26 N 0.052 0.041 0.038 0.087 0.103 0.133 0.207 0.145 0.097 0.061 0.036 27 G 0.307 0.173 0.045 0.125 0.077 0.058 0.075 0.053 0.042 0.027 0.017 28 M 0.038 0.025 0.024 0.046 0.056 0.076 0.128 0.134 0.172 0.146 0.154 29 H 0.114 0.128 0.095 0.173 0.146 0.100 0.094 0.061 0.044 0.027 0.017 30 C 0.019 0.026 0.028 0.048 0.057 0.070 0.130 0.133 0.185 0.155 0.150 31 L 0.032 0.031 0.025 0.072 0.091 0.087 0.134 0.165 0.144 0.113 0.106 32 G 0.159 0.120 0.058 0.139 0.100 0.092 0.111 0.072 0.073 0.048 0.027 33 C 0.030 0.020 0.020 0.059 0.077 0.070 0.133 0.173 0.160 0.128 0.132 34 P 0.099 0.091 0.048 0.116 0.103 0.088 0.118 0.110 0.098 0.079 0.050 35 S 0.091 0.067 0.049 0.123 0.116 0.101 0.152 0.102 0.098 0.059 0.042 36 S 0.094 0.073 0.050 0.101 0.101 0.086 0.120 0.112 0.107 0.085 0.070 37 M 0.090 0.114 0.053 0.159 0.142 0.094 0.123 0.088 0.069 0.043 0.026 38 G 0.127 0.079 0.048 0.100 0.100 0.101 0.140 0.095 0.094 0.069 0.047 39 E 0.056 0.031 0.042 0.099 0.123 0.113 0.176 0.145 0.098 0.066 0.051 40 S 0.063 0.184 0.111 0.203 0.145 0.082 0.090 0.053 0.035 0.024 0.011 41 I 0.002 0.004 0.007 0.016 0.033 0.049 0.125 0.145 0.234 0.204 0.181 42 E 0.147 0.080 0.120 0.194 0.151 0.113 0.104 0.042 0.028 0.015 0.006 43 D 0.020 0.052 0.224 0.267 0.162 0.109 0.096 0.035 0.019 0.010 0.005 44 A 0.001 0.002 0.007 0.008 0.014 0.041 0.100 0.114 0.249 0.260 0.203 45 C 0.002 0.003 0.007 0.014 0.025 0.047 0.133 0.148 0.226 0.241 0.155 46 A 0.007 0.034 0.308 0.203 0.157 0.115 0.081 0.040 0.029 0.017 0.008 47 V 0.013 0.027 0.099 0.110 0.140 0.147 0.185 0.121 0.072 0.054 0.033 48 H 0.011 0.011 0.012 0.024 0.034 0.074 0.181 0.197 0.204 0.154 0.098 49 G 0.285 0.159 0.078 0.164 0.109 0.063 0.072 0.034 0.020 0.010 0.006 50 I 0.053 0.016 0.039 0.042 0.068 0.079 0.158 0.140 0.139 0.133 0.134 51 D 0.033 0.401 0.094 0.160 0.116 0.075 0.061 0.029 0.016 0.012 0.004 52 A 0.014 0.025 0.015 0.053 0.093 0.177 0.273 0.147 0.116 0.061 0.028 53 D 0.802 0.057 0.067 0.046 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 54 K 0.051 0.084 0.140 0.347 0.198 0.096 0.063 0.015 0.004 0.002 0.001 55 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.018 0.051 0.181 0.302 0.438 56 V 0.001 0.001 0.007 0.029 0.112 0.241 0.370 0.135 0.062 0.033 0.008 57 K 0.002 0.007 0.935 0.046 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.003 0.011 0.098 0.177 0.211 0.265 0.190 0.036 0.007 0.002 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 0.181 0.321 0.461 60 N 0.009 0.012 0.095 0.126 0.260 0.209 0.205 0.057 0.017 0.007 0.003 61 E 0.003 0.012 0.926 0.047 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 Y 0.006 0.005 0.028 0.025 0.055 0.190 0.421 0.154 0.069 0.035 0.012 63 F 0.012 0.011 0.013 0.018 0.022 0.052 0.196 0.195 0.228 0.182 0.071 64 E 0.032 0.093 0.515 0.200 0.090 0.038 0.020 0.007 0.003 0.002 0.001 65 K 0.061 0.090 0.475 0.169 0.102 0.049 0.034 0.012 0.004 0.002 0.001 66 K 0.252 0.164 0.115 0.114 0.088 0.077 0.099 0.053 0.022 0.011 0.005 67 E 0.334 0.204 0.105 0.127 0.079 0.052 0.050 0.028 0.013 0.006 0.003 68 V 0.226 0.134 0.182 0.154 0.108 0.066 0.063 0.035 0.017 0.010 0.005