# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0607 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.107 0.013 0.004 0.032 0.044 0.062 0.066 0.001 0.001 0.003 0.668 2 K 0.018 0.004 0.001 0.024 0.022 0.036 0.039 0.001 0.001 0.001 0.854 3 I 0.081 0.009 0.004 0.053 0.061 0.127 0.088 0.001 0.001 0.002 0.572 4 T 0.037 0.012 0.003 0.078 0.052 0.069 0.196 0.001 0.001 0.004 0.548 5 K 0.044 0.013 0.003 0.017 0.021 0.033 0.061 0.001 0.001 0.005 0.802 6 D 0.026 0.006 0.003 0.025 0.006 0.020 0.424 0.001 0.001 0.017 0.473 7 M 0.591 0.018 0.007 0.018 0.014 0.015 0.203 0.001 0.001 0.012 0.121 8 I 0.026 0.174 0.006 0.029 0.021 0.025 0.334 0.001 0.001 0.002 0.382 9 I 0.014 0.258 0.007 0.070 0.054 0.096 0.157 0.001 0.001 0.003 0.340 10 A 0.013 0.392 0.002 0.054 0.036 0.112 0.092 0.001 0.001 0.002 0.296 11 D 0.027 0.605 0.002 0.042 0.037 0.043 0.082 0.002 0.001 0.001 0.160 12 V 0.026 0.878 0.003 0.006 0.009 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.049 13 L 0.022 0.893 0.002 0.006 0.012 0.027 0.003 0.009 0.001 0.001 0.025 14 Q 0.062 0.812 0.007 0.004 0.010 0.019 0.003 0.038 0.001 0.001 0.045 15 M 0.191 0.585 0.016 0.005 0.008 0.019 0.008 0.088 0.001 0.001 0.079 16 D 0.163 0.379 0.040 0.006 0.021 0.024 0.060 0.091 0.001 0.002 0.215 17 R 0.017 0.037 0.013 0.001 0.002 0.003 0.017 0.005 0.001 0.001 0.905 18 G 0.022 0.028 0.030 0.005 0.004 0.011 0.439 0.002 0.001 0.016 0.444 19 T 0.596 0.024 0.016 0.003 0.002 0.001 0.160 0.002 0.001 0.014 0.183 20 A 0.117 0.256 0.040 0.020 0.013 0.011 0.107 0.002 0.001 0.004 0.430 21 P 0.005 0.054 0.002 0.029 0.019 0.029 0.139 0.001 0.001 0.001 0.723 22 I 0.019 0.119 0.001 0.125 0.028 0.057 0.145 0.001 0.001 0.001 0.504 23 F 0.026 0.503 0.002 0.162 0.054 0.081 0.038 0.005 0.001 0.001 0.128 24 I 0.014 0.738 0.008 0.069 0.039 0.061 0.010 0.008 0.001 0.001 0.052 25 N 0.042 0.710 0.006 0.075 0.017 0.036 0.009 0.020 0.001 0.002 0.083 26 N 0.241 0.438 0.009 0.044 0.026 0.039 0.026 0.044 0.001 0.005 0.128 27 G 0.456 0.055 0.018 0.018 0.020 0.045 0.043 0.044 0.001 0.007 0.295 28 M 0.120 0.023 0.484 0.061 0.008 0.012 0.066 0.006 0.001 0.004 0.217 29 H 0.016 0.006 0.004 0.083 0.034 0.037 0.134 0.002 0.001 0.002 0.682 30 C 0.048 0.006 0.007 0.043 0.018 0.021 0.041 0.001 0.001 0.002 0.813 31 L 0.054 0.031 0.005 0.309 0.040 0.093 0.080 0.002 0.001 0.005 0.381 32 G 0.066 0.012 0.006 0.098 0.026 0.079 0.148 0.002 0.001 0.009 0.553 33 C 0.115 0.030 0.017 0.209 0.045 0.058 0.082 0.002 0.001 0.006 0.436 34 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.978 35 S 0.035 0.010 0.002 0.045 0.036 0.094 0.100 0.001 0.001 0.003 0.676 36 S 0.217 0.049 0.003 0.039 0.017 0.030 0.088 0.002 0.001 0.013 0.541 37 M 0.170 0.145 0.008 0.025 0.013 0.023 0.130 0.002 0.001 0.005 0.479 38 G 0.124 0.107 0.009 0.028 0.012 0.032 0.114 0.003 0.001 0.006 0.564 39 E 0.117 0.102 0.005 0.016 0.013 0.023 0.131 0.003 0.001 0.005 0.585 40 S 0.055 0.141 0.003 0.009 0.004 0.007 0.170 0.002 0.001 0.002 0.608 41 I 0.047 0.367 0.008 0.007 0.004 0.010 0.075 0.002 0.001 0.001 0.477 42 E 0.018 0.485 0.002 0.005 0.004 0.011 0.093 0.002 0.001 0.001 0.379 43 D 0.042 0.516 0.002 0.005 0.002 0.003 0.082 0.003 0.001 0.001 0.346 44 A 0.037 0.910 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.036 45 C 0.011 0.953 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.018 46 A 0.013 0.948 0.005 0.002 0.002 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 0.012 47 V 0.094 0.800 0.004 0.007 0.002 0.003 0.002 0.042 0.001 0.001 0.047 48 H 0.210 0.586 0.028 0.017 0.008 0.008 0.009 0.072 0.001 0.002 0.059 49 G 0.416 0.081 0.071 0.013 0.009 0.015 0.021 0.101 0.001 0.005 0.269 50 I 0.120 0.048 0.466 0.087 0.007 0.010 0.072 0.012 0.001 0.003 0.175 51 D 0.011 0.009 0.003 0.042 0.008 0.009 0.270 0.001 0.001 0.001 0.646 52 A 0.006 0.018 0.002 0.012 0.002 0.003 0.094 0.001 0.001 0.002 0.860 53 D 0.004 0.019 0.001 0.006 0.001 0.006 0.552 0.001 0.001 0.021 0.391 54 K 0.064 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.841 0.001 0.001 0.002 0.078 55 L 0.011 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.020 56 V 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 57 K 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 58 E 0.008 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 59 L 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 60 N 0.007 0.965 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.011 61 E 0.008 0.952 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.023 62 Y 0.037 0.903 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.042 63 F 0.046 0.879 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 0.046 64 E 0.026 0.894 0.020 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.037 65 K 0.063 0.809 0.013 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 0.001 0.001 0.079 66 K 0.123 0.741 0.013 0.002 0.001 0.002 0.005 0.030 0.001 0.001 0.083 67 E 0.110 0.469 0.024 0.006 0.006 0.008 0.029 0.031 0.001 0.002 0.315 68 V 0.101 0.214 0.044 0.011 0.010 0.016 0.057 0.019 0.001 0.003 0.524