# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0607 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.012 0.030 0.050 0.070 0.028 0.006 0.764 2 K 0.037 0.005 0.030 0.055 0.096 0.059 0.005 0.713 3 I 0.032 0.005 0.050 0.081 0.116 0.038 0.002 0.676 4 T 0.021 0.012 0.080 0.168 0.240 0.148 0.003 0.328 5 K 0.006 0.002 0.008 0.007 0.017 0.012 0.001 0.949 6 D 0.024 0.019 0.038 0.019 0.048 0.398 0.007 0.448 7 M 0.434 0.029 0.022 0.027 0.028 0.153 0.020 0.287 8 I 0.111 0.148 0.068 0.031 0.050 0.223 0.011 0.359 9 I 0.021 0.115 0.068 0.063 0.126 0.102 0.003 0.502 10 A 0.015 0.221 0.066 0.063 0.156 0.136 0.003 0.338 11 D 0.028 0.333 0.022 0.029 0.051 0.150 0.004 0.383 12 V 0.025 0.826 0.023 0.008 0.024 0.015 0.005 0.075 13 L 0.015 0.911 0.011 0.010 0.023 0.004 0.003 0.023 14 Q 0.034 0.874 0.013 0.015 0.023 0.004 0.008 0.030 15 M 0.110 0.751 0.012 0.005 0.013 0.004 0.040 0.066 16 D 0.246 0.446 0.029 0.020 0.023 0.015 0.091 0.129 17 R 0.069 0.190 0.034 0.017 0.012 0.054 0.045 0.580 18 G 0.094 0.076 0.038 0.015 0.015 0.219 0.041 0.503 19 T 0.285 0.064 0.026 0.005 0.007 0.142 0.024 0.446 20 A 0.061 0.151 0.040 0.061 0.046 0.087 0.006 0.547 21 P 0.002 0.011 0.004 0.002 0.005 0.032 0.001 0.944 22 I 0.040 0.131 0.016 0.095 0.113 0.104 0.003 0.498 23 F 0.024 0.750 0.041 0.029 0.106 0.008 0.001 0.040 24 I 0.035 0.809 0.016 0.026 0.065 0.003 0.003 0.042 25 N 0.044 0.794 0.011 0.012 0.028 0.004 0.010 0.097 26 N 0.132 0.515 0.012 0.012 0.021 0.018 0.158 0.133 27 G 0.589 0.058 0.019 0.008 0.012 0.013 0.171 0.132 28 M 0.031 0.029 0.690 0.021 0.014 0.048 0.008 0.158 29 H 0.032 0.021 0.175 0.077 0.051 0.251 0.008 0.385 30 C 0.071 0.021 0.109 0.021 0.039 0.064 0.004 0.671 31 L 0.041 0.032 0.204 0.032 0.054 0.183 0.006 0.448 32 G 0.046 0.017 0.061 0.020 0.035 0.215 0.010 0.597 33 C 0.165 0.037 0.106 0.037 0.059 0.140 0.011 0.444 34 P 0.004 0.003 0.007 0.002 0.005 0.011 0.001 0.968 35 S 0.042 0.030 0.049 0.027 0.059 0.132 0.008 0.652 36 S 0.208 0.074 0.051 0.017 0.029 0.151 0.015 0.455 37 M 0.176 0.127 0.048 0.016 0.033 0.106 0.027 0.467 38 G 0.223 0.134 0.062 0.011 0.027 0.081 0.032 0.431 39 E 0.164 0.173 0.071 0.034 0.025 0.182 0.012 0.339 40 S 0.025 0.137 0.014 0.006 0.011 0.174 0.004 0.628 41 I 0.029 0.362 0.026 0.012 0.038 0.082 0.004 0.447 42 E 0.008 0.468 0.010 0.005 0.011 0.222 0.002 0.273 43 D 0.021 0.576 0.003 0.003 0.003 0.218 0.004 0.173 44 A 0.013 0.970 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 45 C 0.004 0.976 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 46 A 0.015 0.952 0.003 0.003 0.004 0.002 0.005 0.015 47 V 0.046 0.915 0.007 0.001 0.003 0.001 0.014 0.013 48 H 0.108 0.648 0.030 0.005 0.005 0.009 0.126 0.068 49 G 0.148 0.264 0.163 0.012 0.009 0.019 0.095 0.291 50 I 0.057 0.075 0.628 0.010 0.006 0.057 0.009 0.158 51 D 0.024 0.049 0.058 0.017 0.010 0.159 0.005 0.678 52 A 0.017 0.062 0.035 0.002 0.007 0.142 0.002 0.734 53 D 0.011 0.068 0.006 0.001 0.001 0.454 0.002 0.457 54 K 0.033 0.131 0.002 0.001 0.001 0.519 0.003 0.313 55 L 0.028 0.881 0.003 0.001 0.001 0.038 0.001 0.049 56 V 0.013 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 57 K 0.012 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 58 E 0.014 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 59 L 0.054 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.015 60 N 0.045 0.884 0.005 0.001 0.001 0.008 0.020 0.037 61 E 0.043 0.878 0.017 0.001 0.001 0.005 0.016 0.042 62 Y 0.077 0.756 0.011 0.001 0.001 0.013 0.024 0.119 63 F 0.044 0.844 0.010 0.001 0.001 0.012 0.009 0.079 64 E 0.056 0.777 0.030 0.002 0.002 0.018 0.014 0.103 65 K 0.137 0.666 0.021 0.003 0.002 0.015 0.027 0.128 66 K 0.121 0.565 0.027 0.004 0.003 0.029 0.032 0.220 67 E 0.123 0.417 0.036 0.009 0.008 0.043 0.038 0.325 68 V 0.109 0.181 0.056 0.014 0.017 0.039 0.024 0.561