# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0607 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.128 0.299 0.052 0.007 0.371 0.009 0.015 0.030 0.023 0.021 0.045 2 K 0.194 0.214 0.045 0.003 0.426 0.004 0.015 0.024 0.008 0.016 0.050 3 I 0.165 0.339 0.082 0.018 0.215 0.011 0.016 0.028 0.019 0.045 0.062 4 T 0.053 0.360 0.256 0.057 0.157 0.015 0.010 0.047 0.025 0.007 0.015 5 K 0.003 0.018 0.015 0.012 0.005 0.041 0.208 0.519 0.155 0.019 0.004 6 D 0.026 0.027 0.015 0.005 0.028 0.005 0.027 0.164 0.072 0.557 0.074 7 M 0.052 0.482 0.011 0.001 0.319 0.003 0.006 0.082 0.018 0.011 0.015 8 I 0.135 0.251 0.035 0.003 0.258 0.004 0.009 0.239 0.022 0.014 0.029 9 I 0.047 0.018 0.003 0.003 0.041 0.003 0.005 0.713 0.124 0.031 0.012 10 A 0.007 0.013 0.007 0.005 0.015 0.011 0.023 0.809 0.097 0.010 0.004 11 D 0.014 0.018 0.004 0.001 0.015 0.002 0.021 0.809 0.079 0.031 0.005 12 V 0.007 0.004 0.002 0.001 0.009 0.002 0.008 0.717 0.209 0.037 0.004 13 L 0.005 0.010 0.004 0.003 0.010 0.012 0.024 0.641 0.264 0.023 0.005 14 Q 0.019 0.017 0.007 0.003 0.035 0.007 0.071 0.590 0.139 0.103 0.010 15 M 0.038 0.068 0.049 0.012 0.066 0.020 0.146 0.253 0.074 0.259 0.016 16 D 0.157 0.233 0.119 0.008 0.355 0.004 0.006 0.033 0.017 0.016 0.051 17 R 0.005 0.010 0.004 0.002 0.006 0.005 0.013 0.492 0.438 0.022 0.004 18 G 0.006 0.024 0.016 0.005 0.008 0.016 0.068 0.537 0.182 0.129 0.008 19 T 0.034 0.106 0.040 0.012 0.048 0.010 0.021 0.459 0.109 0.138 0.023 20 A 0.035 0.091 0.079 0.017 0.053 0.008 0.011 0.598 0.070 0.024 0.015 21 P 0.018 0.076 0.013 0.002 0.065 0.003 0.009 0.715 0.090 0.005 0.005 22 I 0.032 0.017 0.002 0.001 0.033 0.001 0.026 0.842 0.038 0.005 0.003 23 F 0.032 0.012 0.003 0.002 0.062 0.003 0.023 0.775 0.061 0.021 0.007 24 I 0.025 0.013 0.010 0.005 0.030 0.014 0.051 0.660 0.119 0.059 0.014 25 N 0.020 0.034 0.021 0.024 0.033 0.048 0.126 0.538 0.084 0.052 0.018 26 N 0.009 0.500 0.261 0.057 0.036 0.024 0.033 0.026 0.017 0.026 0.012 27 G 0.034 0.011 0.016 0.028 0.014 0.012 0.006 0.021 0.022 0.515 0.323 28 M 0.092 0.292 0.083 0.021 0.192 0.020 0.032 0.079 0.070 0.075 0.043 29 H 0.130 0.143 0.072 0.036 0.181 0.042 0.049 0.104 0.076 0.095 0.073 30 C 0.155 0.099 0.068 0.042 0.165 0.051 0.056 0.108 0.101 0.100 0.055 31 L 0.080 0.118 0.064 0.048 0.144 0.054 0.081 0.158 0.090 0.125 0.038 32 G 0.063 0.111 0.120 0.111 0.086 0.037 0.034 0.081 0.065 0.225 0.067 33 C 0.059 0.363 0.176 0.023 0.217 0.007 0.008 0.063 0.038 0.022 0.023 34 P 0.052 0.100 0.035 0.010 0.095 0.014 0.042 0.342 0.235 0.054 0.022 35 S 0.068 0.076 0.047 0.016 0.082 0.021 0.077 0.260 0.151 0.154 0.047 36 S 0.059 0.169 0.099 0.041 0.107 0.031 0.058 0.204 0.101 0.097 0.037 37 M 0.029 0.129 0.083 0.042 0.051 0.050 0.113 0.270 0.098 0.108 0.027 38 G 0.055 0.063 0.036 0.022 0.065 0.014 0.018 0.202 0.134 0.305 0.084 39 E 0.029 0.212 0.063 0.014 0.136 0.028 0.048 0.297 0.087 0.064 0.021 40 S 0.147 0.277 0.049 0.002 0.238 0.003 0.006 0.192 0.023 0.034 0.029 41 I 0.010 0.007 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.619 0.323 0.020 0.005 42 E 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.883 0.096 0.004 0.001 43 D 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.891 0.064 0.023 0.001 44 A 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.912 0.053 0.011 0.001 45 C 0.006 0.009 0.002 0.002 0.016 0.003 0.010 0.832 0.107 0.008 0.003 46 A 0.011 0.007 0.005 0.003 0.013 0.005 0.039 0.770 0.112 0.030 0.004 47 V 0.029 0.013 0.012 0.011 0.020 0.012 0.165 0.622 0.061 0.045 0.010 48 H 0.009 0.422 0.164 0.056 0.043 0.049 0.089 0.079 0.033 0.037 0.018 49 G 0.050 0.016 0.012 0.018 0.023 0.007 0.006 0.055 0.029 0.492 0.292 50 I 0.025 0.482 0.098 0.008 0.157 0.021 0.026 0.079 0.035 0.046 0.021 51 D 0.147 0.392 0.096 0.002 0.281 0.002 0.003 0.036 0.005 0.011 0.025 52 A 0.003 0.010 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.603 0.359 0.013 0.002 53 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.943 0.051 0.001 0.001 54 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.024 0.003 0.001 55 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.036 0.019 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.027 0.001 0.001 57 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.018 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.983 0.009 0.002 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.882 0.084 0.029 0.001 60 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.905 0.089 0.002 0.001 61 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.922 0.048 0.007 0.001 62 Y 0.004 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.027 0.869 0.069 0.018 0.001 63 F 0.009 0.010 0.003 0.002 0.010 0.005 0.017 0.712 0.183 0.040 0.009 64 E 0.002 0.005 0.003 0.002 0.004 0.011 0.065 0.678 0.160 0.068 0.003 65 K 0.018 0.079 0.036 0.005 0.048 0.011 0.069 0.481 0.122 0.119 0.011 66 K 0.052 0.108 0.043 0.012 0.073 0.022 0.061 0.328 0.144 0.116 0.040 67 E 0.073 0.071 0.034 0.012 0.081 0.018 0.056 0.322 0.147 0.143 0.043 68 V 0.081 0.129 0.043 0.013 0.134 0.019 0.042 0.282 0.110 0.111 0.037