# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0607 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.720 0.150 0.099 0.025 0.006 0.001 0.001 2 K 0.638 0.244 0.099 0.015 0.003 0.001 0.001 3 I 0.119 0.138 0.176 0.337 0.188 0.040 0.001 4 T 0.419 0.308 0.173 0.073 0.022 0.006 0.001 5 K 0.474 0.274 0.136 0.077 0.030 0.008 0.001 6 D 0.330 0.268 0.201 0.128 0.053 0.017 0.002 7 M 0.102 0.150 0.206 0.229 0.206 0.098 0.009 8 I 0.081 0.187 0.267 0.233 0.153 0.067 0.012 9 I 0.025 0.042 0.056 0.123 0.243 0.393 0.119 10 A 0.044 0.114 0.193 0.281 0.227 0.115 0.027 11 D 0.066 0.197 0.273 0.256 0.131 0.061 0.016 12 V 0.028 0.043 0.082 0.162 0.317 0.312 0.057 13 L 0.023 0.037 0.062 0.170 0.335 0.320 0.053 14 Q 0.116 0.286 0.291 0.193 0.081 0.029 0.004 15 M 0.128 0.240 0.230 0.234 0.122 0.041 0.004 16 D 0.138 0.212 0.226 0.224 0.128 0.066 0.006 17 R 0.391 0.276 0.181 0.105 0.035 0.011 0.001 18 G 0.302 0.349 0.205 0.095 0.037 0.011 0.001 19 T 0.088 0.163 0.178 0.214 0.203 0.137 0.016 20 A 0.030 0.076 0.160 0.316 0.273 0.130 0.015 21 P 0.105 0.305 0.316 0.186 0.062 0.023 0.003 22 I 0.023 0.064 0.166 0.307 0.283 0.142 0.014 23 F 0.014 0.020 0.034 0.093 0.318 0.428 0.093 24 I 0.044 0.125 0.223 0.305 0.216 0.075 0.012 25 N 0.291 0.387 0.188 0.089 0.030 0.012 0.003 26 N 0.090 0.171 0.201 0.234 0.177 0.108 0.019 27 G 0.159 0.229 0.206 0.189 0.112 0.076 0.027 28 M 0.060 0.089 0.109 0.185 0.261 0.226 0.070 29 H 0.118 0.154 0.165 0.203 0.175 0.135 0.050 30 C 0.065 0.068 0.076 0.125 0.194 0.274 0.198 31 L 0.109 0.081 0.078 0.119 0.168 0.230 0.215 32 G 0.129 0.143 0.124 0.165 0.146 0.149 0.144 33 C 0.118 0.097 0.098 0.137 0.162 0.214 0.174 34 P 0.123 0.100 0.085 0.119 0.162 0.207 0.204 35 S 0.125 0.115 0.091 0.136 0.149 0.200 0.184 36 S 0.125 0.106 0.123 0.140 0.172 0.212 0.121 37 M 0.094 0.115 0.131 0.181 0.176 0.185 0.119 38 G 0.071 0.076 0.105 0.148 0.200 0.252 0.148 39 E 0.055 0.078 0.105 0.150 0.221 0.283 0.107 40 S 0.036 0.099 0.203 0.279 0.199 0.125 0.058 41 I 0.013 0.015 0.023 0.059 0.176 0.468 0.248 42 E 0.035 0.109 0.171 0.271 0.227 0.142 0.046 43 D 0.049 0.146 0.214 0.264 0.163 0.114 0.050 44 A 0.021 0.034 0.049 0.110 0.217 0.392 0.178 45 C 0.035 0.055 0.071 0.163 0.226 0.296 0.153 46 A 0.092 0.186 0.192 0.221 0.162 0.106 0.041 47 V 0.093 0.132 0.183 0.223 0.187 0.136 0.046 48 H 0.057 0.081 0.100 0.169 0.233 0.297 0.063 49 G 0.130 0.246 0.255 0.180 0.113 0.065 0.011 50 I 0.077 0.109 0.189 0.274 0.211 0.127 0.013 51 D 0.114 0.241 0.232 0.200 0.133 0.070 0.011 52 A 0.066 0.126 0.191 0.281 0.217 0.109 0.010 53 D 0.391 0.386 0.158 0.051 0.010 0.002 0.001 54 K 0.114 0.384 0.306 0.144 0.041 0.010 0.001 55 L 0.005 0.011 0.043 0.186 0.540 0.209 0.007 56 V 0.008 0.047 0.214 0.377 0.280 0.071 0.003 57 K 0.348 0.464 0.160 0.024 0.004 0.001 0.001 58 E 0.062 0.311 0.377 0.193 0.052 0.005 0.001 59 L 0.006 0.010 0.029 0.152 0.514 0.284 0.005 60 N 0.083 0.283 0.384 0.202 0.041 0.006 0.001 61 E 0.368 0.477 0.131 0.019 0.004 0.001 0.001 62 Y 0.045 0.134 0.280 0.379 0.143 0.020 0.001 63 F 0.107 0.199 0.255 0.302 0.117 0.020 0.001 64 E 0.655 0.268 0.067 0.009 0.001 0.001 0.001 65 K 0.758 0.204 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 66 K 0.713 0.226 0.050 0.010 0.001 0.001 0.001 67 E 0.728 0.215 0.042 0.013 0.001 0.001 0.001 68 V 0.736 0.194 0.055 0.013 0.002 0.001 0.001