# TARGET T0473 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0473.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0607 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.215 0.119 0.112 0.135 0.135 0.110 0.071 0.045 0.027 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 2 K 0.270 0.173 0.171 0.130 0.096 0.070 0.038 0.023 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 3 I 0.108 0.053 0.059 0.096 0.134 0.134 0.127 0.123 0.067 0.043 0.028 0.016 0.009 0.002 4 T 0.157 0.146 0.152 0.163 0.130 0.095 0.063 0.045 0.029 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 5 K 0.165 0.089 0.098 0.135 0.138 0.133 0.099 0.060 0.041 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 6 D 0.122 0.126 0.149 0.169 0.155 0.120 0.074 0.042 0.026 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 7 M 0.157 0.103 0.098 0.117 0.143 0.119 0.097 0.072 0.041 0.027 0.012 0.007 0.005 0.001 8 I 0.057 0.076 0.078 0.128 0.158 0.157 0.138 0.109 0.054 0.026 0.010 0.005 0.002 0.001 9 I 0.022 0.018 0.024 0.048 0.086 0.135 0.177 0.194 0.123 0.066 0.070 0.018 0.013 0.005 10 A 0.085 0.131 0.139 0.193 0.162 0.121 0.076 0.046 0.027 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 11 D 0.190 0.160 0.187 0.171 0.124 0.083 0.038 0.023 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 12 V 0.033 0.035 0.044 0.102 0.149 0.186 0.177 0.144 0.069 0.029 0.018 0.007 0.005 0.001 13 L 0.049 0.048 0.059 0.106 0.176 0.186 0.162 0.119 0.051 0.021 0.013 0.005 0.003 0.001 14 Q 0.332 0.249 0.178 0.103 0.057 0.045 0.019 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 15 M 0.209 0.133 0.166 0.184 0.137 0.093 0.040 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 16 D 0.194 0.124 0.149 0.161 0.141 0.122 0.063 0.022 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 17 R 0.289 0.156 0.190 0.132 0.105 0.064 0.035 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 18 G 0.360 0.201 0.132 0.116 0.089 0.046 0.028 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 19 T 0.102 0.082 0.086 0.136 0.160 0.146 0.119 0.080 0.046 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 20 A 0.057 0.054 0.073 0.116 0.156 0.158 0.144 0.114 0.064 0.032 0.019 0.008 0.004 0.002 21 P 0.254 0.161 0.135 0.137 0.108 0.081 0.049 0.034 0.021 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 22 I 0.083 0.062 0.079 0.130 0.163 0.139 0.119 0.102 0.053 0.033 0.018 0.012 0.005 0.002 23 F 0.050 0.038 0.044 0.080 0.131 0.151 0.165 0.148 0.089 0.040 0.037 0.013 0.009 0.004 24 I 0.100 0.104 0.109 0.168 0.185 0.140 0.081 0.058 0.030 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 25 N 0.451 0.200 0.121 0.074 0.052 0.044 0.029 0.010 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 26 N 0.133 0.100 0.144 0.171 0.158 0.149 0.069 0.039 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 27 G 0.290 0.144 0.171 0.119 0.099 0.071 0.052 0.020 0.021 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 28 M 0.135 0.089 0.078 0.122 0.139 0.144 0.111 0.084 0.046 0.025 0.014 0.007 0.004 0.001 29 H 0.157 0.104 0.105 0.130 0.146 0.109 0.092 0.064 0.044 0.026 0.015 0.006 0.002 0.001 30 C 0.072 0.040 0.054 0.070 0.105 0.103 0.118 0.124 0.102 0.083 0.066 0.036 0.020 0.008 31 L 0.064 0.041 0.046 0.066 0.091 0.111 0.110 0.122 0.107 0.087 0.078 0.047 0.021 0.009 32 G 0.107 0.072 0.079 0.106 0.118 0.107 0.102 0.097 0.072 0.063 0.035 0.026 0.010 0.007 33 C 0.060 0.035 0.037 0.052 0.080 0.102 0.122 0.122 0.122 0.103 0.082 0.049 0.024 0.010 34 P 0.082 0.055 0.075 0.089 0.126 0.126 0.124 0.107 0.082 0.060 0.041 0.018 0.008 0.005 35 S 0.093 0.056 0.063 0.084 0.119 0.114 0.121 0.110 0.085 0.068 0.045 0.025 0.011 0.006 36 S 0.120 0.085 0.083 0.093 0.118 0.115 0.109 0.095 0.076 0.054 0.027 0.015 0.008 0.003 37 M 0.089 0.063 0.079 0.114 0.157 0.145 0.128 0.090 0.065 0.041 0.017 0.007 0.003 0.002 38 G 0.062 0.060 0.077 0.116 0.157 0.152 0.129 0.108 0.065 0.041 0.018 0.008 0.003 0.002 39 E 0.242 0.147 0.107 0.120 0.124 0.087 0.069 0.045 0.026 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 40 S 0.110 0.130 0.141 0.165 0.153 0.115 0.078 0.058 0.028 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 41 I 0.025 0.019 0.024 0.051 0.098 0.151 0.201 0.191 0.120 0.051 0.047 0.011 0.008 0.003 42 E 0.069 0.131 0.160 0.217 0.176 0.124 0.061 0.031 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 43 D 0.415 0.230 0.157 0.083 0.044 0.042 0.013 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.038 0.044 0.058 0.141 0.190 0.204 0.146 0.091 0.047 0.021 0.009 0.007 0.003 0.001 45 C 0.044 0.036 0.051 0.081 0.140 0.167 0.195 0.155 0.063 0.026 0.027 0.008 0.006 0.002 46 A 0.281 0.192 0.145 0.134 0.100 0.070 0.036 0.021 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 47 V 0.175 0.114 0.117 0.148 0.144 0.113 0.078 0.052 0.031 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 48 H 0.065 0.045 0.062 0.117 0.199 0.194 0.154 0.080 0.045 0.024 0.010 0.004 0.001 0.001 49 G 0.178 0.155 0.193 0.158 0.127 0.093 0.044 0.025 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 50 I 0.416 0.152 0.080 0.096 0.104 0.059 0.041 0.034 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 51 D 0.132 0.140 0.155 0.178 0.152 0.114 0.063 0.031 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 52 A 0.023 0.027 0.053 0.130 0.203 0.217 0.168 0.100 0.056 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 53 D 0.481 0.257 0.174 0.049 0.020 0.011 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 K 0.318 0.321 0.244 0.069 0.026 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.007 0.014 0.019 0.083 0.145 0.223 0.257 0.166 0.068 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 56 V 0.007 0.043 0.072 0.237 0.298 0.192 0.089 0.039 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 57 K 0.664 0.255 0.064 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.068 0.139 0.282 0.261 0.146 0.079 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.003 0.008 0.019 0.077 0.162 0.223 0.287 0.150 0.059 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 60 N 0.135 0.256 0.265 0.177 0.105 0.043 0.013 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.668 0.228 0.079 0.014 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 Y 0.033 0.052 0.075 0.237 0.280 0.174 0.103 0.030 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 F 0.055 0.084 0.107 0.216 0.272 0.140 0.081 0.030 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 E 0.737 0.178 0.045 0.018 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.713 0.132 0.074 0.037 0.022 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.558 0.143 0.111 0.070 0.059 0.030 0.024 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.641 0.152 0.098 0.043 0.030 0.019 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.641 0.144 0.077 0.050 0.041 0.023 0.015 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001