# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.4049 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.055 0.074 0.116 0.137 0.009 0.127 0.062 0.008 0.004 0.006 0.006 0.011 0.009 0.038 0.019 0.075 0.069 0.068 0.061 0.004 2 S 0.051 0.074 0.065 0.093 0.173 0.004 0.096 0.039 0.006 0.002 0.006 0.007 0.013 0.011 0.036 0.035 0.096 0.029 0.054 0.101 0.009 3 G 0.077 0.111 0.100 0.122 0.140 0.005 0.082 0.040 0.003 0.002 0.006 0.007 0.013 0.012 0.058 0.026 0.044 0.032 0.035 0.073 0.012 4 W 0.087 0.194 0.051 0.096 0.224 0.003 0.048 0.035 0.003 0.001 0.013 0.012 0.030 0.020 0.031 0.050 0.032 0.017 0.018 0.015 0.022 5 Y 0.183 0.289 0.107 0.091 0.105 0.002 0.015 0.027 0.002 0.001 0.012 0.011 0.029 0.019 0.049 0.015 0.004 0.005 0.007 0.005 0.022 6 E 0.262 0.371 0.040 0.088 0.140 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.007 0.008 0.022 0.012 0.009 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.014 7 L 0.321 0.315 0.023 0.070 0.187 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.008 0.020 0.007 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 8 S 0.233 0.290 0.111 0.162 0.126 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.005 0.012 0.003 0.023 0.003 0.001 0.003 0.003 0.006 0.006 9 K 0.139 0.164 0.046 0.103 0.467 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.010 0.006 0.007 0.010 0.010 0.013 0.005 10 S 0.085 0.084 0.215 0.208 0.185 0.001 0.023 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.037 0.003 0.025 0.030 0.026 0.066 0.002 11 S 0.014 0.014 0.201 0.248 0.177 0.001 0.085 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.098 0.015 0.024 0.105 0.001 12 N 0.009 0.018 0.067 0.070 0.151 0.001 0.461 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.118 0.036 0.010 0.048 0.001 13 D 0.052 0.046 0.327 0.107 0.182 0.001 0.143 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.014 0.075 0.010 0.031 0.001 14 Q 0.072 0.124 0.094 0.059 0.611 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.004 0.002 0.004 0.005 0.002 0.005 0.002 15 F 0.259 0.394 0.073 0.059 0.172 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.014 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 16 K 0.311 0.429 0.025 0.057 0.126 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.023 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 17 F 0.396 0.495 0.010 0.033 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 18 V 0.362 0.487 0.012 0.041 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 19 L 0.442 0.404 0.015 0.044 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 20 K 0.362 0.277 0.046 0.083 0.180 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.002 0.016 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 21 A 0.269 0.276 0.052 0.105 0.191 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.004 0.043 0.006 0.005 0.007 0.008 0.009 0.004 22 G 0.110 0.050 0.196 0.176 0.177 0.001 0.026 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.005 0.003 0.132 0.007 0.028 0.013 0.017 0.048 0.001 23 N 0.020 0.038 0.068 0.148 0.134 0.001 0.185 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.036 0.033 0.116 0.036 0.033 0.140 0.004 24 G 0.048 0.064 0.050 0.014 0.291 0.001 0.188 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.015 0.009 0.057 0.041 0.044 0.114 0.015 0.022 0.010 25 E 0.174 0.152 0.241 0.063 0.086 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.019 0.023 0.044 0.047 0.079 0.015 0.004 0.008 0.009 0.010 0.018 26 V 0.177 0.166 0.012 0.012 0.389 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.024 0.052 0.068 0.020 0.030 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 27 I 0.144 0.212 0.034 0.056 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.036 0.040 0.121 0.116 0.176 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 28 L 0.164 0.158 0.015 0.033 0.071 0.001 0.003 0.003 0.006 0.001 0.058 0.074 0.181 0.157 0.022 0.027 0.002 0.001 0.003 0.003 0.018 29 T 0.178 0.202 0.032 0.051 0.116 0.001 0.010 0.007 0.004 0.001 0.022 0.029 0.051 0.113 0.096 0.035 0.014 0.007 0.011 0.012 0.011 30 S 0.059 0.079 0.039 0.061 0.114 0.005 0.043 0.031 0.004 0.003 0.011 0.015 0.021 0.042 0.154 0.086 0.064 0.035 0.046 0.082 0.006 31 E 0.030 0.034 0.060 0.057 0.076 0.010 0.083 0.051 0.002 0.002 0.006 0.006 0.012 0.013 0.107 0.046 0.231 0.037 0.052 0.083 0.002 32 L 0.014 0.021 0.033 0.036 0.075 0.015 0.236 0.123 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.007 0.040 0.028 0.150 0.067 0.065 0.074 0.002 33 Y 0.015 0.013 0.040 0.029 0.062 0.014 0.113 0.235 0.004 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.035 0.012 0.138 0.108 0.095 0.072 0.001 34 T 0.005 0.006 0.039 0.043 0.051 0.012 0.079 0.276 0.005 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.022 0.011 0.303 0.021 0.039 0.075 0.001 35 G 0.012 0.013 0.019 0.033 0.073 0.011 0.128 0.343 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 0.013 0.125 0.053 0.065 0.083 0.001 36 K 0.003 0.004 0.013 0.030 0.025 0.005 0.037 0.318 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.006 0.431 0.025 0.036 0.039 0.001 37 S 0.004 0.003 0.009 0.009 0.014 0.014 0.112 0.605 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.129 0.027 0.019 0.038 0.001 38 G 0.003 0.003 0.004 0.003 0.012 0.021 0.076 0.709 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.046 0.057 0.036 0.018 0.001 39 A 0.001 0.002 0.005 0.006 0.010 0.006 0.032 0.747 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.142 0.009 0.013 0.010 0.001 40 M 0.001 0.002 0.016 0.014 0.009 0.011 0.118 0.508 0.043 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.206 0.012 0.018 0.015 0.001 41 N 0.001 0.002 0.003 0.004 0.008 0.013 0.385 0.398 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.112 0.014 0.011 0.034 0.001 42 G 0.002 0.003 0.006 0.009 0.017 0.011 0.069 0.492 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.066 0.221 0.043 0.042 0.001 43 I 0.003 0.004 0.008 0.007 0.022 0.004 0.016 0.504 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.012 0.284 0.022 0.067 0.029 0.001 44 E 0.001 0.002 0.018 0.009 0.005 0.011 0.029 0.717 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.027 0.003 0.146 0.004 0.007 0.010 0.001 45 S 0.005 0.005 0.003 0.005 0.024 0.021 0.110 0.704 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.007 0.033 0.028 0.024 0.010 0.001 46 V 0.002 0.003 0.009 0.009 0.010 0.009 0.036 0.620 0.020 0.008 0.001 0.001 0.003 0.007 0.037 0.007 0.134 0.039 0.033 0.012 0.001 47 Q 0.002 0.002 0.012 0.009 0.016 0.019 0.139 0.458 0.016 0.005 0.001 0.001 0.003 0.006 0.020 0.013 0.203 0.019 0.031 0.027 0.001 48 T 0.002 0.002 0.013 0.012 0.014 0.033 0.414 0.118 0.016 0.003 0.001 0.001 0.002 0.007 0.023 0.010 0.136 0.108 0.040 0.044 0.001 49 N 0.001 0.001 0.010 0.008 0.059 0.007 0.121 0.053 0.013 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.015 0.052 0.128 0.165 0.164 0.194 0.001 50 S 0.001 0.001 0.011 0.012 0.002 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.011 0.228 0.028 0.200 0.465 0.001 51 P 0.001 0.001 0.004 0.004 0.033 0.005 0.031 0.153 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.320 0.055 0.088 0.266 0.001 52 I 0.001 0.001 0.005 0.009 0.005 0.010 0.094 0.425 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.260 0.031 0.071 0.068 0.001 53 E 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.006 0.104 0.647 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.184 0.014 0.011 0.014 0.001 54 A 0.002 0.002 0.008 0.008 0.006 0.011 0.160 0.694 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.071 0.010 0.008 0.009 0.001 55 R 0.004 0.006 0.007 0.010 0.023 0.007 0.098 0.731 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.054 0.019 0.014 0.015 0.001 56 Y 0.007 0.011 0.013 0.018 0.017 0.006 0.037 0.782 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.050 0.015 0.016 0.014 0.001 57 A 0.023 0.032 0.023 0.044 0.061 0.009 0.049 0.616 0.009 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.006 0.005 0.059 0.014 0.020 0.016 0.001 58 K 0.039 0.050 0.032 0.066 0.068 0.014 0.080 0.500 0.010 0.006 0.002 0.001 0.004 0.002 0.010 0.004 0.057 0.013 0.018 0.019 0.002 59 E 0.024 0.026 0.034 0.074 0.113 0.017 0.083 0.380 0.009 0.011 0.002 0.002 0.005 0.003 0.012 0.009 0.078 0.051 0.035 0.030 0.003 60 V 0.021 0.029 0.082 0.107 0.113 0.018 0.076 0.165 0.006 0.010 0.002 0.002 0.004 0.002 0.019 0.012 0.095 0.071 0.091 0.073 0.002 61 A 0.018 0.018 0.059 0.048 0.165 0.005 0.095 0.053 0.007 0.013 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 0.008 0.113 0.123 0.109 0.139 0.002 62 K 0.007 0.004 0.090 0.080 0.077 0.003 0.104 0.007 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.260 0.047 0.088 0.195 0.001 63 N 0.001 0.001 0.023 0.032 0.028 0.001 0.447 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.291 0.042 0.026 0.097 0.001 64 D 0.002 0.003 0.027 0.007 0.058 0.001 0.441 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.041 0.254 0.047 0.100 0.001 65 K 0.005 0.003 0.156 0.061 0.059 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.018 0.030 0.041 0.138 0.464 0.001 66 P 0.017 0.031 0.038 0.024 0.641 0.001 0.019 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.005 0.030 0.032 0.068 0.015 0.016 0.037 0.005 67 Y 0.094 0.153 0.166 0.142 0.066 0.001 0.039 0.004 0.001 0.001 0.029 0.029 0.085 0.026 0.114 0.012 0.008 0.004 0.008 0.004 0.015 68 F 0.221 0.272 0.051 0.078 0.173 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.023 0.027 0.058 0.030 0.020 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 69 N 0.358 0.317 0.022 0.041 0.122 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.022 0.029 0.030 0.018 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 70 L 0.286 0.314 0.031 0.063 0.099 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 0.022 0.057 0.032 0.034 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 71 K 0.234 0.351 0.037 0.059 0.164 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.010 0.010 0.031 0.009 0.041 0.013 0.002 0.002 0.004 0.003 0.019 72 A 0.197 0.214 0.075 0.160 0.112 0.002 0.010 0.006 0.005 0.005 0.015 0.011 0.023 0.022 0.074 0.015 0.012 0.012 0.016 0.007 0.007 73 A 0.090 0.053 0.110 0.155 0.186 0.003 0.083 0.002 0.004 0.009 0.007 0.008 0.011 0.015 0.094 0.021 0.047 0.011 0.025 0.064 0.004 74 N 0.022 0.034 0.058 0.099 0.083 0.002 0.218 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.006 0.051 0.031 0.051 0.104 0.060 0.163 0.006 75 H 0.033 0.041 0.030 0.017 0.273 0.002 0.122 0.002 0.001 0.001 0.007 0.008 0.014 0.010 0.037 0.111 0.092 0.112 0.034 0.046 0.011 76 Q 0.056 0.062 0.349 0.075 0.057 0.003 0.015 0.004 0.001 0.001 0.011 0.011 0.026 0.030 0.178 0.025 0.009 0.019 0.024 0.029 0.017 77 I 0.057 0.065 0.017 0.018 0.461 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.018 0.019 0.036 0.091 0.024 0.130 0.004 0.005 0.022 0.008 0.017 78 I 0.050 0.060 0.078 0.069 0.032 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.018 0.025 0.064 0.103 0.443 0.011 0.004 0.003 0.007 0.005 0.019 79 G 0.079 0.093 0.031 0.046 0.120 0.002 0.011 0.006 0.007 0.001 0.048 0.061 0.122 0.169 0.038 0.089 0.011 0.005 0.015 0.028 0.018 80 T 0.078 0.080 0.038 0.053 0.155 0.002 0.016 0.012 0.002 0.001 0.016 0.024 0.041 0.111 0.193 0.067 0.049 0.013 0.021 0.020 0.008 81 S 0.034 0.053 0.050 0.058 0.083 0.007 0.063 0.052 0.003 0.002 0.011 0.013 0.019 0.050 0.198 0.083 0.059 0.034 0.046 0.079 0.004 82 Q 0.027 0.024 0.049 0.046 0.095 0.012 0.090 0.085 0.002 0.002 0.007 0.008 0.014 0.020 0.107 0.066 0.166 0.047 0.062 0.068 0.002 83 M 0.015 0.024 0.041 0.044 0.070 0.015 0.176 0.172 0.004 0.001 0.006 0.005 0.013 0.012 0.055 0.029 0.140 0.058 0.052 0.067 0.002 84 Y 0.014 0.014 0.036 0.026 0.054 0.014 0.123 0.302 0.005 0.002 0.003 0.003 0.005 0.004 0.034 0.012 0.119 0.073 0.085 0.073 0.001 85 S 0.007 0.008 0.028 0.041 0.050 0.009 0.058 0.378 0.008 0.001 0.003 0.002 0.007 0.004 0.018 0.014 0.225 0.022 0.038 0.078 0.001 86 S 0.014 0.014 0.016 0.028 0.054 0.010 0.083 0.493 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 0.009 0.122 0.027 0.040 0.063 0.001 87 T 0.002 0.003 0.005 0.012 0.011 0.007 0.030 0.610 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.003 0.267 0.010 0.012 0.014 0.001 88 A 0.003 0.002 0.003 0.004 0.005 0.013 0.049 0.835 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.043 0.012 0.011 0.011 0.001 89 A 0.002 0.002 0.002 0.002 0.006 0.015 0.036 0.845 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 0.017 0.020 0.008 0.001 90 R 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.007 0.040 0.832 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.005 0.007 0.006 0.001 91 D 0.001 0.001 0.009 0.015 0.005 0.014 0.206 0.309 0.101 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.254 0.014 0.016 0.015 0.001 92 N 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.639 0.177 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.085 0.014 0.011 0.051 0.001 93 G 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.007 0.039 0.201 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.037 0.544 0.070 0.076 0.001 94 I 0.001 0.001 0.009 0.005 0.024 0.003 0.010 0.311 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.434 0.022 0.090 0.053 0.001 95 K 0.001 0.001 0.018 0.006 0.005 0.008 0.028 0.750 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.002 0.118 0.004 0.008 0.011 0.001 96 S 0.003 0.002 0.003 0.004 0.011 0.019 0.048 0.817 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.027 0.024 0.020 0.008 0.001 97 V 0.001 0.002 0.004 0.005 0.008 0.006 0.019 0.757 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.005 0.134 0.011 0.015 0.006 0.001 98 M 0.002 0.002 0.012 0.007 0.010 0.012 0.069 0.648 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.007 0.140 0.013 0.019 0.013 0.001 99 E 0.001 0.002 0.009 0.010 0.011 0.037 0.243 0.287 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.007 0.297 0.015 0.017 0.025 0.001 100 N 0.001 0.002 0.005 0.008 0.025 0.015 0.370 0.113 0.012 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.011 0.191 0.134 0.045 0.047 0.001 101 G 0.001 0.001 0.019 0.011 0.011 0.005 0.044 0.039 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.015 0.113 0.124 0.355 0.232 0.001 102 K 0.001 0.001 0.016 0.015 0.047 0.008 0.077 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.028 0.375 0.051 0.083 0.243 0.001 103 T 0.001 0.003 0.018 0.014 0.034 0.015 0.377 0.030 0.006 0.002 0.002 0.001 0.003 0.004 0.030 0.025 0.136 0.131 0.086 0.081 0.001 104 T 0.003 0.003 0.065 0.042 0.044 0.007 0.093 0.041 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.009 0.066 0.062 0.128 0.053 0.158 0.211 0.002 105 T 0.006 0.009 0.063 0.040 0.128 0.009 0.053 0.041 0.003 0.001 0.004 0.004 0.007 0.019 0.083 0.108 0.063 0.099 0.109 0.147 0.004 106 I 0.012 0.013 0.068 0.048 0.104 0.005 0.027 0.034 0.006 0.001 0.007 0.006 0.014 0.039 0.105 0.158 0.084 0.048 0.138 0.078 0.004 107 K 0.015 0.020 0.109 0.064 0.093 0.008 0.048 0.043 0.004 0.001 0.008 0.009 0.024 0.034 0.272 0.028 0.090 0.019 0.039 0.068 0.004 108 D 0.024 0.023 0.051 0.061 0.135 0.009 0.124 0.042 0.003 0.001 0.008 0.007 0.010 0.029 0.052 0.100 0.066 0.061 0.106 0.085 0.004 109 L 0.011 0.013 0.055 0.054 0.122 0.006 0.052 0.029 0.002 0.001 0.005 0.005 0.012 0.027 0.160 0.070 0.162 0.053 0.062 0.094 0.003 110 T 0.012 0.014 0.070 0.073 0.075 0.004 0.064 0.029 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.007 0.051 0.057 0.098 0.046 0.148 0.236 0.002