# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.4049 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.013 0.278 0.028 0.014 0.013 0.003 0.001 0.014 0.173 0.152 0.214 0.075 2 S 0.019 0.005 0.419 0.040 0.010 0.004 0.003 0.001 0.011 0.150 0.205 0.015 0.118 3 G 0.071 0.006 0.176 0.075 0.010 0.006 0.008 0.001 0.013 0.159 0.152 0.276 0.048 4 W 0.339 0.004 0.021 0.006 0.006 0.001 0.026 0.003 0.013 0.010 0.003 0.027 0.541 5 Y 0.572 0.002 0.005 0.029 0.001 0.001 0.040 0.006 0.006 0.002 0.001 0.308 0.030 6 E 0.637 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.045 0.005 0.004 0.001 0.001 0.103 0.196 7 L 0.621 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.029 0.003 0.005 0.001 0.001 0.073 0.257 8 S 0.367 0.004 0.029 0.046 0.001 0.001 0.008 0.001 0.011 0.007 0.003 0.385 0.137 9 K 0.105 0.010 0.081 0.006 0.013 0.004 0.002 0.001 0.011 0.056 0.030 0.089 0.592 10 S 0.013 0.025 0.307 0.007 0.030 0.004 0.001 0.001 0.007 0.228 0.191 0.098 0.088 11 S 0.003 0.006 0.087 0.020 0.023 0.004 0.001 0.001 0.002 0.140 0.672 0.021 0.021 12 N 0.002 0.002 0.032 0.010 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.102 0.825 0.006 0.009 13 D 0.013 0.009 0.170 0.033 0.012 0.003 0.001 0.001 0.003 0.289 0.380 0.051 0.036 14 Q 0.114 0.017 0.227 0.026 0.005 0.001 0.007 0.001 0.015 0.071 0.018 0.155 0.343 15 F 0.470 0.005 0.027 0.018 0.001 0.001 0.030 0.002 0.018 0.007 0.001 0.078 0.342 16 K 0.684 0.001 0.003 0.061 0.001 0.001 0.041 0.006 0.009 0.001 0.001 0.144 0.050 17 F 0.788 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.039 0.004 0.002 0.001 0.001 0.083 0.078 18 V 0.847 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.030 0.005 0.003 0.001 0.001 0.034 0.076 19 L 0.815 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 0.112 0.045 20 K 0.493 0.005 0.026 0.007 0.002 0.001 0.017 0.004 0.022 0.006 0.009 0.058 0.350 21 A 0.057 0.013 0.246 0.017 0.022 0.002 0.006 0.003 0.025 0.140 0.153 0.160 0.156 22 G 0.003 0.001 0.043 0.045 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.101 0.767 0.014 0.013 23 N 0.001 0.001 0.008 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.882 0.003 0.002 24 G 0.007 0.006 0.158 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.346 0.401 0.031 0.018 25 E 0.074 0.035 0.302 0.010 0.002 0.001 0.015 0.008 0.059 0.053 0.004 0.183 0.256 26 V 0.307 0.023 0.018 0.008 0.001 0.001 0.151 0.055 0.074 0.004 0.001 0.065 0.293 27 I 0.321 0.004 0.006 0.105 0.001 0.001 0.213 0.153 0.039 0.001 0.001 0.119 0.037 28 L 0.416 0.002 0.016 0.035 0.002 0.002 0.140 0.072 0.043 0.002 0.002 0.077 0.191 29 T 0.264 0.006 0.082 0.045 0.007 0.006 0.070 0.043 0.138 0.019 0.016 0.093 0.212 30 S 0.124 0.009 0.185 0.084 0.017 0.016 0.014 0.006 0.061 0.110 0.043 0.150 0.179 31 E 0.060 0.015 0.194 0.023 0.061 0.044 0.008 0.002 0.028 0.196 0.095 0.118 0.157 32 L 0.030 0.034 0.218 0.015 0.095 0.072 0.006 0.002 0.022 0.151 0.169 0.063 0.123 33 Y 0.034 0.056 0.272 0.014 0.061 0.124 0.005 0.001 0.011 0.111 0.106 0.107 0.098 34 T 0.009 0.035 0.306 0.003 0.060 0.197 0.002 0.001 0.009 0.159 0.109 0.034 0.077 35 G 0.002 0.011 0.277 0.004 0.068 0.343 0.001 0.001 0.005 0.126 0.132 0.011 0.019 36 K 0.001 0.003 0.051 0.001 0.096 0.711 0.001 0.001 0.001 0.042 0.082 0.005 0.006 37 S 0.001 0.004 0.023 0.002 0.102 0.653 0.001 0.001 0.001 0.037 0.170 0.003 0.006 38 G 0.001 0.007 0.037 0.001 0.088 0.616 0.001 0.001 0.001 0.037 0.199 0.007 0.004 39 A 0.001 0.001 0.027 0.001 0.052 0.830 0.001 0.001 0.002 0.011 0.072 0.001 0.004 40 M 0.001 0.004 0.023 0.002 0.042 0.805 0.001 0.001 0.002 0.020 0.094 0.004 0.003 41 N 0.003 0.002 0.020 0.005 0.027 0.645 0.001 0.001 0.001 0.047 0.242 0.003 0.004 42 G 0.008 0.003 0.079 0.006 0.015 0.479 0.001 0.001 0.003 0.049 0.334 0.013 0.008 43 I 0.008 0.005 0.110 0.001 0.022 0.759 0.001 0.001 0.008 0.014 0.024 0.003 0.043 44 E 0.018 0.009 0.045 0.018 0.028 0.759 0.003 0.003 0.016 0.018 0.017 0.049 0.017 45 S 0.011 0.003 0.026 0.002 0.044 0.783 0.004 0.004 0.026 0.004 0.027 0.014 0.051 46 V 0.005 0.002 0.028 0.004 0.031 0.823 0.003 0.007 0.019 0.007 0.042 0.007 0.021 47 Q 0.009 0.007 0.075 0.014 0.102 0.612 0.002 0.004 0.021 0.031 0.086 0.026 0.011 48 T 0.003 0.006 0.067 0.001 0.097 0.365 0.001 0.001 0.004 0.048 0.387 0.004 0.017 49 N 0.001 0.008 0.261 0.001 0.017 0.130 0.001 0.001 0.003 0.319 0.248 0.006 0.004 50 S 0.001 0.007 0.588 0.001 0.012 0.071 0.001 0.001 0.001 0.262 0.051 0.004 0.002 51 P 0.001 0.009 0.348 0.001 0.074 0.265 0.001 0.001 0.001 0.139 0.153 0.001 0.009 52 I 0.001 0.006 0.150 0.002 0.139 0.472 0.001 0.001 0.001 0.092 0.130 0.005 0.003 53 E 0.001 0.002 0.037 0.001 0.184 0.698 0.001 0.001 0.001 0.023 0.047 0.001 0.005 54 A 0.001 0.002 0.028 0.002 0.078 0.824 0.001 0.001 0.003 0.015 0.042 0.004 0.003 55 R 0.004 0.003 0.032 0.002 0.070 0.794 0.001 0.001 0.006 0.016 0.047 0.007 0.018 56 Y 0.019 0.003 0.052 0.007 0.028 0.775 0.002 0.001 0.010 0.014 0.037 0.022 0.030 57 A 0.076 0.005 0.055 0.012 0.028 0.579 0.004 0.001 0.012 0.015 0.034 0.072 0.107 58 K 0.122 0.005 0.055 0.012 0.028 0.357 0.006 0.001 0.011 0.014 0.029 0.145 0.215 59 E 0.108 0.007 0.090 0.010 0.018 0.266 0.005 0.002 0.020 0.015 0.043 0.193 0.223 60 V 0.093 0.023 0.121 0.010 0.030 0.169 0.004 0.002 0.015 0.027 0.077 0.130 0.298 61 A 0.021 0.017 0.309 0.007 0.052 0.106 0.002 0.001 0.012 0.082 0.212 0.073 0.105 62 K 0.004 0.004 0.131 0.007 0.038 0.033 0.001 0.001 0.003 0.094 0.644 0.012 0.028 63 N 0.001 0.001 0.023 0.005 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.072 0.880 0.005 0.002 64 D 0.001 0.006 0.171 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.261 0.524 0.008 0.013 65 K 0.006 0.014 0.654 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.153 0.028 0.080 0.043 66 P 0.100 0.029 0.169 0.012 0.011 0.002 0.014 0.001 0.023 0.041 0.011 0.046 0.543 67 Y 0.288 0.010 0.053 0.097 0.006 0.002 0.047 0.012 0.046 0.017 0.004 0.298 0.120 68 F 0.458 0.002 0.016 0.032 0.002 0.001 0.046 0.007 0.011 0.003 0.001 0.201 0.221 69 N 0.550 0.002 0.014 0.013 0.001 0.001 0.039 0.008 0.013 0.002 0.001 0.130 0.224 70 L 0.480 0.004 0.016 0.016 0.003 0.003 0.019 0.007 0.010 0.003 0.003 0.210 0.227 71 K 0.343 0.010 0.069 0.023 0.032 0.024 0.011 0.005 0.029 0.017 0.049 0.098 0.291 72 A 0.046 0.012 0.271 0.013 0.087 0.033 0.005 0.003 0.027 0.119 0.155 0.097 0.131 73 A 0.005 0.003 0.047 0.066 0.021 0.011 0.002 0.001 0.005 0.119 0.683 0.022 0.015 74 N 0.001 0.001 0.032 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.089 0.850 0.004 0.004 75 H 0.009 0.011 0.455 0.015 0.008 0.005 0.002 0.002 0.019 0.280 0.130 0.029 0.035 76 Q 0.039 0.054 0.302 0.011 0.005 0.006 0.014 0.016 0.098 0.089 0.013 0.200 0.152 77 I 0.108 0.028 0.051 0.010 0.005 0.007 0.122 0.107 0.177 0.011 0.004 0.033 0.338 78 I 0.119 0.016 0.041 0.221 0.004 0.007 0.092 0.160 0.103 0.014 0.006 0.182 0.034 79 G 0.103 0.011 0.148 0.038 0.014 0.023 0.068 0.073 0.148 0.032 0.031 0.077 0.235 80 T 0.063 0.014 0.257 0.028 0.028 0.041 0.028 0.029 0.141 0.086 0.069 0.059 0.157 81 S 0.047 0.018 0.230 0.073 0.060 0.080 0.007 0.007 0.044 0.184 0.074 0.087 0.087 82 Q 0.027 0.016 0.172 0.015 0.119 0.211 0.005 0.003 0.014 0.159 0.106 0.073 0.080 83 M 0.027 0.027 0.165 0.008 0.141 0.229 0.006 0.003 0.014 0.087 0.158 0.032 0.102 84 Y 0.030 0.026 0.209 0.014 0.070 0.311 0.004 0.002 0.012 0.088 0.106 0.072 0.057 85 S 0.013 0.015 0.199 0.005 0.054 0.432 0.002 0.001 0.007 0.107 0.077 0.022 0.065 86 S 0.004 0.007 0.191 0.004 0.064 0.523 0.001 0.001 0.005 0.094 0.064 0.020 0.022 87 T 0.002 0.003 0.049 0.002 0.088 0.744 0.001 0.001 0.002 0.024 0.065 0.006 0.014 88 A 0.003 0.005 0.030 0.002 0.100 0.731 0.001 0.001 0.002 0.017 0.087 0.010 0.013 89 A 0.002 0.009 0.042 0.001 0.106 0.708 0.001 0.001 0.003 0.019 0.095 0.005 0.010 90 R 0.001 0.002 0.043 0.001 0.066 0.757 0.001 0.001 0.002 0.024 0.096 0.003 0.004 91 D 0.001 0.002 0.031 0.002 0.040 0.686 0.001 0.001 0.001 0.028 0.205 0.002 0.002 92 N 0.001 0.002 0.034 0.002 0.028 0.360 0.001 0.001 0.001 0.080 0.489 0.001 0.002 93 G 0.002 0.005 0.180 0.004 0.020 0.260 0.001 0.001 0.003 0.110 0.403 0.009 0.004 94 I 0.003 0.007 0.179 0.001 0.036 0.661 0.001 0.001 0.006 0.030 0.036 0.003 0.037 95 K 0.010 0.015 0.071 0.016 0.044 0.727 0.002 0.002 0.013 0.030 0.021 0.033 0.015 96 S 0.009 0.005 0.034 0.003 0.057 0.780 0.003 0.003 0.015 0.007 0.023 0.017 0.043 97 V 0.006 0.002 0.022 0.002 0.044 0.835 0.002 0.004 0.011 0.005 0.034 0.006 0.027 98 M 0.010 0.007 0.059 0.013 0.113 0.644 0.002 0.003 0.013 0.021 0.080 0.026 0.010 99 E 0.004 0.004 0.027 0.002 0.110 0.415 0.001 0.001 0.002 0.029 0.388 0.004 0.015 100 N 0.001 0.005 0.092 0.002 0.038 0.176 0.001 0.001 0.002 0.124 0.548 0.006 0.005 101 G 0.001 0.007 0.408 0.001 0.035 0.101 0.001 0.001 0.002 0.285 0.147 0.007 0.005 102 K 0.001 0.006 0.273 0.003 0.028 0.057 0.001 0.001 0.003 0.268 0.348 0.004 0.008 103 T 0.001 0.009 0.316 0.006 0.028 0.048 0.001 0.001 0.009 0.223 0.340 0.008 0.010 104 T 0.005 0.019 0.541 0.011 0.040 0.058 0.004 0.003 0.040 0.149 0.063 0.023 0.043 105 T 0.024 0.051 0.301 0.016 0.051 0.063 0.020 0.011 0.144 0.056 0.029 0.100 0.134 106 I 0.042 0.025 0.150 0.017 0.099 0.138 0.037 0.059 0.109 0.030 0.028 0.048 0.216 107 K 0.046 0.018 0.154 0.107 0.064 0.102 0.026 0.036 0.136 0.063 0.058 0.132 0.059 108 D 0.030 0.017 0.314 0.004 0.066 0.084 0.021 0.011 0.089 0.067 0.110 0.054 0.131 109 L 0.008 0.038 0.469 0.005 0.023 0.033 0.005 0.005 0.031 0.185 0.121 0.032 0.047 110 T 0.001 0.005 0.843 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.005 0.092 0.035 0.005 0.003