# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.4049 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.027 0.173 0.282 0.035 0.071 0.098 0.010 0.016 0.013 0.031 0.019 0.109 0.022 0.009 0.036 2 S 0.057 0.150 0.302 0.359 0.003 0.018 0.005 0.019 0.005 0.002 0.009 0.009 0.023 0.001 0.022 0.018 3 G 0.018 0.042 0.094 0.677 0.014 0.062 0.007 0.003 0.020 0.012 0.007 0.009 0.013 0.004 0.001 0.016 4 W 0.034 0.081 0.150 0.721 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 5 Y 0.004 0.003 0.148 0.794 0.005 0.038 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 6 E 0.005 0.018 0.050 0.914 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.008 0.011 0.925 0.008 0.043 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 S 0.001 0.131 0.013 0.563 0.008 0.265 0.001 0.007 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 9 K 0.006 0.122 0.021 0.377 0.035 0.205 0.004 0.014 0.006 0.003 0.190 0.006 0.005 0.001 0.001 0.005 10 S 0.009 0.165 0.037 0.077 0.144 0.294 0.020 0.024 0.007 0.003 0.075 0.128 0.008 0.005 0.002 0.002 11 S 0.004 0.061 0.023 0.020 0.125 0.112 0.063 0.110 0.006 0.005 0.306 0.038 0.019 0.068 0.033 0.005 12 N 0.010 0.178 0.025 0.024 0.004 0.018 0.004 0.178 0.053 0.009 0.048 0.080 0.014 0.005 0.323 0.029 13 D 0.121 0.080 0.094 0.045 0.001 0.006 0.005 0.003 0.227 0.013 0.006 0.016 0.015 0.001 0.012 0.354 14 Q 0.317 0.026 0.557 0.077 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 15 F 0.010 0.014 0.719 0.224 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 K 0.001 0.047 0.048 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 F 0.001 0.001 0.010 0.981 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.001 0.008 0.014 0.974 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.001 0.002 0.001 0.973 0.011 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.001 0.023 0.003 0.274 0.605 0.073 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.001 0.045 0.001 0.137 0.305 0.168 0.002 0.292 0.011 0.004 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 G 0.001 0.028 0.002 0.016 0.551 0.042 0.030 0.064 0.028 0.101 0.103 0.014 0.001 0.017 0.001 0.002 23 N 0.025 0.140 0.007 0.025 0.001 0.009 0.001 0.494 0.051 0.007 0.008 0.015 0.001 0.001 0.214 0.003 24 G 0.015 0.030 0.076 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.514 0.047 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.274 25 E 0.740 0.006 0.203 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 V 0.003 0.004 0.651 0.202 0.005 0.132 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 I 0.001 0.063 0.015 0.912 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 L 0.001 0.007 0.004 0.893 0.009 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 T 0.003 0.211 0.063 0.561 0.013 0.089 0.002 0.029 0.003 0.001 0.015 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 30 S 0.001 0.008 0.003 0.075 0.007 0.862 0.001 0.004 0.004 0.003 0.020 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 31 E 0.005 0.160 0.010 0.034 0.006 0.015 0.001 0.008 0.001 0.001 0.691 0.051 0.011 0.001 0.002 0.002 32 L 0.009 0.141 0.031 0.157 0.005 0.023 0.007 0.007 0.017 0.003 0.017 0.512 0.042 0.005 0.009 0.015 33 Y 0.016 0.012 0.329 0.076 0.018 0.054 0.104 0.004 0.003 0.003 0.019 0.012 0.297 0.019 0.009 0.025 34 T 0.021 0.134 0.140 0.178 0.006 0.066 0.014 0.066 0.004 0.003 0.049 0.031 0.211 0.005 0.044 0.028 35 G 0.012 0.036 0.021 0.100 0.021 0.252 0.009 0.007 0.039 0.030 0.077 0.121 0.223 0.006 0.004 0.041 36 K 0.024 0.015 0.025 0.017 0.063 0.079 0.037 0.008 0.002 0.003 0.310 0.096 0.233 0.078 0.004 0.005 37 S 0.004 0.053 0.018 0.015 0.002 0.016 0.003 0.101 0.003 0.002 0.157 0.261 0.209 0.004 0.149 0.004 38 G 0.004 0.017 0.011 0.016 0.001 0.015 0.006 0.002 0.030 0.015 0.032 0.132 0.534 0.004 0.005 0.177 39 A 0.028 0.002 0.017 0.004 0.002 0.011 0.011 0.001 0.001 0.001 0.023 0.021 0.863 0.005 0.002 0.009 40 M 0.002 0.011 0.032 0.005 0.004 0.015 0.010 0.011 0.001 0.001 0.040 0.080 0.752 0.021 0.011 0.003 41 N 0.002 0.015 0.009 0.016 0.001 0.018 0.001 0.007 0.003 0.002 0.036 0.064 0.778 0.001 0.023 0.024 42 G 0.004 0.006 0.017 0.010 0.001 0.005 0.003 0.001 0.004 0.003 0.011 0.035 0.813 0.002 0.001 0.085 43 I 0.007 0.001 0.012 0.002 0.001 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.928 0.002 0.001 0.001 44 E 0.001 0.050 0.025 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.019 0.843 0.001 0.002 0.007 45 S 0.002 0.013 0.007 0.062 0.001 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.809 0.003 0.001 0.053 46 V 0.003 0.002 0.182 0.008 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.765 0.003 0.005 0.005 47 Q 0.002 0.018 0.046 0.055 0.008 0.026 0.040 0.003 0.001 0.001 0.006 0.016 0.725 0.029 0.005 0.020 48 T 0.014 0.033 0.032 0.066 0.010 0.053 0.027 0.026 0.003 0.002 0.043 0.017 0.490 0.109 0.040 0.037 49 N 0.013 0.074 0.107 0.066 0.003 0.024 0.015 0.015 0.032 0.005 0.034 0.046 0.213 0.016 0.124 0.214 50 S 0.090 0.014 0.083 0.035 0.001 0.171 0.024 0.003 0.008 0.006 0.032 0.054 0.390 0.008 0.013 0.069 51 P 0.048 0.124 0.091 0.023 0.002 0.084 0.004 0.009 0.001 0.001 0.269 0.056 0.255 0.004 0.010 0.020 52 I 0.007 0.043 0.016 0.031 0.001 0.095 0.003 0.002 0.003 0.001 0.089 0.476 0.218 0.004 0.004 0.007 53 E 0.004 0.021 0.040 0.014 0.002 0.032 0.008 0.002 0.001 0.001 0.087 0.111 0.657 0.006 0.007 0.007 54 A 0.003 0.020 0.020 0.028 0.001 0.016 0.003 0.004 0.001 0.001 0.058 0.146 0.677 0.002 0.010 0.010 55 R 0.006 0.024 0.036 0.040 0.001 0.014 0.008 0.001 0.003 0.001 0.013 0.037 0.745 0.003 0.003 0.067 56 Y 0.012 0.008 0.108 0.055 0.001 0.018 0.013 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 0.739 0.002 0.003 0.014 57 A 0.006 0.024 0.114 0.096 0.001 0.037 0.007 0.002 0.001 0.001 0.011 0.016 0.666 0.003 0.003 0.012 58 K 0.009 0.033 0.072 0.307 0.001 0.024 0.002 0.003 0.002 0.001 0.028 0.033 0.465 0.003 0.004 0.013 59 E 0.006 0.034 0.080 0.349 0.003 0.050 0.008 0.001 0.002 0.001 0.007 0.026 0.399 0.008 0.002 0.024 60 V 0.010 0.033 0.118 0.216 0.015 0.042 0.028 0.005 0.001 0.001 0.032 0.009 0.450 0.013 0.010 0.018 61 A 0.005 0.030 0.031 0.046 0.202 0.187 0.072 0.019 0.003 0.002 0.028 0.036 0.248 0.068 0.008 0.014 62 K 0.003 0.008 0.005 0.005 0.186 0.010 0.147 0.049 0.001 0.002 0.084 0.006 0.029 0.440 0.022 0.004 63 N 0.001 0.008 0.003 0.002 0.001 0.005 0.003 0.223 0.012 0.004 0.006 0.017 0.007 0.005 0.697 0.005 64 D 0.013 0.014 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.249 0.016 0.002 0.001 0.005 0.001 0.006 0.677 65 K 0.871 0.002 0.100 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 66 P 0.020 0.030 0.749 0.048 0.001 0.139 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 67 Y 0.002 0.217 0.029 0.734 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 F 0.003 0.005 0.025 0.956 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 69 N 0.002 0.008 0.113 0.868 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.001 0.002 0.008 0.969 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.001 0.049 0.014 0.713 0.127 0.079 0.001 0.009 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.001 0.006 0.001 0.047 0.777 0.125 0.006 0.018 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 73 A 0.001 0.042 0.002 0.011 0.203 0.027 0.016 0.536 0.005 0.006 0.107 0.009 0.001 0.024 0.010 0.001 74 N 0.002 0.076 0.003 0.014 0.001 0.012 0.001 0.260 0.276 0.063 0.008 0.029 0.002 0.001 0.239 0.012 75 H 0.110 0.025 0.054 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.321 0.031 0.004 0.004 0.006 0.001 0.003 0.423 76 Q 0.573 0.007 0.385 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 77 I 0.005 0.005 0.650 0.073 0.027 0.227 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 78 I 0.001 0.307 0.029 0.627 0.005 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 G 0.001 0.013 0.008 0.731 0.026 0.186 0.002 0.002 0.006 0.010 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.003 80 T 0.046 0.161 0.186 0.384 0.017 0.050 0.004 0.046 0.004 0.002 0.071 0.006 0.014 0.001 0.002 0.004 81 S 0.002 0.022 0.012 0.153 0.012 0.682 0.003 0.006 0.011 0.010 0.028 0.042 0.015 0.001 0.001 0.001 82 Q 0.015 0.197 0.022 0.089 0.009 0.036 0.002 0.014 0.003 0.002 0.490 0.069 0.042 0.002 0.005 0.005 83 M 0.014 0.098 0.062 0.230 0.008 0.034 0.011 0.005 0.015 0.005 0.027 0.376 0.078 0.005 0.006 0.026 84 Y 0.026 0.030 0.355 0.132 0.006 0.075 0.033 0.005 0.002 0.002 0.018 0.018 0.260 0.004 0.008 0.027 85 S 0.010 0.169 0.218 0.233 0.003 0.075 0.007 0.012 0.004 0.004 0.033 0.026 0.150 0.002 0.007 0.046 86 S 0.005 0.007 0.007 0.025 0.003 0.701 0.002 0.001 0.003 0.002 0.038 0.061 0.140 0.002 0.001 0.003 87 T 0.003 0.034 0.008 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.768 0.047 0.114 0.003 0.002 0.003 88 A 0.002 0.030 0.006 0.011 0.001 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.014 0.759 0.150 0.005 0.008 0.003 89 A 0.002 0.006 0.028 0.007 0.001 0.007 0.017 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.844 0.007 0.007 0.054 90 R 0.006 0.007 0.020 0.005 0.006 0.017 0.031 0.002 0.001 0.001 0.020 0.018 0.810 0.021 0.011 0.024 91 D 0.006 0.009 0.020 0.005 0.028 0.020 0.048 0.026 0.002 0.003 0.056 0.097 0.371 0.268 0.033 0.007 92 N 0.007 0.016 0.016 0.011 0.001 0.017 0.002 0.047 0.009 0.005 0.073 0.066 0.408 0.003 0.281 0.042 93 G 0.010 0.010 0.019 0.006 0.001 0.010 0.003 0.001 0.023 0.015 0.022 0.079 0.537 0.002 0.002 0.262 94 I 0.050 0.001 0.017 0.002 0.001 0.040 0.005 0.001 0.001 0.001 0.040 0.034 0.804 0.003 0.001 0.001 95 K 0.001 0.117 0.053 0.006 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.051 0.056 0.702 0.001 0.003 0.004 96 S 0.001 0.006 0.004 0.042 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.876 0.001 0.001 0.025 97 V 0.001 0.001 0.056 0.004 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.911 0.003 0.001 0.002 98 M 0.001 0.010 0.014 0.022 0.003 0.013 0.010 0.003 0.001 0.001 0.006 0.027 0.859 0.016 0.009 0.007 99 E 0.004 0.013 0.013 0.021 0.007 0.013 0.012 0.007 0.002 0.002 0.022 0.020 0.639 0.155 0.025 0.046 100 N 0.020 0.047 0.070 0.032 0.002 0.008 0.020 0.010 0.011 0.002 0.012 0.018 0.220 0.025 0.166 0.338 101 G 0.051 0.012 0.211 0.021 0.003 0.091 0.130 0.001 0.007 0.004 0.011 0.011 0.262 0.019 0.028 0.138 102 K 0.110 0.202 0.149 0.038 0.002 0.104 0.011 0.022 0.001 0.002 0.133 0.019 0.137 0.007 0.023 0.040 103 T 0.032 0.349 0.099 0.186 0.001 0.052 0.006 0.005 0.035 0.002 0.032 0.102 0.044 0.005 0.010 0.040 104 T 0.053 0.036 0.503 0.270 0.001 0.012 0.004 0.001 0.002 0.001 0.015 0.026 0.055 0.001 0.006 0.017 105 T 0.017 0.030 0.372 0.375 0.005 0.114 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.016 0.048 0.001 0.001 0.010 106 I 0.009 0.022 0.097 0.466 0.048 0.170 0.012 0.005 0.001 0.001 0.071 0.007 0.080 0.007 0.002 0.003 107 K 0.002 0.205 0.043 0.422 0.011 0.096 0.004 0.050 0.003 0.002 0.022 0.066 0.061 0.002 0.008 0.004 108 D 0.007 0.048 0.018 0.198 0.015 0.347 0.011 0.012 0.030 0.009 0.070 0.030 0.158 0.003 0.005 0.038 109 L 0.036 0.105 0.123 0.081 0.050 0.030 0.066 0.013 0.008 0.005 0.244 0.048 0.116 0.036 0.008 0.033 110 T 0.021 0.074 0.088 0.076 0.021 0.149 0.061 0.071 0.009 0.006 0.029 0.142 0.114 0.025 0.104 0.009