# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.4049 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.112 0.124 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.106 0.070 0.534 2 S 0.016 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.058 0.109 0.653 3 G 0.021 0.081 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.304 0.088 0.074 0.407 4 W 0.015 0.039 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.006 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.412 0.100 0.078 0.323 5 Y 0.006 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.004 0.003 0.617 0.069 0.049 0.213 6 E 0.018 0.011 0.004 0.001 0.004 0.005 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.007 0.004 0.597 0.095 0.039 0.186 7 L 0.014 0.011 0.008 0.003 0.013 0.041 0.077 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.357 0.091 0.087 0.278 8 S 0.038 0.007 0.016 0.004 0.137 0.257 0.091 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.072 0.043 0.176 9 K 0.025 0.006 0.021 0.002 0.119 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.051 0.099 0.590 10 S 0.433 0.002 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.039 0.043 0.437 11 S 0.252 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.038 0.058 0.634 12 N 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.045 0.077 0.832 13 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.035 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.187 0.054 0.093 0.525 14 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.220 0.097 0.006 0.009 0.003 0.001 0.002 0.196 0.045 0.042 0.182 15 F 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.016 0.059 0.007 0.089 0.041 0.017 0.009 0.462 0.071 0.044 0.163 16 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.147 0.222 0.116 0.015 0.369 0.061 0.009 0.048 17 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.047 0.118 0.017 0.673 0.053 0.007 0.063 18 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.852 0.036 0.007 0.047 19 L 0.005 0.002 0.003 0.001 0.070 0.206 0.094 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.460 0.058 0.016 0.073 20 K 0.009 0.002 0.009 0.001 0.070 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.505 0.090 0.048 0.256 21 A 0.272 0.001 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.087 0.081 0.410 22 G 0.283 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.028 0.092 0.545 23 N 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.010 0.135 0.796 24 G 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.217 0.034 0.105 0.531 25 E 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.242 0.108 0.004 0.007 0.002 0.001 0.002 0.289 0.123 0.017 0.056 26 V 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.021 0.002 0.077 0.020 0.011 0.007 0.449 0.082 0.052 0.254 27 I 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.092 0.132 0.045 0.005 0.594 0.030 0.014 0.066 28 L 0.004 0.013 0.005 0.001 0.013 0.009 0.011 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.052 0.018 0.484 0.072 0.051 0.224 29 T 0.013 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.656 0.069 0.051 0.175 30 S 0.180 0.035 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.299 0.072 0.283 31 E 0.028 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 0.178 0.102 0.474 32 L 0.027 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.056 0.124 0.583 33 Y 0.074 0.102 0.005 0.001 0.005 0.005 0.002 0.003 0.007 0.011 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.122 0.170 0.106 0.374 34 T 0.012 0.196 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.099 0.123 0.515 35 G 0.086 0.773 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.018 0.100 36 K 0.083 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.007 0.027 37 S 0.022 0.430 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.396 0.026 0.114 38 G 0.030 0.607 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.214 0.022 0.103 39 A 0.141 0.721 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.063 0.016 0.050 40 M 0.054 0.561 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.099 0.053 0.216 41 N 0.005 0.414 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.175 0.065 0.309 42 G 0.019 0.668 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.168 0.036 0.079 43 I 0.103 0.632 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.114 0.039 0.086 44 E 0.020 0.321 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.338 0.047 0.204 45 S 0.025 0.162 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.456 0.070 0.206 46 V 0.179 0.092 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.192 0.130 0.295 47 Q 0.081 0.032 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.070 0.131 0.633 48 T 0.009 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.030 0.116 0.786 49 N 0.040 0.158 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.028 0.155 0.592 50 S 0.046 0.426 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.037 0.104 0.366 51 P 0.045 0.627 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.054 0.034 0.229 52 I 0.057 0.870 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.008 0.039 53 E 0.043 0.880 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.009 0.044 54 A 0.026 0.778 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.039 0.019 0.111 55 R 0.040 0.714 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.033 0.026 0.143 56 Y 0.066 0.660 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.058 0.030 0.123 57 A 0.087 0.567 0.017 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.069 0.027 0.178 58 K 0.139 0.337 0.017 0.006 0.003 0.005 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.066 0.042 0.302 59 E 0.101 0.048 0.092 0.004 0.077 0.135 0.030 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.175 0.039 0.238 60 V 0.099 0.013 0.127 0.002 0.104 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.132 0.050 0.425 61 A 0.392 0.002 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.030 0.037 0.516 62 K 0.281 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.032 0.648 63 N 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.014 0.088 0.881 64 D 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.024 0.103 0.777 65 K 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.131 0.055 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.076 0.066 0.095 0.391 66 P 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.010 0.022 0.004 0.038 0.015 0.007 0.005 0.258 0.071 0.106 0.431 67 Y 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.106 0.193 0.092 0.013 0.313 0.078 0.029 0.142 68 F 0.005 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.051 0.113 0.020 0.509 0.060 0.028 0.170 69 N 0.008 0.033 0.001 0.001 0.002 0.013 0.042 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.006 0.702 0.049 0.021 0.098 70 L 0.015 0.012 0.014 0.002 0.077 0.132 0.056 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.330 0.164 0.033 0.152 71 K 0.032 0.007 0.028 0.002 0.053 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.412 0.157 0.058 0.241 72 A 0.464 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.043 0.051 0.353 73 A 0.136 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.025 0.082 0.703 74 N 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.013 0.126 0.753 75 H 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.210 0.040 0.095 0.564 76 Q 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.143 0.070 0.003 0.006 0.002 0.001 0.002 0.371 0.083 0.041 0.157 77 I 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.013 0.002 0.064 0.017 0.007 0.005 0.500 0.054 0.052 0.264 78 I 0.007 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.072 0.090 0.050 0.009 0.513 0.033 0.034 0.170 79 G 0.012 0.028 0.003 0.001 0.009 0.005 0.009 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.034 0.014 0.537 0.060 0.054 0.203 80 T 0.047 0.093 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.436 0.119 0.060 0.230 81 S 0.112 0.133 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.275 0.070 0.263 82 Q 0.029 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.384 0.075 0.278 83 M 0.017 0.067 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.380 0.095 0.304 84 Y 0.031 0.274 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.123 0.131 0.115 0.286 85 S 0.017 0.594 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.033 0.057 0.257 86 S 0.031 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.007 0.033 87 T 0.054 0.828 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.065 0.011 0.037 88 A 0.019 0.241 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.606 0.019 0.082 89 A 0.020 0.566 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.241 0.021 0.089 90 R 0.253 0.639 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.012 0.058 91 D 0.018 0.630 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.104 0.032 0.209 92 N 0.004 0.484 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.291 0.034 0.158 93 G 0.008 0.764 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.166 0.014 0.032 94 I 0.039 0.868 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.043 0.010 0.029 95 K 0.011 0.764 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.073 0.025 0.101 96 S 0.013 0.294 0.040 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.486 0.035 0.096 97 V 0.155 0.302 0.079 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.227 0.068 0.125 98 M 0.342 0.077 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.083 0.079 0.374 99 E 0.046 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.061 0.087 0.759 100 N 0.016 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.044 0.160 0.736 101 G 0.031 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.086 0.177 0.661 102 K 0.040 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.058 0.154 0.675 103 T 0.085 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.037 0.154 0.602 104 T 0.026 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.083 0.048 0.142 0.640 105 T 0.091 0.062 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.212 0.075 0.115 0.419 106 I 0.098 0.010 0.006 0.001 0.006 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.157 0.166 0.110 0.420 107 K 0.018 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.277 0.085 0.108 0.495 108 D 0.093 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.027 0.086 0.682 109 L 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.013 0.130 0.773 110 T 0.051 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.024 0.127 0.674