# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.4049 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.150 0.073 0.007 0.018 0.036 0.062 0.105 0.009 0.002 0.041 0.498 2 S 0.042 0.049 0.003 0.021 0.042 0.100 0.101 0.002 0.001 0.059 0.581 3 G 0.019 0.035 0.002 0.075 0.103 0.265 0.085 0.002 0.001 0.042 0.373 4 W 0.007 0.006 0.001 0.045 0.138 0.312 0.111 0.001 0.001 0.075 0.304 5 Y 0.002 0.003 0.001 0.067 0.368 0.350 0.039 0.001 0.001 0.031 0.140 6 E 0.006 0.005 0.001 0.077 0.224 0.441 0.025 0.001 0.001 0.063 0.157 7 L 0.010 0.001 0.001 0.058 0.267 0.279 0.054 0.001 0.001 0.081 0.247 8 S 0.026 0.001 0.002 0.045 0.275 0.311 0.041 0.001 0.001 0.084 0.213 9 K 0.064 0.001 0.002 0.025 0.101 0.127 0.057 0.001 0.001 0.041 0.579 10 S 0.224 0.001 0.002 0.005 0.023 0.020 0.059 0.002 0.001 0.036 0.629 11 S 0.140 0.002 0.002 0.005 0.022 0.016 0.070 0.001 0.001 0.035 0.707 12 N 0.013 0.002 0.001 0.005 0.019 0.018 0.071 0.001 0.001 0.024 0.847 13 D 0.010 0.002 0.002 0.015 0.199 0.160 0.076 0.001 0.001 0.066 0.470 14 Q 0.002 0.002 0.001 0.026 0.255 0.373 0.050 0.001 0.001 0.055 0.238 15 F 0.001 0.002 0.001 0.036 0.405 0.474 0.008 0.001 0.001 0.014 0.061 16 K 0.001 0.002 0.001 0.026 0.350 0.531 0.007 0.001 0.001 0.015 0.067 17 F 0.001 0.001 0.001 0.018 0.483 0.467 0.004 0.001 0.001 0.006 0.021 18 V 0.001 0.001 0.001 0.021 0.373 0.555 0.005 0.001 0.001 0.014 0.031 19 L 0.002 0.001 0.001 0.019 0.452 0.445 0.015 0.001 0.001 0.017 0.049 20 K 0.086 0.001 0.005 0.033 0.186 0.275 0.047 0.002 0.001 0.074 0.291 21 A 0.296 0.001 0.001 0.008 0.047 0.043 0.057 0.001 0.001 0.066 0.479 22 G 0.103 0.001 0.001 0.008 0.015 0.018 0.090 0.001 0.001 0.035 0.729 23 N 0.002 0.001 0.001 0.010 0.027 0.033 0.081 0.001 0.001 0.018 0.827 24 G 0.003 0.001 0.001 0.026 0.230 0.097 0.054 0.001 0.001 0.030 0.559 25 E 0.001 0.001 0.001 0.036 0.468 0.311 0.024 0.001 0.001 0.064 0.094 26 V 0.001 0.001 0.001 0.149 0.291 0.270 0.016 0.001 0.001 0.058 0.213 27 I 0.002 0.001 0.001 0.079 0.387 0.361 0.021 0.001 0.001 0.037 0.111 28 L 0.001 0.001 0.001 0.069 0.260 0.369 0.041 0.001 0.001 0.020 0.239 29 T 0.057 0.016 0.001 0.059 0.170 0.230 0.062 0.004 0.001 0.059 0.344 30 S 0.154 0.017 0.002 0.040 0.048 0.055 0.116 0.004 0.001 0.213 0.351 31 E 0.011 0.037 0.002 0.039 0.024 0.043 0.173 0.002 0.001 0.070 0.599 32 L 0.082 0.097 0.002 0.031 0.025 0.061 0.089 0.007 0.001 0.061 0.545 33 Y 0.058 0.022 0.002 0.046 0.027 0.039 0.132 0.004 0.001 0.235 0.434 34 T 0.009 0.092 0.004 0.036 0.018 0.027 0.094 0.002 0.001 0.176 0.541 35 G 0.037 0.747 0.001 0.003 0.003 0.003 0.018 0.004 0.001 0.023 0.162 36 K 0.095 0.809 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.001 0.034 0.042 37 S 0.014 0.431 0.003 0.001 0.002 0.005 0.035 0.002 0.001 0.393 0.113 38 G 0.012 0.565 0.013 0.005 0.002 0.004 0.020 0.005 0.003 0.300 0.072 39 A 0.072 0.845 0.004 0.001 0.002 0.001 0.007 0.010 0.001 0.037 0.020 40 M 0.082 0.687 0.005 0.001 0.002 0.004 0.016 0.008 0.002 0.093 0.101 41 N 0.016 0.435 0.007 0.003 0.002 0.008 0.047 0.003 0.002 0.155 0.322 42 G 0.019 0.583 0.007 0.007 0.006 0.015 0.042 0.006 0.001 0.162 0.152 43 I 0.069 0.572 0.004 0.007 0.008 0.006 0.043 0.006 0.001 0.152 0.132 44 E 0.025 0.213 0.007 0.015 0.019 0.024 0.067 0.003 0.001 0.385 0.240 45 S 0.023 0.095 0.017 0.050 0.005 0.019 0.081 0.006 0.004 0.381 0.319 46 V 0.237 0.072 0.013 0.090 0.012 0.012 0.094 0.032 0.006 0.188 0.244 47 Q 0.205 0.026 0.005 0.023 0.007 0.009 0.097 0.008 0.002 0.101 0.517 48 T 0.005 0.020 0.001 0.011 0.003 0.006 0.110 0.001 0.001 0.030 0.814 49 N 0.027 0.188 0.002 0.006 0.002 0.003 0.089 0.006 0.001 0.032 0.645 50 S 0.150 0.459 0.005 0.006 0.003 0.003 0.068 0.026 0.003 0.074 0.204 51 P 0.055 0.687 0.005 0.002 0.001 0.001 0.027 0.019 0.004 0.025 0.174 52 I 0.140 0.736 0.004 0.002 0.001 0.002 0.010 0.019 0.002 0.016 0.069 53 E 0.161 0.603 0.008 0.002 0.001 0.003 0.021 0.017 0.005 0.048 0.133 54 A 0.079 0.619 0.009 0.006 0.005 0.010 0.034 0.010 0.003 0.042 0.183 55 R 0.056 0.515 0.013 0.006 0.008 0.022 0.039 0.016 0.005 0.059 0.261 56 Y 0.076 0.366 0.011 0.010 0.037 0.050 0.073 0.015 0.004 0.068 0.289 57 A 0.071 0.298 0.005 0.006 0.048 0.087 0.051 0.007 0.003 0.066 0.357 58 K 0.072 0.145 0.006 0.011 0.055 0.086 0.077 0.006 0.002 0.067 0.472 59 E 0.091 0.045 0.025 0.021 0.073 0.115 0.088 0.010 0.011 0.136 0.385 60 V 0.236 0.011 0.031 0.017 0.065 0.078 0.067 0.010 0.012 0.083 0.391 61 A 0.376 0.003 0.003 0.006 0.023 0.024 0.048 0.004 0.002 0.029 0.483 62 K 0.228 0.002 0.002 0.004 0.012 0.013 0.064 0.001 0.001 0.024 0.651 63 N 0.005 0.001 0.001 0.007 0.009 0.015 0.096 0.001 0.001 0.011 0.855 64 D 0.015 0.003 0.001 0.008 0.023 0.024 0.079 0.001 0.001 0.015 0.831 65 K 0.011 0.003 0.001 0.020 0.250 0.147 0.092 0.001 0.001 0.077 0.399 66 P 0.004 0.014 0.001 0.138 0.189 0.298 0.042 0.001 0.001 0.050 0.262 67 Y 0.006 0.012 0.001 0.064 0.179 0.449 0.037 0.001 0.001 0.033 0.219 68 F 0.001 0.004 0.001 0.075 0.281 0.440 0.024 0.001 0.001 0.011 0.163 69 N 0.004 0.005 0.001 0.082 0.275 0.511 0.011 0.001 0.001 0.034 0.075 70 L 0.006 0.002 0.003 0.085 0.374 0.314 0.031 0.001 0.001 0.072 0.111 71 K 0.084 0.003 0.009 0.072 0.236 0.222 0.061 0.003 0.002 0.086 0.221 72 A 0.364 0.003 0.003 0.026 0.062 0.079 0.054 0.003 0.001 0.062 0.344 73 A 0.073 0.003 0.001 0.017 0.014 0.031 0.107 0.002 0.001 0.031 0.720 74 N 0.007 0.003 0.001 0.026 0.022 0.054 0.106 0.001 0.001 0.020 0.761 75 H 0.006 0.002 0.001 0.036 0.138 0.100 0.082 0.001 0.001 0.038 0.596 76 Q 0.004 0.002 0.001 0.117 0.368 0.253 0.041 0.001 0.001 0.076 0.138 77 I 0.006 0.004 0.001 0.252 0.164 0.194 0.034 0.001 0.001 0.077 0.267 78 I 0.007 0.002 0.001 0.270 0.179 0.194 0.059 0.001 0.001 0.064 0.223 79 G 0.003 0.006 0.001 0.190 0.168 0.211 0.061 0.001 0.001 0.039 0.320 80 T 0.060 0.096 0.001 0.067 0.109 0.151 0.075 0.005 0.001 0.070 0.365 81 S 0.155 0.147 0.002 0.030 0.032 0.050 0.104 0.009 0.001 0.158 0.312 82 Q 0.025 0.118 0.003 0.037 0.021 0.054 0.163 0.005 0.001 0.169 0.404 83 M 0.025 0.058 0.007 0.059 0.028 0.073 0.095 0.004 0.001 0.360 0.289 84 Y 0.040 0.178 0.004 0.084 0.038 0.046 0.113 0.008 0.001 0.141 0.348 85 S 0.026 0.660 0.002 0.005 0.010 0.012 0.028 0.007 0.001 0.051 0.198 86 S 0.022 0.859 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.004 0.001 0.027 0.068 87 T 0.026 0.876 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.003 0.001 0.025 0.054 88 A 0.041 0.424 0.022 0.010 0.007 0.013 0.046 0.010 0.005 0.285 0.138 89 A 0.059 0.219 0.062 0.011 0.007 0.012 0.042 0.015 0.019 0.432 0.121 90 R 0.366 0.494 0.003 0.002 0.002 0.002 0.015 0.009 0.001 0.028 0.077 91 D 0.048 0.461 0.002 0.003 0.002 0.004 0.040 0.005 0.001 0.076 0.359 92 N 0.007 0.460 0.004 0.005 0.002 0.008 0.067 0.003 0.001 0.107 0.337 93 G 0.008 0.708 0.002 0.004 0.006 0.010 0.023 0.004 0.001 0.150 0.083 94 I 0.016 0.846 0.001 0.002 0.005 0.003 0.009 0.002 0.001 0.069 0.046 95 K 0.014 0.748 0.003 0.005 0.009 0.011 0.013 0.002 0.001 0.139 0.055 96 S 0.028 0.341 0.036 0.018 0.004 0.020 0.038 0.017 0.014 0.347 0.137 97 V 0.406 0.138 0.037 0.032 0.009 0.015 0.045 0.039 0.019 0.138 0.122 98 M 0.403 0.042 0.008 0.010 0.010 0.010 0.049 0.006 0.003 0.070 0.390 99 E 0.011 0.009 0.003 0.007 0.006 0.014 0.108 0.001 0.001 0.047 0.793 100 N 0.019 0.012 0.004 0.016 0.004 0.011 0.179 0.002 0.001 0.060 0.692 101 G 0.087 0.011 0.004 0.017 0.011 0.011 0.199 0.007 0.002 0.076 0.575 102 K 0.050 0.026 0.001 0.017 0.014 0.018 0.135 0.004 0.001 0.028 0.706 103 T 0.032 0.031 0.001 0.015 0.007 0.017 0.087 0.002 0.001 0.043 0.765 104 T 0.016 0.026 0.002 0.047 0.032 0.050 0.143 0.002 0.001 0.061 0.620 105 T 0.093 0.052 0.005 0.121 0.034 0.088 0.090 0.009 0.002 0.080 0.427 106 I 0.094 0.006 0.004 0.047 0.041 0.059 0.116 0.003 0.002 0.102 0.526 107 K 0.030 0.004 0.002 0.085 0.061 0.098 0.113 0.001 0.001 0.040 0.565 108 D 0.024 0.005 0.001 0.037 0.027 0.066 0.109 0.001 0.001 0.027 0.704 109 L 0.016 0.003 0.001 0.029 0.036 0.045 0.165 0.001 0.001 0.025 0.679 110 T 0.042 0.013 0.002 0.047 0.058 0.075 0.122 0.003 0.001 0.040 0.598