# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.4049 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.048 0.034 0.016 0.031 0.076 0.137 0.054 0.604 2 S 0.017 0.058 0.026 0.055 0.117 0.137 0.030 0.560 3 G 0.012 0.076 0.034 0.153 0.347 0.069 0.049 0.260 4 W 0.009 0.024 0.042 0.181 0.359 0.044 0.132 0.209 5 Y 0.009 0.017 0.038 0.238 0.520 0.023 0.064 0.092 6 E 0.012 0.008 0.033 0.361 0.390 0.024 0.073 0.098 7 L 0.009 0.003 0.030 0.272 0.441 0.029 0.064 0.151 8 S 0.015 0.001 0.026 0.264 0.377 0.045 0.064 0.207 9 K 0.013 0.001 0.018 0.192 0.309 0.051 0.035 0.382 10 S 0.121 0.001 0.004 0.032 0.030 0.063 0.063 0.687 11 S 0.231 0.002 0.003 0.013 0.011 0.082 0.049 0.610 12 N 0.038 0.002 0.002 0.002 0.007 0.094 0.012 0.843 13 D 0.014 0.002 0.011 0.132 0.215 0.089 0.026 0.511 14 Q 0.001 0.002 0.022 0.161 0.516 0.034 0.022 0.243 15 F 0.001 0.001 0.016 0.417 0.442 0.015 0.034 0.074 16 K 0.001 0.001 0.017 0.350 0.566 0.006 0.028 0.031 17 F 0.001 0.001 0.007 0.408 0.573 0.001 0.004 0.007 18 V 0.001 0.001 0.009 0.517 0.434 0.003 0.013 0.022 19 L 0.001 0.001 0.020 0.415 0.520 0.006 0.010 0.026 20 K 0.010 0.001 0.038 0.339 0.428 0.025 0.036 0.124 21 A 0.295 0.001 0.013 0.085 0.140 0.053 0.040 0.374 22 G 0.450 0.001 0.010 0.020 0.023 0.072 0.064 0.359 23 N 0.005 0.001 0.006 0.003 0.015 0.102 0.011 0.858 24 G 0.008 0.002 0.026 0.060 0.111 0.126 0.045 0.621 25 E 0.002 0.002 0.082 0.339 0.368 0.034 0.047 0.125 26 V 0.005 0.004 0.206 0.162 0.241 0.037 0.102 0.243 27 I 0.006 0.003 0.157 0.353 0.263 0.030 0.066 0.123 28 L 0.013 0.015 0.252 0.180 0.245 0.048 0.050 0.196 29 T 0.057 0.048 0.081 0.105 0.174 0.074 0.145 0.316 30 S 0.105 0.069 0.048 0.063 0.067 0.092 0.313 0.243 31 E 0.047 0.094 0.055 0.062 0.073 0.136 0.188 0.345 32 L 0.078 0.130 0.038 0.036 0.053 0.079 0.173 0.413 33 Y 0.096 0.168 0.025 0.034 0.045 0.094 0.185 0.354 34 T 0.023 0.172 0.019 0.017 0.029 0.099 0.149 0.493 35 G 0.025 0.826 0.003 0.004 0.005 0.016 0.020 0.100 36 K 0.025 0.915 0.001 0.002 0.003 0.005 0.011 0.038 37 S 0.027 0.537 0.010 0.006 0.008 0.025 0.252 0.134 38 G 0.039 0.429 0.020 0.008 0.011 0.034 0.347 0.111 39 A 0.126 0.550 0.028 0.008 0.007 0.023 0.157 0.101 40 M 0.090 0.488 0.009 0.007 0.011 0.037 0.044 0.314 41 N 0.024 0.148 0.020 0.008 0.014 0.078 0.122 0.585 42 G 0.044 0.355 0.041 0.016 0.029 0.063 0.191 0.261 43 I 0.113 0.332 0.022 0.024 0.021 0.078 0.118 0.292 44 E 0.054 0.163 0.058 0.024 0.033 0.068 0.170 0.431 45 S 0.056 0.055 0.103 0.017 0.031 0.071 0.320 0.348 46 V 0.223 0.027 0.131 0.027 0.025 0.086 0.161 0.320 47 Q 0.124 0.016 0.048 0.016 0.021 0.101 0.068 0.607 48 T 0.010 0.011 0.013 0.004 0.008 0.119 0.012 0.823 49 N 0.034 0.113 0.023 0.009 0.013 0.112 0.034 0.662 50 S 0.056 0.353 0.013 0.015 0.014 0.103 0.046 0.400 51 P 0.071 0.602 0.008 0.004 0.006 0.042 0.053 0.215 52 I 0.096 0.741 0.004 0.002 0.004 0.021 0.046 0.087 53 E 0.051 0.783 0.006 0.002 0.004 0.021 0.034 0.099 54 A 0.038 0.705 0.010 0.006 0.012 0.027 0.057 0.145 55 R 0.028 0.726 0.009 0.009 0.019 0.021 0.049 0.139 56 Y 0.046 0.655 0.013 0.024 0.035 0.031 0.048 0.147 57 A 0.045 0.549 0.020 0.032 0.058 0.034 0.050 0.212 58 K 0.039 0.527 0.011 0.037 0.070 0.030 0.036 0.251 59 E 0.068 0.067 0.096 0.079 0.097 0.073 0.184 0.336 60 V 0.070 0.008 0.078 0.068 0.083 0.066 0.145 0.483 61 A 0.506 0.001 0.006 0.008 0.010 0.035 0.028 0.406 62 K 0.191 0.001 0.003 0.003 0.003 0.055 0.023 0.720 63 N 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.095 0.003 0.895 64 D 0.026 0.004 0.009 0.011 0.019 0.108 0.032 0.792 65 K 0.006 0.006 0.030 0.138 0.164 0.096 0.061 0.498 66 P 0.007 0.018 0.112 0.112 0.234 0.053 0.101 0.364 67 Y 0.006 0.021 0.075 0.193 0.398 0.036 0.080 0.191 68 F 0.005 0.037 0.141 0.280 0.368 0.017 0.044 0.108 69 N 0.005 0.026 0.064 0.317 0.447 0.014 0.037 0.089 70 L 0.010 0.007 0.181 0.274 0.286 0.028 0.101 0.114 71 K 0.109 0.003 0.108 0.165 0.193 0.061 0.119 0.242 72 A 0.348 0.002 0.017 0.035 0.051 0.064 0.052 0.429 73 A 0.090 0.002 0.012 0.011 0.017 0.132 0.029 0.707 74 N 0.012 0.003 0.014 0.004 0.013 0.133 0.023 0.799 75 H 0.010 0.004 0.048 0.047 0.085 0.145 0.058 0.603 76 Q 0.006 0.007 0.213 0.176 0.160 0.074 0.071 0.294 77 I 0.010 0.007 0.343 0.080 0.124 0.059 0.087 0.291 78 I 0.009 0.008 0.327 0.135 0.122 0.061 0.098 0.239 79 G 0.031 0.058 0.306 0.077 0.151 0.071 0.059 0.247 80 T 0.086 0.115 0.114 0.049 0.064 0.088 0.150 0.334 81 S 0.102 0.102 0.094 0.038 0.055 0.110 0.214 0.284 82 Q 0.093 0.055 0.084 0.031 0.056 0.134 0.247 0.300 83 M 0.058 0.040 0.061 0.029 0.040 0.107 0.294 0.371 84 Y 0.045 0.167 0.030 0.031 0.049 0.133 0.076 0.469 85 S 0.036 0.309 0.014 0.016 0.027 0.082 0.048 0.467 86 S 0.086 0.681 0.006 0.006 0.009 0.025 0.077 0.110 87 T 0.062 0.711 0.004 0.006 0.008 0.024 0.089 0.097 88 A 0.036 0.356 0.023 0.008 0.010 0.041 0.381 0.145 89 A 0.059 0.373 0.035 0.006 0.009 0.047 0.327 0.144 90 R 0.139 0.648 0.008 0.003 0.002 0.016 0.074 0.110 91 D 0.035 0.700 0.003 0.002 0.004 0.016 0.043 0.196 92 N 0.009 0.557 0.006 0.003 0.004 0.051 0.105 0.265 93 G 0.010 0.844 0.007 0.002 0.003 0.011 0.077 0.046 94 I 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 95 K 0.005 0.964 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.021 96 S 0.028 0.336 0.067 0.005 0.006 0.019 0.474 0.066 97 V 0.188 0.223 0.114 0.011 0.011 0.034 0.320 0.100 98 M 0.481 0.049 0.030 0.007 0.006 0.039 0.080 0.307 99 E 0.035 0.007 0.011 0.003 0.004 0.077 0.023 0.840 100 N 0.022 0.006 0.010 0.002 0.004 0.103 0.038 0.816 101 G 0.039 0.007 0.017 0.009 0.007 0.156 0.091 0.674 102 K 0.031 0.032 0.021 0.012 0.018 0.102 0.031 0.753 103 T 0.155 0.043 0.016 0.006 0.012 0.076 0.044 0.649 104 T 0.021 0.044 0.137 0.044 0.049 0.107 0.037 0.560 105 T 0.056 0.136 0.070 0.021 0.063 0.089 0.058 0.508 106 I 0.112 0.020 0.105 0.038 0.036 0.103 0.178 0.406 107 K 0.054 0.017 0.121 0.038 0.056 0.124 0.074 0.517 108 D 0.069 0.013 0.034 0.028 0.055 0.103 0.051 0.647 109 L 0.027 0.006 0.050 0.026 0.031 0.134 0.046 0.681 110 T 0.070 0.014 0.041 0.024 0.036 0.139 0.100 0.577