# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.4049 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.365 0.156 0.060 0.101 0.079 0.059 0.082 0.047 0.027 0.015 0.009 2 S 0.144 0.083 0.050 0.120 0.112 0.091 0.120 0.092 0.086 0.058 0.045 3 G 0.237 0.173 0.066 0.120 0.094 0.072 0.097 0.062 0.043 0.025 0.011 4 W 0.042 0.053 0.051 0.158 0.164 0.133 0.147 0.105 0.079 0.043 0.026 5 Y 0.041 0.027 0.043 0.068 0.084 0.100 0.182 0.177 0.128 0.094 0.056 6 E 0.023 0.058 0.099 0.239 0.191 0.131 0.125 0.065 0.040 0.020 0.010 7 L 0.004 0.003 0.008 0.009 0.017 0.025 0.075 0.121 0.217 0.260 0.262 8 S 0.034 0.065 0.117 0.210 0.191 0.112 0.125 0.064 0.044 0.028 0.010 9 K 0.059 0.110 0.218 0.195 0.128 0.096 0.099 0.044 0.028 0.016 0.006 10 S 0.206 0.190 0.120 0.153 0.105 0.076 0.072 0.038 0.020 0.013 0.007 11 S 0.247 0.393 0.060 0.102 0.054 0.042 0.050 0.026 0.014 0.009 0.003 12 N 0.483 0.191 0.044 0.101 0.063 0.040 0.034 0.021 0.012 0.007 0.004 13 D 0.599 0.184 0.061 0.079 0.033 0.017 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 14 Q 0.084 0.097 0.082 0.225 0.175 0.134 0.108 0.052 0.025 0.013 0.006 15 F 0.003 0.007 0.010 0.014 0.024 0.074 0.149 0.146 0.224 0.217 0.132 16 K 0.008 0.034 0.068 0.210 0.244 0.184 0.122 0.068 0.036 0.018 0.008 17 F 0.008 0.005 0.027 0.019 0.024 0.051 0.136 0.160 0.208 0.236 0.124 18 V 0.007 0.022 0.042 0.178 0.206 0.188 0.171 0.088 0.054 0.029 0.015 19 L 0.003 0.002 0.005 0.004 0.008 0.012 0.039 0.094 0.202 0.288 0.343 20 K 0.010 0.054 0.073 0.184 0.223 0.152 0.127 0.073 0.050 0.031 0.023 21 A 0.014 0.015 0.026 0.036 0.060 0.068 0.162 0.158 0.177 0.137 0.147 22 G 0.355 0.218 0.096 0.152 0.075 0.042 0.033 0.014 0.008 0.004 0.003 23 N 0.168 0.143 0.063 0.171 0.121 0.087 0.116 0.058 0.039 0.020 0.014 24 G 0.174 0.092 0.042 0.086 0.073 0.069 0.108 0.096 0.105 0.092 0.063 25 E 0.040 0.081 0.057 0.168 0.153 0.150 0.144 0.082 0.065 0.036 0.023 26 V 0.013 0.024 0.034 0.053 0.064 0.097 0.150 0.168 0.158 0.142 0.096 27 I 0.004 0.007 0.012 0.033 0.059 0.082 0.134 0.160 0.190 0.168 0.152 28 L 0.004 0.003 0.008 0.012 0.023 0.030 0.082 0.159 0.222 0.261 0.196 29 T 0.011 0.034 0.076 0.158 0.158 0.126 0.149 0.100 0.094 0.062 0.031 30 S 0.018 0.016 0.030 0.050 0.069 0.081 0.159 0.146 0.180 0.140 0.112 31 E 0.083 0.073 0.069 0.146 0.135 0.130 0.157 0.090 0.064 0.035 0.019 32 L 0.068 0.092 0.098 0.160 0.134 0.099 0.151 0.092 0.056 0.032 0.019 33 Y 0.035 0.029 0.037 0.055 0.069 0.109 0.193 0.138 0.138 0.120 0.076 34 T 0.182 0.239 0.141 0.198 0.108 0.053 0.038 0.019 0.012 0.006 0.004 35 G 0.164 0.157 0.103 0.137 0.108 0.080 0.107 0.068 0.039 0.026 0.013 36 K 0.061 0.061 0.051 0.115 0.134 0.160 0.187 0.104 0.066 0.044 0.019 37 S 0.364 0.149 0.144 0.147 0.068 0.047 0.042 0.022 0.010 0.005 0.002 38 G 0.129 0.181 0.127 0.254 0.140 0.075 0.055 0.023 0.010 0.004 0.002 39 A 0.004 0.004 0.007 0.009 0.019 0.016 0.069 0.135 0.185 0.203 0.351 40 M 0.066 0.092 0.210 0.230 0.201 0.098 0.061 0.025 0.010 0.006 0.002 41 N 0.040 0.104 0.391 0.254 0.110 0.054 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 42 G 0.096 0.086 0.055 0.147 0.148 0.099 0.164 0.114 0.048 0.026 0.016 43 I 0.004 0.003 0.004 0.007 0.013 0.027 0.090 0.113 0.240 0.257 0.243 44 E 0.047 0.086 0.377 0.277 0.138 0.044 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 45 S 0.016 0.025 0.095 0.115 0.141 0.157 0.208 0.110 0.067 0.040 0.025 46 V 0.002 0.002 0.004 0.005 0.009 0.014 0.045 0.074 0.212 0.249 0.385 47 Q 0.024 0.031 0.051 0.130 0.182 0.156 0.209 0.106 0.060 0.037 0.013 48 T 0.031 0.088 0.398 0.258 0.108 0.058 0.030 0.015 0.008 0.005 0.002 49 N 0.046 0.053 0.041 0.086 0.105 0.156 0.252 0.128 0.070 0.041 0.023 50 S 0.093 0.038 0.023 0.043 0.049 0.064 0.147 0.143 0.171 0.131 0.098 51 P 0.245 0.278 0.136 0.175 0.089 0.033 0.023 0.011 0.005 0.003 0.001 52 I 0.059 0.120 0.086 0.131 0.123 0.121 0.157 0.085 0.060 0.040 0.019 53 E 0.387 0.144 0.062 0.123 0.096 0.069 0.069 0.029 0.013 0.006 0.003 54 A 0.336 0.124 0.180 0.171 0.078 0.043 0.039 0.019 0.007 0.003 0.001 55 R 0.018 0.042 0.097 0.167 0.153 0.191 0.177 0.078 0.045 0.024 0.008 56 Y 0.003 0.005 0.012 0.015 0.026 0.058 0.166 0.159 0.226 0.215 0.116 57 A 0.014 0.059 0.403 0.251 0.138 0.064 0.040 0.019 0.008 0.004 0.001 58 K 0.021 0.037 0.348 0.180 0.131 0.112 0.094 0.045 0.017 0.011 0.003 59 E 0.063 0.062 0.134 0.153 0.130 0.126 0.153 0.098 0.044 0.027 0.009 60 V 0.038 0.044 0.057 0.071 0.077 0.130 0.233 0.152 0.103 0.070 0.025 61 A 0.098 0.130 0.218 0.155 0.112 0.084 0.091 0.049 0.031 0.021 0.010 62 K 0.255 0.305 0.174 0.132 0.063 0.029 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 63 N 0.557 0.178 0.045 0.078 0.045 0.027 0.031 0.019 0.010 0.006 0.003 64 D 0.448 0.219 0.038 0.087 0.055 0.044 0.049 0.029 0.016 0.010 0.005 65 K 0.173 0.154 0.085 0.212 0.156 0.093 0.059 0.036 0.016 0.009 0.005 66 P 0.079 0.071 0.061 0.088 0.093 0.156 0.190 0.118 0.075 0.050 0.019 67 Y 0.014 0.031 0.033 0.112 0.130 0.187 0.209 0.121 0.090 0.050 0.022 68 F 0.013 0.011 0.019 0.027 0.033 0.064 0.153 0.163 0.210 0.196 0.112 69 N 0.025 0.060 0.094 0.272 0.220 0.131 0.096 0.049 0.030 0.015 0.009 70 L 0.007 0.005 0.012 0.013 0.024 0.029 0.082 0.147 0.201 0.232 0.247 71 K 0.018 0.046 0.055 0.172 0.211 0.144 0.139 0.094 0.062 0.037 0.024 72 A 0.032 0.025 0.046 0.056 0.074 0.081 0.168 0.154 0.150 0.120 0.095 73 A 0.108 0.174 0.136 0.231 0.139 0.083 0.065 0.030 0.018 0.011 0.006 74 N 0.136 0.108 0.062 0.122 0.094 0.080 0.133 0.091 0.085 0.055 0.034 75 H 0.266 0.134 0.063 0.141 0.098 0.075 0.086 0.056 0.040 0.028 0.015 76 Q 0.076 0.113 0.105 0.190 0.137 0.120 0.106 0.064 0.046 0.028 0.016 77 I 0.029 0.041 0.039 0.073 0.088 0.138 0.186 0.148 0.117 0.088 0.052 78 I 0.014 0.019 0.021 0.047 0.067 0.085 0.147 0.159 0.179 0.143 0.119 79 G 0.055 0.035 0.044 0.065 0.073 0.081 0.140 0.135 0.155 0.134 0.082 80 T 0.052 0.089 0.089 0.209 0.164 0.107 0.118 0.071 0.055 0.031 0.016 81 S 0.042 0.035 0.030 0.067 0.079 0.087 0.151 0.150 0.155 0.121 0.082 82 Q 0.100 0.094 0.067 0.168 0.144 0.118 0.134 0.082 0.051 0.028 0.016 83 M 0.068 0.068 0.087 0.143 0.135 0.115 0.149 0.102 0.065 0.044 0.023 84 Y 0.017 0.016 0.024 0.041 0.057 0.111 0.193 0.152 0.170 0.142 0.077 85 S 0.103 0.176 0.115 0.190 0.127 0.085 0.093 0.048 0.035 0.020 0.009 86 S 0.107 0.093 0.102 0.135 0.114 0.102 0.145 0.086 0.059 0.038 0.020 87 T 0.244 0.156 0.139 0.191 0.110 0.062 0.052 0.024 0.012 0.007 0.003 88 A 0.206 0.077 0.077 0.130 0.106 0.100 0.137 0.083 0.045 0.027 0.012 89 A 0.058 0.162 0.128 0.188 0.135 0.096 0.087 0.062 0.040 0.029 0.014 90 R 0.014 0.025 0.035 0.068 0.103 0.138 0.255 0.166 0.100 0.067 0.029 91 D 0.172 0.142 0.310 0.186 0.087 0.048 0.031 0.014 0.006 0.004 0.001 92 N 0.109 0.114 0.168 0.222 0.139 0.110 0.082 0.035 0.013 0.006 0.003 93 G 0.109 0.092 0.045 0.104 0.105 0.074 0.136 0.130 0.096 0.067 0.043 94 I 0.003 0.003 0.005 0.009 0.023 0.055 0.144 0.138 0.224 0.232 0.164 95 K 0.039 0.079 0.451 0.250 0.114 0.039 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 96 S 0.032 0.053 0.120 0.212 0.185 0.158 0.144 0.059 0.021 0.010 0.006 97 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.008 0.028 0.059 0.185 0.250 0.458 98 M 0.014 0.014 0.018 0.075 0.175 0.187 0.271 0.129 0.062 0.040 0.013 99 E 0.039 0.078 0.602 0.191 0.054 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 100 N 0.046 0.044 0.034 0.109 0.123 0.206 0.287 0.089 0.038 0.017 0.007 101 G 0.013 0.012 0.004 0.006 0.007 0.012 0.041 0.067 0.190 0.284 0.363 102 K 0.108 0.308 0.117 0.245 0.153 0.037 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 103 T 0.474 0.148 0.106 0.120 0.067 0.036 0.024 0.013 0.006 0.004 0.002 104 T 0.327 0.104 0.034 0.087 0.078 0.087 0.123 0.077 0.046 0.024 0.016 105 T 0.171 0.285 0.047 0.224 0.115 0.059 0.052 0.027 0.012 0.005 0.003 106 I 0.007 0.005 0.007 0.010 0.017 0.032 0.063 0.083 0.202 0.250 0.324 107 K 0.132 0.192 0.142 0.262 0.164 0.052 0.031 0.014 0.006 0.003 0.001 108 D 0.056 0.077 0.085 0.132 0.111 0.133 0.156 0.102 0.074 0.050 0.023 109 L 0.056 0.076 0.037 0.108 0.123 0.137 0.170 0.123 0.085 0.051 0.033 110 T 0.430 0.170 0.047 0.102 0.061 0.045 0.061 0.039 0.025 0.014 0.006