# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.4049 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.065 0.057 0.012 0.001 0.005 0.007 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.185 0.011 0.075 0.570 2 S 0.056 0.056 0.008 0.003 0.016 0.020 0.015 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.296 0.012 0.064 0.446 3 G 0.067 0.022 0.012 0.001 0.005 0.007 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.351 0.015 0.049 0.454 4 W 0.052 0.016 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.381 0.007 0.114 0.411 5 Y 0.017 0.008 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.744 0.003 0.037 0.174 6 E 0.013 0.010 0.002 0.001 0.004 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.009 0.727 0.003 0.042 0.144 7 L 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.061 0.096 0.029 0.558 0.003 0.025 0.196 8 S 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 0.157 0.418 0.111 0.020 0.176 0.002 0.017 0.068 9 K 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.072 0.006 0.162 0.034 0.005 0.003 0.149 0.003 0.061 0.467 10 S 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.449 0.066 0.005 0.010 0.002 0.001 0.001 0.046 0.003 0.079 0.213 11 S 0.048 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.249 0.025 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.006 0.131 0.465 12 N 0.046 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.018 0.284 0.567 13 D 0.219 0.011 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.139 0.159 0.418 14 Q 0.129 0.007 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.022 0.418 0.336 15 F 0.024 0.002 0.015 0.003 0.186 0.024 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.309 0.004 0.078 0.339 16 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.150 0.351 0.109 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.277 0.001 0.022 0.073 17 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.027 0.053 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.738 0.001 0.026 0.114 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.020 0.012 0.873 0.001 0.015 0.060 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.050 0.149 0.057 0.015 0.627 0.001 0.019 0.074 20 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.003 0.142 0.022 0.002 0.003 0.575 0.001 0.042 0.172 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.241 0.018 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.463 0.001 0.040 0.157 22 G 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.281 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.257 0.002 0.108 0.328 23 N 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.003 0.278 0.571 24 G 0.204 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.111 0.104 0.443 25 E 0.256 0.004 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.300 0.020 0.272 0.130 26 V 0.008 0.002 0.009 0.001 0.035 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.324 0.001 0.051 0.561 27 I 0.002 0.002 0.001 0.002 0.240 0.187 0.105 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.351 0.001 0.011 0.067 28 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.012 0.049 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.005 0.754 0.001 0.026 0.112 29 T 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.817 0.001 0.027 0.130 30 S 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.539 0.002 0.085 0.341 31 E 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.146 0.005 0.205 0.612 32 L 0.069 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.011 0.295 0.463 33 Y 0.177 0.053 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.023 0.195 0.396 34 T 0.053 0.131 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.011 0.188 0.556 35 G 0.058 0.107 0.009 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.027 0.150 0.618 36 K 0.129 0.097 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.016 0.150 0.575 37 S 0.026 0.122 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.143 0.691 38 G 0.076 0.230 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 0.224 0.438 39 A 0.057 0.617 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.173 0.135 40 M 0.046 0.845 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.014 0.073 41 N 0.057 0.849 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.005 0.069 42 G 0.358 0.467 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.059 0.006 0.099 43 I 0.134 0.613 0.105 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 0.023 0.099 44 E 0.028 0.619 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.007 0.039 0.224 45 S 0.073 0.584 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.010 0.066 0.226 46 V 0.111 0.726 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.012 0.013 0.083 47 Q 0.036 0.788 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.009 0.044 0.079 48 T 0.105 0.572 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.046 0.029 0.187 49 N 0.369 0.285 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.074 0.020 0.195 50 S 0.133 0.106 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.018 0.180 0.504 51 P 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.955 52 I 0.068 0.063 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.008 0.271 0.568 53 E 0.086 0.251 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.132 0.513 54 A 0.053 0.580 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.066 0.289 55 R 0.074 0.782 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.030 0.104 56 Y 0.083 0.840 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.006 0.053 57 A 0.064 0.809 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.011 0.007 0.084 58 K 0.076 0.712 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.024 0.022 0.009 0.139 59 E 0.102 0.611 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.048 0.007 0.002 0.025 0.034 0.016 0.136 60 V 0.074 0.457 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.003 0.108 0.034 0.006 0.002 0.035 0.028 0.018 0.192 61 A 0.044 0.292 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.205 0.014 0.004 0.007 0.003 0.001 0.001 0.060 0.024 0.035 0.275 62 K 0.057 0.085 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.321 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.020 0.056 0.386 63 N 0.071 0.040 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.026 0.132 0.675 64 D 0.140 0.018 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.147 0.121 0.505 65 K 0.297 0.007 0.047 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.045 0.278 0.249 66 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.986 67 Y 0.004 0.001 0.001 0.001 0.356 0.149 0.079 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.245 0.001 0.033 0.121 68 F 0.010 0.001 0.001 0.001 0.010 0.030 0.084 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.653 0.001 0.024 0.152 69 N 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.845 0.001 0.024 0.099 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.045 0.026 0.011 0.740 0.001 0.023 0.124 71 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.055 0.015 0.002 0.002 0.726 0.001 0.054 0.126 72 A 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.106 0.021 0.002 0.009 0.002 0.001 0.003 0.537 0.002 0.044 0.208 73 A 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.178 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.424 0.004 0.069 0.280 74 N 0.025 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.169 0.008 0.202 0.573 75 H 0.243 0.008 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.097 0.103 0.429 76 Q 0.157 0.010 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.281 0.016 0.331 0.182 77 I 0.029 0.008 0.015 0.002 0.023 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.355 0.005 0.099 0.452 78 I 0.012 0.015 0.002 0.005 0.135 0.166 0.066 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.414 0.004 0.022 0.128 79 G 0.011 0.014 0.003 0.001 0.005 0.016 0.038 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.521 0.004 0.071 0.293 80 T 0.009 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.491 0.004 0.048 0.417 81 S 0.011 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.317 0.005 0.126 0.513 82 Q 0.053 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.009 0.201 0.563 83 M 0.104 0.058 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.010 0.214 0.479 84 Y 0.118 0.175 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.196 0.020 0.136 0.340 85 S 0.087 0.317 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.020 0.115 0.364 86 S 0.064 0.355 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.018 0.123 0.384 87 T 0.043 0.192 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.011 0.053 0.677 88 A 0.033 0.275 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 0.176 0.486 89 A 0.064 0.356 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.403 0.150 90 R 0.048 0.860 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.018 0.062 91 D 0.066 0.849 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.005 0.049 92 N 0.240 0.541 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.105 0.003 0.097 93 G 0.476 0.167 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.096 0.031 0.156 94 I 0.039 0.090 0.532 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.009 0.040 0.260 95 K 0.020 0.172 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.004 0.084 0.575 96 S 0.041 0.242 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.005 0.240 0.440 97 V 0.067 0.668 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.057 0.009 0.032 0.155 98 M 0.023 0.833 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.029 0.005 0.037 0.063 99 E 0.078 0.731 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.026 0.031 0.013 0.107 100 N 0.388 0.337 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.103 0.005 0.137 101 G 0.476 0.152 0.082 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.050 0.024 0.171 102 K 0.024 0.036 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.006 0.156 0.712 103 T 0.049 0.024 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.020 0.131 0.667 104 T 0.354 0.020 0.020 0.007 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.201 0.023 0.067 0.300 105 T 0.044 0.017 0.005 0.001 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.005 0.280 0.451 106 I 0.038 0.016 0.013 0.001 0.018 0.006 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.007 0.455 0.009 0.057 0.349 107 K 0.030 0.016 0.003 0.002 0.002 0.005 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.003 0.001 0.597 0.004 0.103 0.199 108 D 0.044 0.019 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.011 0.001 0.017 0.006 0.008 0.006 0.230 0.012 0.088 0.538 109 L 0.073 0.039 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.002 0.410 0.009 0.071 0.361 110 T 0.017 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.008 0.010 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.168 0.005 0.374 0.353