# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.4049 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.013 0.003 0.037 0.014 0.035 0.013 0.003 0.001 0.002 0.834 2 S 0.020 0.008 0.005 0.041 0.062 0.114 0.026 0.002 0.001 0.003 0.719 3 G 0.037 0.005 0.005 0.061 0.156 0.299 0.046 0.001 0.001 0.008 0.381 4 W 0.046 0.007 0.009 0.077 0.134 0.257 0.066 0.001 0.001 0.004 0.398 5 Y 0.011 0.003 0.001 0.064 0.438 0.398 0.022 0.001 0.001 0.001 0.062 6 E 0.013 0.005 0.001 0.062 0.357 0.404 0.023 0.001 0.001 0.002 0.133 7 L 0.019 0.003 0.001 0.045 0.408 0.438 0.006 0.001 0.001 0.001 0.080 8 S 0.003 0.003 0.001 0.021 0.386 0.508 0.010 0.001 0.001 0.001 0.068 9 K 0.007 0.003 0.001 0.018 0.252 0.415 0.027 0.001 0.001 0.002 0.277 10 S 0.010 0.006 0.001 0.014 0.273 0.448 0.095 0.001 0.001 0.004 0.150 11 S 0.064 0.008 0.004 0.012 0.065 0.155 0.163 0.002 0.001 0.031 0.496 12 N 0.028 0.009 0.002 0.007 0.056 0.063 0.310 0.002 0.001 0.024 0.498 13 D 0.225 0.002 0.013 0.005 0.031 0.035 0.125 0.001 0.001 0.164 0.398 14 Q 0.205 0.003 0.027 0.009 0.022 0.029 0.412 0.001 0.001 0.037 0.255 15 F 0.008 0.002 0.008 0.019 0.305 0.431 0.109 0.001 0.001 0.009 0.108 16 K 0.001 0.001 0.001 0.009 0.365 0.581 0.012 0.001 0.001 0.002 0.028 17 F 0.002 0.001 0.001 0.014 0.415 0.524 0.004 0.001 0.001 0.001 0.041 18 V 0.002 0.001 0.001 0.010 0.371 0.576 0.003 0.001 0.001 0.001 0.038 19 L 0.001 0.001 0.001 0.010 0.546 0.420 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 20 K 0.001 0.001 0.001 0.010 0.338 0.602 0.006 0.001 0.001 0.001 0.041 21 A 0.002 0.003 0.001 0.018 0.297 0.626 0.011 0.001 0.001 0.001 0.041 22 G 0.005 0.007 0.001 0.016 0.197 0.348 0.127 0.001 0.001 0.006 0.292 23 N 0.056 0.004 0.002 0.014 0.042 0.092 0.159 0.003 0.001 0.031 0.596 24 G 0.317 0.005 0.011 0.020 0.032 0.021 0.067 0.002 0.001 0.064 0.461 25 E 0.242 0.002 0.089 0.039 0.044 0.027 0.355 0.001 0.001 0.040 0.160 26 V 0.004 0.003 0.006 0.127 0.068 0.091 0.242 0.001 0.001 0.007 0.452 27 I 0.003 0.002 0.001 0.214 0.145 0.556 0.018 0.001 0.001 0.004 0.058 28 L 0.005 0.008 0.001 0.292 0.161 0.336 0.056 0.001 0.001 0.002 0.139 29 T 0.006 0.006 0.001 0.178 0.136 0.371 0.080 0.001 0.001 0.002 0.221 30 S 0.010 0.007 0.001 0.119 0.116 0.199 0.129 0.001 0.001 0.005 0.412 31 E 0.014 0.006 0.001 0.043 0.022 0.030 0.169 0.001 0.001 0.008 0.707 32 L 0.035 0.005 0.001 0.024 0.011 0.025 0.485 0.001 0.001 0.008 0.404 33 Y 0.254 0.047 0.003 0.037 0.029 0.068 0.213 0.002 0.001 0.015 0.332 34 T 0.091 0.166 0.009 0.023 0.032 0.048 0.097 0.002 0.001 0.006 0.526 35 G 0.059 0.224 0.017 0.019 0.019 0.042 0.102 0.006 0.001 0.006 0.506 36 K 0.121 0.229 0.011 0.016 0.015 0.030 0.092 0.005 0.001 0.005 0.476 37 S 0.036 0.236 0.004 0.005 0.006 0.008 0.091 0.003 0.001 0.003 0.608 38 G 0.127 0.270 0.015 0.010 0.010 0.013 0.192 0.008 0.001 0.006 0.348 39 A 0.098 0.638 0.007 0.006 0.004 0.013 0.037 0.006 0.001 0.002 0.190 40 M 0.054 0.708 0.002 0.005 0.004 0.011 0.070 0.008 0.001 0.001 0.136 41 N 0.100 0.707 0.004 0.002 0.002 0.003 0.026 0.011 0.001 0.002 0.143 42 G 0.175 0.704 0.006 0.002 0.002 0.004 0.008 0.022 0.001 0.002 0.076 43 I 0.081 0.726 0.046 0.006 0.005 0.010 0.012 0.013 0.001 0.001 0.100 44 E 0.025 0.586 0.029 0.013 0.025 0.029 0.047 0.006 0.001 0.001 0.240 45 S 0.056 0.533 0.014 0.010 0.011 0.014 0.061 0.013 0.001 0.003 0.285 46 V 0.159 0.616 0.001 0.011 0.013 0.015 0.016 0.006 0.001 0.001 0.161 47 Q 0.064 0.701 0.007 0.017 0.020 0.026 0.040 0.011 0.001 0.003 0.112 48 T 0.091 0.577 0.022 0.020 0.017 0.024 0.031 0.009 0.001 0.002 0.208 49 N 0.137 0.439 0.016 0.021 0.023 0.037 0.049 0.035 0.001 0.009 0.234 50 S 0.252 0.121 0.053 0.011 0.007 0.009 0.059 0.009 0.001 0.006 0.472 51 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.980 52 I 0.029 0.025 0.004 0.008 0.007 0.023 0.258 0.002 0.001 0.007 0.637 53 E 0.116 0.211 0.002 0.006 0.007 0.013 0.101 0.002 0.001 0.004 0.538 54 A 0.084 0.434 0.002 0.004 0.008 0.013 0.079 0.002 0.001 0.002 0.372 55 R 0.162 0.558 0.004 0.004 0.007 0.012 0.069 0.005 0.001 0.003 0.175 56 Y 0.122 0.711 0.005 0.004 0.015 0.019 0.012 0.004 0.001 0.001 0.106 57 A 0.053 0.674 0.015 0.008 0.031 0.039 0.015 0.009 0.001 0.001 0.154 58 K 0.045 0.572 0.015 0.010 0.072 0.063 0.014 0.007 0.001 0.001 0.200 59 E 0.091 0.461 0.003 0.010 0.120 0.096 0.017 0.007 0.001 0.001 0.192 60 V 0.062 0.418 0.005 0.008 0.163 0.143 0.019 0.007 0.001 0.002 0.173 61 A 0.038 0.380 0.004 0.011 0.171 0.174 0.029 0.009 0.001 0.003 0.181 62 K 0.088 0.231 0.010 0.016 0.060 0.081 0.087 0.019 0.001 0.008 0.400 63 N 0.120 0.077 0.009 0.011 0.024 0.038 0.124 0.024 0.001 0.019 0.555 64 D 0.454 0.008 0.046 0.006 0.011 0.012 0.049 0.006 0.001 0.089 0.319 65 K 0.281 0.004 0.227 0.009 0.018 0.010 0.212 0.001 0.001 0.023 0.216 66 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.976 67 Y 0.004 0.001 0.001 0.033 0.153 0.643 0.044 0.001 0.001 0.005 0.115 68 F 0.012 0.005 0.001 0.068 0.321 0.431 0.027 0.001 0.001 0.001 0.134 69 N 0.007 0.010 0.001 0.051 0.252 0.403 0.035 0.001 0.001 0.001 0.239 70 L 0.014 0.008 0.001 0.065 0.338 0.414 0.023 0.001 0.001 0.001 0.137 71 K 0.010 0.019 0.001 0.047 0.201 0.419 0.054 0.001 0.001 0.002 0.246 72 A 0.029 0.050 0.001 0.046 0.300 0.318 0.069 0.001 0.001 0.004 0.182 73 A 0.050 0.149 0.001 0.038 0.084 0.221 0.092 0.007 0.001 0.006 0.352 74 N 0.148 0.093 0.003 0.025 0.049 0.117 0.105 0.026 0.001 0.018 0.414 75 H 0.345 0.047 0.031 0.019 0.023 0.025 0.031 0.008 0.001 0.023 0.449 76 Q 0.210 0.021 0.113 0.062 0.061 0.045 0.239 0.005 0.001 0.018 0.224 77 I 0.024 0.014 0.027 0.123 0.052 0.071 0.191 0.002 0.001 0.012 0.483 78 I 0.012 0.013 0.006 0.311 0.128 0.328 0.037 0.001 0.001 0.005 0.160 79 G 0.008 0.018 0.004 0.310 0.115 0.210 0.081 0.001 0.001 0.004 0.250 80 T 0.009 0.013 0.002 0.176 0.069 0.164 0.094 0.001 0.001 0.002 0.469 81 S 0.015 0.013 0.001 0.117 0.088 0.140 0.132 0.001 0.001 0.005 0.490 82 Q 0.033 0.021 0.002 0.051 0.036 0.044 0.184 0.001 0.001 0.012 0.615 83 M 0.086 0.037 0.002 0.050 0.028 0.054 0.308 0.002 0.001 0.006 0.427 84 Y 0.210 0.123 0.004 0.050 0.043 0.103 0.143 0.003 0.001 0.010 0.310 85 S 0.085 0.240 0.012 0.022 0.028 0.058 0.101 0.004 0.001 0.007 0.443 86 S 0.060 0.286 0.014 0.014 0.028 0.047 0.074 0.006 0.001 0.006 0.465 87 T 0.092 0.234 0.008 0.010 0.014 0.019 0.084 0.004 0.001 0.005 0.529 88 A 0.034 0.297 0.005 0.005 0.007 0.009 0.262 0.003 0.001 0.003 0.375 89 A 0.139 0.429 0.011 0.009 0.015 0.025 0.185 0.008 0.001 0.006 0.173 90 R 0.113 0.719 0.003 0.003 0.003 0.012 0.023 0.006 0.001 0.001 0.116 91 D 0.034 0.783 0.002 0.002 0.003 0.005 0.024 0.007 0.001 0.001 0.140 92 N 0.078 0.662 0.005 0.002 0.002 0.003 0.021 0.015 0.001 0.002 0.211 93 G 0.199 0.588 0.016 0.004 0.002 0.005 0.040 0.024 0.001 0.003 0.119 94 I 0.059 0.665 0.084 0.007 0.006 0.012 0.023 0.006 0.001 0.001 0.137 95 K 0.015 0.629 0.016 0.009 0.024 0.025 0.035 0.002 0.001 0.001 0.243 96 S 0.026 0.638 0.006 0.006 0.006 0.005 0.066 0.005 0.001 0.002 0.240 97 V 0.089 0.812 0.001 0.004 0.006 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.073 98 M 0.026 0.918 0.001 0.004 0.004 0.007 0.007 0.005 0.001 0.001 0.028 99 E 0.038 0.857 0.008 0.003 0.005 0.006 0.012 0.013 0.001 0.001 0.057 100 N 0.270 0.430 0.009 0.007 0.007 0.012 0.011 0.129 0.001 0.004 0.121 101 G 0.455 0.183 0.121 0.008 0.005 0.006 0.013 0.030 0.001 0.005 0.172 102 K 0.015 0.039 0.052 0.014 0.009 0.012 0.113 0.007 0.001 0.002 0.737 103 T 0.050 0.011 0.012 0.026 0.013 0.028 0.061 0.006 0.001 0.011 0.782 104 T 0.261 0.051 0.025 0.073 0.030 0.027 0.092 0.004 0.001 0.009 0.428 105 T 0.049 0.027 0.007 0.073 0.025 0.030 0.214 0.003 0.001 0.004 0.567 106 I 0.095 0.039 0.009 0.155 0.058 0.115 0.078 0.001 0.001 0.007 0.444 107 K 0.033 0.075 0.002 0.167 0.077 0.134 0.141 0.003 0.001 0.005 0.364 108 D 0.069 0.056 0.003 0.062 0.036 0.060 0.118 0.005 0.001 0.008 0.581 109 L 0.157 0.099 0.008 0.107 0.046 0.094 0.114 0.005 0.001 0.009 0.362 110 T 0.071 0.053 0.008 0.038 0.063 0.095 0.251 0.007 0.001 0.017 0.398