# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.4049 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.016 0.016 0.016 0.027 0.037 0.005 0.849 2 S 0.047 0.021 0.038 0.060 0.120 0.076 0.008 0.631 3 G 0.120 0.020 0.049 0.115 0.162 0.058 0.014 0.462 4 W 0.070 0.030 0.055 0.175 0.238 0.063 0.008 0.362 5 Y 0.021 0.017 0.054 0.356 0.382 0.024 0.003 0.143 6 E 0.015 0.021 0.040 0.330 0.451 0.018 0.003 0.123 7 L 0.014 0.019 0.049 0.318 0.458 0.011 0.003 0.128 8 S 0.005 0.009 0.028 0.350 0.539 0.008 0.002 0.058 9 K 0.013 0.017 0.015 0.273 0.322 0.021 0.006 0.332 10 S 0.018 0.014 0.024 0.211 0.346 0.129 0.010 0.247 11 S 0.056 0.015 0.021 0.106 0.163 0.164 0.023 0.452 12 N 0.046 0.013 0.009 0.023 0.055 0.269 0.022 0.563 13 D 0.165 0.006 0.012 0.032 0.047 0.233 0.053 0.451 14 Q 0.260 0.009 0.035 0.068 0.079 0.266 0.028 0.255 15 F 0.030 0.005 0.038 0.322 0.313 0.099 0.005 0.189 16 K 0.001 0.001 0.024 0.312 0.622 0.008 0.001 0.031 17 F 0.001 0.001 0.022 0.405 0.517 0.007 0.001 0.044 18 V 0.001 0.001 0.028 0.330 0.610 0.003 0.001 0.026 19 L 0.001 0.002 0.017 0.474 0.481 0.003 0.001 0.023 20 K 0.001 0.002 0.019 0.392 0.534 0.005 0.001 0.044 21 A 0.004 0.006 0.026 0.306 0.561 0.017 0.002 0.076 22 G 0.022 0.013 0.022 0.226 0.307 0.116 0.016 0.277 23 N 0.084 0.008 0.017 0.052 0.119 0.170 0.039 0.511 24 G 0.213 0.010 0.057 0.053 0.157 0.112 0.055 0.342 25 E 0.146 0.004 0.094 0.120 0.109 0.370 0.013 0.144 26 V 0.008 0.002 0.079 0.076 0.120 0.119 0.002 0.594 27 I 0.003 0.001 0.152 0.276 0.494 0.012 0.001 0.062 28 L 0.006 0.002 0.251 0.151 0.297 0.045 0.001 0.248 29 T 0.004 0.004 0.209 0.242 0.336 0.053 0.002 0.150 30 S 0.010 0.006 0.139 0.103 0.314 0.048 0.004 0.375 31 E 0.022 0.009 0.073 0.053 0.084 0.170 0.009 0.580 32 L 0.070 0.009 0.038 0.029 0.053 0.318 0.025 0.459 33 Y 0.177 0.052 0.062 0.039 0.085 0.179 0.016 0.390 34 T 0.080 0.079 0.031 0.025 0.039 0.177 0.008 0.563 35 G 0.063 0.060 0.020 0.008 0.028 0.095 0.010 0.714 36 K 0.136 0.115 0.029 0.011 0.047 0.088 0.013 0.560 37 S 0.032 0.107 0.009 0.007 0.011 0.228 0.007 0.599 38 G 0.079 0.229 0.012 0.004 0.009 0.180 0.009 0.479 39 A 0.121 0.661 0.010 0.004 0.009 0.041 0.005 0.149 40 M 0.046 0.772 0.010 0.004 0.008 0.042 0.005 0.115 41 N 0.060 0.767 0.005 0.002 0.004 0.025 0.013 0.123 42 G 0.196 0.646 0.008 0.002 0.005 0.013 0.027 0.103 43 I 0.082 0.709 0.041 0.008 0.011 0.025 0.014 0.109 44 E 0.027 0.580 0.061 0.017 0.015 0.076 0.011 0.214 45 S 0.046 0.616 0.020 0.009 0.013 0.046 0.013 0.236 46 V 0.070 0.740 0.039 0.011 0.022 0.016 0.007 0.096 47 Q 0.047 0.584 0.067 0.021 0.018 0.040 0.013 0.211 48 T 0.106 0.415 0.054 0.025 0.031 0.042 0.047 0.281 49 N 0.281 0.241 0.032 0.013 0.021 0.044 0.092 0.276 50 S 0.215 0.141 0.069 0.023 0.025 0.087 0.028 0.412 51 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.992 52 I 0.019 0.016 0.012 0.011 0.028 0.223 0.005 0.686 53 E 0.156 0.083 0.014 0.009 0.024 0.096 0.008 0.610 54 A 0.115 0.255 0.014 0.015 0.027 0.146 0.009 0.419 55 R 0.198 0.356 0.015 0.017 0.029 0.086 0.015 0.286 56 Y 0.109 0.613 0.012 0.025 0.045 0.032 0.009 0.153 57 A 0.059 0.498 0.021 0.064 0.090 0.040 0.014 0.213 58 K 0.052 0.459 0.019 0.063 0.081 0.031 0.017 0.279 59 E 0.075 0.431 0.024 0.085 0.108 0.026 0.015 0.235 60 V 0.053 0.348 0.030 0.096 0.113 0.027 0.016 0.317 61 A 0.042 0.284 0.086 0.082 0.116 0.057 0.017 0.316 62 K 0.097 0.142 0.040 0.058 0.068 0.114 0.047 0.435 63 N 0.145 0.053 0.030 0.021 0.030 0.162 0.066 0.492 64 D 0.196 0.022 0.051 0.018 0.026 0.086 0.078 0.523 65 K 0.201 0.014 0.081 0.052 0.039 0.252 0.016 0.345 66 P 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.014 0.001 0.975 67 Y 0.005 0.001 0.051 0.191 0.577 0.030 0.001 0.144 68 F 0.018 0.011 0.078 0.242 0.373 0.045 0.002 0.230 69 N 0.012 0.019 0.076 0.266 0.429 0.027 0.002 0.168 70 L 0.015 0.029 0.083 0.288 0.440 0.017 0.002 0.125 71 K 0.012 0.030 0.049 0.333 0.383 0.033 0.005 0.156 72 A 0.020 0.055 0.056 0.201 0.398 0.060 0.009 0.199 73 A 0.047 0.094 0.045 0.167 0.221 0.140 0.026 0.260 74 N 0.158 0.063 0.023 0.042 0.076 0.158 0.057 0.424 75 H 0.261 0.050 0.067 0.031 0.072 0.073 0.070 0.377 76 Q 0.215 0.014 0.129 0.070 0.051 0.324 0.020 0.176 77 I 0.012 0.005 0.075 0.036 0.052 0.130 0.003 0.686 78 I 0.005 0.001 0.232 0.233 0.430 0.016 0.002 0.081 79 G 0.009 0.007 0.184 0.067 0.132 0.111 0.002 0.489 80 T 0.014 0.008 0.220 0.078 0.141 0.115 0.004 0.420 81 S 0.013 0.011 0.103 0.060 0.154 0.113 0.005 0.541 82 Q 0.029 0.019 0.048 0.035 0.051 0.176 0.008 0.633 83 M 0.063 0.048 0.045 0.039 0.057 0.341 0.012 0.396 84 Y 0.125 0.211 0.066 0.038 0.091 0.153 0.010 0.305 85 S 0.071 0.394 0.027 0.021 0.050 0.088 0.012 0.336 86 S 0.069 0.365 0.029 0.012 0.060 0.069 0.017 0.379 87 T 0.041 0.358 0.013 0.006 0.016 0.106 0.012 0.447 88 A 0.027 0.323 0.007 0.006 0.007 0.374 0.011 0.246 89 A 0.067 0.594 0.010 0.004 0.007 0.182 0.007 0.127 90 R 0.071 0.834 0.004 0.003 0.004 0.018 0.005 0.060 91 D 0.029 0.895 0.002 0.001 0.002 0.004 0.006 0.061 92 N 0.066 0.821 0.004 0.001 0.002 0.008 0.025 0.072 93 G 0.245 0.494 0.025 0.004 0.004 0.042 0.068 0.119 94 I 0.044 0.488 0.162 0.011 0.012 0.131 0.012 0.138 95 K 0.012 0.565 0.070 0.011 0.021 0.058 0.004 0.260 96 S 0.009 0.752 0.007 0.002 0.004 0.041 0.002 0.182 97 V 0.015 0.876 0.015 0.003 0.006 0.029 0.002 0.054 98 M 0.011 0.945 0.008 0.003 0.005 0.005 0.002 0.021 99 E 0.040 0.893 0.005 0.003 0.004 0.008 0.015 0.034 100 N 0.187 0.596 0.009 0.003 0.005 0.010 0.110 0.078 101 G 0.328 0.435 0.045 0.007 0.008 0.016 0.071 0.090 102 K 0.059 0.075 0.089 0.014 0.006 0.114 0.033 0.609 103 T 0.097 0.039 0.113 0.014 0.022 0.128 0.029 0.557 104 T 0.293 0.052 0.087 0.020 0.029 0.115 0.026 0.377 105 T 0.127 0.026 0.122 0.033 0.030 0.254 0.016 0.391 106 I 0.057 0.036 0.258 0.058 0.086 0.097 0.007 0.402 107 K 0.032 0.037 0.176 0.135 0.156 0.152 0.007 0.305 108 D 0.062 0.046 0.055 0.041 0.067 0.134 0.016 0.579 109 L 0.126 0.100 0.128 0.050 0.120 0.110 0.019 0.348 110 T 0.060 0.061 0.049 0.052 0.072 0.237 0.021 0.447