# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.4049 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.120 0.195 0.168 0.119 0.143 0.045 0.085 0.050 0.041 0.033 0.001 2 S 0.093 0.345 0.360 0.080 0.065 0.019 0.017 0.003 0.015 0.002 0.001 3 G 0.075 0.219 0.191 0.043 0.260 0.034 0.044 0.071 0.009 0.053 0.001 4 W 0.093 0.694 0.122 0.021 0.048 0.013 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 5 Y 0.045 0.698 0.103 0.013 0.111 0.015 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 6 E 0.030 0.652 0.194 0.006 0.050 0.045 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 7 L 0.052 0.432 0.384 0.010 0.017 0.087 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 8 S 0.116 0.523 0.199 0.027 0.051 0.028 0.004 0.001 0.050 0.001 0.001 9 K 0.199 0.309 0.208 0.073 0.129 0.026 0.017 0.002 0.032 0.003 0.001 10 S 0.174 0.223 0.305 0.100 0.072 0.042 0.037 0.004 0.035 0.007 0.001 11 S 0.499 0.102 0.155 0.136 0.026 0.023 0.021 0.004 0.021 0.009 0.004 12 N 0.185 0.046 0.102 0.407 0.031 0.021 0.168 0.019 0.007 0.014 0.001 13 D 0.078 0.036 0.073 0.126 0.040 0.020 0.312 0.271 0.012 0.032 0.001 14 Q 0.055 0.409 0.370 0.078 0.041 0.014 0.014 0.003 0.014 0.001 0.001 15 F 0.013 0.594 0.274 0.022 0.050 0.020 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 16 K 0.005 0.844 0.095 0.005 0.038 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 17 F 0.003 0.797 0.079 0.004 0.096 0.014 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 18 V 0.002 0.899 0.061 0.001 0.015 0.014 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 19 L 0.003 0.571 0.303 0.002 0.032 0.076 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 20 K 0.007 0.739 0.156 0.005 0.021 0.049 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 21 A 0.023 0.576 0.243 0.019 0.087 0.019 0.011 0.001 0.018 0.002 0.001 22 G 0.064 0.109 0.074 0.052 0.190 0.025 0.115 0.083 0.025 0.262 0.001 23 N 0.046 0.051 0.143 0.288 0.086 0.012 0.292 0.033 0.007 0.040 0.001 24 G 0.013 0.024 0.035 0.020 0.084 0.004 0.093 0.572 0.003 0.151 0.001 25 E 0.019 0.512 0.383 0.011 0.052 0.011 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 26 V 0.012 0.634 0.289 0.005 0.016 0.036 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 27 I 0.015 0.772 0.145 0.004 0.030 0.021 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 28 L 0.027 0.589 0.222 0.011 0.074 0.044 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 29 T 0.056 0.488 0.225 0.035 0.108 0.035 0.008 0.001 0.041 0.001 0.001 30 S 0.115 0.301 0.220 0.043 0.219 0.032 0.018 0.004 0.037 0.010 0.001 31 E 0.527 0.141 0.163 0.065 0.053 0.018 0.010 0.002 0.017 0.003 0.002 32 L 0.535 0.115 0.148 0.115 0.035 0.025 0.013 0.001 0.010 0.001 0.001 33 Y 0.341 0.205 0.140 0.166 0.053 0.035 0.015 0.003 0.038 0.003 0.001 34 T 0.394 0.124 0.227 0.136 0.037 0.021 0.036 0.003 0.019 0.003 0.001 35 G 0.252 0.030 0.107 0.114 0.088 0.032 0.077 0.125 0.008 0.167 0.001 36 K 0.622 0.077 0.150 0.088 0.018 0.021 0.006 0.001 0.014 0.002 0.001 37 S 0.762 0.021 0.104 0.072 0.010 0.009 0.013 0.001 0.004 0.002 0.001 38 G 0.731 0.012 0.026 0.061 0.034 0.009 0.037 0.052 0.003 0.034 0.001 39 A 0.884 0.025 0.028 0.046 0.008 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 40 M 0.904 0.028 0.024 0.029 0.004 0.004 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 41 N 0.829 0.009 0.022 0.089 0.015 0.004 0.023 0.002 0.003 0.002 0.001 42 G 0.815 0.026 0.030 0.056 0.034 0.007 0.012 0.007 0.010 0.003 0.001 43 I 0.870 0.038 0.066 0.018 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 E 0.924 0.027 0.011 0.020 0.011 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 45 S 0.769 0.062 0.033 0.075 0.037 0.008 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 46 V 0.736 0.112 0.070 0.048 0.013 0.008 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 47 Q 0.473 0.205 0.146 0.078 0.026 0.033 0.005 0.001 0.033 0.001 0.001 48 T 0.434 0.093 0.256 0.133 0.019 0.027 0.022 0.001 0.014 0.001 0.001 49 N 0.169 0.048 0.101 0.360 0.053 0.054 0.105 0.072 0.014 0.024 0.001 50 S 0.098 0.110 0.526 0.019 0.048 0.022 0.021 0.002 0.139 0.014 0.001 51 P 0.648 0.003 0.291 0.023 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 52 I 0.678 0.035 0.136 0.089 0.010 0.035 0.005 0.002 0.008 0.001 0.001 53 E 0.920 0.009 0.039 0.020 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.932 0.011 0.011 0.036 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 55 R 0.860 0.034 0.015 0.068 0.009 0.003 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 56 Y 0.710 0.111 0.043 0.091 0.017 0.007 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 57 A 0.662 0.144 0.081 0.061 0.021 0.010 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 58 K 0.452 0.286 0.135 0.051 0.033 0.013 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 59 E 0.329 0.195 0.333 0.049 0.027 0.041 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 60 V 0.274 0.354 0.226 0.059 0.028 0.037 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 61 A 0.298 0.228 0.324 0.050 0.033 0.039 0.011 0.001 0.015 0.001 0.001 62 K 0.576 0.152 0.076 0.102 0.025 0.022 0.020 0.002 0.021 0.003 0.001 63 N 0.171 0.025 0.075 0.479 0.014 0.015 0.207 0.005 0.005 0.004 0.001 64 D 0.020 0.011 0.032 0.089 0.014 0.012 0.488 0.314 0.005 0.015 0.001 65 K 0.003 0.389 0.487 0.002 0.018 0.003 0.004 0.001 0.092 0.001 0.001 66 P 0.027 0.008 0.864 0.006 0.002 0.027 0.001 0.001 0.002 0.001 0.064 67 Y 0.018 0.766 0.125 0.033 0.036 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 68 F 0.010 0.746 0.091 0.008 0.125 0.007 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 69 N 0.007 0.672 0.171 0.006 0.074 0.050 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 70 L 0.015 0.663 0.224 0.006 0.031 0.046 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 71 K 0.047 0.597 0.230 0.014 0.043 0.045 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 72 A 0.091 0.451 0.236 0.039 0.089 0.043 0.015 0.002 0.032 0.002 0.001 73 A 0.384 0.176 0.167 0.131 0.045 0.023 0.039 0.004 0.022 0.009 0.002 74 N 0.113 0.031 0.078 0.284 0.041 0.022 0.354 0.047 0.008 0.023 0.001 75 H 0.108 0.169 0.194 0.149 0.086 0.015 0.175 0.057 0.031 0.015 0.001 76 Q 0.053 0.409 0.424 0.026 0.033 0.025 0.008 0.001 0.018 0.001 0.001 77 I 0.030 0.465 0.402 0.019 0.016 0.051 0.002 0.001 0.012 0.001 0.003 78 I 0.038 0.722 0.141 0.019 0.043 0.008 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 79 G 0.041 0.125 0.247 0.027 0.365 0.068 0.041 0.019 0.025 0.041 0.001 80 T 0.159 0.412 0.199 0.086 0.086 0.024 0.007 0.002 0.022 0.002 0.001 81 S 0.245 0.283 0.170 0.064 0.172 0.024 0.010 0.004 0.021 0.007 0.001 82 Q 0.442 0.193 0.160 0.057 0.081 0.029 0.014 0.002 0.018 0.002 0.001 83 M 0.559 0.170 0.124 0.079 0.028 0.020 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 84 Y 0.387 0.226 0.138 0.114 0.058 0.029 0.010 0.002 0.033 0.001 0.001 85 S 0.460 0.121 0.194 0.090 0.053 0.037 0.020 0.002 0.019 0.002 0.001 86 S 0.601 0.109 0.123 0.075 0.031 0.030 0.010 0.001 0.018 0.002 0.001 87 T 0.943 0.010 0.023 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 A 0.942 0.006 0.008 0.031 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 89 A 0.829 0.012 0.013 0.128 0.004 0.004 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 90 R 0.868 0.022 0.037 0.052 0.004 0.003 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 91 D 0.846 0.018 0.022 0.080 0.005 0.006 0.017 0.001 0.005 0.001 0.001 92 N 0.320 0.012 0.063 0.490 0.007 0.007 0.089 0.005 0.004 0.003 0.001 93 G 0.232 0.027 0.094 0.038 0.042 0.016 0.186 0.289 0.010 0.067 0.001 94 I 0.550 0.097 0.287 0.031 0.006 0.021 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 95 K 0.742 0.119 0.057 0.041 0.021 0.008 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 96 S 0.578 0.134 0.065 0.057 0.126 0.015 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 97 V 0.589 0.256 0.070 0.038 0.020 0.012 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 98 M 0.527 0.225 0.131 0.041 0.026 0.024 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 99 E 0.561 0.095 0.149 0.100 0.033 0.020 0.011 0.001 0.028 0.001 0.001 100 N 0.202 0.060 0.128 0.384 0.052 0.023 0.096 0.022 0.016 0.015 0.001 101 G 0.125 0.042 0.191 0.043 0.094 0.024 0.097 0.154 0.026 0.202 0.001 102 K 0.586 0.042 0.225 0.110 0.010 0.013 0.005 0.001 0.004 0.002 0.002 103 T 0.302 0.078 0.187 0.240 0.042 0.063 0.048 0.009 0.023 0.007 0.001 104 T 0.476 0.143 0.208 0.079 0.046 0.015 0.010 0.003 0.015 0.003 0.002 105 T 0.428 0.241 0.152 0.089 0.033 0.034 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 106 I 0.326 0.276 0.192 0.096 0.034 0.041 0.006 0.001 0.027 0.001 0.001 107 K 0.425 0.227 0.143 0.109 0.035 0.020 0.009 0.001 0.028 0.002 0.001 108 D 0.159 0.128 0.248 0.142 0.070 0.094 0.092 0.004 0.056 0.006 0.001 109 L 0.447 0.129 0.169 0.174 0.024 0.020 0.012 0.003 0.016 0.003 0.002 110 T 0.243 0.179 0.192 0.211 0.048 0.048 0.036 0.006 0.032 0.006 0.001