# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.4049 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.159 0.110 0.051 0.023 0.213 0.021 0.035 0.097 0.064 0.139 0.089 2 S 0.161 0.144 0.058 0.032 0.246 0.035 0.049 0.098 0.053 0.064 0.059 3 G 0.077 0.225 0.119 0.042 0.178 0.042 0.056 0.112 0.050 0.060 0.037 4 W 0.227 0.145 0.023 0.007 0.366 0.008 0.026 0.068 0.037 0.052 0.043 5 Y 0.178 0.160 0.015 0.002 0.590 0.004 0.007 0.020 0.008 0.006 0.010 6 E 0.256 0.093 0.008 0.001 0.574 0.003 0.005 0.023 0.006 0.006 0.024 7 L 0.356 0.078 0.008 0.002 0.366 0.006 0.013 0.052 0.020 0.027 0.072 8 S 0.136 0.198 0.058 0.020 0.299 0.028 0.035 0.089 0.029 0.041 0.068 9 K 0.133 0.134 0.040 0.020 0.187 0.025 0.046 0.175 0.072 0.102 0.064 10 S 0.077 0.130 0.197 0.038 0.109 0.024 0.058 0.163 0.072 0.091 0.043 11 S 0.046 0.052 0.071 0.084 0.046 0.087 0.077 0.264 0.127 0.114 0.032 12 N 0.023 0.363 0.147 0.117 0.054 0.062 0.085 0.074 0.032 0.032 0.011 13 D 0.032 0.021 0.034 0.083 0.024 0.038 0.020 0.056 0.078 0.449 0.164 14 Q 0.120 0.304 0.061 0.009 0.269 0.008 0.020 0.049 0.030 0.079 0.052 15 F 0.297 0.101 0.009 0.002 0.541 0.004 0.010 0.007 0.004 0.006 0.018 16 K 0.223 0.164 0.016 0.007 0.519 0.013 0.014 0.009 0.003 0.006 0.026 17 F 0.284 0.053 0.004 0.001 0.642 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 18 V 0.293 0.044 0.003 0.001 0.642 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 19 L 0.244 0.121 0.009 0.001 0.582 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.034 20 K 0.254 0.151 0.027 0.010 0.368 0.017 0.015 0.008 0.004 0.019 0.127 21 A 0.122 0.194 0.267 0.097 0.106 0.046 0.033 0.028 0.014 0.038 0.055 22 G 0.011 0.019 0.054 0.515 0.012 0.192 0.053 0.057 0.032 0.041 0.013 23 N 0.015 0.239 0.141 0.300 0.040 0.067 0.114 0.024 0.019 0.034 0.007 24 G 0.018 0.023 0.036 0.118 0.016 0.034 0.014 0.014 0.036 0.507 0.183 25 E 0.082 0.499 0.048 0.005 0.304 0.004 0.010 0.011 0.011 0.012 0.014 26 V 0.321 0.038 0.002 0.001 0.630 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 27 I 0.285 0.074 0.009 0.002 0.571 0.005 0.004 0.006 0.003 0.005 0.036 28 L 0.317 0.075 0.018 0.008 0.391 0.016 0.013 0.018 0.007 0.021 0.115 29 T 0.220 0.146 0.056 0.030 0.261 0.028 0.024 0.026 0.016 0.090 0.102 30 S 0.083 0.350 0.189 0.022 0.196 0.009 0.010 0.045 0.033 0.033 0.030 31 E 0.029 0.070 0.020 0.008 0.056 0.015 0.047 0.335 0.370 0.033 0.017 32 L 0.063 0.079 0.025 0.008 0.089 0.014 0.077 0.274 0.154 0.181 0.035 33 Y 0.114 0.187 0.052 0.009 0.192 0.012 0.027 0.190 0.068 0.097 0.052 34 T 0.058 0.111 0.050 0.033 0.089 0.045 0.082 0.323 0.081 0.086 0.042 35 G 0.092 0.144 0.140 0.029 0.140 0.017 0.027 0.215 0.059 0.095 0.041 36 K 0.035 0.046 0.024 0.011 0.046 0.014 0.023 0.504 0.210 0.061 0.025 37 S 0.013 0.078 0.029 0.019 0.028 0.026 0.070 0.576 0.112 0.037 0.011 38 G 0.041 0.045 0.031 0.017 0.042 0.012 0.028 0.421 0.143 0.166 0.055 39 A 0.055 0.051 0.009 0.002 0.060 0.004 0.016 0.579 0.102 0.101 0.020 40 M 0.031 0.032 0.015 0.038 0.035 0.037 0.072 0.587 0.093 0.040 0.021 41 N 0.018 0.060 0.048 0.057 0.029 0.059 0.099 0.465 0.097 0.053 0.015 42 G 0.042 0.037 0.020 0.009 0.047 0.006 0.017 0.328 0.091 0.311 0.091 43 I 0.107 0.063 0.014 0.003 0.105 0.004 0.022 0.445 0.165 0.029 0.042 44 E 0.020 0.037 0.010 0.011 0.033 0.038 0.080 0.649 0.092 0.018 0.011 45 S 0.087 0.079 0.008 0.001 0.119 0.003 0.011 0.571 0.044 0.065 0.009 46 V 0.075 0.051 0.011 0.002 0.120 0.004 0.024 0.584 0.088 0.028 0.015 47 Q 0.061 0.024 0.017 0.015 0.069 0.036 0.059 0.559 0.100 0.033 0.026 48 T 0.022 0.352 0.057 0.024 0.062 0.041 0.161 0.183 0.048 0.035 0.014 49 N 0.030 0.017 0.025 0.047 0.023 0.014 0.013 0.030 0.030 0.566 0.203 50 S 0.030 0.485 0.212 0.016 0.118 0.010 0.012 0.050 0.024 0.028 0.015 51 P 0.066 0.345 0.113 0.020 0.145 0.015 0.034 0.131 0.059 0.044 0.028 52 I 0.071 0.142 0.054 0.009 0.109 0.011 0.031 0.277 0.214 0.053 0.029 53 E 0.022 0.044 0.015 0.006 0.042 0.016 0.037 0.520 0.243 0.044 0.013 54 A 0.035 0.067 0.019 0.004 0.059 0.007 0.040 0.519 0.169 0.066 0.016 55 R 0.067 0.063 0.014 0.004 0.095 0.007 0.045 0.418 0.140 0.116 0.030 56 Y 0.090 0.182 0.031 0.006 0.193 0.010 0.024 0.293 0.081 0.061 0.030 57 A 0.197 0.076 0.014 0.004 0.225 0.009 0.030 0.272 0.070 0.059 0.043 58 K 0.129 0.179 0.037 0.005 0.258 0.011 0.027 0.227 0.052 0.043 0.031 59 E 0.154 0.164 0.031 0.004 0.319 0.008 0.023 0.172 0.033 0.047 0.044 60 V 0.144 0.182 0.035 0.006 0.263 0.010 0.020 0.174 0.040 0.077 0.048 61 A 0.087 0.109 0.177 0.031 0.100 0.019 0.045 0.256 0.079 0.050 0.049 62 K 0.023 0.020 0.036 0.097 0.019 0.121 0.110 0.382 0.109 0.066 0.017 63 N 0.008 0.476 0.157 0.121 0.026 0.053 0.104 0.024 0.010 0.018 0.004 64 D 0.019 0.007 0.012 0.045 0.010 0.010 0.004 0.006 0.015 0.592 0.279 65 K 0.052 0.547 0.119 0.009 0.201 0.006 0.009 0.016 0.012 0.013 0.016 66 P 0.279 0.137 0.021 0.008 0.440 0.014 0.029 0.020 0.012 0.014 0.026 67 Y 0.230 0.193 0.032 0.014 0.397 0.013 0.017 0.016 0.011 0.021 0.056 68 F 0.238 0.081 0.010 0.002 0.637 0.006 0.005 0.005 0.002 0.003 0.010 69 N 0.255 0.108 0.013 0.002 0.559 0.003 0.003 0.006 0.003 0.006 0.043 70 L 0.338 0.117 0.009 0.001 0.453 0.002 0.005 0.011 0.006 0.008 0.049 71 K 0.169 0.191 0.043 0.021 0.332 0.040 0.041 0.038 0.016 0.025 0.084 72 A 0.198 0.113 0.101 0.040 0.156 0.031 0.045 0.126 0.041 0.070 0.078 73 A 0.013 0.036 0.040 0.266 0.022 0.238 0.166 0.106 0.052 0.047 0.015 74 N 0.062 0.186 0.154 0.186 0.107 0.043 0.045 0.041 0.025 0.115 0.035 75 H 0.033 0.055 0.055 0.083 0.041 0.041 0.022 0.073 0.139 0.317 0.142 76 Q 0.110 0.337 0.077 0.010 0.281 0.010 0.025 0.045 0.029 0.042 0.035 77 I 0.346 0.089 0.012 0.004 0.440 0.005 0.010 0.023 0.012 0.019 0.040 78 I 0.174 0.162 0.062 0.038 0.285 0.047 0.037 0.049 0.021 0.044 0.081 79 G 0.125 0.209 0.119 0.056 0.212 0.038 0.032 0.082 0.025 0.047 0.055 80 T 0.108 0.101 0.068 0.043 0.139 0.029 0.041 0.185 0.104 0.129 0.054 81 S 0.068 0.189 0.082 0.018 0.156 0.015 0.026 0.225 0.133 0.064 0.023 82 Q 0.035 0.049 0.013 0.005 0.057 0.010 0.038 0.441 0.278 0.056 0.018 83 M 0.051 0.062 0.017 0.006 0.078 0.011 0.054 0.415 0.154 0.125 0.027 84 Y 0.072 0.120 0.042 0.010 0.124 0.012 0.030 0.379 0.081 0.089 0.040 85 S 0.058 0.084 0.034 0.015 0.079 0.021 0.041 0.423 0.085 0.117 0.042 86 S 0.046 0.204 0.089 0.012 0.100 0.008 0.013 0.390 0.075 0.044 0.019 87 T 0.009 0.015 0.005 0.002 0.013 0.004 0.014 0.717 0.188 0.027 0.006 88 A 0.010 0.027 0.007 0.002 0.018 0.003 0.017 0.725 0.148 0.038 0.005 89 A 0.012 0.015 0.006 0.001 0.014 0.002 0.022 0.766 0.102 0.051 0.007 90 R 0.013 0.021 0.018 0.005 0.015 0.010 0.038 0.702 0.118 0.051 0.009 91 D 0.017 0.048 0.029 0.025 0.020 0.027 0.065 0.622 0.081 0.052 0.013 92 N 0.009 0.139 0.073 0.065 0.021 0.043 0.070 0.386 0.067 0.100 0.025 93 G 0.034 0.040 0.023 0.016 0.033 0.007 0.009 0.231 0.084 0.335 0.190 94 I 0.041 0.028 0.004 0.001 0.034 0.002 0.007 0.731 0.112 0.017 0.023 95 K 0.006 0.012 0.003 0.005 0.009 0.013 0.029 0.860 0.056 0.004 0.002 96 S 0.022 0.021 0.002 0.001 0.021 0.001 0.003 0.871 0.022 0.034 0.002 97 V 0.009 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.878 0.066 0.015 0.003 98 M 0.007 0.003 0.002 0.003 0.007 0.008 0.040 0.785 0.130 0.010 0.004 99 E 0.012 0.082 0.021 0.007 0.023 0.013 0.152 0.552 0.094 0.038 0.005 100 N 0.035 0.040 0.058 0.034 0.035 0.017 0.051 0.098 0.066 0.450 0.116 101 G 0.062 0.308 0.188 0.032 0.131 0.021 0.021 0.088 0.045 0.066 0.038 102 K 0.058 0.209 0.099 0.049 0.101 0.040 0.084 0.150 0.091 0.079 0.039 103 T 0.097 0.108 0.072 0.033 0.124 0.018 0.042 0.133 0.119 0.175 0.080 104 T 0.069 0.296 0.070 0.013 0.241 0.020 0.034 0.137 0.061 0.038 0.020 105 T 0.185 0.172 0.032 0.006 0.354 0.007 0.019 0.093 0.035 0.048 0.049 106 I 0.274 0.054 0.010 0.004 0.224 0.008 0.021 0.162 0.107 0.062 0.075 107 K 0.047 0.083 0.033 0.051 0.107 0.117 0.135 0.244 0.097 0.057 0.030 108 D 0.206 0.096 0.052 0.011 0.288 0.008 0.024 0.122 0.045 0.103 0.045 109 L 0.111 0.109 0.035 0.007 0.192 0.014 0.044 0.155 0.142 0.136 0.054 110 T 0.076 0.333 0.140 0.021 0.205 0.018 0.030 0.073 0.040 0.035 0.029