# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.4049 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.566 0.222 0.099 0.068 0.034 0.010 0.001 2 S 0.663 0.227 0.069 0.028 0.010 0.002 0.001 3 G 0.466 0.302 0.138 0.070 0.018 0.005 0.001 4 W 0.192 0.284 0.273 0.167 0.065 0.018 0.001 5 Y 0.048 0.067 0.131 0.237 0.352 0.157 0.008 6 E 0.074 0.252 0.310 0.225 0.111 0.027 0.001 7 L 0.036 0.076 0.159 0.247 0.300 0.176 0.005 8 S 0.163 0.348 0.307 0.135 0.043 0.004 0.001 9 K 0.384 0.385 0.155 0.063 0.011 0.001 0.001 10 S 0.543 0.281 0.120 0.046 0.010 0.001 0.001 11 S 0.707 0.238 0.041 0.012 0.002 0.001 0.001 12 N 0.723 0.239 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 13 D 0.611 0.317 0.056 0.013 0.002 0.001 0.001 14 Q 0.204 0.463 0.248 0.068 0.016 0.002 0.001 15 F 0.011 0.036 0.097 0.245 0.440 0.162 0.010 16 K 0.006 0.068 0.263 0.444 0.172 0.045 0.001 17 F 0.002 0.010 0.018 0.044 0.214 0.634 0.079 18 V 0.003 0.033 0.168 0.394 0.272 0.120 0.010 19 L 0.003 0.011 0.025 0.077 0.246 0.533 0.106 20 K 0.013 0.090 0.279 0.328 0.205 0.076 0.008 21 A 0.051 0.108 0.165 0.292 0.263 0.113 0.008 22 G 0.258 0.377 0.206 0.097 0.048 0.013 0.001 23 N 0.271 0.375 0.186 0.112 0.039 0.015 0.002 24 G 0.064 0.102 0.160 0.254 0.288 0.116 0.015 25 E 0.072 0.179 0.222 0.248 0.174 0.095 0.011 26 V 0.031 0.061 0.099 0.152 0.263 0.316 0.078 27 I 0.032 0.037 0.071 0.143 0.208 0.321 0.189 28 L 0.019 0.028 0.047 0.085 0.175 0.382 0.264 29 T 0.047 0.082 0.131 0.203 0.238 0.198 0.101 30 S 0.080 0.129 0.149 0.192 0.213 0.190 0.048 31 E 0.185 0.290 0.198 0.164 0.110 0.047 0.005 32 L 0.153 0.229 0.207 0.201 0.134 0.069 0.008 33 Y 0.089 0.111 0.223 0.270 0.228 0.072 0.005 34 T 0.412 0.358 0.147 0.060 0.018 0.005 0.001 35 G 0.184 0.203 0.224 0.217 0.130 0.039 0.002 36 K 0.166 0.224 0.235 0.221 0.119 0.035 0.001 37 S 0.431 0.309 0.154 0.073 0.026 0.006 0.001 38 G 0.283 0.354 0.230 0.103 0.025 0.005 0.001 39 A 0.070 0.070 0.136 0.256 0.313 0.144 0.012 40 M 0.163 0.289 0.271 0.187 0.071 0.018 0.001 41 N 0.311 0.419 0.164 0.077 0.023 0.006 0.001 42 G 0.052 0.128 0.221 0.313 0.194 0.083 0.009 43 I 0.016 0.027 0.048 0.114 0.341 0.396 0.057 44 E 0.056 0.242 0.297 0.238 0.121 0.043 0.003 45 S 0.031 0.109 0.200 0.296 0.249 0.102 0.013 46 V 0.009 0.023 0.043 0.097 0.288 0.478 0.061 47 Q 0.041 0.129 0.267 0.338 0.175 0.048 0.003 48 T 0.222 0.388 0.222 0.116 0.039 0.013 0.001 49 N 0.089 0.156 0.284 0.285 0.148 0.037 0.001 50 S 0.216 0.190 0.208 0.218 0.135 0.032 0.001 51 P 0.473 0.355 0.121 0.037 0.012 0.003 0.001 52 I 0.439 0.265 0.158 0.102 0.029 0.006 0.001 53 E 0.607 0.283 0.073 0.025 0.009 0.001 0.001 54 A 0.459 0.362 0.104 0.054 0.018 0.003 0.001 55 R 0.100 0.221 0.290 0.251 0.113 0.024 0.001 56 Y 0.051 0.096 0.179 0.285 0.297 0.090 0.003 57 A 0.126 0.303 0.292 0.181 0.082 0.016 0.001 58 K 0.108 0.201 0.292 0.255 0.121 0.022 0.001 59 E 0.277 0.350 0.232 0.106 0.031 0.005 0.001 60 V 0.244 0.257 0.273 0.176 0.044 0.006 0.001 61 A 0.482 0.262 0.166 0.072 0.017 0.002 0.001 62 K 0.738 0.206 0.042 0.012 0.002 0.001 0.001 63 N 0.730 0.220 0.036 0.010 0.003 0.001 0.001 64 D 0.644 0.282 0.053 0.017 0.004 0.001 0.001 65 K 0.295 0.389 0.205 0.084 0.023 0.004 0.001 66 P 0.099 0.244 0.266 0.248 0.116 0.026 0.001 67 Y 0.017 0.073 0.204 0.333 0.248 0.118 0.008 68 F 0.010 0.024 0.046 0.094 0.285 0.464 0.076 69 N 0.015 0.083 0.221 0.343 0.215 0.109 0.015 70 L 0.009 0.028 0.053 0.131 0.322 0.386 0.071 71 K 0.019 0.102 0.230 0.307 0.226 0.106 0.009 72 A 0.065 0.131 0.195 0.273 0.230 0.098 0.008 73 A 0.202 0.309 0.263 0.148 0.057 0.019 0.002 74 N 0.238 0.276 0.201 0.168 0.083 0.031 0.004 75 H 0.161 0.211 0.213 0.211 0.143 0.055 0.006 76 Q 0.142 0.228 0.218 0.213 0.129 0.063 0.007 77 I 0.074 0.106 0.135 0.193 0.243 0.207 0.041 78 I 0.079 0.074 0.106 0.195 0.215 0.236 0.095 79 G 0.081 0.103 0.144 0.187 0.212 0.201 0.072 80 T 0.115 0.167 0.196 0.219 0.168 0.100 0.036 81 S 0.144 0.147 0.141 0.179 0.191 0.155 0.043 82 Q 0.182 0.263 0.201 0.165 0.119 0.060 0.010 83 M 0.141 0.179 0.189 0.220 0.163 0.093 0.016 84 Y 0.100 0.117 0.168 0.227 0.251 0.125 0.013 85 S 0.307 0.295 0.196 0.127 0.054 0.020 0.002 86 S 0.290 0.217 0.194 0.165 0.098 0.033 0.003 87 T 0.358 0.315 0.194 0.094 0.030 0.008 0.001 88 A 0.281 0.220 0.227 0.183 0.071 0.017 0.001 89 A 0.303 0.294 0.209 0.122 0.056 0.015 0.001 90 R 0.157 0.184 0.214 0.244 0.150 0.049 0.003 91 D 0.372 0.358 0.156 0.075 0.031 0.008 0.001 92 N 0.235 0.356 0.239 0.132 0.031 0.007 0.001 93 G 0.056 0.109 0.200 0.278 0.240 0.105 0.010 94 I 0.026 0.050 0.098 0.200 0.357 0.248 0.020 95 K 0.097 0.350 0.300 0.163 0.072 0.018 0.001 96 S 0.060 0.228 0.282 0.281 0.121 0.026 0.002 97 V 0.009 0.024 0.051 0.130 0.381 0.384 0.021 98 M 0.037 0.138 0.307 0.359 0.133 0.025 0.001 99 E 0.348 0.454 0.141 0.043 0.011 0.002 0.001 100 N 0.193 0.326 0.293 0.157 0.027 0.004 0.001 101 G 0.086 0.080 0.218 0.335 0.238 0.042 0.001 102 K 0.585 0.338 0.061 0.014 0.003 0.001 0.001 103 T 0.734 0.236 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 104 T 0.523 0.307 0.104 0.052 0.012 0.001 0.001 105 T 0.236 0.363 0.245 0.119 0.031 0.006 0.001 106 I 0.142 0.107 0.217 0.278 0.201 0.052 0.003 107 K 0.343 0.354 0.190 0.081 0.028 0.005 0.001 108 D 0.467 0.296 0.128 0.071 0.029 0.009 0.001 109 L 0.287 0.188 0.203 0.202 0.086 0.031 0.003 110 T 0.589 0.224 0.091 0.055 0.029 0.010 0.001