# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.4049 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.133 0.073 0.102 0.131 0.167 0.150 0.095 0.066 0.040 0.021 0.011 0.006 0.003 0.001 2 S 0.066 0.052 0.068 0.116 0.164 0.167 0.132 0.099 0.060 0.036 0.022 0.011 0.004 0.002 3 G 0.059 0.046 0.053 0.082 0.113 0.127 0.130 0.130 0.104 0.074 0.046 0.022 0.010 0.005 4 W 0.039 0.032 0.038 0.081 0.126 0.125 0.126 0.136 0.106 0.073 0.060 0.036 0.015 0.008 5 Y 0.012 0.009 0.011 0.012 0.022 0.041 0.073 0.102 0.139 0.189 0.186 0.130 0.058 0.017 6 E 0.026 0.024 0.044 0.104 0.148 0.127 0.123 0.164 0.103 0.068 0.039 0.018 0.008 0.004 7 L 0.010 0.010 0.016 0.025 0.044 0.064 0.087 0.127 0.159 0.217 0.136 0.061 0.030 0.013 8 S 0.051 0.063 0.092 0.164 0.159 0.169 0.133 0.089 0.043 0.021 0.010 0.004 0.001 0.001 9 K 0.189 0.172 0.157 0.141 0.105 0.081 0.084 0.029 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 10 S 0.354 0.195 0.132 0.117 0.096 0.047 0.034 0.013 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 S 0.488 0.226 0.116 0.086 0.046 0.019 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 N 0.425 0.185 0.135 0.133 0.063 0.029 0.019 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.487 0.182 0.129 0.090 0.049 0.030 0.022 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 Q 0.071 0.081 0.120 0.154 0.168 0.169 0.125 0.056 0.031 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 15 F 0.008 0.009 0.019 0.035 0.085 0.130 0.162 0.182 0.135 0.108 0.069 0.037 0.016 0.006 16 K 0.013 0.017 0.025 0.056 0.110 0.109 0.107 0.151 0.123 0.109 0.083 0.055 0.026 0.015 17 F 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.012 0.024 0.046 0.102 0.198 0.233 0.212 0.122 0.036 18 V 0.010 0.010 0.017 0.043 0.082 0.078 0.106 0.170 0.168 0.120 0.096 0.057 0.029 0.014 19 L 0.007 0.006 0.007 0.010 0.018 0.028 0.049 0.077 0.139 0.214 0.212 0.126 0.071 0.036 20 K 0.025 0.034 0.054 0.117 0.163 0.156 0.136 0.133 0.083 0.045 0.030 0.015 0.006 0.005 21 A 0.018 0.025 0.043 0.072 0.113 0.138 0.158 0.139 0.103 0.097 0.052 0.025 0.011 0.005 22 G 0.097 0.154 0.152 0.168 0.133 0.103 0.073 0.052 0.036 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 23 N 0.186 0.191 0.163 0.148 0.106 0.071 0.052 0.030 0.027 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 24 G 0.049 0.047 0.087 0.139 0.180 0.178 0.133 0.085 0.056 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 25 E 0.067 0.070 0.094 0.111 0.149 0.145 0.131 0.097 0.064 0.037 0.019 0.008 0.005 0.003 26 V 0.033 0.021 0.027 0.044 0.071 0.102 0.128 0.151 0.142 0.116 0.088 0.048 0.020 0.010 27 I 0.031 0.018 0.021 0.031 0.051 0.069 0.088 0.111 0.129 0.140 0.141 0.103 0.041 0.026 28 L 0.018 0.013 0.015 0.016 0.027 0.043 0.065 0.089 0.133 0.169 0.169 0.136 0.075 0.034 29 T 0.034 0.028 0.036 0.056 0.082 0.097 0.118 0.132 0.128 0.109 0.085 0.054 0.027 0.015 30 S 0.038 0.032 0.038 0.058 0.090 0.098 0.116 0.126 0.128 0.117 0.077 0.043 0.022 0.016 31 E 0.067 0.069 0.088 0.130 0.147 0.138 0.101 0.090 0.070 0.048 0.028 0.014 0.006 0.004 32 L 0.056 0.061 0.092 0.130 0.150 0.155 0.116 0.095 0.067 0.041 0.021 0.010 0.004 0.002 33 Y 0.058 0.062 0.092 0.132 0.178 0.161 0.128 0.086 0.055 0.028 0.012 0.005 0.002 0.001 34 T 0.253 0.195 0.176 0.143 0.097 0.060 0.037 0.018 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 35 G 0.216 0.132 0.139 0.150 0.133 0.097 0.066 0.031 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 36 K 0.142 0.115 0.141 0.159 0.178 0.123 0.071 0.037 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 37 S 0.500 0.205 0.107 0.068 0.052 0.031 0.016 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 38 G 0.242 0.243 0.164 0.141 0.089 0.055 0.031 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 39 A 0.048 0.029 0.050 0.086 0.176 0.188 0.162 0.127 0.075 0.037 0.012 0.007 0.003 0.001 40 M 0.117 0.140 0.153 0.214 0.164 0.108 0.047 0.028 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 41 N 0.384 0.207 0.124 0.095 0.059 0.046 0.039 0.019 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 42 G 0.053 0.067 0.095 0.152 0.181 0.166 0.125 0.084 0.043 0.017 0.009 0.005 0.003 0.001 43 I 0.029 0.024 0.035 0.058 0.132 0.149 0.181 0.152 0.109 0.063 0.036 0.021 0.009 0.002 44 E 0.215 0.141 0.130 0.141 0.116 0.087 0.068 0.044 0.030 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 45 S 0.103 0.070 0.102 0.172 0.175 0.122 0.080 0.069 0.053 0.025 0.015 0.008 0.004 0.002 46 V 0.026 0.024 0.037 0.056 0.107 0.148 0.190 0.155 0.108 0.079 0.041 0.019 0.008 0.003 47 Q 0.150 0.157 0.176 0.176 0.130 0.091 0.054 0.032 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 48 T 0.333 0.221 0.136 0.104 0.080 0.047 0.035 0.018 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 49 N 0.113 0.109 0.127 0.170 0.191 0.130 0.078 0.043 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 50 S 0.176 0.138 0.157 0.170 0.154 0.100 0.058 0.024 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 51 P 0.399 0.224 0.146 0.094 0.063 0.032 0.025 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 52 I 0.237 0.142 0.147 0.161 0.144 0.083 0.045 0.021 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 53 E 0.391 0.258 0.132 0.091 0.058 0.032 0.023 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.372 0.227 0.146 0.091 0.067 0.043 0.027 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 55 R 0.137 0.143 0.144 0.166 0.166 0.104 0.067 0.039 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.048 0.036 0.065 0.099 0.188 0.168 0.151 0.124 0.060 0.035 0.015 0.008 0.004 0.001 57 A 0.224 0.172 0.149 0.157 0.115 0.069 0.058 0.029 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 58 K 0.199 0.124 0.142 0.158 0.136 0.094 0.059 0.042 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 59 E 0.294 0.200 0.130 0.132 0.107 0.061 0.042 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.200 0.150 0.171 0.174 0.131 0.088 0.048 0.021 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.534 0.172 0.103 0.083 0.055 0.026 0.018 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 K 0.605 0.174 0.094 0.063 0.036 0.014 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 N 0.461 0.210 0.132 0.102 0.050 0.023 0.015 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.507 0.217 0.122 0.070 0.041 0.021 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.215 0.216 0.161 0.138 0.107 0.073 0.052 0.020 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 66 P 0.035 0.033 0.063 0.103 0.169 0.181 0.151 0.125 0.075 0.034 0.017 0.009 0.005 0.001 67 Y 0.022 0.025 0.040 0.083 0.157 0.150 0.140 0.146 0.092 0.064 0.043 0.023 0.011 0.005 68 F 0.009 0.008 0.010 0.013 0.027 0.045 0.063 0.105 0.147 0.198 0.177 0.115 0.064 0.019 69 N 0.026 0.026 0.040 0.081 0.117 0.103 0.102 0.148 0.132 0.092 0.067 0.038 0.020 0.009 70 L 0.013 0.010 0.012 0.018 0.032 0.045 0.065 0.095 0.151 0.197 0.174 0.109 0.055 0.025 71 K 0.040 0.048 0.068 0.123 0.154 0.150 0.132 0.117 0.075 0.043 0.027 0.014 0.006 0.004 72 A 0.045 0.044 0.060 0.088 0.118 0.128 0.139 0.116 0.094 0.081 0.047 0.024 0.010 0.005 73 A 0.116 0.151 0.146 0.165 0.130 0.099 0.078 0.049 0.034 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 74 N 0.121 0.117 0.139 0.164 0.155 0.111 0.074 0.048 0.036 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 75 H 0.105 0.101 0.128 0.157 0.158 0.135 0.091 0.057 0.038 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 76 Q 0.130 0.108 0.113 0.121 0.127 0.118 0.098 0.074 0.055 0.028 0.015 0.007 0.005 0.002 77 I 0.055 0.033 0.046 0.072 0.106 0.136 0.145 0.134 0.103 0.073 0.052 0.028 0.012 0.006 78 I 0.041 0.025 0.030 0.041 0.071 0.086 0.104 0.122 0.121 0.123 0.110 0.077 0.032 0.018 79 G 0.041 0.030 0.035 0.040 0.060 0.077 0.090 0.114 0.127 0.136 0.116 0.075 0.040 0.018 80 T 0.057 0.043 0.049 0.076 0.098 0.102 0.113 0.120 0.110 0.089 0.068 0.043 0.022 0.012 81 S 0.046 0.035 0.042 0.061 0.094 0.107 0.111 0.120 0.119 0.108 0.077 0.045 0.021 0.014 82 Q 0.068 0.062 0.077 0.112 0.135 0.136 0.117 0.106 0.073 0.053 0.033 0.017 0.008 0.005 83 M 0.073 0.067 0.090 0.120 0.136 0.134 0.103 0.098 0.078 0.051 0.028 0.013 0.006 0.003 84 Y 0.062 0.053 0.077 0.116 0.161 0.152 0.129 0.108 0.067 0.042 0.020 0.009 0.003 0.002 85 S 0.142 0.129 0.156 0.175 0.133 0.108 0.070 0.040 0.024 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 86 S 0.199 0.126 0.144 0.137 0.135 0.105 0.072 0.040 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 87 T 0.366 0.221 0.134 0.109 0.077 0.044 0.025 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 88 A 0.382 0.171 0.141 0.120 0.088 0.050 0.024 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 A 0.363 0.182 0.140 0.135 0.089 0.045 0.029 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 R 0.275 0.154 0.156 0.153 0.116 0.073 0.040 0.016 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 91 D 0.512 0.236 0.104 0.065 0.039 0.021 0.014 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 N 0.296 0.231 0.159 0.118 0.077 0.054 0.032 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 93 G 0.088 0.089 0.116 0.150 0.169 0.147 0.121 0.063 0.033 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 94 I 0.029 0.029 0.048 0.072 0.158 0.156 0.169 0.147 0.082 0.058 0.028 0.014 0.007 0.002 95 K 0.275 0.175 0.125 0.125 0.096 0.065 0.050 0.036 0.027 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 96 S 0.112 0.096 0.115 0.174 0.172 0.112 0.070 0.061 0.047 0.020 0.011 0.005 0.004 0.001 97 V 0.020 0.016 0.032 0.054 0.101 0.161 0.209 0.172 0.099 0.072 0.035 0.018 0.007 0.002 98 M 0.069 0.101 0.149 0.195 0.177 0.134 0.074 0.051 0.028 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 99 E 0.467 0.216 0.113 0.073 0.055 0.029 0.020 0.010 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 100 N 0.199 0.198 0.161 0.173 0.121 0.073 0.041 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 101 G 0.153 0.118 0.154 0.154 0.159 0.114 0.090 0.032 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 102 K 0.393 0.247 0.133 0.087 0.065 0.034 0.022 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 103 T 0.402 0.228 0.116 0.096 0.071 0.038 0.023 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 104 T 0.178 0.114 0.119 0.146 0.144 0.115 0.085 0.047 0.030 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 105 T 0.112 0.111 0.136 0.168 0.189 0.113 0.076 0.047 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 106 I 0.053 0.035 0.054 0.075 0.131 0.148 0.136 0.138 0.097 0.067 0.038 0.017 0.009 0.002 107 K 0.143 0.131 0.132 0.167 0.141 0.107 0.065 0.050 0.033 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 108 D 0.223 0.135 0.122 0.124 0.123 0.087 0.071 0.046 0.034 0.017 0.010 0.005 0.003 0.001 109 L 0.074 0.070 0.089 0.131 0.175 0.155 0.109 0.086 0.052 0.030 0.016 0.008 0.004 0.001 110 T 0.224 0.163 0.143 0.128 0.122 0.084 0.061 0.035 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001