# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.5762 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.015 0.096 0.100 0.072 0.004 0.090 0.016 0.011 0.019 0.001 0.001 0.003 0.002 0.033 0.014 0.197 0.068 0.061 0.185 0.001 2 S 0.010 0.021 0.040 0.054 0.265 0.004 0.150 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.020 0.138 0.046 0.044 0.176 0.001 3 G 0.035 0.088 0.125 0.151 0.124 0.006 0.159 0.007 0.002 0.002 0.004 0.004 0.010 0.004 0.026 0.017 0.040 0.086 0.032 0.075 0.004 4 W 0.123 0.197 0.063 0.067 0.307 0.001 0.022 0.006 0.001 0.001 0.016 0.010 0.022 0.006 0.017 0.032 0.021 0.015 0.032 0.024 0.019 5 Y 0.251 0.345 0.072 0.038 0.125 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.013 0.014 0.061 0.009 0.029 0.006 0.002 0.002 0.007 0.003 0.014 6 E 0.290 0.307 0.074 0.087 0.039 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.032 0.023 0.048 0.009 0.017 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.056 7 L 0.311 0.312 0.021 0.021 0.159 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 0.021 0.064 0.008 0.017 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.030 8 S 0.224 0.307 0.089 0.193 0.036 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.014 0.014 0.034 0.008 0.037 0.003 0.002 0.001 0.005 0.005 0.024 9 K 0.165 0.128 0.019 0.044 0.570 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 0.002 0.013 0.009 0.018 0.003 0.004 0.004 0.003 10 S 0.118 0.109 0.220 0.236 0.118 0.001 0.027 0.006 0.001 0.002 0.004 0.005 0.010 0.004 0.046 0.004 0.017 0.009 0.033 0.029 0.003 11 S 0.029 0.015 0.062 0.066 0.290 0.001 0.022 0.003 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.011 0.357 0.035 0.015 0.057 0.001 12 N 0.006 0.009 0.037 0.048 0.202 0.002 0.424 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.067 0.021 0.022 0.139 0.001 13 D 0.014 0.045 0.096 0.114 0.231 0.002 0.143 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.030 0.248 0.014 0.047 0.001 14 Q 0.091 0.199 0.170 0.196 0.254 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.005 0.006 0.015 0.010 0.010 0.020 0.002 15 F 0.194 0.481 0.017 0.031 0.248 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 16 K 0.316 0.574 0.022 0.027 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 17 F 0.407 0.506 0.007 0.012 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 18 V 0.441 0.498 0.007 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 19 L 0.383 0.568 0.009 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 20 K 0.358 0.549 0.007 0.018 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 21 A 0.345 0.395 0.073 0.128 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 22 G 0.174 0.121 0.052 0.069 0.289 0.001 0.029 0.002 0.010 0.014 0.003 0.003 0.005 0.002 0.016 0.017 0.152 0.012 0.004 0.024 0.002 23 N 0.014 0.026 0.027 0.034 0.104 0.001 0.490 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.014 0.043 0.013 0.020 0.171 0.002 24 G 0.030 0.052 0.054 0.026 0.257 0.002 0.115 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.003 0.010 0.021 0.026 0.337 0.020 0.028 0.003 25 E 0.124 0.117 0.421 0.116 0.055 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.007 0.006 0.022 0.008 0.036 0.013 0.017 0.005 0.014 0.014 0.013 26 V 0.171 0.220 0.021 0.016 0.349 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.025 0.029 0.053 0.016 0.013 0.012 0.005 0.002 0.015 0.002 0.042 27 I 0.202 0.344 0.089 0.080 0.029 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.012 0.023 0.066 0.030 0.087 0.007 0.005 0.002 0.002 0.002 0.007 28 L 0.196 0.314 0.030 0.103 0.078 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.050 0.024 0.075 0.033 0.020 0.010 0.008 0.003 0.004 0.004 0.032 29 T 0.170 0.283 0.036 0.049 0.084 0.001 0.011 0.015 0.002 0.001 0.020 0.032 0.073 0.049 0.101 0.027 0.011 0.006 0.007 0.006 0.016 30 S 0.183 0.241 0.078 0.140 0.061 0.001 0.023 0.021 0.004 0.001 0.017 0.015 0.036 0.021 0.053 0.014 0.024 0.006 0.021 0.028 0.011 31 E 0.056 0.054 0.094 0.057 0.159 0.006 0.043 0.050 0.005 0.001 0.006 0.005 0.006 0.007 0.044 0.035 0.211 0.061 0.032 0.064 0.004 32 L 0.008 0.021 0.024 0.024 0.057 0.025 0.309 0.119 0.004 0.003 0.002 0.002 0.004 0.005 0.049 0.030 0.155 0.057 0.043 0.058 0.001 33 Y 0.010 0.014 0.054 0.057 0.042 0.008 0.138 0.102 0.004 0.002 0.002 0.003 0.004 0.006 0.072 0.024 0.152 0.075 0.101 0.129 0.001 34 T 0.004 0.004 0.028 0.026 0.057 0.006 0.075 0.094 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.035 0.020 0.337 0.057 0.057 0.189 0.001 35 G 0.002 0.002 0.009 0.012 0.067 0.005 0.119 0.090 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.032 0.049 0.049 0.155 0.390 0.001 36 K 0.001 0.001 0.016 0.002 0.005 0.001 0.008 0.082 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.776 0.052 0.015 0.020 0.001 37 S 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.012 0.103 0.719 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.129 0.005 0.009 0.010 0.001 38 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.099 0.838 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.010 0.004 0.004 0.001 39 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.064 0.010 0.005 0.003 0.001 40 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.880 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 41 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.076 0.865 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.002 0.001 0.003 0.001 42 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.046 0.830 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.090 0.010 0.003 0.003 0.001 43 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.884 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.078 0.006 0.007 0.002 0.001 44 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.023 0.875 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.070 0.002 0.001 0.003 0.001 45 S 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.015 0.072 0.783 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.005 0.060 0.011 0.005 0.009 0.001 46 V 0.001 0.001 0.004 0.006 0.007 0.005 0.057 0.618 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.009 0.151 0.039 0.030 0.018 0.001 47 Q 0.002 0.001 0.013 0.009 0.007 0.022 0.136 0.390 0.054 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.009 0.243 0.025 0.026 0.029 0.001 48 T 0.001 0.001 0.004 0.013 0.020 0.071 0.327 0.090 0.026 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.019 0.248 0.041 0.033 0.064 0.001 49 N 0.001 0.001 0.007 0.010 0.023 0.005 0.252 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.016 0.160 0.196 0.173 0.094 0.001 50 S 0.001 0.001 0.018 0.016 0.006 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.039 0.064 0.276 0.541 0.001 51 P 0.001 0.001 0.004 0.003 0.061 0.002 0.012 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.034 0.107 0.051 0.102 0.604 0.001 52 I 0.001 0.001 0.056 0.017 0.011 0.003 0.041 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.005 0.517 0.077 0.072 0.130 0.001 53 E 0.001 0.003 0.018 0.019 0.046 0.021 0.250 0.227 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.209 0.041 0.064 0.077 0.001 54 A 0.003 0.008 0.022 0.049 0.035 0.012 0.289 0.298 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.011 0.113 0.043 0.048 0.049 0.001 55 R 0.013 0.027 0.019 0.049 0.158 0.004 0.102 0.309 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.021 0.116 0.055 0.039 0.057 0.001 56 Y 0.034 0.059 0.061 0.101 0.112 0.004 0.078 0.340 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.037 0.013 0.057 0.021 0.032 0.036 0.001 57 A 0.086 0.086 0.069 0.137 0.152 0.002 0.034 0.261 0.003 0.001 0.005 0.005 0.011 0.002 0.017 0.009 0.043 0.015 0.041 0.017 0.004 58 K 0.083 0.093 0.066 0.077 0.229 0.002 0.026 0.253 0.003 0.001 0.003 0.005 0.009 0.002 0.031 0.008 0.046 0.013 0.028 0.019 0.003 59 E 0.053 0.082 0.073 0.156 0.249 0.003 0.025 0.184 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.040 0.006 0.049 0.012 0.021 0.033 0.003 60 V 0.050 0.044 0.040 0.083 0.437 0.002 0.030 0.095 0.004 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.029 0.008 0.088 0.026 0.030 0.024 0.003 61 A 0.043 0.040 0.141 0.175 0.210 0.004 0.056 0.075 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 0.005 0.059 0.024 0.064 0.056 0.001 62 K 0.021 0.009 0.053 0.087 0.174 0.003 0.050 0.013 0.048 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 0.383 0.039 0.028 0.044 0.001 63 N 0.002 0.003 0.014 0.030 0.092 0.003 0.512 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.102 0.015 0.041 0.163 0.001 64 D 0.002 0.005 0.022 0.019 0.115 0.001 0.206 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.018 0.534 0.025 0.041 0.001 65 K 0.016 0.029 0.362 0.147 0.100 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.026 0.023 0.042 0.031 0.059 0.139 0.003 66 P 0.039 0.116 0.031 0.047 0.601 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.007 0.006 0.017 0.003 0.019 0.014 0.012 0.009 0.030 0.025 0.011 67 Y 0.145 0.250 0.140 0.084 0.151 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.029 0.012 0.031 0.006 0.077 0.018 0.007 0.006 0.009 0.009 0.015 68 F 0.264 0.332 0.044 0.075 0.069 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.036 0.017 0.091 0.007 0.015 0.004 0.002 0.002 0.005 0.002 0.031 69 N 0.304 0.320 0.038 0.033 0.091 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.030 0.030 0.059 0.012 0.014 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.045 70 L 0.372 0.372 0.038 0.067 0.045 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.010 0.037 0.006 0.011 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.020 71 K 0.302 0.299 0.062 0.076 0.142 0.001 0.005 0.011 0.001 0.001 0.009 0.007 0.017 0.008 0.014 0.007 0.007 0.003 0.007 0.004 0.018 72 A 0.217 0.200 0.097 0.171 0.087 0.004 0.018 0.014 0.006 0.006 0.004 0.010 0.026 0.015 0.040 0.006 0.043 0.007 0.015 0.011 0.005 73 A 0.068 0.049 0.052 0.059 0.126 0.005 0.158 0.011 0.016 0.018 0.004 0.005 0.010 0.014 0.047 0.027 0.254 0.014 0.014 0.045 0.003 74 N 0.007 0.011 0.022 0.023 0.053 0.003 0.536 0.006 0.002 0.003 0.002 0.002 0.004 0.006 0.034 0.024 0.050 0.054 0.030 0.125 0.003 75 H 0.014 0.020 0.046 0.019 0.223 0.003 0.122 0.008 0.002 0.001 0.006 0.005 0.008 0.010 0.024 0.093 0.050 0.226 0.048 0.067 0.005 76 Q 0.038 0.040 0.422 0.088 0.054 0.003 0.010 0.010 0.001 0.001 0.008 0.006 0.023 0.028 0.124 0.028 0.037 0.014 0.025 0.029 0.011 77 I 0.054 0.075 0.028 0.037 0.313 0.002 0.009 0.008 0.001 0.001 0.028 0.040 0.062 0.088 0.048 0.080 0.024 0.008 0.043 0.011 0.040 78 I 0.046 0.080 0.091 0.078 0.051 0.002 0.009 0.013 0.001 0.001 0.022 0.029 0.060 0.097 0.325 0.032 0.022 0.007 0.011 0.015 0.008 79 G 0.041 0.079 0.045 0.127 0.135 0.003 0.020 0.031 0.001 0.001 0.033 0.019 0.042 0.077 0.114 0.097 0.050 0.020 0.019 0.036 0.011 80 T 0.043 0.059 0.045 0.067 0.159 0.003 0.030 0.036 0.003 0.001 0.017 0.017 0.033 0.048 0.188 0.084 0.073 0.022 0.032 0.033 0.006 81 S 0.049 0.065 0.085 0.108 0.086 0.004 0.074 0.075 0.006 0.002 0.009 0.010 0.018 0.020 0.101 0.034 0.098 0.027 0.052 0.071 0.004 82 Q 0.019 0.023 0.058 0.056 0.098 0.009 0.071 0.116 0.004 0.001 0.003 0.002 0.004 0.004 0.039 0.030 0.297 0.056 0.036 0.072 0.002 83 M 0.008 0.017 0.016 0.022 0.071 0.019 0.242 0.241 0.005 0.002 0.002 0.002 0.004 0.003 0.030 0.024 0.151 0.055 0.038 0.049 0.001 84 Y 0.012 0.018 0.041 0.055 0.031 0.009 0.135 0.293 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.046 0.015 0.150 0.050 0.062 0.066 0.001 85 S 0.014 0.014 0.026 0.046 0.077 0.005 0.083 0.255 0.006 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.027 0.016 0.214 0.045 0.067 0.092 0.001 86 S 0.005 0.008 0.020 0.029 0.043 0.005 0.047 0.431 0.005 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.022 0.016 0.094 0.026 0.106 0.133 0.001 87 T 0.001 0.001 0.012 0.004 0.015 0.001 0.015 0.420 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.476 0.023 0.008 0.009 0.001 88 A 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.007 0.058 0.873 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 0.004 0.003 0.004 0.001 89 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.044 0.885 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.033 0.006 0.004 0.004 0.001 90 R 0.002 0.001 0.010 0.007 0.005 0.007 0.031 0.773 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.114 0.009 0.010 0.006 0.001 91 D 0.002 0.001 0.002 0.013 0.006 0.009 0.211 0.192 0.064 0.026 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.005 0.420 0.012 0.008 0.015 0.001 92 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.662 0.175 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.073 0.018 0.008 0.040 0.001 93 G 0.001 0.001 0.005 0.004 0.010 0.004 0.075 0.253 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.075 0.456 0.059 0.033 0.001 94 I 0.001 0.001 0.022 0.004 0.008 0.002 0.008 0.498 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.017 0.293 0.020 0.078 0.020 0.001 95 K 0.001 0.002 0.006 0.004 0.004 0.013 0.026 0.767 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.002 0.137 0.003 0.005 0.005 0.001 96 S 0.001 0.002 0.001 0.005 0.006 0.016 0.046 0.834 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.012 0.035 0.008 0.003 0.009 0.001 97 V 0.001 0.002 0.003 0.005 0.009 0.002 0.028 0.759 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.006 0.118 0.017 0.006 0.006 0.001 98 M 0.003 0.001 0.016 0.010 0.005 0.014 0.079 0.659 0.034 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.008 0.114 0.008 0.009 0.007 0.001 99 E 0.002 0.002 0.004 0.014 0.011 0.090 0.398 0.168 0.040 0.015 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.008 0.185 0.013 0.008 0.019 0.001 100 N 0.001 0.001 0.005 0.007 0.015 0.008 0.449 0.045 0.023 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.008 0.170 0.133 0.060 0.046 0.001 101 G 0.001 0.001 0.011 0.007 0.011 0.001 0.041 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.015 0.063 0.127 0.332 0.359 0.001 102 K 0.001 0.001 0.018 0.009 0.031 0.008 0.051 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.025 0.186 0.106 0.101 0.418 0.001 103 T 0.001 0.002 0.034 0.016 0.046 0.007 0.091 0.028 0.007 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.035 0.044 0.176 0.125 0.192 0.186 0.002 104 T 0.003 0.005 0.068 0.038 0.051 0.009 0.108 0.058 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.006 0.063 0.034 0.118 0.043 0.188 0.193 0.003 105 T 0.008 0.014 0.062 0.065 0.107 0.010 0.091 0.098 0.002 0.001 0.005 0.006 0.010 0.014 0.053 0.059 0.079 0.091 0.133 0.084 0.006 106 I 0.014 0.015 0.050 0.051 0.142 0.005 0.039 0.077 0.004 0.001 0.007 0.007 0.015 0.024 0.129 0.127 0.101 0.035 0.098 0.053 0.004 107 K 0.019 0.018 0.102 0.120 0.073 0.013 0.063 0.092 0.004 0.001 0.004 0.006 0.015 0.023 0.184 0.027 0.101 0.019 0.040 0.072 0.002 108 D 0.015 0.015 0.026 0.071 0.237 0.008 0.096 0.059 0.006 0.002 0.004 0.005 0.009 0.014 0.050 0.072 0.092 0.051 0.080 0.084 0.003 109 L 0.011 0.011 0.073 0.073 0.105 0.004 0.074 0.049 0.004 0.001 0.004 0.003 0.008 0.008 0.135 0.029 0.159 0.059 0.073 0.116 0.002 110 T 0.009 0.013 0.059 0.070 0.128 0.008 0.097 0.073 0.004 0.001 0.003 0.003 0.004 0.005 0.041 0.034 0.088 0.077 0.106 0.177 0.002