# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.5762 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.019 0.632 0.007 0.009 0.016 0.001 0.001 0.014 0.107 0.018 0.116 0.054 2 S 0.007 0.010 0.548 0.030 0.022 0.018 0.002 0.001 0.015 0.098 0.095 0.019 0.134 3 G 0.017 0.012 0.224 0.065 0.034 0.028 0.003 0.002 0.018 0.192 0.183 0.179 0.042 4 W 0.081 0.011 0.192 0.022 0.025 0.030 0.012 0.004 0.040 0.043 0.040 0.046 0.455 5 Y 0.230 0.006 0.075 0.028 0.009 0.013 0.025 0.008 0.048 0.013 0.005 0.371 0.169 6 E 0.326 0.005 0.026 0.016 0.004 0.009 0.027 0.006 0.040 0.003 0.002 0.258 0.278 7 L 0.412 0.005 0.025 0.012 0.005 0.006 0.018 0.003 0.016 0.003 0.003 0.105 0.389 8 S 0.344 0.006 0.058 0.038 0.006 0.006 0.015 0.002 0.014 0.008 0.007 0.375 0.123 9 K 0.114 0.013 0.104 0.005 0.012 0.010 0.005 0.001 0.007 0.030 0.028 0.115 0.557 10 S 0.029 0.016 0.356 0.012 0.023 0.010 0.002 0.001 0.004 0.088 0.158 0.107 0.195 11 S 0.004 0.003 0.126 0.009 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.175 0.553 0.072 0.035 12 N 0.001 0.002 0.041 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.181 0.739 0.008 0.017 13 D 0.003 0.003 0.083 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.435 0.405 0.037 0.016 14 Q 0.095 0.019 0.270 0.016 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.077 0.021 0.156 0.336 15 F 0.250 0.004 0.028 0.007 0.001 0.001 0.014 0.001 0.003 0.005 0.002 0.092 0.592 16 K 0.514 0.001 0.010 0.052 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.328 0.078 17 F 0.747 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.130 18 V 0.872 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.052 19 L 0.853 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.050 20 K 0.713 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.216 21 A 0.299 0.002 0.071 0.009 0.005 0.001 0.004 0.001 0.002 0.010 0.023 0.250 0.322 22 G 0.018 0.001 0.037 0.042 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.613 0.084 0.041 23 N 0.004 0.001 0.039 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.747 0.014 0.039 24 G 0.011 0.005 0.193 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.437 0.239 0.070 0.031 25 E 0.171 0.027 0.225 0.014 0.002 0.003 0.011 0.003 0.010 0.060 0.011 0.304 0.159 26 V 0.304 0.006 0.016 0.004 0.001 0.002 0.062 0.019 0.021 0.003 0.001 0.067 0.493 27 I 0.547 0.002 0.007 0.153 0.001 0.001 0.120 0.020 0.010 0.002 0.001 0.078 0.058 28 L 0.581 0.002 0.006 0.011 0.001 0.001 0.107 0.016 0.019 0.001 0.002 0.126 0.128 29 T 0.429 0.005 0.036 0.027 0.004 0.004 0.053 0.010 0.022 0.008 0.009 0.093 0.300 30 S 0.093 0.005 0.260 0.039 0.009 0.009 0.015 0.006 0.039 0.088 0.040 0.257 0.139 31 E 0.038 0.010 0.257 0.025 0.050 0.049 0.007 0.004 0.030 0.130 0.208 0.077 0.115 32 L 0.036 0.033 0.233 0.011 0.127 0.087 0.006 0.003 0.017 0.123 0.194 0.040 0.090 33 Y 0.018 0.024 0.314 0.007 0.071 0.080 0.003 0.002 0.022 0.200 0.118 0.087 0.054 34 T 0.010 0.049 0.335 0.004 0.038 0.061 0.002 0.001 0.008 0.173 0.188 0.027 0.104 35 G 0.003 0.039 0.429 0.005 0.034 0.101 0.001 0.001 0.003 0.223 0.115 0.019 0.027 36 K 0.001 0.006 0.106 0.001 0.029 0.722 0.001 0.001 0.001 0.067 0.059 0.003 0.005 37 S 0.001 0.002 0.014 0.001 0.055 0.796 0.001 0.001 0.001 0.012 0.118 0.001 0.001 38 G 0.001 0.004 0.037 0.001 0.108 0.732 0.001 0.001 0.001 0.018 0.095 0.002 0.003 39 A 0.001 0.002 0.030 0.001 0.123 0.806 0.001 0.001 0.001 0.011 0.022 0.001 0.003 40 M 0.001 0.002 0.009 0.001 0.128 0.780 0.001 0.001 0.001 0.009 0.068 0.001 0.001 41 N 0.001 0.002 0.013 0.002 0.136 0.684 0.001 0.001 0.001 0.015 0.141 0.001 0.003 42 G 0.002 0.003 0.045 0.002 0.052 0.795 0.001 0.001 0.001 0.029 0.057 0.003 0.011 43 I 0.003 0.002 0.082 0.003 0.037 0.826 0.001 0.001 0.002 0.015 0.019 0.006 0.006 44 E 0.002 0.001 0.017 0.006 0.054 0.862 0.001 0.001 0.001 0.010 0.039 0.005 0.003 45 S 0.002 0.001 0.010 0.001 0.029 0.877 0.001 0.001 0.002 0.011 0.059 0.002 0.005 46 V 0.004 0.002 0.026 0.001 0.025 0.866 0.001 0.001 0.003 0.012 0.050 0.002 0.007 47 Q 0.009 0.007 0.111 0.004 0.042 0.686 0.001 0.001 0.009 0.026 0.071 0.022 0.012 48 T 0.005 0.009 0.169 0.002 0.048 0.447 0.001 0.001 0.010 0.062 0.199 0.016 0.031 49 N 0.001 0.008 0.196 0.004 0.036 0.211 0.001 0.001 0.006 0.186 0.331 0.006 0.015 50 S 0.001 0.006 0.432 0.001 0.007 0.049 0.001 0.001 0.004 0.373 0.105 0.014 0.007 51 P 0.001 0.012 0.605 0.002 0.022 0.083 0.001 0.001 0.004 0.120 0.119 0.006 0.026 52 I 0.001 0.012 0.321 0.004 0.061 0.331 0.001 0.001 0.004 0.096 0.146 0.012 0.011 53 E 0.002 0.007 0.192 0.006 0.088 0.539 0.001 0.001 0.003 0.056 0.077 0.009 0.020 54 A 0.011 0.010 0.136 0.008 0.088 0.541 0.001 0.001 0.004 0.032 0.070 0.030 0.067 55 R 0.043 0.010 0.107 0.016 0.062 0.530 0.003 0.001 0.007 0.019 0.039 0.054 0.108 56 Y 0.085 0.007 0.072 0.020 0.046 0.503 0.004 0.001 0.008 0.017 0.037 0.077 0.122 57 A 0.133 0.005 0.077 0.018 0.038 0.401 0.003 0.001 0.006 0.012 0.040 0.098 0.169 58 K 0.170 0.004 0.078 0.012 0.028 0.342 0.003 0.001 0.004 0.012 0.030 0.119 0.196 59 E 0.207 0.006 0.093 0.009 0.017 0.207 0.004 0.001 0.005 0.014 0.022 0.227 0.189 60 V 0.146 0.013 0.147 0.008 0.018 0.158 0.003 0.001 0.004 0.020 0.039 0.141 0.302 61 A 0.043 0.013 0.290 0.009 0.024 0.101 0.002 0.001 0.004 0.053 0.199 0.101 0.161 62 K 0.005 0.002 0.118 0.007 0.021 0.031 0.001 0.001 0.001 0.094 0.654 0.033 0.033 63 N 0.001 0.001 0.040 0.003 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.124 0.786 0.016 0.015 64 D 0.002 0.003 0.104 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.335 0.497 0.019 0.032 65 K 0.021 0.019 0.442 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.182 0.042 0.210 0.066 66 P 0.068 0.017 0.193 0.010 0.002 0.002 0.007 0.001 0.008 0.030 0.017 0.067 0.579 67 Y 0.228 0.006 0.068 0.059 0.002 0.002 0.014 0.001 0.007 0.011 0.004 0.416 0.181 68 F 0.524 0.001 0.009 0.010 0.001 0.001 0.029 0.001 0.006 0.001 0.001 0.161 0.256 69 N 0.665 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.161 0.136 70 L 0.572 0.001 0.011 0.006 0.001 0.001 0.018 0.001 0.004 0.001 0.001 0.181 0.203 71 K 0.448 0.005 0.045 0.015 0.004 0.004 0.015 0.001 0.005 0.006 0.006 0.140 0.306 72 A 0.153 0.009 0.159 0.013 0.034 0.010 0.006 0.001 0.007 0.022 0.064 0.154 0.369 73 A 0.014 0.002 0.082 0.048 0.030 0.006 0.002 0.001 0.003 0.140 0.533 0.096 0.045 74 N 0.001 0.002 0.055 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.180 0.723 0.012 0.015 75 H 0.007 0.010 0.320 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.003 0.360 0.207 0.031 0.037 76 Q 0.056 0.032 0.297 0.015 0.003 0.004 0.008 0.005 0.026 0.100 0.013 0.353 0.089 77 I 0.094 0.014 0.044 0.003 0.002 0.003 0.061 0.025 0.072 0.009 0.004 0.026 0.645 78 I 0.198 0.016 0.068 0.236 0.004 0.006 0.103 0.049 0.053 0.015 0.005 0.185 0.062 79 G 0.171 0.010 0.087 0.023 0.004 0.008 0.071 0.030 0.095 0.022 0.010 0.199 0.270 80 T 0.116 0.017 0.182 0.034 0.016 0.043 0.038 0.021 0.074 0.049 0.038 0.097 0.275 81 S 0.045 0.010 0.296 0.046 0.036 0.094 0.015 0.010 0.057 0.105 0.076 0.109 0.101 82 Q 0.029 0.010 0.160 0.020 0.097 0.225 0.006 0.004 0.024 0.107 0.180 0.054 0.081 83 M 0.032 0.017 0.133 0.010 0.124 0.373 0.004 0.002 0.010 0.060 0.140 0.020 0.074 84 Y 0.027 0.012 0.157 0.011 0.080 0.421 0.003 0.001 0.009 0.087 0.096 0.058 0.038 85 S 0.020 0.015 0.176 0.005 0.058 0.402 0.002 0.001 0.005 0.076 0.108 0.024 0.108 86 S 0.008 0.008 0.146 0.005 0.054 0.623 0.001 0.001 0.002 0.053 0.058 0.020 0.022 87 T 0.001 0.001 0.016 0.001 0.019 0.925 0.001 0.001 0.001 0.009 0.022 0.002 0.003 88 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.016 0.925 0.001 0.001 0.001 0.006 0.036 0.001 0.002 89 A 0.001 0.001 0.019 0.001 0.033 0.902 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 0.001 0.003 90 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.048 0.907 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.001 0.001 91 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.051 0.851 0.001 0.001 0.001 0.006 0.085 0.001 0.001 92 N 0.001 0.001 0.008 0.001 0.047 0.743 0.001 0.001 0.001 0.011 0.189 0.001 0.001 93 G 0.001 0.002 0.054 0.001 0.018 0.820 0.001 0.001 0.001 0.032 0.067 0.002 0.004 94 I 0.001 0.002 0.109 0.001 0.012 0.843 0.001 0.001 0.002 0.014 0.011 0.002 0.005 95 K 0.001 0.001 0.016 0.002 0.020 0.932 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.002 0.001 96 S 0.001 0.001 0.005 0.001 0.017 0.943 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.001 0.003 97 V 0.001 0.001 0.006 0.001 0.021 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.002 98 M 0.002 0.001 0.014 0.003 0.051 0.882 0.001 0.001 0.002 0.005 0.033 0.004 0.003 99 E 0.002 0.003 0.026 0.001 0.058 0.683 0.001 0.001 0.002 0.019 0.197 0.004 0.005 100 N 0.001 0.007 0.080 0.002 0.055 0.347 0.001 0.001 0.003 0.073 0.418 0.002 0.011 101 G 0.001 0.005 0.508 0.003 0.018 0.058 0.001 0.001 0.006 0.257 0.128 0.010 0.005 102 K 0.001 0.006 0.319 0.005 0.036 0.043 0.001 0.001 0.008 0.191 0.377 0.005 0.009 103 T 0.001 0.010 0.257 0.007 0.046 0.045 0.001 0.001 0.011 0.185 0.420 0.005 0.011 104 T 0.005 0.015 0.520 0.011 0.036 0.047 0.002 0.004 0.065 0.183 0.039 0.047 0.025 105 T 0.023 0.038 0.291 0.011 0.026 0.046 0.022 0.026 0.180 0.073 0.032 0.039 0.194 106 I 0.057 0.041 0.174 0.028 0.057 0.074 0.042 0.056 0.210 0.041 0.020 0.087 0.114 107 K 0.046 0.023 0.234 0.071 0.086 0.093 0.022 0.023 0.114 0.064 0.074 0.069 0.083 108 D 0.020 0.023 0.301 0.012 0.102 0.073 0.008 0.008 0.074 0.090 0.129 0.067 0.092 109 L 0.009 0.022 0.449 0.011 0.037 0.038 0.004 0.005 0.044 0.170 0.099 0.029 0.083 110 T 0.004 0.013 0.658 0.006 0.015 0.014 0.001 0.001 0.012 0.166 0.041 0.042 0.025