# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.5762 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.021 0.111 0.111 0.135 0.067 0.149 0.006 0.030 0.040 0.039 0.016 0.051 0.058 0.003 0.077 2 S 0.088 0.194 0.185 0.159 0.003 0.043 0.005 0.157 0.004 0.002 0.017 0.027 0.023 0.001 0.086 0.005 3 G 0.014 0.072 0.119 0.350 0.002 0.088 0.003 0.009 0.122 0.055 0.046 0.015 0.024 0.002 0.002 0.077 4 W 0.201 0.102 0.156 0.509 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.010 0.007 0.001 0.001 0.003 5 Y 0.006 0.003 0.312 0.665 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 6 E 0.002 0.003 0.099 0.884 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.008 0.006 0.949 0.009 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 S 0.001 0.033 0.007 0.772 0.018 0.150 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 9 K 0.005 0.110 0.016 0.547 0.031 0.168 0.002 0.020 0.007 0.008 0.071 0.007 0.005 0.001 0.001 0.003 10 S 0.013 0.143 0.036 0.132 0.073 0.364 0.008 0.031 0.008 0.008 0.087 0.080 0.011 0.003 0.003 0.003 11 S 0.008 0.080 0.037 0.032 0.065 0.082 0.034 0.070 0.006 0.006 0.446 0.041 0.031 0.036 0.017 0.008 12 N 0.013 0.123 0.041 0.038 0.003 0.085 0.011 0.115 0.037 0.011 0.087 0.125 0.034 0.007 0.246 0.025 13 D 0.085 0.136 0.086 0.052 0.001 0.012 0.007 0.004 0.132 0.013 0.023 0.026 0.029 0.002 0.020 0.373 14 Q 0.440 0.079 0.321 0.078 0.001 0.002 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.057 15 F 0.019 0.004 0.842 0.116 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 16 K 0.001 0.038 0.214 0.741 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 F 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.001 0.001 0.030 0.963 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.001 0.002 0.003 0.947 0.019 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.001 0.019 0.002 0.423 0.484 0.059 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.001 0.031 0.002 0.081 0.296 0.288 0.002 0.267 0.003 0.005 0.016 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 22 G 0.001 0.047 0.004 0.014 0.245 0.024 0.038 0.076 0.042 0.100 0.332 0.011 0.002 0.056 0.002 0.006 23 N 0.025 0.041 0.004 0.017 0.001 0.012 0.001 0.401 0.021 0.006 0.016 0.079 0.004 0.001 0.371 0.002 24 G 0.018 0.018 0.053 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.402 0.034 0.007 0.008 0.008 0.001 0.001 0.434 25 E 0.841 0.008 0.076 0.052 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 26 V 0.004 0.007 0.726 0.179 0.002 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 27 I 0.001 0.081 0.033 0.798 0.012 0.043 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 28 L 0.002 0.041 0.018 0.816 0.018 0.066 0.003 0.005 0.002 0.001 0.006 0.007 0.014 0.001 0.001 0.002 29 T 0.004 0.078 0.090 0.603 0.011 0.111 0.003 0.020 0.005 0.006 0.018 0.007 0.034 0.001 0.003 0.006 30 S 0.012 0.040 0.027 0.139 0.029 0.536 0.009 0.010 0.008 0.014 0.078 0.041 0.047 0.004 0.002 0.005 31 E 0.011 0.145 0.039 0.115 0.008 0.061 0.006 0.038 0.004 0.002 0.425 0.070 0.057 0.005 0.010 0.005 32 L 0.011 0.139 0.098 0.236 0.004 0.025 0.007 0.009 0.029 0.005 0.023 0.238 0.109 0.004 0.015 0.047 33 Y 0.051 0.018 0.176 0.122 0.055 0.069 0.129 0.003 0.007 0.007 0.028 0.026 0.227 0.029 0.005 0.048 34 T 0.023 0.122 0.222 0.210 0.006 0.048 0.011 0.085 0.003 0.002 0.045 0.027 0.139 0.003 0.036 0.016 35 G 0.008 0.023 0.027 0.084 0.013 0.367 0.005 0.011 0.026 0.070 0.069 0.073 0.192 0.002 0.003 0.027 36 K 0.041 0.037 0.022 0.026 0.049 0.045 0.034 0.007 0.003 0.002 0.442 0.058 0.181 0.046 0.002 0.005 37 S 0.004 0.037 0.030 0.047 0.001 0.026 0.003 0.086 0.004 0.002 0.052 0.385 0.203 0.002 0.115 0.004 38 G 0.003 0.009 0.011 0.019 0.001 0.037 0.003 0.001 0.021 0.015 0.028 0.070 0.680 0.002 0.003 0.097 39 A 0.033 0.002 0.004 0.003 0.002 0.023 0.008 0.001 0.001 0.001 0.092 0.050 0.769 0.006 0.001 0.003 40 M 0.002 0.018 0.029 0.005 0.003 0.010 0.031 0.006 0.001 0.001 0.036 0.161 0.605 0.063 0.026 0.004 41 N 0.001 0.006 0.010 0.019 0.001 0.003 0.002 0.016 0.003 0.002 0.008 0.018 0.739 0.002 0.128 0.042 42 G 0.008 0.003 0.016 0.005 0.001 0.011 0.003 0.001 0.004 0.003 0.006 0.012 0.793 0.003 0.002 0.129 43 I 0.016 0.001 0.009 0.002 0.001 0.046 0.006 0.001 0.001 0.001 0.027 0.019 0.869 0.003 0.001 0.001 44 E 0.001 0.069 0.012 0.009 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.043 0.089 0.763 0.001 0.004 0.003 45 S 0.002 0.003 0.004 0.030 0.001 0.008 0.004 0.001 0.003 0.001 0.003 0.032 0.857 0.016 0.003 0.036 46 V 0.002 0.004 0.206 0.009 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.736 0.002 0.010 0.006 47 Q 0.002 0.010 0.039 0.028 0.003 0.029 0.046 0.002 0.001 0.001 0.014 0.017 0.748 0.035 0.004 0.023 48 T 0.019 0.027 0.034 0.069 0.005 0.035 0.023 0.017 0.003 0.001 0.050 0.018 0.568 0.044 0.054 0.032 49 N 0.008 0.172 0.116 0.085 0.002 0.007 0.021 0.003 0.014 0.003 0.015 0.024 0.199 0.019 0.038 0.275 50 S 0.078 0.016 0.218 0.073 0.005 0.144 0.051 0.003 0.002 0.005 0.010 0.032 0.307 0.004 0.015 0.037 51 P 0.023 0.098 0.128 0.039 0.006 0.198 0.013 0.013 0.002 0.003 0.229 0.021 0.202 0.006 0.004 0.015 52 I 0.011 0.199 0.022 0.087 0.003 0.092 0.005 0.011 0.007 0.002 0.155 0.278 0.105 0.006 0.008 0.008 53 E 0.014 0.071 0.148 0.096 0.002 0.047 0.010 0.008 0.009 0.002 0.062 0.155 0.329 0.003 0.021 0.023 54 A 0.019 0.036 0.175 0.108 0.001 0.059 0.008 0.004 0.004 0.002 0.066 0.071 0.405 0.003 0.006 0.030 55 R 0.024 0.055 0.219 0.212 0.002 0.031 0.006 0.004 0.002 0.001 0.046 0.047 0.323 0.004 0.006 0.020 56 Y 0.009 0.024 0.161 0.290 0.005 0.092 0.008 0.004 0.002 0.001 0.023 0.034 0.329 0.003 0.004 0.012 57 A 0.008 0.058 0.122 0.335 0.005 0.091 0.008 0.007 0.002 0.001 0.035 0.018 0.287 0.005 0.004 0.015 58 K 0.006 0.065 0.073 0.552 0.003 0.038 0.003 0.006 0.002 0.001 0.030 0.022 0.182 0.002 0.005 0.011 59 E 0.015 0.036 0.116 0.403 0.012 0.082 0.013 0.005 0.004 0.003 0.035 0.020 0.216 0.008 0.004 0.029 60 V 0.019 0.069 0.117 0.350 0.022 0.124 0.021 0.014 0.002 0.001 0.040 0.025 0.159 0.012 0.009 0.016 61 A 0.007 0.067 0.060 0.093 0.129 0.239 0.047 0.022 0.004 0.006 0.064 0.038 0.171 0.022 0.013 0.018 62 K 0.010 0.058 0.026 0.026 0.090 0.027 0.134 0.045 0.005 0.005 0.160 0.021 0.057 0.288 0.027 0.021 63 N 0.012 0.035 0.026 0.019 0.001 0.037 0.010 0.144 0.019 0.009 0.019 0.039 0.032 0.003 0.576 0.020 64 D 0.034 0.097 0.056 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.126 0.008 0.005 0.004 0.008 0.001 0.004 0.631 65 K 0.744 0.012 0.147 0.079 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 66 P 0.009 0.003 0.851 0.068 0.001 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 Y 0.001 0.169 0.034 0.787 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 F 0.001 0.001 0.008 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 N 0.001 0.002 0.144 0.847 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.001 0.002 0.004 0.977 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.001 0.017 0.002 0.638 0.110 0.224 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.001 0.007 0.001 0.032 0.859 0.058 0.004 0.012 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 73 A 0.001 0.086 0.004 0.019 0.185 0.030 0.028 0.411 0.007 0.008 0.097 0.019 0.002 0.072 0.030 0.001 74 N 0.003 0.025 0.003 0.011 0.001 0.011 0.002 0.236 0.135 0.043 0.015 0.019 0.006 0.001 0.465 0.023 75 H 0.106 0.032 0.026 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.332 0.015 0.003 0.005 0.003 0.001 0.002 0.465 76 Q 0.800 0.005 0.163 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 77 I 0.008 0.006 0.705 0.056 0.037 0.157 0.019 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 78 I 0.002 0.259 0.029 0.612 0.006 0.025 0.001 0.037 0.001 0.001 0.018 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 79 G 0.004 0.036 0.022 0.624 0.018 0.133 0.003 0.005 0.057 0.035 0.014 0.031 0.008 0.001 0.001 0.008 80 T 0.059 0.085 0.172 0.398 0.010 0.086 0.004 0.027 0.004 0.004 0.081 0.024 0.040 0.001 0.003 0.004 81 S 0.005 0.020 0.037 0.092 0.015 0.523 0.005 0.009 0.007 0.012 0.090 0.134 0.045 0.002 0.001 0.003 82 Q 0.009 0.176 0.032 0.126 0.006 0.049 0.005 0.015 0.003 0.001 0.351 0.117 0.098 0.003 0.005 0.004 83 M 0.007 0.079 0.054 0.204 0.005 0.040 0.013 0.006 0.011 0.003 0.023 0.320 0.194 0.004 0.011 0.025 84 Y 0.019 0.023 0.206 0.096 0.005 0.097 0.018 0.006 0.004 0.004 0.036 0.029 0.406 0.003 0.012 0.037 85 S 0.018 0.109 0.111 0.171 0.001 0.064 0.003 0.008 0.003 0.003 0.079 0.046 0.354 0.001 0.005 0.023 86 S 0.009 0.010 0.014 0.034 0.001 0.370 0.002 0.001 0.002 0.003 0.057 0.120 0.372 0.001 0.001 0.003 87 T 0.002 0.014 0.009 0.012 0.001 0.033 0.002 0.002 0.001 0.001 0.417 0.056 0.447 0.003 0.001 0.002 88 A 0.001 0.015 0.003 0.014 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.414 0.520 0.001 0.003 0.001 89 A 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.960 0.001 0.002 0.008 90 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.948 0.005 0.002 0.005 91 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.002 0.027 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.135 0.794 0.012 0.009 92 N 0.001 0.003 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 0.003 0.146 0.001 0.802 0.015 93 G 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.006 0.011 0.005 0.008 0.501 0.001 0.001 0.439 94 I 0.082 0.001 0.002 0.001 0.001 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.043 0.725 0.001 0.001 0.001 95 K 0.001 0.079 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.313 0.541 0.001 0.001 0.001 96 S 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.970 0.001 0.001 0.001 97 V 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 98 M 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.931 0.023 0.002 0.005 99 E 0.002 0.002 0.010 0.006 0.002 0.004 0.034 0.004 0.001 0.001 0.005 0.003 0.587 0.261 0.054 0.024 100 N 0.002 0.029 0.048 0.010 0.001 0.002 0.030 0.004 0.004 0.001 0.006 0.004 0.301 0.037 0.250 0.270 101 G 0.056 0.011 0.121 0.014 0.004 0.030 0.118 0.003 0.004 0.005 0.009 0.013 0.335 0.022 0.031 0.223 102 K 0.147 0.215 0.185 0.037 0.001 0.054 0.015 0.016 0.003 0.002 0.055 0.024 0.168 0.006 0.022 0.050 103 T 0.037 0.345 0.160 0.155 0.001 0.061 0.006 0.002 0.021 0.003 0.025 0.058 0.063 0.003 0.009 0.051 104 T 0.044 0.047 0.558 0.233 0.001 0.024 0.002 0.002 0.001 0.001 0.021 0.016 0.040 0.001 0.003 0.007 105 T 0.010 0.030 0.217 0.218 0.004 0.377 0.002 0.003 0.001 0.002 0.028 0.038 0.066 0.001 0.001 0.004 106 I 0.004 0.034 0.048 0.202 0.027 0.144 0.008 0.005 0.001 0.001 0.361 0.026 0.131 0.006 0.001 0.002 107 K 0.002 0.206 0.049 0.336 0.007 0.020 0.009 0.021 0.003 0.001 0.017 0.187 0.121 0.003 0.012 0.006 108 D 0.007 0.017 0.053 0.229 0.013 0.147 0.017 0.013 0.018 0.011 0.014 0.017 0.351 0.007 0.012 0.073 109 L 0.032 0.052 0.201 0.093 0.059 0.048 0.088 0.012 0.004 0.005 0.155 0.015 0.162 0.035 0.009 0.029 110 T 0.022 0.083 0.085 0.094 0.026 0.147 0.038 0.092 0.006 0.007 0.048 0.123 0.112 0.029 0.073 0.016