# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.5762 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.047 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.041 0.137 0.680 2 S 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.029 0.159 0.650 3 G 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.009 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.493 0.064 0.094 0.304 4 W 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.007 0.002 0.003 0.004 0.004 0.003 0.507 0.151 0.051 0.245 5 Y 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.006 0.006 0.005 0.772 0.084 0.014 0.087 6 E 0.006 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.011 0.012 0.705 0.096 0.018 0.098 7 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.047 0.070 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.632 0.068 0.022 0.120 8 S 0.010 0.002 0.001 0.001 0.115 0.309 0.129 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.210 0.085 0.025 0.092 9 K 0.017 0.002 0.005 0.001 0.134 0.012 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.219 0.066 0.093 0.437 10 S 0.389 0.005 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.120 0.066 0.367 11 S 0.118 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.042 0.113 0.699 12 N 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.011 0.148 0.802 13 D 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.041 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.187 0.060 0.130 0.444 14 Q 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.279 0.091 0.008 0.006 0.003 0.003 0.001 0.157 0.053 0.061 0.236 15 F 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.048 0.008 0.107 0.041 0.013 0.005 0.571 0.070 0.022 0.097 16 K 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.138 0.293 0.088 0.016 0.337 0.055 0.008 0.048 17 F 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.066 0.027 0.810 0.033 0.004 0.023 18 V 0.004 0.005 0.001 0.001 0.003 0.011 0.038 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.780 0.059 0.012 0.061 19 L 0.005 0.003 0.002 0.002 0.067 0.182 0.085 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.479 0.087 0.016 0.052 20 K 0.014 0.002 0.011 0.001 0.229 0.014 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.402 0.081 0.050 0.179 21 A 0.249 0.004 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.100 0.084 0.415 22 G 0.118 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.042 0.117 0.678 23 N 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.012 0.138 0.782 24 G 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.070 0.133 0.528 25 E 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.193 0.174 0.061 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.216 0.115 0.042 0.180 26 V 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.020 0.006 0.066 0.016 0.011 0.005 0.530 0.103 0.032 0.187 27 I 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.160 0.179 0.062 0.009 0.409 0.050 0.019 0.094 28 L 0.004 0.007 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.041 0.013 0.644 0.080 0.033 0.131 29 T 0.030 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.522 0.080 0.064 0.264 30 S 0.191 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.329 0.075 0.192 31 E 0.019 0.040 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.198 0.124 0.169 0.439 32 L 0.075 0.057 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.074 0.133 0.571 33 Y 0.136 0.079 0.008 0.001 0.004 0.003 0.004 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.246 0.094 0.310 34 T 0.019 0.101 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.081 0.155 0.582 35 G 0.071 0.571 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.052 0.039 0.250 36 K 0.069 0.786 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.017 0.088 37 S 0.028 0.251 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.611 0.020 0.080 38 G 0.038 0.459 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.385 0.024 0.075 39 A 0.078 0.677 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.055 0.038 0.124 40 M 0.021 0.766 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.039 0.030 0.131 41 N 0.019 0.452 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.281 0.049 0.181 42 G 0.011 0.858 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.057 0.018 0.044 43 I 0.060 0.767 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.064 0.027 0.063 44 E 0.041 0.526 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.200 0.041 0.148 45 S 0.082 0.238 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.351 0.049 0.184 46 V 0.235 0.077 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.203 0.097 0.281 47 Q 0.100 0.022 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.052 0.134 0.600 48 T 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.020 0.112 0.808 49 N 0.033 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.033 0.135 0.708 50 S 0.112 0.218 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.074 0.116 0.445 51 P 0.081 0.299 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.049 0.080 0.467 52 I 0.199 0.448 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.066 0.042 0.224 53 E 0.114 0.413 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.049 0.072 0.310 54 A 0.082 0.364 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.049 0.056 0.318 55 R 0.071 0.306 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.107 0.074 0.063 0.362 56 Y 0.054 0.314 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.232 0.072 0.052 0.259 57 A 0.040 0.258 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.202 0.059 0.048 0.373 58 K 0.066 0.162 0.008 0.002 0.001 0.004 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.234 0.053 0.047 0.394 59 E 0.065 0.095 0.021 0.008 0.016 0.127 0.031 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.115 0.157 0.043 0.306 60 V 0.027 0.015 0.062 0.004 0.159 0.016 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.122 0.059 0.446 61 A 0.261 0.005 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.042 0.043 0.586 62 K 0.124 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.031 0.053 0.771 63 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.064 0.912 64 D 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.030 0.079 0.835 65 K 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.072 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.081 0.101 0.444 66 P 0.007 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.002 0.006 0.001 0.004 0.001 0.459 0.091 0.065 0.323 67 Y 0.009 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.080 0.096 0.073 0.011 0.271 0.089 0.046 0.274 68 F 0.009 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.101 0.029 0.644 0.045 0.016 0.075 69 N 0.025 0.037 0.002 0.001 0.004 0.019 0.029 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.019 0.549 0.077 0.033 0.174 70 L 0.012 0.015 0.011 0.002 0.089 0.059 0.040 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.443 0.123 0.041 0.145 71 K 0.057 0.011 0.014 0.001 0.045 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.340 0.105 0.082 0.331 72 A 0.362 0.017 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.084 0.068 0.382 73 A 0.037 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.020 0.084 0.805 74 N 0.022 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.032 0.100 0.767 75 H 0.012 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.018 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.067 0.116 0.593 76 Q 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.045 0.019 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.308 0.113 0.079 0.367 77 I 0.015 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.012 0.003 0.038 0.013 0.009 0.004 0.293 0.107 0.073 0.412 78 I 0.013 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.058 0.029 0.006 0.364 0.094 0.075 0.313 79 G 0.026 0.047 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.006 0.345 0.108 0.090 0.352 80 T 0.076 0.142 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.105 0.085 0.393 81 S 0.107 0.140 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.278 0.079 0.270 82 Q 0.021 0.075 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.417 0.089 0.237 83 M 0.021 0.065 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.539 0.081 0.218 84 Y 0.036 0.337 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.160 0.077 0.258 85 S 0.036 0.547 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.060 0.054 0.253 86 S 0.048 0.762 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.057 0.016 0.096 87 T 0.086 0.721 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.065 0.023 0.087 88 A 0.060 0.396 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.213 0.062 0.210 89 A 0.146 0.149 0.093 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.322 0.046 0.223 90 R 0.466 0.077 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.031 0.050 0.350 91 D 0.011 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.010 0.091 0.822 92 N 0.006 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.061 0.149 0.644 93 G 0.029 0.630 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.107 0.040 0.177 94 I 0.066 0.751 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.026 0.020 0.123 95 K 0.027 0.826 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.023 0.012 0.079 96 S 0.071 0.203 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.574 0.019 0.073 97 V 0.115 0.177 0.027 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.116 0.303 0.075 0.177 98 M 0.199 0.051 0.021 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.118 0.097 0.412 99 E 0.035 0.013 0.011 0.001 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.082 0.083 0.647 100 N 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.082 0.138 0.707 101 G 0.063 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.135 0.178 0.566 102 K 0.027 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.049 0.177 0.640 103 T 0.037 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.051 0.112 0.702 104 T 0.029 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.072 0.126 0.546 105 T 0.048 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.302 0.081 0.080 0.431 106 I 0.082 0.015 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.006 0.004 0.004 0.154 0.112 0.091 0.512 107 K 0.038 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.003 0.297 0.051 0.094 0.487 108 D 0.029 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.038 0.106 0.675 109 L 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.022 0.117 0.725 110 T 0.065 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.057 0.124 0.621