# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.5762 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.037 0.014 0.003 0.018 0.033 0.088 0.125 0.004 0.001 0.033 0.643 2 S 0.013 0.012 0.001 0.020 0.059 0.101 0.150 0.002 0.001 0.026 0.616 3 G 0.005 0.009 0.001 0.035 0.159 0.545 0.048 0.002 0.001 0.030 0.166 4 W 0.005 0.004 0.001 0.022 0.205 0.510 0.032 0.002 0.001 0.040 0.178 5 Y 0.002 0.002 0.001 0.030 0.373 0.475 0.014 0.001 0.001 0.018 0.083 6 E 0.004 0.002 0.001 0.027 0.336 0.505 0.012 0.001 0.001 0.033 0.079 7 L 0.002 0.001 0.001 0.026 0.372 0.459 0.017 0.001 0.001 0.030 0.094 8 S 0.002 0.001 0.001 0.027 0.343 0.445 0.022 0.001 0.001 0.044 0.113 9 K 0.034 0.003 0.003 0.017 0.226 0.265 0.048 0.002 0.003 0.071 0.330 10 S 0.292 0.003 0.001 0.011 0.046 0.045 0.055 0.005 0.001 0.063 0.476 11 S 0.138 0.002 0.001 0.003 0.017 0.024 0.069 0.002 0.001 0.020 0.723 12 N 0.007 0.002 0.001 0.003 0.007 0.022 0.110 0.001 0.001 0.008 0.841 13 D 0.003 0.003 0.001 0.010 0.191 0.356 0.068 0.001 0.001 0.016 0.351 14 Q 0.002 0.002 0.001 0.010 0.269 0.512 0.030 0.001 0.001 0.021 0.153 15 F 0.001 0.001 0.001 0.008 0.330 0.564 0.010 0.001 0.001 0.011 0.074 16 K 0.002 0.002 0.001 0.009 0.386 0.498 0.007 0.001 0.001 0.018 0.078 17 F 0.001 0.001 0.001 0.009 0.455 0.490 0.003 0.001 0.001 0.009 0.032 18 V 0.002 0.002 0.001 0.013 0.418 0.465 0.009 0.001 0.001 0.021 0.068 19 L 0.002 0.001 0.001 0.014 0.513 0.422 0.005 0.001 0.001 0.011 0.031 20 K 0.028 0.001 0.005 0.013 0.399 0.364 0.016 0.001 0.008 0.053 0.112 21 A 0.170 0.001 0.001 0.017 0.071 0.089 0.065 0.003 0.001 0.037 0.543 22 G 0.185 0.001 0.001 0.013 0.016 0.022 0.084 0.002 0.001 0.028 0.647 23 N 0.003 0.001 0.001 0.012 0.004 0.016 0.107 0.001 0.001 0.011 0.845 24 G 0.002 0.002 0.001 0.057 0.080 0.161 0.105 0.001 0.001 0.047 0.544 25 E 0.002 0.001 0.001 0.108 0.321 0.312 0.027 0.001 0.001 0.071 0.156 26 V 0.002 0.002 0.001 0.220 0.264 0.248 0.024 0.001 0.001 0.048 0.192 27 I 0.003 0.002 0.001 0.349 0.213 0.220 0.026 0.001 0.001 0.040 0.145 28 L 0.004 0.005 0.001 0.267 0.257 0.227 0.031 0.001 0.001 0.043 0.164 29 T 0.065 0.072 0.002 0.106 0.118 0.168 0.063 0.012 0.001 0.082 0.311 30 S 0.108 0.044 0.002 0.055 0.043 0.060 0.104 0.007 0.001 0.298 0.278 31 E 0.025 0.086 0.006 0.046 0.050 0.067 0.118 0.005 0.002 0.212 0.383 32 L 0.096 0.204 0.002 0.019 0.026 0.036 0.087 0.011 0.001 0.053 0.464 33 Y 0.069 0.129 0.004 0.026 0.025 0.036 0.097 0.005 0.001 0.220 0.388 34 T 0.012 0.188 0.005 0.038 0.018 0.025 0.121 0.002 0.001 0.205 0.387 35 G 0.031 0.733 0.003 0.004 0.004 0.004 0.022 0.012 0.001 0.064 0.124 36 K 0.032 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.007 0.022 37 S 0.011 0.239 0.002 0.002 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.676 0.053 38 G 0.007 0.607 0.010 0.002 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.320 0.032 39 A 0.054 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.006 0.016 40 M 0.018 0.836 0.005 0.001 0.001 0.002 0.010 0.002 0.001 0.039 0.085 41 N 0.004 0.536 0.003 0.007 0.001 0.003 0.032 0.001 0.001 0.308 0.103 42 G 0.013 0.681 0.006 0.002 0.001 0.001 0.020 0.010 0.001 0.240 0.024 43 I 0.044 0.833 0.006 0.002 0.002 0.002 0.014 0.034 0.001 0.027 0.035 44 E 0.017 0.086 0.005 0.007 0.002 0.007 0.029 0.001 0.001 0.749 0.094 45 S 0.013 0.070 0.016 0.010 0.004 0.011 0.078 0.005 0.006 0.674 0.112 46 V 0.296 0.086 0.015 0.016 0.009 0.010 0.084 0.043 0.004 0.093 0.343 47 Q 0.135 0.023 0.007 0.017 0.009 0.016 0.106 0.005 0.002 0.059 0.620 48 T 0.003 0.010 0.001 0.010 0.002 0.007 0.085 0.001 0.001 0.006 0.875 49 N 0.077 0.078 0.003 0.011 0.007 0.011 0.106 0.005 0.001 0.025 0.676 50 S 0.121 0.245 0.005 0.009 0.014 0.009 0.108 0.012 0.001 0.027 0.452 51 P 0.066 0.357 0.003 0.008 0.004 0.005 0.076 0.005 0.001 0.026 0.449 52 I 0.107 0.684 0.002 0.004 0.005 0.006 0.025 0.009 0.001 0.020 0.137 53 E 0.092 0.692 0.002 0.006 0.005 0.008 0.027 0.007 0.001 0.021 0.138 54 A 0.047 0.649 0.006 0.014 0.014 0.023 0.029 0.005 0.001 0.029 0.185 55 R 0.056 0.535 0.005 0.018 0.023 0.056 0.037 0.008 0.001 0.034 0.227 56 Y 0.099 0.458 0.007 0.014 0.035 0.050 0.044 0.012 0.002 0.044 0.235 57 A 0.099 0.391 0.005 0.019 0.050 0.073 0.043 0.009 0.001 0.048 0.261 58 K 0.062 0.281 0.004 0.021 0.039 0.080 0.069 0.009 0.001 0.053 0.381 59 E 0.064 0.106 0.008 0.038 0.079 0.146 0.079 0.009 0.006 0.108 0.357 60 V 0.078 0.019 0.065 0.014 0.058 0.076 0.072 0.009 0.051 0.160 0.398 61 A 0.308 0.004 0.001 0.010 0.017 0.023 0.056 0.005 0.001 0.028 0.547 62 K 0.507 0.001 0.001 0.004 0.006 0.009 0.034 0.002 0.001 0.022 0.414 63 N 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.006 0.070 0.001 0.001 0.003 0.911 64 D 0.008 0.005 0.001 0.006 0.020 0.046 0.094 0.001 0.001 0.016 0.803 65 K 0.013 0.004 0.001 0.011 0.380 0.151 0.095 0.001 0.001 0.035 0.308 66 P 0.006 0.010 0.001 0.056 0.145 0.384 0.059 0.002 0.001 0.034 0.304 67 Y 0.013 0.012 0.001 0.020 0.190 0.408 0.033 0.002 0.001 0.046 0.277 68 F 0.003 0.007 0.001 0.048 0.361 0.459 0.015 0.001 0.001 0.021 0.084 69 N 0.010 0.017 0.001 0.038 0.280 0.390 0.025 0.002 0.001 0.036 0.200 70 L 0.005 0.004 0.006 0.053 0.425 0.365 0.014 0.001 0.006 0.031 0.090 71 K 0.096 0.006 0.006 0.034 0.247 0.274 0.033 0.004 0.009 0.079 0.212 72 A 0.340 0.004 0.001 0.029 0.053 0.067 0.054 0.005 0.001 0.045 0.401 73 A 0.064 0.003 0.001 0.025 0.012 0.016 0.087 0.002 0.001 0.021 0.768 74 N 0.011 0.006 0.001 0.019 0.006 0.019 0.119 0.001 0.001 0.020 0.799 75 H 0.014 0.016 0.001 0.037 0.089 0.093 0.130 0.003 0.001 0.056 0.561 76 Q 0.018 0.012 0.001 0.122 0.216 0.209 0.062 0.002 0.001 0.081 0.275 77 I 0.019 0.013 0.001 0.147 0.117 0.188 0.078 0.002 0.001 0.087 0.348 78 I 0.017 0.018 0.002 0.181 0.137 0.182 0.087 0.002 0.001 0.065 0.309 79 G 0.025 0.055 0.004 0.186 0.106 0.157 0.095 0.005 0.001 0.059 0.306 80 T 0.077 0.186 0.004 0.064 0.040 0.067 0.107 0.017 0.001 0.088 0.348 81 S 0.091 0.186 0.004 0.035 0.031 0.047 0.103 0.014 0.001 0.174 0.315 82 Q 0.033 0.089 0.004 0.027 0.032 0.056 0.083 0.004 0.001 0.418 0.253 83 M 0.027 0.060 0.003 0.022 0.022 0.038 0.103 0.003 0.001 0.427 0.295 84 Y 0.034 0.212 0.007 0.030 0.037 0.046 0.113 0.008 0.002 0.075 0.436 85 S 0.054 0.393 0.006 0.015 0.017 0.018 0.059 0.011 0.001 0.029 0.396 86 S 0.073 0.696 0.005 0.004 0.005 0.007 0.023 0.019 0.001 0.036 0.131 87 T 0.082 0.726 0.004 0.003 0.005 0.006 0.023 0.011 0.001 0.027 0.112 88 A 0.069 0.508 0.017 0.009 0.005 0.008 0.042 0.005 0.003 0.186 0.148 89 A 0.045 0.234 0.172 0.012 0.006 0.006 0.065 0.013 0.041 0.283 0.123 90 R 0.509 0.294 0.002 0.002 0.002 0.002 0.020 0.021 0.001 0.021 0.127 91 D 0.056 0.355 0.002 0.004 0.003 0.004 0.033 0.003 0.001 0.030 0.509 92 N 0.007 0.299 0.003 0.021 0.004 0.008 0.070 0.001 0.001 0.166 0.421 93 G 0.008 0.794 0.001 0.003 0.001 0.003 0.018 0.005 0.001 0.133 0.034 94 I 0.035 0.891 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.016 0.001 0.010 0.032 95 K 0.026 0.790 0.004 0.018 0.003 0.007 0.015 0.002 0.001 0.063 0.071 96 S 0.054 0.285 0.011 0.011 0.003 0.011 0.046 0.007 0.004 0.448 0.119 97 V 0.186 0.214 0.064 0.019 0.010 0.010 0.083 0.055 0.016 0.163 0.180 98 M 0.328 0.046 0.022 0.014 0.010 0.014 0.074 0.013 0.010 0.079 0.389 99 E 0.036 0.009 0.002 0.009 0.004 0.011 0.086 0.001 0.001 0.022 0.819 100 N 0.018 0.009 0.002 0.012 0.005 0.012 0.132 0.002 0.001 0.031 0.777 101 G 0.133 0.006 0.004 0.005 0.010 0.009 0.176 0.003 0.001 0.058 0.593 102 K 0.042 0.012 0.002 0.015 0.010 0.023 0.161 0.003 0.001 0.035 0.696 103 T 0.030 0.015 0.001 0.020 0.009 0.026 0.120 0.003 0.001 0.025 0.752 104 T 0.016 0.018 0.004 0.096 0.088 0.124 0.121 0.004 0.001 0.057 0.472 105 T 0.034 0.025 0.002 0.085 0.061 0.113 0.082 0.004 0.001 0.056 0.536 106 I 0.066 0.012 0.003 0.093 0.062 0.071 0.083 0.005 0.001 0.115 0.489 107 K 0.032 0.009 0.003 0.089 0.075 0.093 0.107 0.003 0.001 0.066 0.522 108 D 0.094 0.014 0.001 0.030 0.020 0.049 0.093 0.004 0.001 0.056 0.639 109 L 0.033 0.012 0.001 0.027 0.030 0.031 0.111 0.003 0.001 0.038 0.714 110 T 0.067 0.029 0.002 0.025 0.031 0.041 0.111 0.005 0.001 0.059 0.630