# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.5762 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.314 0.081 0.032 0.080 0.075 0.085 0.118 0.078 0.066 0.041 0.030 2 S 0.186 0.201 0.060 0.182 0.150 0.076 0.057 0.032 0.028 0.018 0.009 3 G 0.106 0.095 0.041 0.113 0.112 0.118 0.168 0.098 0.081 0.042 0.027 4 W 0.036 0.054 0.037 0.170 0.208 0.161 0.148 0.077 0.058 0.034 0.017 5 Y 0.005 0.009 0.016 0.033 0.041 0.063 0.144 0.185 0.210 0.171 0.123 6 E 0.008 0.030 0.052 0.184 0.198 0.122 0.171 0.122 0.062 0.035 0.014 7 L 0.001 0.003 0.008 0.010 0.008 0.019 0.071 0.116 0.257 0.278 0.228 8 S 0.009 0.021 0.044 0.137 0.165 0.144 0.209 0.101 0.089 0.055 0.025 9 K 0.061 0.081 0.122 0.186 0.158 0.109 0.132 0.068 0.043 0.029 0.012 10 S 0.120 0.099 0.058 0.151 0.146 0.121 0.140 0.072 0.046 0.030 0.017 11 S 0.217 0.418 0.054 0.108 0.065 0.037 0.048 0.022 0.016 0.010 0.004 12 N 0.526 0.185 0.031 0.084 0.071 0.036 0.034 0.020 0.008 0.004 0.002 13 D 0.512 0.167 0.077 0.110 0.050 0.039 0.025 0.010 0.006 0.003 0.001 14 Q 0.019 0.042 0.040 0.207 0.219 0.222 0.148 0.053 0.030 0.013 0.006 15 F 0.001 0.003 0.006 0.010 0.020 0.054 0.147 0.241 0.218 0.163 0.137 16 K 0.002 0.015 0.090 0.187 0.244 0.212 0.124 0.053 0.036 0.029 0.009 17 F 0.001 0.002 0.024 0.013 0.019 0.027 0.073 0.251 0.227 0.213 0.148 18 V 0.003 0.015 0.061 0.138 0.148 0.105 0.177 0.137 0.105 0.086 0.025 19 L 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.009 0.036 0.073 0.238 0.347 0.284 20 K 0.007 0.026 0.059 0.201 0.208 0.145 0.175 0.073 0.059 0.033 0.015 21 A 0.010 0.014 0.028 0.047 0.048 0.096 0.183 0.147 0.187 0.145 0.094 22 G 0.163 0.231 0.075 0.211 0.135 0.072 0.058 0.022 0.017 0.011 0.006 23 N 0.341 0.278 0.040 0.109 0.076 0.041 0.049 0.029 0.019 0.011 0.006 24 G 0.306 0.116 0.026 0.120 0.115 0.086 0.086 0.057 0.043 0.027 0.017 25 E 0.068 0.124 0.058 0.187 0.188 0.131 0.118 0.055 0.040 0.020 0.010 26 V 0.009 0.020 0.019 0.054 0.069 0.101 0.196 0.210 0.168 0.092 0.063 27 I 0.003 0.006 0.011 0.019 0.025 0.041 0.110 0.143 0.210 0.239 0.193 28 L 0.002 0.006 0.015 0.021 0.026 0.037 0.086 0.174 0.220 0.230 0.184 29 T 0.010 0.026 0.060 0.083 0.095 0.091 0.154 0.145 0.134 0.129 0.073 30 S 0.014 0.015 0.025 0.052 0.060 0.084 0.166 0.158 0.172 0.153 0.101 31 E 0.058 0.047 0.049 0.101 0.116 0.106 0.161 0.131 0.112 0.080 0.040 32 L 0.067 0.077 0.067 0.173 0.170 0.125 0.132 0.078 0.057 0.039 0.015 33 Y 0.029 0.029 0.034 0.076 0.073 0.125 0.176 0.123 0.148 0.111 0.076 34 T 0.204 0.178 0.126 0.181 0.125 0.058 0.052 0.029 0.022 0.018 0.006 35 G 0.156 0.212 0.101 0.138 0.091 0.090 0.097 0.047 0.034 0.023 0.011 36 K 0.039 0.046 0.035 0.110 0.123 0.189 0.191 0.105 0.079 0.050 0.034 37 S 0.460 0.129 0.122 0.113 0.062 0.038 0.041 0.016 0.010 0.006 0.003 38 G 0.130 0.163 0.129 0.274 0.177 0.066 0.038 0.013 0.006 0.003 0.001 39 A 0.002 0.002 0.006 0.007 0.008 0.017 0.058 0.095 0.234 0.263 0.309 40 M 0.012 0.025 0.065 0.235 0.303 0.165 0.131 0.033 0.018 0.010 0.003 41 N 0.060 0.132 0.462 0.178 0.089 0.035 0.024 0.009 0.006 0.004 0.001 42 G 0.008 0.022 0.036 0.064 0.072 0.152 0.273 0.137 0.119 0.072 0.045 43 I 0.002 0.002 0.006 0.008 0.010 0.025 0.103 0.167 0.244 0.221 0.212 44 E 0.041 0.053 0.326 0.285 0.157 0.070 0.038 0.015 0.007 0.006 0.002 45 S 0.013 0.047 0.198 0.187 0.170 0.155 0.131 0.050 0.027 0.014 0.006 46 V 0.001 0.002 0.004 0.005 0.006 0.012 0.054 0.113 0.217 0.285 0.300 47 Q 0.018 0.033 0.078 0.158 0.178 0.183 0.190 0.074 0.044 0.031 0.011 48 T 0.082 0.110 0.480 0.190 0.086 0.024 0.014 0.006 0.004 0.003 0.001 49 N 0.050 0.048 0.045 0.088 0.101 0.161 0.243 0.117 0.078 0.047 0.022 50 S 0.082 0.056 0.029 0.047 0.045 0.069 0.164 0.139 0.156 0.129 0.084 51 P 0.272 0.274 0.139 0.137 0.072 0.038 0.032 0.016 0.010 0.007 0.003 52 I 0.198 0.161 0.121 0.134 0.107 0.091 0.090 0.047 0.027 0.016 0.008 53 E 0.310 0.194 0.069 0.136 0.098 0.064 0.062 0.030 0.020 0.012 0.005 54 A 0.240 0.101 0.082 0.153 0.112 0.110 0.106 0.047 0.026 0.016 0.007 55 R 0.066 0.083 0.167 0.191 0.151 0.116 0.111 0.052 0.033 0.021 0.009 56 Y 0.009 0.020 0.058 0.066 0.082 0.127 0.238 0.170 0.118 0.077 0.035 57 A 0.042 0.077 0.270 0.175 0.125 0.093 0.111 0.047 0.030 0.024 0.007 58 K 0.024 0.035 0.153 0.160 0.161 0.157 0.178 0.069 0.036 0.020 0.007 59 E 0.211 0.107 0.238 0.146 0.094 0.064 0.071 0.030 0.020 0.013 0.005 60 V 0.103 0.096 0.114 0.165 0.143 0.126 0.148 0.055 0.028 0.016 0.006 61 A 0.128 0.084 0.145 0.121 0.093 0.103 0.131 0.075 0.061 0.037 0.022 62 K 0.253 0.294 0.185 0.135 0.065 0.031 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 63 N 0.314 0.183 0.108 0.129 0.107 0.064 0.054 0.025 0.009 0.004 0.002 64 D 0.517 0.159 0.072 0.079 0.054 0.043 0.039 0.016 0.011 0.006 0.003 65 K 0.123 0.183 0.112 0.234 0.173 0.094 0.052 0.016 0.008 0.004 0.001 66 P 0.048 0.034 0.056 0.062 0.075 0.118 0.197 0.166 0.124 0.073 0.048 67 Y 0.012 0.046 0.073 0.195 0.231 0.192 0.130 0.051 0.037 0.025 0.009 68 F 0.003 0.007 0.027 0.027 0.036 0.049 0.125 0.212 0.210 0.176 0.128 69 N 0.012 0.043 0.098 0.246 0.263 0.112 0.111 0.055 0.033 0.021 0.006 70 L 0.002 0.003 0.013 0.010 0.008 0.020 0.063 0.086 0.232 0.295 0.268 71 K 0.011 0.025 0.054 0.169 0.175 0.129 0.187 0.087 0.085 0.048 0.030 72 A 0.020 0.031 0.073 0.093 0.088 0.114 0.173 0.116 0.132 0.098 0.061 73 A 0.089 0.132 0.110 0.253 0.184 0.097 0.074 0.027 0.017 0.011 0.006 74 N 0.186 0.110 0.058 0.116 0.095 0.086 0.125 0.092 0.066 0.040 0.026 75 H 0.185 0.110 0.058 0.166 0.147 0.096 0.096 0.057 0.042 0.029 0.014 76 Q 0.107 0.108 0.088 0.169 0.135 0.120 0.122 0.063 0.049 0.026 0.013 77 I 0.018 0.025 0.028 0.045 0.049 0.079 0.158 0.168 0.184 0.144 0.101 78 I 0.017 0.017 0.018 0.028 0.032 0.049 0.121 0.141 0.192 0.205 0.180 79 G 0.030 0.038 0.046 0.056 0.064 0.075 0.127 0.132 0.155 0.157 0.120 80 T 0.053 0.070 0.072 0.122 0.126 0.099 0.141 0.099 0.091 0.077 0.049 81 S 0.035 0.021 0.024 0.054 0.067 0.084 0.154 0.157 0.165 0.136 0.104 82 Q 0.069 0.060 0.062 0.134 0.146 0.123 0.141 0.098 0.079 0.059 0.030 83 M 0.047 0.066 0.099 0.171 0.143 0.129 0.135 0.075 0.064 0.049 0.022 84 Y 0.013 0.018 0.035 0.051 0.067 0.102 0.185 0.181 0.153 0.121 0.074 85 S 0.072 0.143 0.176 0.191 0.133 0.078 0.086 0.045 0.035 0.032 0.009 86 S 0.054 0.064 0.095 0.117 0.121 0.152 0.192 0.094 0.057 0.037 0.016 87 T 0.366 0.124 0.160 0.170 0.078 0.040 0.032 0.013 0.009 0.006 0.002 88 A 0.166 0.057 0.100 0.134 0.119 0.117 0.159 0.062 0.046 0.026 0.014 89 A 0.072 0.171 0.161 0.177 0.121 0.080 0.095 0.043 0.039 0.028 0.014 90 R 0.009 0.026 0.053 0.090 0.113 0.192 0.254 0.115 0.080 0.043 0.024 91 D 0.247 0.097 0.301 0.198 0.095 0.031 0.018 0.007 0.003 0.002 0.001 92 N 0.180 0.142 0.181 0.186 0.131 0.085 0.064 0.018 0.008 0.005 0.002 93 G 0.023 0.063 0.041 0.071 0.065 0.094 0.198 0.129 0.146 0.099 0.069 94 I 0.002 0.003 0.009 0.015 0.027 0.083 0.198 0.199 0.202 0.148 0.114 95 K 0.104 0.066 0.572 0.177 0.047 0.018 0.009 0.004 0.002 0.002 0.001 96 S 0.014 0.042 0.123 0.196 0.196 0.181 0.147 0.057 0.026 0.014 0.005 97 V 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.006 0.032 0.082 0.197 0.304 0.368 98 M 0.002 0.009 0.035 0.099 0.144 0.290 0.267 0.079 0.042 0.023 0.008 99 E 0.074 0.057 0.734 0.093 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 100 N 0.019 0.039 0.041 0.127 0.178 0.207 0.250 0.084 0.034 0.015 0.007 101 G 0.007 0.007 0.005 0.006 0.005 0.013 0.048 0.088 0.215 0.312 0.295 102 K 0.099 0.299 0.160 0.223 0.121 0.056 0.027 0.008 0.003 0.002 0.001 103 T 0.325 0.220 0.227 0.150 0.045 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 104 T 0.121 0.053 0.027 0.073 0.107 0.144 0.194 0.105 0.081 0.061 0.035 105 T 0.151 0.355 0.066 0.203 0.117 0.048 0.036 0.012 0.007 0.004 0.001 106 I 0.005 0.007 0.021 0.025 0.029 0.065 0.130 0.158 0.207 0.184 0.169 107 K 0.163 0.146 0.259 0.251 0.124 0.028 0.016 0.007 0.004 0.003 0.001 108 D 0.074 0.150 0.114 0.153 0.111 0.108 0.126 0.064 0.048 0.035 0.017 109 L 0.054 0.053 0.038 0.094 0.110 0.154 0.169 0.116 0.095 0.071 0.046 110 T 0.492 0.172 0.119 0.095 0.045 0.029 0.024 0.012 0.007 0.005 0.002