# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.5762 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.139 0.070 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.020 0.063 0.581 2 S 0.054 0.045 0.005 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.172 0.017 0.109 0.585 3 G 0.105 0.018 0.008 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.319 0.024 0.083 0.431 4 W 0.056 0.014 0.011 0.002 0.003 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.422 0.008 0.149 0.319 5 Y 0.007 0.007 0.002 0.002 0.007 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.685 0.004 0.035 0.234 6 E 0.007 0.006 0.001 0.001 0.008 0.010 0.015 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.021 0.011 0.783 0.003 0.035 0.067 7 L 0.005 0.007 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.045 0.068 0.039 0.580 0.002 0.029 0.192 8 S 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.010 0.007 0.166 0.335 0.088 0.030 0.292 0.002 0.015 0.037 9 K 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.114 0.014 0.197 0.131 0.027 0.005 0.089 0.002 0.024 0.380 10 S 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.361 0.118 0.007 0.021 0.004 0.002 0.002 0.094 0.005 0.082 0.234 11 S 0.050 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.376 0.031 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.012 0.061 0.393 12 N 0.015 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.008 0.240 0.700 13 D 0.177 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.187 0.102 0.465 14 Q 0.425 0.005 0.025 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.026 0.283 0.197 15 F 0.009 0.006 0.006 0.007 0.066 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.421 0.007 0.084 0.382 16 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.225 0.375 0.072 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.275 0.001 0.021 0.015 17 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.070 0.120 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.621 0.001 0.016 0.121 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.010 0.927 0.001 0.011 0.018 19 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.088 0.152 0.073 0.019 0.583 0.001 0.015 0.057 20 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.003 0.141 0.074 0.022 0.005 0.637 0.001 0.014 0.072 21 A 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.339 0.045 0.004 0.017 0.004 0.002 0.002 0.361 0.002 0.042 0.113 22 G 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.365 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.005 0.108 0.300 23 N 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.008 0.209 0.639 24 G 0.207 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.122 0.062 0.462 25 E 0.241 0.002 0.022 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.018 0.432 0.213 26 V 0.002 0.002 0.002 0.007 0.060 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.249 0.002 0.046 0.623 27 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.254 0.360 0.096 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.003 0.195 0.001 0.032 0.029 28 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.010 0.046 0.061 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.008 0.012 0.011 0.559 0.001 0.054 0.204 29 T 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.834 0.001 0.033 0.111 30 S 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.007 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.547 0.003 0.090 0.305 31 E 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.005 0.150 0.636 32 L 0.038 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.012 0.407 0.465 33 Y 0.325 0.046 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.049 0.163 0.260 34 T 0.059 0.104 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.017 0.146 0.555 35 G 0.042 0.057 0.021 0.001 0.007 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.021 0.150 0.627 36 K 0.072 0.072 0.007 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.012 0.244 0.509 37 S 0.023 0.064 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.253 0.635 38 G 0.096 0.238 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.015 0.177 0.445 39 A 0.052 0.763 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.044 0.124 40 M 0.023 0.807 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.033 0.123 41 N 0.036 0.836 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.014 0.096 42 G 0.080 0.815 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.005 0.077 43 I 0.012 0.907 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.009 0.053 44 E 0.014 0.898 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.011 0.053 45 S 0.019 0.879 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.007 0.078 46 V 0.043 0.910 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.002 0.029 47 Q 0.033 0.888 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.008 0.044 48 T 0.055 0.743 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.044 0.009 0.120 49 N 0.348 0.397 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.117 0.005 0.101 50 S 0.284 0.229 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.028 0.061 0.304 51 P 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.970 52 I 0.035 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.007 0.268 0.618 53 E 0.154 0.100 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.120 0.605 54 A 0.082 0.331 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.008 0.120 0.436 55 R 0.099 0.608 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.010 0.051 0.199 56 Y 0.061 0.745 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.005 0.016 0.105 57 A 0.038 0.717 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.016 0.013 0.144 58 K 0.071 0.700 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.002 0.070 0.026 0.007 0.107 59 E 0.085 0.575 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.028 0.011 0.004 0.073 0.029 0.014 0.152 60 V 0.043 0.312 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.029 0.004 0.114 0.096 0.021 0.004 0.037 0.028 0.016 0.271 61 A 0.059 0.244 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.090 0.009 0.002 0.006 0.004 0.002 0.001 0.134 0.023 0.037 0.370 62 K 0.088 0.087 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.225 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.023 0.057 0.454 63 N 0.054 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.020 0.093 0.759 64 D 0.132 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.070 0.056 0.691 65 K 0.252 0.003 0.046 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.017 0.330 0.318 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.003 0.974 67 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.296 0.140 0.040 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.237 0.002 0.103 0.164 68 F 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.027 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.725 0.001 0.030 0.170 69 N 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.014 0.013 0.666 0.001 0.073 0.185 70 L 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 0.038 0.015 0.007 0.753 0.001 0.020 0.123 71 K 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.003 0.115 0.046 0.009 0.004 0.584 0.001 0.076 0.123 72 A 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.096 0.020 0.003 0.007 0.003 0.002 0.002 0.441 0.004 0.101 0.262 73 A 0.024 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.301 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.300 0.007 0.101 0.224 74 N 0.069 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.030 0.138 0.609 75 H 0.197 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.091 0.085 0.534 76 Q 0.258 0.005 0.038 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.020 0.365 0.215 77 I 0.004 0.005 0.004 0.007 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.003 0.044 0.763 78 I 0.002 0.004 0.001 0.002 0.223 0.141 0.094 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.397 0.002 0.049 0.065 79 G 0.008 0.009 0.002 0.001 0.006 0.033 0.055 0.011 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.279 0.003 0.123 0.453 80 T 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.556 0.002 0.073 0.343 81 S 0.014 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.324 0.004 0.176 0.458 82 Q 0.050 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.226 0.008 0.148 0.546 83 M 0.061 0.067 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.011 0.222 0.490 84 Y 0.146 0.223 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.197 0.018 0.133 0.271 85 S 0.073 0.402 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.015 0.064 0.306 86 S 0.071 0.433 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.030 0.051 0.319 87 T 0.051 0.441 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.014 0.062 0.359 88 A 0.019 0.347 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.177 0.434 89 A 0.063 0.328 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.367 0.205 90 R 0.064 0.877 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.038 91 D 0.016 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.008 0.046 92 N 0.152 0.661 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.119 0.004 0.057 93 G 0.299 0.372 0.106 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.048 0.030 0.136 94 I 0.032 0.296 0.368 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.007 0.063 0.193 95 K 0.023 0.389 0.013 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.011 0.073 0.356 96 S 0.041 0.493 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.008 0.038 0.386 97 V 0.059 0.745 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.007 0.012 0.130 98 M 0.038 0.792 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.006 0.029 0.089 99 E 0.065 0.709 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.024 0.021 0.149 100 N 0.209 0.520 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.083 0.007 0.148 101 G 0.274 0.311 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.051 0.027 0.265 102 K 0.044 0.084 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.019 0.129 0.609 103 T 0.049 0.055 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.018 0.106 0.652 104 T 0.176 0.084 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.198 0.025 0.107 0.391 105 T 0.073 0.060 0.011 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.012 0.179 0.540 106 I 0.064 0.104 0.018 0.002 0.003 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.002 0.278 0.009 0.057 0.438 107 K 0.045 0.122 0.004 0.001 0.003 0.004 0.007 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.004 0.002 0.002 0.346 0.008 0.118 0.319 108 D 0.079 0.113 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.004 0.005 0.002 0.005 0.005 0.005 0.004 0.153 0.025 0.076 0.508 109 L 0.169 0.123 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.281 0.028 0.072 0.300 110 T 0.084 0.094 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.128 0.026 0.315 0.323